BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022C19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 75,842,081 - 75,996,279
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039158, LOC100039169, Kit
Upstream geneScfd2, Fip1l1, Lnx1, EG619945, Chic2, Gsh2, LOC100039083, Olfr1401-ps1, Pdgfra, LOC100039125, LOC100039143
Downstream geneEG664874, Kdr, Gabarapl2-ps5_758.1, Srd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu, LOC665065, EG639545, Exoc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022C19.bB6Ng01-022C19.g
ACCDH854465DH854466
length931970
definitionDH854465|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022C19, 5' end.DH854466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,842,081 - 75,843,010)(75,995,296 - 75,996,279)
sequence
gaattctggggagttctagcacaaacgaattgctcttcaacctcctggaa
gacagcatttaaccaaacaacatggagagttttataggaagaaactttgg
gtgggctctgttctcatcgccctgaggtgggggcagcaccctccacatct
ccaggacaggcgaaggccttgcttctgctccccacctggggctagtcatt
agcacctgctgcaaaggcctgcctggcagtgaccttggaacgacttcaga
ccaccagattaggagctgggatacccaaggtgagtggtatggcaagccct
ccattgggaaagtatggtatctcttggacccatggctcccacgggctcca
aaggcttgctgttcctgttgaacctcaaaggaagaggttatgtcttgaca
aatgtcattctgctgcttctgtttcctgagtgtcaccctctacttcagtc
ctgcctgctgagagtactggggacaaagcaatgggcttatgggattgttc
ttcctgtcagactaagcattgtgaacacaaggtttggcctcccttgtaca
gcagtgtatcctgcatgcctagctgccagccaatcaatacttgtaaagaa
aggaaaaaaaagtgagtaaatattcatggaagtctaagtgaccacagaga
cactgtattagtcagctttgcacttttaacatacaccagcaatgatctgc
ctatgagagaaagggtttgtttttggaggttcacctattgttttataggc
tctattgtgttatggaaagtccaggaaagggctaaatggtatatttatac
catgatatacaatataggcattaaggaaaattgtgtactttgatatttag
atttgctttctaagagcccttgctgctccagcaggggacttgctttcagt
tccagtaccaatgtggcccactatcacctgc
gaattcatcaccaaggtcatagaggtgtagacaataaacaaactctcctg
tctcctaggccacaggccccaggaaacaaccccttgtctaatgcaaattt
ctgtctagcgttcagagacgtgatacgttttgagttggtgcggagtctgt
tggatttatgagccaacttgatgtttcaagcactagcaatgcagccgctt
aagtcagtttcaaaactcccaaaacaaaggacaaggtatctttgcagggt
gtttttaaaagcagctcctgcagagaggtatctgtcaagattggcttaaa
agcgagctagctggcagaagagaggaggagaaagtaaacctaataaagtg
ggcatgcctgcaattgctacaacaggtgtgagctgggtctccgaggacca
gcaggaactcagccccgctatttaacttagggagtgctgagggctaagag
cacacccgcctaccacacacccagctggaggagggacgctcccagccaga
gaccaatgaagccagtgctggcaaaagggctatccatccttggctcttca
ccttaggaacattaagaagccatcctcactggaaactgggcatggagtgt
ttgggtgcctttttttttttttttttttaacaagggctcaacttatttgg
cccaactgtgggctaacagttgtgagtctcaggctcagctaagctaggat
atctgacagattgagtgtattaattaaatacatttataactctaagtttt
ttttttaaatcaacattcctactattgtaacgtaaggaatatctgcatta
agtgaactgattaaagtgaaaagggatggagtgtcagcagagatcaaaag
gggttccgggagttagagttcaagttgaacaagtgtacgccaggctgcgg
gtggaatgagagagagctcagtccaccccccccccccataaaaacaacga
gctgggggtttttgggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_75842081_75843010
seq2: B6Ng01-022C19.b_42_972

seq1  GAATTCTGGGGAGTTCTAGCACAAACGAATTGCTCTTCAACCTCCTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGGAGTTCTAGCACAAACGAATTGCTCTTCAACCTCCTGGAA  50

seq1  GACAGCATTTAACCAAACAACATGGAGAGTTTTATAGGAAGAAACTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCATTTAACCAAACAACATGGAGAGTTTTATAGGAAGAAACTTTGG  100

