BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027E04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 87,319,056 - 87,424,075
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUgt2b34, Ugt2b1, LOC665424
Upstream geneCenpc1, LOC100039521, AI586015, Ube1l2, Gnrhr, Tmprss11c, Tmprss11d, Tmprss11a, 9930032O22Rik, Tmprss11f, Tmprss11b, Tmprss11e, A730098D12Rik, LOC622056
Downstream geneLOC545767, Ugt2b35, Ugt2b36, LOC665440, Ugt2b5, LOC435848, Ugt2b37, LOC665468, Ugt2a3, LOC665476, LOC665483, LOC665494, LOC100039818, Ugt2b38, Ugt2a2, Ugt2a1, Sult1b1, Sult1d1, Sult1e1, Csn1s1, Csn2, Csn1s2a, Csn1s2b, 4930432K09Rik, EG654494, Odam, BC037156, Csn3, BC051076, 2310003L06Rik, 4931407G18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027E04.bB6Ng01-027E04.g
ACCDH858054DH858055
length1,033981
definitionDH858054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027E04, 5' end.DH858055|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,423,038 - 87,424,075)(87,319,056 - 87,320,048)
sequence
gaattcctgaatttcctactttccttagtgaaacttgcctgacagattga
gaatagccatttgttaaatatccaagaaagagcccacaaattgtctaatg
gtaatgagaatgagttttcttaatgccctccatgaggatcctcttcactt
ctaaactgatctcaattgctctttctttcctaatttacttcatacctcta
cttattgagatgtgttttcaaatgtcatcttcttaggcaaataattattg
gttaattattaacaattcatctcacagttgttgaccttatttcttttcca
gtcattctgattcacagtcatcatgactcagtattttagcttaaatattt
gagtaatataaacttaccctctttgaactttcaaggaaagcatgggaata
taaagctctgaaagaagacatgtaaatttggtcaattttatcttttatat
tatctaattggtgagcaattaatgataagtgtttgaggctgtacataact
tctttttctagttcctatttgacagagcattaagacttgattgaaatcaa
ttgactctatcccatattgaaataattatcacagaaattaaaagatatct
atgtgaatgtatcaactgctagtgtatttctggaaaacacatgagtaact
atcagtattgcttaagagagatttccaagtctatgttcaactttctcaga
atttccatgtaccatattcctttcttccagagctgcacttccaaaagcac
tgcatgactcttgcttatactatattagtataaaccattactgaagtagt
aattgtatggagagttgctaggaaaactgttctataatatctttttctga
aaatatctcttaacttcaaatagattaaacttttgccatacccttcaatc
aagttaataatatgggctacatctaattgagttgttggccaaagtggtac
catgacaagtagcactctggctacttccacgtctttgctccctgtccaca
aatttatgtaatgcattgtgatgaaaacagtgc
gaattcatttcatgaaatgaaaaattgtctttaatcctaaattgtatttt
atgtgcatgcaggcttcctttgcatgtgtctctgcagtaccaagagaggc
cagaagaaggtgtaagatcccatagtgacacttgagttactgctggtcct
gaatcatcaccatatgggtgataggaatggaatatgggttctctagaaga
agagttagttagtaactgctgagccatctccccagccccaagtccaatat
tcgtagttcctttaaggaagaggtcattgcttattgcttattgcaccaca
tgagagtctgcaaaagtacaagtgttctaaagacaaatgtagggttacag
gtttcacactgctccaatcctgaacatgttacctagatattcatcctgta
aagtctgcaataaataaagttaaagcttgttcaatacttgcaaaaccatg
tagaaattgtgggcttcttactcatggtatatccgcaaacaaactatgag
ttataagtggtgtgttgtctatatgtgtgtgtgtgtttatataaagcctg
aacacatatgtataattatatccttatgcttatgaatttgtgagtgggtc
ttacctatgccatggcacaaatgttcagatgtcaaagcacagctttcagt
gttagtttcccttccacattctatgaggcaggctatttcttgctgaagac
caggctagttggcctgagagcttcaggtaattctcatgtgtctgtttcac
atctcttggttttctcatactagagttatagacactacttgatatggatt
ttttatgagttcctcaaaaatcaggaggaagtcttgcctgacaaatagtt
gcaccatggagccagctcttcagatgtacattcttggtttaactttgatg
ttgcagaaatgattgaaaatgtctgttgtttccgtttcatgttgatggtg
tatttactggttgtccttcaatttttattcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_87423038_87424075
seq2: B6Ng01-027E04.b_46_1078 (reverse)

