BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027M22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 25,215,831 - 25,398,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435835, Actr3b
Upstream geneNub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2, Galntl5, E130116L18Rik, Galnt11, Mll3, Gm443, Xrcc2
Downstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027M22.bB6Ng01-027M22.g
ACCDH858453DH858454
length8921,023
definitionDH858453|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027M22, 5' end.DH858454|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,397,950 - 25,398,845)(25,215,831 - 25,216,860)
sequence
gaattcaacttcaagaaataacaggcaagaaaattccctttaccatcagg
catggtatgcagtctttggggactcgaagtagcaatacaggcagtagcaa
tgctgctaaaggctgggatgtgcgaggccacgggtttctcttacaagcca
tctccactcccctctgtgagcaactgcctctgaaatccaccagagttctc
tatattatagggaacactccctgggtgaactttaattagtggtaaaatgt
aagcccagataagcctaaaaggatgacaatttattcttgtaggcctttag
tcaatactctaggagcccccctcccacccacccccaagccaataacgcat
tatttactgtttaattgcttctattttattttagccacaaagaacctttg
ggaggtgaggaggtggctgcagcccctgctatgctaccaagatcaaatgc
agaccattgtccctggtccatcatgcattaaaggggacccgcccttggta
ggctccgaggcctgacactattactgatgctatggtatgcttacagccta
gcatggctgccctctgagaggcccaacaagcagctgactgagacagacgc
agatacttacacccaaccaatggactgaagttggggaccccatggctgaa
ttaagggaaggattgaagaagctgaaagggagggtgaccccataggaaga
ccagcagtctttaataacctggacccaaatatttctcagacactgagcca
tcaaccaggcagcatacaccagctggtctaacgctcccaacacacataca
gcagaggactgcctggcctggcctcagtgagagaagatgcacctaccctc
gagagacttgaggcccaggaagtgtgaggtgggggtaggcag
gaattctcaggtcctcttgcaccatgccttcctggaagttgccatgatcc
tgttttgatgataatggatgatacaggacctctgaacctgtaagccagct
ccagttaaatgttgtcttttataagacttgcattggtcatggtgtttctt
cacaggaatagaaaccctagttaagatatatctatctggcctttccaaat
tgggccctgcagaatggctcccacaaagaagggttatgttaagaagaagg
gccatcaacgaggtggtgacccaagaatacaccatcaacattcacaagcg
catccatggagtgggcttcaagaagcatgctccttggacaatcaaagaaa
tccagaagtttgctatgaaggaaatggtgacaccaggtgtgcatattgac
accaggctcaataaagccatctgggtcaagggaataaggaatgctccatc
gcatctgagtatgttcgtccagaacacataataaggaggaggagtcacca
aacaagctctacacattgataacttactgcctgttaccacattcaaactc
tacagacggtcaatgtggatgagaactaacctgctgaatgtcaaataaag
ttgcagaactgccaaaaaagggtatatctaatatgaaaatgagtttgatt
gtctaattagtaatttgtgttccttaaatattcccaataatttataataa
cagatgtcaaaagaactagaactttatatttcatctttaagaattatata
agtaaaatactttacatacacattatgtgcatgaaaaataatcttaaatt
tgtatcaatatacaaaaatctctaccatgtaagcttatggctataaaatg
ttttcttatttaagagtagattcaataatctacccctattgtccaatttc
tatatatttgcatatccccccttttcttttcaactttctttcctttacct
agaaaagaagaagttagagagaaggaaaggaaagagagaaatctctgagt
tatctccctcatttaggtttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_25397950_25398845
seq2: B6Ng01-027M22.b_44_935 (reverse)

seq1  CTGCCTAACCCCCACCCTCACACTTCCTGGGGCCTCAAGTCTCTCGAGGG  50
      |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCT-ACCCCCA-CCTCACACTTCCT-GGGCCTCAAGTCTCTCGAGGG  47

seq1  TTAGGTGCATCTTCTCTCACTGAGGCCAGGCCAGGCAGTCCTCTGCTGTA  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGGTGCATCTTCTCTCACTGAGGCCAGGCCAGGCAGTCCTCTGCTGTA  96

