BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029J09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 76,026,646 - 76,066,222
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKit
Upstream geneLnx1, EG619945, Chic2, Gsh2, LOC100039083, Olfr1401-ps1, Pdgfra, LOC100039125, LOC100039143, LOC100039158, LOC100039169
Downstream geneEG664874, Kdr, Gabarapl2-ps5_758.1, Srd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu, LOC665065, EG639545, Exoc1, Cep135
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029J09.bB6Ng01-029J09.g
ACCDH859748DH859749
length1,217666
definitionDH859748|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029J09, 5' end.DH859749|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029J09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,064,986 - 76,066,222)(76,026,646 - 76,027,311)
sequence
gaattctgagcacatttttcccccctaggattttaaaaagatggtccttt
tccagttatagttgttatggctacatctatacaacacatctacacctgtt
ctagttacatctatacctatggtccctcatgttcacctttgtcttagggt
tgctttgctatgaagagacaccatgaccaaagcaactctctcataaagga
aaacctttcattggagttggcttatagtttcagaggttcagtccattatc
atcatggcgggaagcatggtggcatcacagatgcagacttggtgctggag
gaacaagagcactacaacttgatctgcaggcaacagaaaaggactgtctt
tccccaggcagccaggaagaggtgctcttccacactgagcagagcttgag
cactaggcatcctcaaagcccacccacacagtgacagatttcctccaatg
agaccacacctaccctgacaaggccacccctgctcatagtgccacttcct
gtgggccaaagatagtcaaactactacaaccttcatgaagtctttccaaa
cattccctttgaatttattgaaagaagaaagtcagtggtattttaaaaac
attttaatgtaaatatagcacattgtgccaatagcaacttcaactggcat
aaatatgttgagaacacaatgacttcgataagcatacagctttgctggta
tgatcaagtgggcatgcaaactagagaataagtggacccagaacatacca
tgagtttaaacagaagtctttaggatgggcaggagaactagaagacaatg
atgaaatcaacagcagctccggaaaggtgatgtgtactaaggactacact
agccatacttacttaacatagtatcccagtaaactctacggccagcctct
gaacaggaaaataatctgggctcaaagactgcttaagactgctctcaaat
catattggttatacacagcatggcagaatgaaaactcaagtcttcttgtc
tccgtgtactaaacagtgatcacatattcctttcttatgttttccttatc
taggttgaagcttacaggttacccgagtacaattccgtgaagcactctgc
gtgatagcatccaagcctaatccaccatacagcttattatgttcatgaca
gactcgattcaagagaatgagtcaagaatgttcttcagaccctcatgtag
cattcttggtttgtttt
gaattcagtcacctgcctcggtccttgggccctttgttgcctatgttgct
tgtatggttagacattattattattattattattatttattattattatt
atttctaattaaatggtagaaaagcaaaggaatgggttcagtgtgcaact
gtaaatgttgatgaagttgccccccgacttttccagacaacagcacgagg
agccattttatatcgtggaccttctgctgtgtggaaatttcctttgtatt
tgagccaggtgtgtttgtacatcaaattagccccattcatttataaatgt
atgcagggtcgcctctaattcagcaggaatttaaattaatccaagaatag
gtacataattttttttctgtgggcattatgtcaatatcctctgaattacg
tggcaaaatgaatgacctactttacagagtagaaaaataacatttcaacc
tgtgcctgtgcaccttggcagcccacttagctgcttcgtgatgggcgttc
gggtcccctgctcacatctgggacgcacacagcactgaggatcttataaa
tggagtttaacgagtctgagtagagaaggctttctccaagtagagacatt
attttgggattctatcctgaaactaggaggttggttggttggttgttgtt
agatagtgtatgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_76064986_76066222
seq2: B6Ng01-029J09.b_43_1259 (reverse)

seq1  AAAACAAAAAAACAATGCTTACATGAAGTTGTCTGAAGAACCATTCTCTG  50
      ||||||||  || ||||| ||||||| |  |||||||||| |||||| ||
seq2  AAAACAAACCAAGAATGC-TACATGAGG--GTCTGAAGAA-CATTCT-TG  45

seq1  ACTCATTTCCTCTTTGAAATCCGAGTTCTGTCCATGAACATAATAAGCTG  100
      |||||||  ||| |||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTCATT--CTC-TTGAA--TCGAG-TCTGT-CATGAACATAATAAGCTG  88

