BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021A24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 7,337,124 - 7,443,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC242823
Upstream geneLOC100041208, EG435830, LOC100042651, 4921511H03Rik
Downstream geneLOC667767, EG546855, Steap4, Sri, LOC433840, Adam22, Dbf4, Slc25a40
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021A24.bB6Ng01-021A24.g
ACCDH853675DH853676
length1,114779
definitionDH853675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021A24, 5' end.DH853676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,337,124 - 7,338,250)(7,443,202 - 7,443,978)
sequence
gaattcttaacttacgtattcacctcagccccctatatacatggccgatt
tgtaggcccttgcggccttttgtaagagcagttatgaaatagttccatgg
aactcgaaagcatctacaactaatagggaagcttagttacacctggaaca
actagccaagtaatcttggtgtatactaaagtgaaaagattaccatggaa
aagggagtgtttactccaagagtagaaagctcagtgttacaaaattctaa
caggagaatagttcaggaaatcaattccctcctagagctccaacaggact
aaagggaacattcctgtcagttgaagttagagtagaattgacatctttcc
tgtaacaacatcatttttatgaaagaacattatcctaattaatgttgaat
aaggtttttcaaagattgtccactttgcaacattaagagtgcatacaaat
accaacatgcttgaacggtaataactgctaacatttactggacactcaat
gaatgtcaagtgtttctcttaaagcaccatatttggagcatccatccttg
ctgtaaagaagtagaaactgaagctactataacttttataatgctattta
attgctaactatttaagattagggagtttgaccccaaagccttactttgt
ttagattcacctgtaacacttgtcctatgtgtgataacacaatagctcca
accacgaatgtatctacgaatcaggtaacatacaacagggaaagacaaat
gtgccccctccccccgtgttacagggtgtgttgggaaatgtagttactca
gtgtgagtgcctagaaggaatgtgtgtgcggacagtagaagctgactgcc
tttctgtcaccacagcgatacttagggtgctgtgaagtactcagtaagca
ctgtagggaaagagggcctagagcaatactacaggagttctgcatggaaa
cgagagggaattcttaatcatgattagaatagagttatgtgtgaatggtg
acttaggagcatacgttgatgaagacccaaatagaataggtgtgctacct
ctttcaggaaccaggcccttttattacagaattgtacacccaattgatac
aaaaaaatgaattg

gaattcttccgagctgtggtctccaatggaatcctccctttctgactact
gtagtaactgtatctgaactaaaggaaaatattggcagtattcacattaa
ggtgtgcctgtctaccagaaagggactcagcactgtgtacaattctgtgt
atcagaatgctggtgatttccacaggctcactgagaaaccgcagcaagtt
ttacctccccatgtgttgttctgcctgttgtccagtgttattgctcagat
cacccttccttgtgagtgttgtttgggcagtgggactatcattcctgtcc
tacagacctggtacatagttggaaagttttcacttcagcaacttctctta
caataatccctgcttggctccttgggccccaagcttagcagaaatttcaa
catgaaactaaactacctttctactagtgaagtatgacacttcactactg
aattctttccttctttgaactacaggctcttattctgagtctgtattaga
tatttaattattttctgggattgcatgttatttattaaaaagaaaactaa
gttaatttcaattttatataaatatataaatttatgtacatttatataaa
ttttaattaaaaaatctcttccccatctctttctactctcctctttatac
tctttaactccttttactcctcctccctctctctctttctgcctctcttt
cttatgtgtgtgcatgtgtgtgtgcatgtgtgtgcgcgtgcttgttttgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_7337124_7338250
seq2: B6Ng01-021A24.b_45_1158

seq1  GAATTCTTAACTTACGTATTCACCTCAGCCCCCTATATACATGGCCGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACTTACGTATTCACCTCAGCCCCCTATATACATGGCCGATT  50

seq1  TGTAGGCCCTTGCGGCCTTTTGTAAGAGCAGTTATGAAATAGTTCCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCCCTTGCGGCCTTTTGTAAGAGCAGTTATGAAATAGTTCCATGG  100