seq1  GTGGGCTCTGTTCTCATCGCCCTGAGGTGGGGGCAGCACCCTCCACATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCTGTTCTCATCGCCCTGAGGTGGGGGCAGCACCCTCCACATCT  150

seq1  CCAGGACAGGCGAAGGCCTTGCTTCTGCTCCCCACCTGGGGCTAGTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGGCGAAGGCCTTGCTTCTGCTCCCCACCTGGGGCTAGTCATT  200

seq1  AGCACCTGCTGCAAAGGCCTGCCTGGCAGTGACCTTGGAACGACTTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGCTGCAAAGGCCTGCCTGGCAGTGACCTTGGAACGACTTCAGA  250

seq1  CCACCAGATTAGGAGCTGGGATACCCAAGGTGAGTGGTATGGCAAGCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGATTAGGAGCTGGGATACCCAAGGTGAGTGGTATGGCAAGCCCT  300

seq1  CCATTGGGAAAGTATGGTATCTCTTGGACCCATGGCTCCCACGGGCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGGAAAGTATGGTATCTCTTGGACCCATGGCTCCCACGGGCTCCA  350

seq1  AAGGCTTGCTGTTCCTGTTGAACCTCAAAGGAAGAGGTTATGTCTTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTGCTGTTCCTGTTGAACCTCAAAGGAAGAGGTTATGTCTTGACA  400

seq1  AATGTCATTCTGCTGCTTCTGTTTCCTGAGTGTCACCCTCTACTTCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCATTCTGCTGCTTCTGTTTCCTGAGTGTCACCCTCTACTTCAGTC  450

seq1  CTGCCTGCTGAGAGTACTGGGGACAAAGCAATGGGCTTATGGGATTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCTGAGAGTACTGGGGACAAAGCAATGGGCTTATGGGATTGTTC  500

seq1  TTCCTGTCAGACTAAGCATTGTGAACACAAGGTTTGGCCTCCCTTGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCAGACTAAGCATTGTGAACACAAGGTTTGGCCTCCCTTGTACA  550

seq1  GCAGTGTATCCTGCATGCCTAGCTGCCAGCCAATCAATACTTGTAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTATCCTGCATGCCTAGCTGCCAGCCAATCAATACTTGTAAAGAA  600

seq1  AGGAAAAAAAAGTGAGTAAATATTCATGGAAGTCTAAGTGACCACAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAAAAGTGAGTAAATATTCATGGAAGTCTAAGTGACCACAGAGA  650

seq1  CACTGTATTAGTCAGCTTTGCAC-TTTAACATACACCAGCAATGATCTGC  699
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTATTAGTCAGCTTTGCACTTTTAACATACACCAGCAATGATCTGC  700

seq1  CTATGAGAG-AAGGGTTTG-TTTTGGAGGTTCACCTATTGTTTTATAGGC  747
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGAGAAAGGGTTTGTTTTTGGAGGTTCACCTATTGTTTTATAGGC  750

seq1  TCTATTGTGTTAGGGAAAGTCCAGGAAAGGGCTAAATGGTATATTTATAC  797
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGTGTTATGGAAAGTCCAGGAAAGGGCTAAATGGTATATTTATAC  800

seq1  CATGATATACAATATAGGCATTAAGGAAAATTGTGTACTTTGATATTTAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATATACAATATAGGCATTAAGGAAAATTGTGTACTTTGATATTTAG  850

seq1  ATTTGCTTTCTAAAGAGCCCTTGCTGCTCCAGCAGGGGACTTGCTTTCAG  897
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTCT-AAGAGCCCTTGCTGCTCCAGCAGGGGACTTGCTTTCAG  899

seq1  TTTCCAGTACCAATGTGGCCCACAATCACCTGC  930
       |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TTCCAGTACCAATGTGGCCCACTATCACCTGC  931

seq1: chr5_75995296_75996279
seq2: B6Ng01-022C19.g_69_1038 (reverse)

seq1  CCCACCCTAACTAACCCCCAGCTCGCTGCTCTTTTTCTGGGGGGGGGGGG  50
      ||||||| ||  ||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||
seq2  CCCACCCAAA--AACCCCCAGCTCGTTG---TTTTTATGGGGGGGGGGGG  45