seq1  TGTGTGTTGGGAGCGTTAGACCAGCTGGTGTATGCTGCCTGGTTGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTGGGAGCGTTAGACCAGCTGGTGTATGCTGCCTGGTTGATGGC  146

seq1  TCAGTGTCTGAGAAATATTTGGGTCCAGGTTATTAAAGACTGCTGGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCTGAGAAATATTTGGGTCCAGGTTATTAAAGACTGCTGGTCTT  196

seq1  CCTATGGGGTCACCCTCCCTTTCAGCTTCTTCAATCCTTCCCTTAATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGGGTCACCCTCCCTTTCAGCTTCTTCAATCCTTCCCTTAATTCA  246

seq1  GCCATGGGGTCCCCAACTTCAGTCCATTGGTTGGGTGTAAGTATCTGCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGGGTCCCCAACTTCAGTCCATTGGTTGGGTGTAAGTATCTGCGT  296

seq1  CTGTCTCAGTCAGCTGCTTGTTGGGCCTCTCAGAGGGCAGCCATGCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAGTCAGCTGCTTGTTGGGCCTCTCAGAGGGCAGCCATGCTAGG  346

seq1  CTGTAAGCATACCATAGCATCAGTAATAGTGTCAGGCCTCGGAGCCTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGCATACCATAGCATCAGTAATAGTGTCAGGCCTCGGAGCCTACC  396

seq1  AAGGGCGGGTCCCCTTTAATGCATGATGGACCAGGGACAATGGTCTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCGGGTCCCCTTTAATGCATGATGGACCAGGGACAATGGTCTGCAT  446

seq1  TTGATCTTGGTAGCATAGCAGGGGCTGCAGCCACCTCCTCACCTCCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTGGTAGCATAGCAGGGGCTGCAGCCACCTCCTCACCTCCCAAA  496

seq1  GGTTCTTTGTGGCTAAAATAAAATAGAAGCAATTAAACAGTAAATAATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTGTGGCTAAAATAAAATAGAAGCAATTAAACAGTAAATAATGC  546

seq1  GTTATTGGCTTGGGGGTGGGTGGGAGGGGGGCTCCTAGAGTATTGACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGCTTGGGGGTGGGTGGGAGGGGGGCTCCTAGAGTATTGACTAA  596

seq1  AGGCCTACAAGAATAAATTGTCATCCTTTTAGGCTTATCTGGGCTTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTACAAGAATAAATTGTCATCCTTTTAGGCTTATCTGGGCTTACAT  646

seq1  TTTACCACTAATTAAAGTTCACCCAGGGAGTGTTCCCTATAATATAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCACTAATTAAAGTTCACCCAGGGAGTGTTCCCTATAATATAGAGA  696

seq1  ACTCTGGTGGATTTCAGAGGCAGTTGCTCACAGAGGGGAGTGGAGATGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGTGGATTTCAGAGGCAGTTGCTCACAGAGGGGAGTGGAGATGGC  746

seq1  TTGTAAGAGAAACCCGTGGCCTCGCACATCCCAGCCTTTAGCAGCATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGAGAAACCCGTGGCCTCGCACATCCCAGCCTTTAGCAGCATTGC  796

seq1  TACTGCCTGTATTGCTACTTCGAGTCCCCAAAGACTGCATACCATGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCTGTATTGCTACTTCGAGTCCCCAAAGACTGCATACCATGCCTG  846

seq1  ATGGTAAAGGGAATTTTCTTGCCTGTTATTTCTTGAAGTTGAATTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAAGGGAATTTTCTTGCCTGTTATTTCTTGAAGTTGAATTC  892

seq1: chr5_25215831_25216860
seq2: B6Ng01-027M22.g_69_1091

seq1  GAATTCTCAGGTCCTCTTGCACCATGCCTTCCTGGAAGTTGCCATGATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGTCCTCTTGCACCATGCCTTCCTGGAAGTTGCCATGATCC  50

seq1  TGTTTTGATGATAATGGATGATACAGGACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGATGATAATGGATGATACAGGACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCT  100

