BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020D08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,815,466 - 31,939,016
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSupt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks
Upstream gene1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1
Downstream geneLOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020D08.bB6Ng01-020D08.g
ACCDH853071DH853072
length1,0801,104
definitionDH853071|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D08, 5' end.DH853072|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,815,466 - 31,816,556)(31,937,905 - 31,939,016)
sequence
gaattcagtgtactaactgcatcttggccactttatgaaaatgaagatgt
gatctgccttattgggtttctatttccgtgtcgagagaaaccatgaccac
ctcagcaactcttaaaacagacatggtgctggagtagctgagaattctac
atctttgtagcagggaaagaactgagacactagacctggcttgagcatat
gagacctcaaagcctggccttctccaacaaaaccatgactactctagcaa
ggccacacctccattccagatgagccttggtccagtttcaaactaccaca
agattaaaacaggatagatttaagagtgttaaagattaatttgaggggct
ggagagatggcttagtggttaagagcacagactgctcttccagaggtcct
gagttccaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgg
atctgctgtgtctgaagacagctacagtgtactcatatatataaaataaa
taggccttaaaaaagattaatatcaaaaatcctattttaaaattaagctg
taacttctttaggaggtaggactataggttagtctagagtacatgatgtg
actgtctttgaaaactgttaagttgtgatggcaagatggtttggtgggtt
aaaggctcttgctatgaaaacctgacgtcatgccttccacccctggcgcc
catgtaaaggttgaacgagagaactgactgcacacagcagttgtctctgg
cctcgctatacaggccacacacaccatgcacgagcacacacacatataac
aaacctcaaacactctgaggagagctcaccacaaaccttggtttgtcatg
gaggaagggagcatggccatcctttgtcatctcgtgtgccatctgagata
gttgctgtgctcagctgtgctgagatagtgctgtgcttagtcttggcagc
tgattgcagtgggcatcagttaccagttactggccagagagcaaagacgt
gaatggtgagggctgaagatctgttggccttactttcacccctcctacac
cgaaaaatgtcaggagaaggggggaaagta
gaattcatttaccgcagacatttttgggcaaatagaggtcttagcctatt
ttcagtctccataagccatttttctccttggcttcctagactgcaggcaa
caggcaaaacagctttccccaaatttctacccccagcacagagtgagttt
caggtagaaagtgaagctagagaagggttctcagagattgctgaatatat
ggtgtccctttgggctccagcttggactggaagtagggtgaggggcacga
aggggtacagggttgtctgctgtgtatgttattggataagtctgcatttt
atatgagatcttttggatgcaagtgttacttcagaccaccccatcaagat
gttccagaattggtgtgactggccagaaagaggccatcactgactggtga
ggctgaaagagaaccccaatacacgggcaggcccatggggagccagcaaa
tgacctctgtcaatccaggagccatgtgtcaccaatcagagggcagccaa
cctgaacaccacagccctgtacacggggaaacctgagagctctcagagta
ctgtatccagcaggggcttctcttggctgtgactcaattttaaataaaat
cccagtgatacggttgttattatcacctgttatcttacaaataaaggcag
ggtaccaacaagcgaagaatctagagctttttgctgcacagtagttgaag
tataatcaatgtagtgaaaacagggagaccagtgtcccctttaatctcac
ctcggcctctttgggcctgagaacactggagcattagctccctttggttt
cacacttgacctcccattcatccttctcacccatctaaatgaaagcaagc
ctcagcccagaaaccctgttccagatagaatacataattcaagagaatac
tgatgtcaagagaggcacaccaatctgtgtcagcgctcactgtaaataga
gaggagacaggagagttatgtatgtagatggaaattaaccgagccattta
ggcttcctccgcctctcttccctgctgtgaccaagcatttgactatctct
ctgccagcactaagtcaatatgtgtggggtttcttattcctcattattct
ttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31815466_31816556
seq2: B6Ng01-020D08.b_45_1124

seq1  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50

seq1  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100

seq1  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150

seq1  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200

seq1  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250

seq1  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300

seq1  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350

seq1  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400

seq1  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450

seq1  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500

seq1  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550

seq1  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600

seq1  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650

seq1  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700

seq1  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCTGG  750

seq1  CCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAAC  800

seq1  AAACCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTCACCACAAACCTTGGTTTGTCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTCACCACAAACCTTGGTTTGTCATG  850

seq1  GAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGTGCCATCTGAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGTGCCATCTGAGATA  900

seq1  GTTGCTGTGCTCAGCCTGTGCTGAGATAGGTGCTGTGCTTAGCCTTGGCA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GTTGCTGTGCTCAG-CTGTGCTGAGATA-GTGCTGTGCTTAGTCTTGGCA  948

seq1  GCTGATTGCAGTGGGCATCAGTTAACCAGTAACTGGCCAGAGAGCAGAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |
seq2  GCTGATTGCAGTGGGCATCAGTT-ACCAGTTACTGGCCAGAGAGCA-AAG  996

seq1  ACGTG-ATGGTGAAGGGCTGACAGATCTGTATGGCCCTTACTTTCCACCC  1049
      ||||| |||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||
seq2  ACGTGAATGGTG-AGGGCTGA-AGATCTGT-TGG-CCTTACTTT-CACCC  1041

seq1  CTCCTACAACCAGAGAATGTCAAGTGAGAGGGGTGGAAAGTA  1091
      ||||||| |||  | |||||||   |||| ||| ||||||||
seq2  CTCCTAC-ACCGAAAAATGTCA--GGAGAAGGGGGGAAAGTA  1080