seq1  GTTGTACTTGCGCTCTCTCTCATCCCACCCGCAGCCTGGCCGTACACTTT  100
        || || || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  --TGGAC-TGAGCTCTCTCTCATTCCACCCGCAGCCTGG-CGTACAC-TT  90

seq1  GTTCAACTTGAACTCTGAACTCCCGGAACCCCTTTCTGATCTCTGCTGAC  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTCAACTTGAACTCT-AACTCCCGGAACCCCTTT-TGATCTCTGCTGAC  138

seq1  ACTCCATCCCTTTTCACTTTAATCAGTTCACTTTAATGCAGATATTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATCCCTTTTCACTTTAATCAGTTCAC-TTAATGCAGATATTCCTT  187

seq1  ACGTTACAATAGTAGGAATGTTGATTTAAAAAAAAAACTTAGAAGTTATA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACGTTACAATAGTAGGAATGTTGATTTAAAAAAAAAACTTAG-AGTTATA  236

seq1  AATGTATTTAATTAATACACTCAATCTGTCAGATATCCTAGCTTAGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTTAATTAATACACTCAATCTGTCAGATATCCTAGCTTAGCTGA  286

seq1  GCCTGAGACTCACAACTGTTAGCCCACAGTTGGGCCAACTAAGTTGAGCC  350
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCCTGAGACTCACAACTGTTAGCCCACAGTTGGGCCAAATAAGTTGAGCC  336

seq1  CTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCACCCAAACACTCCATGCCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCACCCAAACACTCCATGCCCAGT  386

seq1  TTCCAGTGAGGATGGCTTCTTAATGTTCCTAAGGTGAAGAGCCAAGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGAGGATGGCTTCTTAATGTTCCTAAGGTGAAGAGCCAAGGATG  436

seq1  GATAGCCCTTTTGCCAGCACTGGCTTCATTGGTCTCTGGCTGGGAGCGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCCTTTTGCCAGCACTGGCTTCATTGGTCTCTGGCTGGGAGCGTC  486

seq1  CCTCCTCCAGCTGGGTGTGTGGTAGGCGGGTGTGCTCTTAGCCCTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCAGCTGGGTGTGTGGTAGGCGGGTGTGCTCTTAGCCCTCAGCA  536

seq1  CTCCCTAAGTTAAATAGCGGGGCTGAGTTCCTGCTGGTCCTCGGAGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAAGTTAAATAGCGGGGCTGAGTTCCTGCTGGTCCTCGGAGACCC  586

seq1  AGCTCACACCTGTTGTAGCAATTGCAGGCATGCCCACTTTATTAGGTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACACCTGTTGTAGCAATTGCAGGCATGCCCACTTTATTAGGTTTA  636

seq1  CTTTCTCCTCCTCTCTTCTGCCAGCTAGCTCGCTTTTAAGCCAATCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCTCCTCTCTTCTGCCAGCTAGCTCGCTTTTAAGCCAATCTTGA  686

seq1  CAGATACCTCTCTGCAGGAGCTGCTTTTAAAAACACCCTGCAAAGATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACCTCTCTGCAGGAGCTGCTTTTAAAAACACCCTGCAAAGATACC  736

seq1  TTGTCCTTTGTTTTGGGAGTTTTGAAACTGACTTAAGCGGCTGCATTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTTTGTTTTGGGAGTTTTGAAACTGACTTAAGCGGCTGCATTGCT  786

seq1  AGTGCTTGAAACATCAAGTTGGCTCATAAATCCAACAGACTCCGCACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGAAACATCAAGTTGGCTCATAAATCCAACAGACTCCGCACCAA  836

seq1  CTCAAAACGTATCACGTCTCTGAACGCTAGACAGAAATTTGCATTAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACGTATCACGTCTCTGAACGCTAGACAGAAATTTGCATTAGACA  886

seq1  AGGGGTTGTTTCCTGGGGCCTGTGGCCTAGGAGACAGGAGAGTTTGTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGTTTCCTGGGGCCTGTGGCCTAGGAGACAGGAGAGTTTGTTTA  936

seq1  TTGTCTACACCTCTATGACCTTGGTGATGAATTC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACACCTCTATGACCTTGGTGATGAATTC  970