seq1  TATGTGTGATTAGGCTGTGGGATGCTATCACCGCAGAAGTGCTTCACCGG  150
      ||||   ||||||||  | ||||||||||| ||||| |||||||||| | 
seq2  TATGGTGGATTAGGC--TTGGATGCTATCA-CGCAG-AGTGCTTCACGGA  134

seq1  ATTGTACTCGGGGTAAACTGTAAGCTTCCACCCTAGATTAAGGAAAACAT  200
      ||||||||| |||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||
seq2  ATTGTACTC-GGGTAACCTGTAAGCTT-CAACCTAGA-TAAGGAAAACAT  181

seq1  AAGAAAGGAATTATGTGATCACTGTTTAGTACACGGAGACAAGAAGACTT  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGAA-TATGTGATCACTGTTTAGTACACGGAGACAAGAAGACTT  230

seq1  GAGTTTTCATTCTGCCATGCTGTGTATAACCAATATGATTTGAGGGCAGT  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGTTTTCATTCTGCCATGCTGTGTATAACCAATATGATTTGAGAGCAGT  280

seq1  CTTAAGCAGTCTTTGAGCCCAGATTATTTTCCTGTTCAGAGGCTGGCCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCAGTCTTTGAGCCCAGATTATTTTCCTGTTCAGAGGCTGGCCGT  330

seq1  AGAGTTTACTGGGATACTATGTTAAGTAAGTATGGCTAGTGTAGTCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTACTGGGATACTATGTTAAGTAAGTATGGCTAGTGTAGTCCTTA  380

seq1  GTACACATCACCTTTCCGGAGCTGCTGTTGATTTCATCATTGTCTTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACATCACCTTTCCGGAGCTGCTGTTGATTTCATCATTGTCTTCTAG  430

seq1  TTCTCCTGCCCATCCTAAAGACTTCTGTTTAAACTCATGGTATGTTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGCCCATCCTAAAGACTTCTGTTTAAACTCATGGTATGTTCTGG  480

seq1  GTCCACTTATTCTCTAGTTTGCATGCCCACTTGATCATACCAGCAAAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTTATTCTCTAGTTTGCATGCCCACTTGATCATACCAGCAAAGCT  530

seq1  GTATGCTTATCGAAGTCATTGTGTTCTCAACATATTTATGCCAGTTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTATCGAAGTCATTGTGTTCTCAACATATTTATGCCAGTTGAAG  580

seq1  TTGCTATTGGCACAATGTGCTATATTTACATTAAAATGTTTTTAAAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATTGGCACAATGTGCTATATTTACATTAAAATGTTTTTAAAATAC  630

seq1  CACTGACTTTCTTCTTTCAATAAATTCAAAGGGAATGTTTGGAAAGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTTCTTCTTTCAATAAATTCAAAGGGAATGTTTGGAAAGACTT  680

seq1  CATGAAGGTTGTAGTAGTTTGACTATCTTTGGCCCACAGGAAGTGGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGTTGTAGTAGTTTGACTATCTTTGGCCCACAGGAAGTGGCACT  730

seq1  ATGAGCAGGGGTGGCCTTGTCAGGGTAGGTGTGGTCTCATTGGAGGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAGGGGTGGCCTTGTCAGGGTAGGTGTGGTCTCATTGGAGGAAAT  780

seq1  CTGTCACTGTGTGGGTGGGCTTTGAGGATGCCTAGTGCTCAAGCTCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTGTGTGGGTGGGCTTTGAGGATGCCTAGTGCTCAAGCTCTGCT  830

seq1  CAGTGTGGAAGAGCACCTCTTCCTGGCTGCCTGGGGAAAGACAGTCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGAAGAGCACCTCTTCCTGGCTGCCTGGGGAAAGACAGTCCTTT  880

seq1  TCTGTTGCCTGCAGATCAAGTTGTAGTGCTCTTGTTCCTCCAGCACCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCCTGCAGATCAAGTTGTAGTGCTCTTGTTCCTCCAGCACCAAG  930

seq1  TCTGCATCTGTGATGCCACCATGCTTCCCGCCATGATGATAATGGACTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTGTGATGCCACCATGCTTCCCGCCATGATGATAATGGACTGA  980