seq1  GCACTGTCTTCATCAACAATGCATTACCATCAATTTGTGGACAGGGAGCA  50
      ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTTTTCATC-ACAATGCATTA-CATAAATTTGTGGACAGGGAGCA  48

seq1  ATAGACGTGGAAGTAGCCAGAGTGCTACTTGTCATGGTACCACTTTTGGC  100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-AGACGTGGAAGTAGCCAGAGTGCTACTTGTCATGGTACCAC-TTTGGC  96

seq1  CAACAACTCAATTAGATGTAGCCCATATTATTAACTTGATTGAAGGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACTCAATTAGATGTAGCCCATATTATTAACTTGATTGAAGGGTAT  146

seq1  GGCAAAAGTTTAATCTATTTGAAGTTAAGAGATATTTTCAGAAAAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGTTTAATCTATTTGAAGTTAAGAGATATTTTCAGAAAAAGATA  196

seq1  TTATAGAACAGTTTTCCTAGCAACTCTCCATACAATTACTACTTCAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAACAGTTTTCCTAGCAACTCTCCATACAATTACTACTTCAGTAA  246

seq1  TGGTTTATACTAATATAGTATAAGCAAGAGTCATGCAGTGCTTTTGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATACTAATATAGTATAAGCAAGAGTCATGCAGTGCTTTTGGAAG  296

seq1  TGCAGCTCTGGAAGAAAGGAATATGGTACATGGAAATTCTGAGAAAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCTGGAAGAAAGGAATATGGTACATGGAAATTCTGAGAAAGTTG  346

seq1  AACATAGACTTGGAAATCTCTCTTAAGCAATACTGATAGTTACTCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGACTTGGAAATCTCTCTTAAGCAATACTGATAGTTACTCATGTG  396

seq1  TTTTCCAGAAATACACTAGCAGTTGATACATTCACATAGATATCTTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGAAATACACTAGCAGTTGATACATTCACATAGATATCTTTTAA  446

seq1  TTTCTGTGATAATTATTTCAATATGGGATAGAGTCAATTGATTTCAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGATAATTATTTCAATATGGGATAGAGTCAATTGATTTCAATCA  496

seq1  AGTCTTAATGCTCTGTCAAATAGGAACTAGAAAAAGAAGTTATGTACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAATGCTCTGTCAAATAGGAACTAGAAAAAGAAGTTATGTACAGC  546

seq1  CTCAAACACTTATCATTAATTGCTCACCAATTAGATAATATAAAAGATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACACTTATCATTAATTGCTCACCAATTAGATAATATAAAAGATAA  596

seq1  AATTGACCAAATTTACATGTCTTCTTTCAGAGCTTTATATTCCCATGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACCAAATTTACATGTCTTCTTTCAGAGCTTTATATTCCCATGCTT  646

seq1  TCCTTGAAAGTTCAAAGAGGGTAAGTTTTATATTACTCAAATATTTAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAAAGTTCAAAGAGGGTAAG-TTTATATTACTCAAATATTTAAGC  695

seq1  TAAAATACTGAGTCATGATGACTGTGAATCAGAATGACTGGAAAAGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATACTGAGTCATGATGACTGTGAATCAGAATGACTGGAAAAGAAAT  745

seq1  AAGGTCAACAACTGTGAGATGAATTGTTAATAATTAACCAATAATTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAACAACTGTGAGATGAATTGTTAATAATTAACCAATAATTATTT  795

seq1  GCCTAAGAAGATGACATTTGAAAACACATCTCAATAAGTAGAGGTATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGAAGATGACATTTGAAAACACATCTCAATAAGTAGAGGTATGAA  845

seq1  GTAAATTAGGAAAGAAAGAGCAATTGAGATCAGTTTAGAAGTGAAGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTAGGAAAGAAAGAGCAATTGAGATCAGTTTAGAAGTGAAGAGGA  895

seq1  TCCTCATGGAGGGCATTAAGAAAACTCATTCTCATTACCATTAGACAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATGGAGGGCATTAAGAAAACTCATTCTCATTACCATTAGACAATT  945

seq1  TGTGGGCTCTTTCTTGGATATTTAACAAATGGCTATTCTCAATCTGTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCTCTTTCTTGGATATTTAACAAATGGCTATTCTCAATCTGTCAG  995

seq1  GCAAGTTTCACTAAGGAAAGTAGGAAATTCAGGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTTCACTAAGGAAAGTAGGAAATTCAGGAATTC  1033