seq1  CCAGTTAAATGTTGTCTTTTATAAGACTTGCATTGGTCATGGTGTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAAATGTTGTCTTTTATAAGACTTGCATTGGTCATGGTGTTTCTT  150

seq1  CACAGGAATAGAAACCCTAGTTAAGATATATCTATCTGGCCTTTCCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAATAGAAACCCTAGTTAAGATATATCTATCTGGCCTTTCCAAAT  200

seq1  TGGGCCCTGCAGAATGGCTCCCACAAAGAAGGGTTATGTTAAGAAGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCTGCAGAATGGCTCCCACAAAGAAGGGTTATGTTAAGAAGAAGG  250

seq1  GCCATCAACGAGGTGGTGACCCAAGAATACACCATCAACATTCACAAGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAACGAGGTGGTGACCCAAGAATACACCATCAACATTCACAAGCG  300

seq1  CATCCATGGAGTGGGCTTCAAGAAGCATGCTCCTTGGACAATCAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGGAGTGGGCTTCAAGAAGCATGCTCCTTGGACAATCAAAGAAA  350

seq1  TCCAGAAGTTTGCTATGAAGGAAATGGTGACACCAGGTGTGCATATTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGTTTGCTATGAAGGAAATGGTGACACCAGGTGTGCATATTGAC  400

seq1  ACCAGGCTCAATAAAGCCATCTGGGTCAAGGGAATAAGGAATGCTCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTCAATAAAGCCATCTGGGTCAAGGGAATAAGGAATGCTCCATC  450

seq1  GCATCTGAGTATGTTCGTCCAGAACACATAATAAGGAGGAGGAGTCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGAGTATGTTCGTCCAGAACACATAATAAGGAGGAGGAGTCACCA  500

seq1  AACAAGCTCTACACATTGATAACTTACTGCCTGTTACCACATTCAAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTCTACACATTGATAACTTACTGCCTGTTACCACATTCAAACTC  550

seq1  TACAGACGGTCAATGTGGATGAGAACTAACCTGCTGAATGTCAAATAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACGGTCAATGTGGATGAGAACTAACCTGCTGAATGTCAAATAAAG  600

seq1  TTGCAGAACTGCCAAAAAAGGGTATATCTAATATGAAAATGAGTTTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAACTGCCAAAAAAGGGTATATCTAATATGAAAATGAGTTTGATT  650

seq1  GTCTAATTAGTAATTTGTGTTCCTTAAATATTCCCAATAATTTATAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATTAGTAATTTGTGTTCCTTAAATATTCCCAATAATTTATAATAA  700

seq1  CAGATGTCAAAAGAACTAGAACTTTATATTTCATCTTTAAGAATTATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTCAAAAGAACTAGAACTTTATATTTCATCTTTAAGAATTATATA  750

seq1  AGTAAAATACTTTACATACACATTATGTGCATGAAAAATAATCTTAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATACTTTACATACACATTATGTGCATGAAAAATAATCTTAAATT  800

seq1  TGTATCAATATACAAAAATCTCTACCAATGTAAGCTTATGGCTATAAAAT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAATATACAAAAATCTCTACC-ATGTAAGCTTATGGCTATAAAAT  849

seq1  GTTTTCTTATTTAAGAGTAGATTCAATAATCTACCCCTATTTGTCCAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTTTCTTATTTAAGAGTAGATTCAATAATCTACCCCTA-TTGTCCAATT  898

seq1  TCTTATTATATTTGCATATCCCCCCTTTTTCTTTTCAACTTTCTTTCCCT  950
      |||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  TCT--ATATATTTGCATATCCCCCC-TTTTCTTTTCAACTTTCTTTCCTT  945

seq1  TACCTAAGAAAAGAAGAAGGGTAGAGAAGAGGAAAGGAAAGAGAGAAATC  1000
      ||||| |||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  TACCT-AGAAAAGAAGAA-GTTAGAGAGAAGGAAAGGAAAGAGAGAAATC  993

seq1  TCTGAGTCTAATCTCCCT-ATTTA-GTTTCCT  1030
      ||||||  | |||||||| ||||| |||||||
seq2  TCTGAG--TTATCTCCCTCATTTAGGTTTCCT  1023