seq1: chr5_31937905_31939016
seq2: B6Ng01-020D08.g_68_1171 (reverse)

seq1  -------------AGAAAGAAAAAACCCCACAACATA-TGACATTAGTGC  36
                   || || || ||||||||| ||||| |||| |||||||
seq2  AGAAAGAATAATGAGGAATAAGAAACCCCAC-ACATATTGAC-TTAGTGC  48

seq1  TTGGCAGAGAGAAAGTC-AATGCTTTGTGTCACAGCAGGGGAAGGGAGGC  85
       ||||||||||| |||| |||||||   ||||||||| |||||| |||||
seq2  -TGGCAGAGAGATAGTCAAATGCTT--GGTCACAGCA-GGGAAGAGAGGC  94

seq1  GGAGGAATGCCTAAATATTGGCTCTGTTTTAATTTCCATTCTACATTACA  135
      ||||||| |||||||   |||||| |  |||||||||| |||||| ||||
seq2  GGAGGAA-GCCTAAA---TGGCTCGG--TTAATTTCCA-TCTACA-TACA  136

seq1  TTAAACTCTCCCTGTACTCCTCTCTAATTTACAGTGAGCGCTGACACAGA  185
      |  |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AACTCT-CCTGT-CTCCTCTCT-ATTTACAGTGAGCGCTGACACAGA  181

seq1  TTGGTGTGCCTCTTCTTTGACATCAGTATTTCTCTTGAATTATGTATTTC  235
      |||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TTGGTGTGCCTCT--CTTGACATCAGTA-TTCTCTTGAATTATGTA-TTC  227

seq1  TATCTGGAACAGGGTTTCTGGGCTGAGGCTTGCTTTCATTTAGATGGGTG  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGAACAGGGTTTCTGGGCTGAGGCTTGCTTTCATTTAGATGGGTG  277

seq1  AGAAGGATGAATGGGAGGTCAAGTGTGAAACCAAAGGGAGCTAATGCTCC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATGAATGGGAGGTCAAGTGTGAAACCAAAGGGAGCTAATGCTCC  327

seq1  AGTGTTCTCAGGCCCAAAGAGGCCGAGGTGAGATTAAAGGGGACACTGGT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTCAGGCCCAAAGAGGCCGAGGTGAGATTAAAGGGGACACTGGT  377

seq1  CTCCCTGTTTTCACTACATTGATTATACTTCAACTACTGTGCAGCAAAAA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTTTTCACTACATTGATTATACTTCAACTACTGTGCAGCAAAAA  427

seq1  GCTCTAGATTCTTCGCTTGTTGGTACCCTGCCTTTATTTGTAAGATAACA  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGATTCTTCGCTTGTTGGTACCCTGCCTTTATTTGTAAGATAACA  477

seq1  GGTGATAATAACAACCGTATCACTGGGATTTTATTTAAAATTGAGTCACA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAATAACAACCGTATCACTGGGATTTTATTTAAAATTGAGTCACA  527

seq1  GCCAAGAGAAGCCCCTGCTGGATACAGTACTCTGAGAGCTCTCAGGTTTC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGAAGCCCCTGCTGGATACAGTACTCTGAGAGCTCTCAGGTTTC  577

seq1  CCCGTGTACAGGGCTGTGGTGTTCAGGTTGGCTGCCCTCTGATTGGTGAC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGTACAGGGCTGTGGTGTTCAGGTTGGCTGCCCTCTGATTGGTGAC  627

seq1  ACATGGCTCCTGGATTGACAGAGGTCATTTGCTGGCTCCCCATGGGCCTG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTCCTGGATTGACAGAGGTCATTTGCTGGCTCCCCATGGGCCTG  677

seq1  CCCGTGTATTGGGGTTCTCTTTCAGCCTCACCAGTCAGTGATGGCCTCTT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGTATTGGGGTTCTCTTTCAGCCTCACCAGTCAGTGATGGCCTCTT  727

seq1  TCTGGCCAGTCACACCAATTCTGGAACATCTTGATGGGGTGGTCTGAAGT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGTCACACCAATTCTGGAACATCTTGATGGGGTGGTCTGAAGT  777

seq1  AACACTTGCATCCAAAAGATCTCATATAAAATGCAGACTTATCCAATAAC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTGCATCCAAAAGATCTCATATAAAATGCAGACTTATCCAATAAC  827

seq1  ATACACAGCAGACAACCCTGTACCCCTTCGTGCCCCTCACCCTACTTCCA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGCAGACAACCCTGTACCCCTTCGTGCCCCTCACCCTACTTCCA  877

seq1  GTCCAAGCTGGAGCCCAAAGGGACACCATATATTCAGCAATCTCTGAGAA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGCTGGAGCCCAAAGGGACACCATATATTCAGCAATCTCTGAGAA  927

seq1  CCCTTCTCTAGCTTCACTTTCTACCTGAAACTCACTCTGTGCTGGGGGTA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCTAGCTTCACTTTCTACCTGAAACTCACTCTGTGCTGGGGGTA  977

seq1  GAAATTTGGGGAAAGCTGTTTTGCCTGTTGCCTGCAGTCTAGGAAGCCAA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGGGGAAAGCTGTTTTGCCTGTTGCCTGCAGTCTAGGAAGCCAA  1027

seq1  GGAGAAAAATGGCTTATGGAGACTGAAAATAGGCTAAGACCTCTATTTGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAAATGGCTTATGGAGACTGAAAATAGGCTAAGACCTCTATTTGC  1077

seq1  CCAAAAATGTCTGCGGTAAATGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAATGTCTGCGGTAAATGAATTC  1104