BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022M17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,828,635 - 118,948,214
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665162
Upstream geneRfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik
Downstream geneThrap2, LOC100039488, EG665194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022M17.bB6Ng01-022M17.g
ACCDH854900DH854901
length1,021907
definitionDH854900|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022M17, 5' end.DH854901|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,947,191 - 118,948,214)(118,828,635 - 118,829,542)
sequence
gaattctggactggtttgtctcacctgggagaccagccagggaccctgtg
gaagaactgccttcattatctgggaacagggaaatccatcactgtaggac
tgtttcattggtttccctgggaccatgacactggggattgtagccaggac
tagaagtggctctgtcaacatggaccccaacttccctttggaaatgtcct
gccaggtctgctgtttgtgaaccaggctgggttccaaccggacaaggcca
atggtctgtaatgccatttgggttccacatgagagaacctgaatagatct
agaagtttgaaacagtgtgaagtaagcagaggacctgagccgagtgctgg
gagacgaagcaccagggaaggaagcccctagaaaggctgtgtcgagcctt
ttgaagttgggacatgacctcgctgtttatagcatctacacaggcaagtt
agcatccaaatgcctccaaatccttataatgttgtatagccatgcatggc
ggcacgcagcactggggatgggcaaccactccccaggacgggttgggcct
cctggtcctctccatcatctgggatggaccgttgatgggcagcaggtacc
cacagatgctgtgtggttatgactgtaacgggcaagtcctgtccagaaga
gagggttccacagcccctggtccccgtccgctggttcttctcttcttttc
tgcgatgttccccaggccttggagtaggtgacctcaatgtcctgctgagg
gctgagtcctcgccagtcatgtagtctcagcactttgacaacgagagcag
ttctaagtgtaactctaaatgcagtcctggcaggaggcaggcaggttctg
agaaatgggtgagttagaccaacaagatagctcatcgccttcctaatgct
agtattcacactcacctggctttgcacaagttgacatctctcaagttcat
caccaacacaccttcttccacacctgtttgttccccccccaacatacaca
acgatgttttgcattggtttt
gaattccatgttgtattcccatacatagtgttcataaaatataattggca
ttggtggtgtctgaatggatgggtagacaaaaaacaaaacaaaacaagaa
cctgttttaaggaaatctgtgctttggggcattttggagatccaggtata
aggatcttgataggccaggcctgtctcaaataagatgtaaaaagagggct
ggtatatgacttgggtaaggtatttatttgctcagtatatgtaaggtcct
gagttcaaatccagtattgagaagaaggcaagacgagggaggtggttact
acagctgggcatactgggacaacttggccccatgatgggacttggcttgg
ctctgtgtcacatacttacaacacaggtggaagttgtggcaggcaggagc
ttggggttatcctgggctaccaacaaacatgagattccaataagacacag
ctacctgtgcacaggaaggtgcccacggcctaggtggggtagggattatg
agcaagaggcattgacagagactgggatttatgcccagggtgctgattgg
aagctaagcaggaattaccagacagacgtatacgttcagcccgttaccgg
tttttatgccctgagcacacagaacatttgtagcaccgggcaagggcggg
tggggggagcaggagctatttctgtgaggatgccgtgggggtgaaatgcc
tgtaaacatcccctctccagggctgcgctctgctcggcagaggttgcccc
ggtaatgagtttaactcttttgctatcattcagccatccgtgaaagccac
aaatatttaccgagcacttatgatatgccaagtggaggttggggacgctg
gggacatagaagtgcctgccatctaacgtgtgcctccctttttggagtct
caaccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118947191_118948214
seq2: B6Ng01-022M17.b_45_1065 (reverse)

seq1  -AAAACAATGCAAAACAACTGTGTGTTGTGTTGGGGGGGGGAACAAACAG  49
       ||| |||||||||||| |  |||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  AAAACCAATGCAAAACATCGTTGTG-TATGTT-GGGGGGGGAACAAACAG  48

seq1  GTGTGGAAGAGGTGGTGTTGGTGATGAACTTGAGAGATGTC-ACTTGTGC  98
      |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTGGAAGAAGGTGTGTTGGTGATGAACTTGAGAGATGTCAACTTGTGC  98