seq1: chr5_87319056_87320048
seq2: B6Ng01-027E04.g_67_1047

seq1  GAATTCATTTCATGAAATGAAAAATTGTCTTTAATCCTAAATTGTATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCATGAAATGAAAAATTGTCTTTAATCCTAAATTGTATTTT  50

seq1  ATGTGCATGCAGGCTTCCTTTGCATGTGTCTCTGCAGTACCAAGAGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGCAGGCTTCCTTTGCATGTGTCTCTGCAGTACCAAGAGAGGC  100

seq1  CAGAAGAAGGTGTAAGATCCCATAGTGACACTTGAGTTACTGCTGGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAGGTGTAAGATCCCATAGTGACACTTGAGTTACTGCTGGTCCT  150

seq1  GAATCATCACCATATGGGTGATAGGAATGGAATATGGGTTCTCTAGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATCACCATATGGGTGATAGGAATGGAATATGGGTTCTCTAGAAGA  200

seq1  AGAGTTAGTTAGTAACTGCTGAGCCATCTCCCCAGCCCCAAGTCCAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAGTTAGTAACTGCTGAGCCATCTCCCCAGCCCCAAGTCCAATAT  250

seq1  TCGTAGTTCCTTTAAGGAAGAGGTCATTGCTTATTGCTTATTGCACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGTTCCTTTAAGGAAGAGGTCATTGCTTATTGCTTATTGCACCACA  300

seq1  TGAGAGTCTGCAAAAGTACAAGTGTTCTAAAGACAAATGTAGGGTTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCTGCAAAAGTACAAGTGTTCTAAAGACAAATGTAGGGTTACAG  350

seq1  GTTTCACACTGCTCCAATCCTGAACATGTTACCTAGATATTCATCCTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACACTGCTCCAATCCTGAACATGTTACCTAGATATTCATCCTGTA  400

seq1  AAGTCTGCAATAAATAAAGTTAAAGCTTGTTCAATACTTGCAAAACCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGCAATAAATAAAGTTAAAGCTTGTTCAATACTTGCAAAACCATG  450

seq1  TAGAAATTGTGGGCTTCTTACTCATGGTATATCCGCAAACAAACTATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATTGTGGGCTTCTTACTCATGGTATATCCGCAAACAAACTATGAG  500

seq1  TTATAAGTGGTGTGTTGTCTATATGTGTGTGTGTGTTTATATAAAGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTGGTGTGTTGTCTATATGTGTGTGTGTGTTTATATAAAGCCTG  550

seq1  AACACATATGTATAATTATATCCTTATGCTTATGAATTTGTGAGTGGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATATGTATAATTATATCCTTATGCTTATGAATTTGTGAGTGGGTC  600

seq1  TTACCTATGCCATGGCACAAATGTTCAGATGTCAAAGCACAGCTTTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTATGCCATGGCACAAATGTTCAGATGTCAAAGCACAGCTTTCAGT  650

seq1  GTTAGTTTCCCTTCCACATTCTATGAGGCAGGCTATTTCTTGCTGAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTTCCCTTCCACATTCTATGAGGCAGGCTATTTCTTGCTGAAGAC  700

seq1  CAGGCTAGTTGGCCTGAGAGCTTCAGGTAATTCTCATGTGTCTGTTTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGTTGGCCTGAGAGCTTCAGGTAATTCTCATGTGTCTGTTTCAC  750

seq1  ATCTCTTGGTTTTCTCATACTAGAGTTATAGACACTACTTGATATGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGGTTTTCTCATACTAGAGTTATAGACACTACTTGATATGGATT  800

seq1  TTTTATGAGTTCCTCAAAAATCAAGGAGGAAGTCTTGCCTGACAAATAGT  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGAGTTCCTCAAAAATC-AGGAGGAAGTCTTGCCTGACAAATAGT  849

seq1  TGCACCATGGAGCCAGCTCTTCAGATGTAACATTCTTTGGTTTAACTTTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TGCACCATGGAGCCAGCTCTTCAGATGT-ACATTC-TTGGTTTAACTTTG  897

seq1  ATGTTGCAGAAATGAATTTGTAAAATGTCTGTTGTTTCCGTTTCATGTTG  950
      |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCAGAAATGA--TTG-AAAATGTCTGTTGTTTCCGTTTCATGTTG  944

seq1  ATGGTGTTAATTTTACTGTGTTTCCCTTTCAATTTTATATTTG  993
      |||||||    |||||||  | |||  ||||||||| |||| |
seq2  ATGGTGT---ATTTACTGGTTGTCC--TTCAATTTT-TATTCG  981