seq1  AACTCGAAAGCATCTACAACTAATAGGGAAGCTTAGTTACACCTGGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGAAAGCATCTACAACTAATAGGGAAGCTTAGTTACACCTGGAACA  150

seq1  ACTAGCCAAGTAATCTTGGTGTATACTAAAGTGAAAAGATTACCATGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCCAAGTAATCTTGGTGTATACTAAAGTGAAAAGATTACCATGGAA  200

seq1  AAGGGAGTGTTTACTCCAAGAGTAGAAAGCTCAGTGTTACAAAATTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGTGTTTACTCCAAGAGTAGAAAGCTCAGTGTTACAAAATTCTAA  250

seq1  CAGGAGAATAGTTCAGGAAATCAATTCCCTCCTAGAGCTCCAACAGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAATAGTTCAGGAAATCAATTCCCTCCTAGAGCTCCAACAGGACT  300

seq1  AAAGGGAACATTCCTGTCAGTTGAAGTTAGAGTAGAATTGACATCTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAACATTCCTGTCAGTTGAAGTTAGAGTAGAATTGACATCTTTCC  350

seq1  TGTAACAACATCATTTTTATGAAAGAACATTATCCTAATTAATGTTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAACATCATTTTTATGAAAGAACATTATCCTAATTAATGTTGAAT  400

seq1  AAGGTTTTTCAAAGATTGTCCACTTTGCAACATTAAGAGTGCATACAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTTTCAAAGATTGTCCACTTTGCAACATTAAGAGTGCATACAAAT  450

seq1  ACCAACATGCTTGAACGGTAATAACTGCTAACATTTACTGGACACTCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACATGCTTGAACGGTAATAACTGCTAACATTTACTGGACACTCAAT  500

seq1  GAATGTCAAGTGTTTCTCTTAAAGCACCATATTTGGAGCATCCATCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCAAGTGTTTCTCTTAAAGCACCATATTTGGAGCATCCATCCTTG  550

seq1  CTGTAAAGAAGTAGAAACTGAAGCTACTATAACTTTTATAATGCTATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGAAGTAGAAACTGAAGCTACTATAACTTTTATAATGCTATTTA  600

seq1  ATTGCTAACTATTTAAGATTAGGGAGTTTGACCCCAAAGCCTTACTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAACTATTTAAGATTAGGGAGTTTGACCCCAAAGCCTTACTTTGT  650

seq1  TTAGATTCACCTGTAACACTTGTCCTATGTGTGATAACACAATAGCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTCACCTGTAACACTTGTCCTATGTGTGATAACACAATAGCTCCA  700

seq1  ACCACGAATGTATCTACGAATCAGGTAACATACAACAGGG-AAGACAAAT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACCACGAATGTATCTACGAATCAGGTAACATACAACAGGGAAAGACAAAT  750

seq1  GTGCCCCCTCCCCCCGTGTTACAGGGTGTGTTGGGAAATGTAGTTACTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCCTCCCCCCGTGTTACAGGGTGTGTTGGGAAATGTAGTTACTCA  800

seq1  GTGTGAGTGCCTAGAAGGAATGTGTGTGCGGACAGTAGAAGCTGACTGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTGCCTAGAAGGAATGTGTGTGCGGACAGTAGAAGCTGACTGCC  850

seq1  TTTCTGTCACCACAGCGATACTTAGGGTGCTGTGAAGTACTCAGTAAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCACCACAGCGATACTTAGGGTGCTGTGAAGTACTCAGTAAGCA  900

seq1  CTGTAGGGAAAGAGGGCCTAGAGCAATACTACAGGAGTTCTGCATGGAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGGAAAGAGGGCCTAGAGCAATACTACAGGAGTTCTGCATGGAAA  950

seq1  CGAGAGGGAATTCTAAATCATGATTAGAAATAGAAGTTATGTGTGAATGG  999
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CGAGAGGGAATTCTTAATCATGATTAG-AATAG-AGTTATGTGTGAATGG  998

seq1  TGACTACAGGGAGCATACAGTTGAATGAAGACCCAAATAGAATAGGGTGT  1049
      |||||    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGACT--TAGGAGCATAC-GTTG-ATGAAGACCCAAATAGAATA-GGTGT  1043