seq1  AAAGGCAGGTGAGTGTGAATACTAGCATTAGGAAGGCGATGAGCTATCTT  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGGTGAGTGTGAATACTAGCATTAGGAAGGCGATGAGCTATCTT  148

seq1  GTTGGTCTAACCTCACCCATTTCTTCAGAACCTGCCTGCCTCCTGCCAGG  198
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTAA-CTCACCCATTTC-TCAGAACCTGCCTGCCTCCTGCCAGG  196

seq1  ACTGCATTTTAGAGTTACACTTAGAACTGCTCTCGTTGTCAAAGTGCTGA  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCA-TTTAGAGTTACACTTAGAACTGCTCTCGTTGTCAAAGTGCTGA  245

seq1  GACTACATGACTGGCGAGGACTCAGCCCTCAGCAGGACATTGAGGTCACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATGACTGGCGAGGACTCAGCCCTCAGCAGGACATTGAGGTCACC  295

seq1  TACTCCAAGGCCTGGGGAACATCGCAGAAAAGAAGAGAAGAACCAGCGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAAGGCCTGGGGAACATCGCAGAAAAGAAGAGAAGAACCAGCGGA  345

seq1  CGGGGACCAGGGGCTGTGGAACCCTCTCTTCTGGACAGGACTTGCCCGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGACCAGGGGCTGTGGAACCCTCTCTTCTGGACAGGACTTGCCCGTT  395

seq1  ACAGTCATAACCACACAGCATCTGTGGGTACCTGCTGCCCATCAACGGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATAACCACACAGCATCTGTGGGTACCTGCTGCCCATCAACGGTC  445

seq1  CATCCCAGATGATGGAGAGGACCAGGAGGCCCAACCCGTCCTGGGGAGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGATGATGGAGAGGACCAGGAGGCCCAACCCGTCCTGGGGAGTG  495

seq1  GTTGCCCATCCCCAGTGCTGCGTGCCGCCATGCATGGCTATACAACATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCCATCCCCAGTGCTGCGTGCCGCCATGCATGGCTATACAACATTA  545

seq1  TAAGGATTTGGAGGCATTTGGATGCTAACTTGCCTGTGTAGATGCTATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATTTGGAGGCATTTGGATGCTAACTTGCCTGTGTAGATGCTATAA  595

seq1  ACAGCGAGGTCATGTCCCAACTTCAAAAGGCTCGACACAGCCTTTCTAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGAGGTCATGTCCCAACTTCAAAAGGCTCGACACAGCCTTTCTAGG  645

seq1  GGCTTCCTTCCCTGGTGCTTCGTCTCCCAGCACTCGGCTCAGGTCCTCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCTTCCCTGGTGCTTCGTCTCCCAGCACTCGGCTCAGGTCCTCTG  695

seq1  CTTACTTCACACTGTTTCAAACTTCTAGATCTATTCAGGTTCTCTCATGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCACACTGTTTCAAACTTCTAGATCTATTCAGGTTCTCTCATGT  745

seq1  GGAACCCAAATGGCATTACAGACCATTGGCCTTGTCCGGTTGGAACCCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCAAATGGCATTACAGACCATTGGCCTTGTCCGGTTGGAACCCAG  795

seq1  CCTGGTTCACAAACAGCAGACCTGGCAGGACATTTCCAAAGGGAAGTTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTCACAAACAGCAGACCTGGCAGGACATTTCCAAAGGGAAGTTGG  845

seq1  GGTCCATGTTGACAGAGCCACTTCTAGTCCTGGCTACAATCCCCAGTGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATGTTGACAGAGCCACTTCTAGTCCTGGCTACAATCCCCAGTGTC  895

seq1  ATGGTCCCAGGGAAACCAATGAAACAGTCCTACAGTGATGGATTTCCCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCCAGGGAAACCAATGAAACAGTCCTACAGTGATGGATTTCCCTG  945

seq1  TTCCCAGATAATGAAGGCAGTTCTTCCACAGGGTCCCTGGCTGGTCTCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGATAATGAAGGCAGTTCTTCCACAGGGTCCCTGGCTGGTCTCCC  995

seq1  AGGTGAGACAAACCAGTCCAGAATTC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGACAAACCAGTCCAGAATTC  1021

seq1: chr5_118828635_118829542
seq2: B6Ng01-022M17.g_67_972

seq1  GAATTCCATGTTGTATTCCCATACATAGTGTTCATAAAATATAATTGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTTGTATTCCCATACATAGTGTTCATAAAATATAATTGGCA  50

seq1  TTGGTGGTGTCTGAATGGATGGGTAGACAAAAAACAAAACAAAACAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTGTCTGAATGGATGGGTAGACAAAAAACAAAACAAAACAAGAA  100

seq1  CCTGTTTTAAGGAAATCTGTGCTTTGGGGCATTTTGGAGATCCAGGTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTAAGGAAATCTGTGCTTTGGGGCATTTTGGAGATCCAGGTATA  150

seq1  AGGATCTTGATAGGCCAGGCCTGTCTCAAATAAGATGTAAAAAGAGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTTGATAGGCCAGGCCTGTCTCAAATAAGATGTAAAAAGAGGGCT  200

seq1  GGTATATGACTTGGGTAAGGTATTTATTTGCTCAGTATATGTAAGGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATGACTTGGGTAAGGTATTTATTTGCTCAGTATATGTAAGGTCCT  250

seq1  GAGTTCAAATCCAGTATTGAGAAGAAGGCAAGACGAGGGAGGTGGTTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAAATCCAGTATTGAGAAGAAGGCAAGACGAGGGAGGTGGTTACT  300

seq1  ACAGCTGGGCATACTGGGACAACTTGGCCCCATGATGGGACTTGGCTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGGCATACTGGGACAACTTGGCCCCATGATGGGACTTGGCTTGG  350

seq1  CTCTGTGTCACATACTTACAACACAGGTGGAAGTTGTGGCAGGCAGGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTCACATACTTACAACACAGGTGGAAGTTGTGGCAGGCAGGAGC  400

seq1  TTGGGGTTATCCTGGGCTACCAACAAACATGAGATTCCAATAAGACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTATCCTGGGCTACCAACAAACATGAGATTCCAATAAGACACAG  450

seq1  CTACCTGTGCACAGGAAGGTGCCCACGGCCTAGGTGGGGTAGGGATTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGTGCACAGGAAGGTGCCCACGGCCTAGGTGGGGTAGGGATTATG  500

seq1  AGCAAGAGGCATTGACAGAGACTGGGATTTATGCCCAGGGTGCTGATTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGGCATTGACAGAGACTGGGATTTATGCCCAGGGTGCTGATTGG  550

seq1  AAGCTAAGCAGGAATTACCAGACAGACGTATACGTTCAGCCCGTTACCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAGCAGGAATTACCAGACAGACGTATACGTTCAGCCCGTTACCGG  600

seq1  TTTTTATGCCCTGAGCACACAGAACATTTGTAGCACCGGGCAAGGGCGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGCCCTGAGCACACAGAACATTTGTAGCACCGGGCAAGGGCGGG  650

seq1  TGGGGGGAGCAGGAGCTATTTCTGTGAGGATGCCGT-GGGGTGAAATGCC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGGGGGAGCAGGAGCTATTTCTGTGAGGATGCCGTGGGGGTGAAATGCC  700

seq1  TGTAAACATCCCCTCTCCAGGGCTGCGCTCTGCTCGGCAGAGGTTGCCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACATCCCCTCTCCAGGGCTGCGCTCTGCTCGGCAGAGGTTGCCCC  750

seq1  GGTAATGAGTTTAACTCTTATGCTATTCATTCAGCCATCCGTGAAAGCCA  799
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGAGTTTAACTCTTTTGCTA-TCATTCAGCCATCCGTGAAAGCCA  799

seq1  CAAATATTTACCGAGCACTTAGGATATGCCAAGTGGAGGCTGGGGACGCT  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAAATATTTACCGAGCACTTATGATATGCCAAGTGGAGGTTGGGGACGCT  849

seq1  GGGGACACAGAAGTGCCTGCCATCAAACGTGTGCCTCCCTTTTTGGAGTT  899
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGGGACATAGAAGTGCCTGCCATCTAACGTGTGCCTCCCTTTTTGGAG-T  898

seq1  CTCATACCA  908
      |||| ||||
seq2  CTCA-ACCA  906