seq1  ACCTCTGAAACTATAAGCCAACTCCAATGAAAGGTTTTCCTTTATGAGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGAAACTATAAGCCAACTCCAATGAAAGGTTTTCCTTTATGAGAG  1030

seq1  AGTTGCTTTGGTCATGGTGTCTCTTCATAGCAAAGCAACCCTAAGACAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTTGGTCATGGTGTCTCTTCATAGCAAAGCAACCCTAAGACAAA  1080

seq1  GGTGAACATGAGGGACCATAGGTATAGATGTAACTAGAACAGGTGTAGAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACATGAGGGACCATAGGTATAGATGTAACTAGAACAGGTGTAGAT  1130

seq1  GTGTTGTATAGATGTAGCCATAACAACTATAACTGGAAAAGGACCATCTT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTATAGATGTAGCCATAACAACTATAACTGGAAAAGGACCATCTT  1180

seq1  TTTAAAATCCTAGGGGGGAAAAATGTGCTCAGAATTC  1237
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATCCTAGGGGGGAAAAATGTGCTCAGAATTC  1217

seq1: chr5_76026646_76027311
seq2: B6Ng01-029J09.g_68_733

seq1  GAATTCAGTCACCTGCCTCGGTCCTTGGGCCCTTTGTTGCCTATGTTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCACCTGCCTCGGTCCTTGGGCCCTTTGTTGCCTATGTTGCT  50

seq1  TGTATGGTTAGACATTATTATTATTATTATTATTATTTATTATTATTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGTTAGACATTATTATTATTATTATTATTATTTATTATTATTATT  100

seq1  ATTTCTAATTAAATGGTAGAAAAGCAAAGGAATGGGTTCAGTGTGCAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAATTAAATGGTAGAAAAGCAAAGGAATGGGTTCAGTGTGCAACT  150

seq1  GTAAATGTTGATGAAGTTGCCCCCCGACTTTTCCAGACAACAGCACGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTTGATGAAGTTGCCCCCCGACTTTTCCAGACAACAGCACGAGG  200

seq1  AGCCATTTTATATCGTGGACCTTCTGCTGTGTGGAAATTTCCTTTGTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTATATCGTGGACCTTCTGCTGTGTGGAAATTTCCTTTGTATT  250

seq1  TGAGCCAGGTGTGTTTGTACATCAAATTAGCCCCATTCATTTATAAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAGGTGTGTTTGTACATCAAATTAGCCCCATTCATTTATAAATGT  300

seq1  ATGCAGGGTCGCCTCTAATTCAGCAGGAATTTAAATTAATCCAAGAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGGTCGCCTCTAATTCAGCAGGAATTTAAATTAATCCAAGAATAG  350

seq1  GTACATAATTTTTTTTCTGTGGGCATTATGTCAATATCCTCTGAATTACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATAATTTTTTTTCTGTGGGCATTATGTCAATATCCTCTGAATTACG  400

seq1  TGGCAAAATGAATGACCTACTTTACAGAGTAGAAAAATAACATTTCAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAATGAATGACCTACTTTACAGAGTAGAAAAATAACATTTCAACC  450

seq1  TGTGCCTGTGCACCTTGGCAGCCCACTTAGCTGCTTCGTGATGGGCGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGTGCACCTTGGCAGCCCACTTAGCTGCTTCGTGATGGGCGTTC  500

seq1  GGGTCCCCTGCTCACATCTGGGACGCACACAGCACTGAGGATCTTATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCCTGCTCACATCTGGGACGCACACAGCACTGAGGATCTTATAAA  550

seq1  TGGAGTTTAACGAGTCTGAGTAGAGAAGGCTTTCTCCAAGTAGAGACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTTAACGAGTCTGAGTAGAGAAGGCTTTCTCCAAGTAGAGACATT  600

seq1  ATTTTGGGATTCTATCCTGAAACTAGGAGGTTGGTTGGTTGGTTGTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGGATTCTATCCTGAAACTAGGAGGTTGGTTGGTTGGTTGTTGTT  650

seq1  AGATAGTGTATGTTGT  666
      ||||||||||||||||
seq2  AGATAGTGTATGTTGT  666