seq1  GCTCACTCTTTTCAGGAACTAGTGCCCCTTTAATTACAGACATTGTACCA  1099
      |||  ||| |||||||||| |  | |||||| |||||||| |||||||  
seq2  GCTACCTC-TTTCAGGAACCA--GGCCCTTTTATTACAGA-ATTGTACAC  1089

seq1  CCAATTGTATGACAAAAAAATGATATTG  1127
      ||||||| || |||||||||||| ||||
seq2  CCAATTG-AT-ACAAAAAAATGA-ATTG  1114


seq1: chr5_7443202_7443978
seq2: B6Ng01-021A24.g_67_845 (reverse)

seq1  ACAC-TCACACACACACACACACACACACAC-AAACAAGCACGCGCACAC  48
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCACACACACACACACACACACACACAAAACAAGCACGCGCACAC  50

seq1  ACATGCACACACACATGCACACACATAAGAAAGAGAGGCAGAAAGAGAGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACACATGCACACACATAAGAAAGAGAGGCAGAAAGAGAGA  100

seq1  GAGGGAGGAGGAGTAAAAGGAGTTAAAGAGTATAAAGAGGAGAGTAGAAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGAGGAGTAAAAGGAGTTAAAGAGTATAAAGAGGAGAGTAGAAA  150

seq1  GAGATGGGGAAGAGATTTTTTAATTAAAATTTATATAAATGTACATAAAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGGGAAGAGATTTTTTAATTAAAATTTATATAAATGTACATAAAT  200

seq1  TTATATATTTATATAAAATTGAAATTAACTTAGTTTTCTTTTTAATAAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATTTATATAAAATTGAAATTAACTTAGTTTTCTTTTTAATAAAT  250

seq1  AACATGCAATCCCAGAAAATAATTAAATATCTAATACAGACTCAGAATAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCAATCCCAGAAAATAATTAAATATCTAATACAGACTCAGAATAA  300

seq1  GAGCCTGTAGTTCAAAGAAGGAAAGAATTCAGTAGTGAAGTGTCATACTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGTAGTTCAAAGAAGGAAAGAATTCAGTAGTGAAGTGTCATACTT  350

seq1  CACTAGTAGAAAGGTAGTTTAGTTTCATGTTGAAATTTCTGCTAAGCTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGTAGAAAGGTAGTTTAGTTTCATGTTGAAATTTCTGCTAAGCTTG  400

seq1  GGGCCCAAGGAGCCAAGCAGGGATTATTGTAAGAGAAGTTGCTGAAGTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCAAGGAGCCAAGCAGGGATTATTGTAAGAGAAGTTGCTGAAGTGA  450

seq1  AAACTTTCCAACTATGTACCAGGTCTGTAGGACAGGAATGATAGTCCCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCCAACTATGTACCAGGTCTGTAGGACAGGAATGATAGTCCCAC  500

seq1  TGCCCAAACAACACTCACAAGGAAGGGTGATCTGAGCAATAACACTGGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAACAACACTCACAAGGAAGGGTGATCTGAGCAATAACACTGGAC  550

seq1  AACAGGCAGAACAACACATGGGGAGGTAAAACTTGCTGCGGTTTCTCAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGAACAACACATGGGGAGGTAAAACTTGCTGCGGTTTCTCAGT  600

seq1  GAGCCTGTGGAAATCACCAGCATTCTGATACACAGAATTGTACACAGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGTGGAAATCACCAGCATTCTGATACACAGAATTGTACACAGTGC  650

seq1  TGAGTCCCTTTCTGGTAGACAGGCACACCTTAATGTGAATACTGCCAATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCTTTCTGGTAGACAGGCACACCTTAATGTGAATACTGCCAATA  700

seq1  TTTTCCTTTAGTTCAGATACAGTTACTACAGTAGTCAGAAAGGGAGGATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTTAGTTCAGATACAGTTACTACAGTAGTCAGAAAGGGAGGATT  750

seq1  CCATTGGAGACCACAGCTCGGAAGAATTC  777
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGAGACCACAGCTCGGAAGAATTC  779


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |