BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032C17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 39,184,179 - 39,296,172
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClnk
Upstream geneMsx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik
Downstream geneLOC384174, Hs3st1, EG665839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032C17.bB6Ng01-032C17.g
ACCDH861583DH861584
length1,1431,048
definitionDH861583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032C17, 5' end.DH861584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,295,017 - 39,296,172)(39,184,179 - 39,185,237)
sequence
gaattctctaagacactttgttttatgttctcatatatggtatttttaat
atttcaaaatcatttggcagttattccttggaagagaatgttccatgaat
cagtagcattaggctaaaaggtcttccatgggcttaaagacgcaagtaag
aaagcatgtgtttttgctaagagaaatggattgttcttgggcttgtagtg
ggcgccacaccctactcagcacagaggaaagtgctgtgcatgttctccgc
tcctggggcctatgacatcagggaagctatgtgagaaaggacaaagatac
tttagccagagtctcagacttggtttggttactaatacaaccttagcaga
gagaagagtttgtattccaggattttgcatctgtattaatctttaggttt
ccctctcttctaagagcctggagtcataattccaagtttgaggtcatttg
tgagactaatttacacccttaggttataaatattactaattttccatgcc
ataccatgaccttatacctaagagagcattttctaatagcagtgggcacc
taatttcaatgcattaaataatctcccctatctttcaattccagaatgtt
ctcttatcaaattattcactgggcttttacagagcaggtaatatgtgaag
gggacccaagagcatgcaagaatgttgataagatataatctgatcctaag
gagcaaatgtaaagagatgtcataattaatatacctatggtagttctggt
gctaagtcccttaagtgtctggaaggacaaggcaactggagaggaaggtg
agtcctgccttggttgttgaactcaccaagttccactatgaataatgtgc
tatcttctctaggaccctagcctccaaagccatagtcttctcagatgtga
agaagccagtactggtccaggaatgctgagaaaatggaaccagttaatat
ttttaaatagctaaaaaccatcagtcaaagtccatgagagaaggcccttt
gctctcataggtagaaagacatgatgtatacattctgaaaaacaatagcc
ccaagctctaagttcttcacccacggtctgttctcatcttccccttttta
tttagttatggcaccttattttctccttctttgagaatttgca
gaattcagaggaggatggagacttaatacctgtgcttaacaatatgaagg
cagcagacgtgagctcagggctgttttctatcttagtgacaatgatggcc
ctgaggtttattgcaatcatgtcaagactagctgggtagactcagagaga
atttttagtctctttttacctttaaatgggaggctgacaatctgattagc
tgggttcagaactaattataagctcgtaagttgcaacctagcacatattg
agtatgcacagactattacttattgagaatctactattgtccaggtgtta
cagagaccattggttcactctccaaatatcacactgtgtggagtgcaggg
cactcagctatagaggagagtcaacccttcccaaataacatttactgaag
ttcacagctggagatagctcctataaaacacaccatcagttagcaggttg
gctgaaattttggctaaggcctaggggatgcagtgtgcacggtgacactg
cccatcatcagcatcctcccttctctgttgctcaatgccaatgattgtca
ttttatatgggaaatgaacacgttggtttaatagatactaaagtaagaga
gtggaccgaaatatgtcgttttcagacattttaatttgatttatatatct
caaaaactaatttatattcatataatgctttcattataaaatatgcagtg
gtagagagatttgtgtgaatatgggaattttaaaaaaattggtttataaa
tggcctggaacaggttgcagaagcgccatcagttgctcttttaatatatc
ttgagcatgctatgacacatcctgaaataatttgcttctgggggaaaaaa
accactactcacctctctgtcttttccccctaaatgtaactgtaatatta
ctttgatgtatgtattgcctcaaccctctctctcttggaaggaaggcttc
taacccttccatttcccatctcttgcttttgtcagaatagaaaaacagac
taaatgcattattcatttgtgtgaatgttacattaaagaagtcctgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_39295017_39296172
seq2: B6Ng01-032C17.b_46_1188 (reverse)

seq1  TGCAATTTCTCAAAAGAAGGAGAAAATAAGGTATGCTATAACTAAAATAG  50
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||  | 
seq2  TGCAAATTCTC-AAAGAAGGAGAAAATAAGG--TGCCATAACTAAATAAA  47

seq1  AAGGGGGAGATGAGACCAGACTGTGGTGTGAAGAAACTTTAGTAGCTTTG  100
      |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||   |||| ||| |||
seq2  AAGGGGAAGATGAGAACAGACCGTGG-GTGAAGAA--CTTAG-AGC-TTG  92

seq1  GGGCTATTGTTTTTCAGAATGTATTACATCATTGTCCTTTCTACTTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||
seq2  GGGCTATTGTTTTTCAGAATGTA-TACATCA-TGT-CTTTCTACCTATGA  139

seq1  GAGC-AAGGGCC-TCTCTGCATGGACTGTGACTGATGGTTTTTAGCTAAT  198
      |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGCAAAGGGCCTTCTCT-CATGGACTTTGACTGATGGTTTTTAGCT-AT  187

seq1  TTAAAAATATTAACTGGTTCCATTTTCTCAGCATTTCCTGGACCAGTACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATATTAACTGGTTCCATTTTCTCAGCA-TTCCTGGACCAGTACT  236

seq1  GGCCTTCTTCACATCTGAGAAGACTATGGCTTTGGAGGCTAGGGTCCTAG  298
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GG-CTTCTTCACATCTGAGAAGACTATGGCTTTGGAGGCTAGGGTCCTAG  285

seq1  AGAAGATAGCACATTATTCATAGTGGAACTTGGTGAGTTCAACAACCAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAGCACATTATTCATAGTGGAACTTGGTGAGTTCAACAACCAAG  335

seq1  GCAGGACTCACCTTCCTCTCCAGTTGCCTTGTCCTTCCAGACACTTAAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTCACCTTCCTCTCCAGTTGCCTTGTCCTTCCAGACACTTAAGG  385

seq1  GACTTAGCACCAGAACTACCATAGGTATATTAATTATGACATCTCTTTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGCACCAGAACTACCATAGGTATATTAATTATGACATCTCTTTAC  435

seq1  ATTTGCTCCTTAGGATCAGATTATATCTTATCAACATTCTTGCATGCTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTCCTTAGGATCAGATTATATCTTATCAACATTCTTGCATGCTCT  485

seq1  TGGGTCCCCTTCACATATTACCTGCTCTGTAAAAGCCCAGTGAATAATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCCCTTCACATATTACCTGCTCTGTAAAAGCCCAGTGAATAATTT  535

seq1  GATAAGAGAACATTCTGGAATTGAAAGATAGGGGAGATTATTTAATGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGAACATTCTGGAATTGAAAGATAGGGGAGATTATTTAATGCAT  585

seq1  TGAAATTAGGTGCCCACTGCTATTAGAAAATGCTCTCTTAGGTATAAGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAGGTGCCCACTGCTATTAGAAAATGCTCTCTTAGGTATAAGGT  635

seq1  CATGGTATGGCATGGAAAATTAGTAATATTTATAACCTAAGGGTGTAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATGGCATGGAAAATTAGTAATATTTATAACCTAAGGGTGTAAAT  685

seq1  TAGTCTCACAAATGACCTCAAACTTGGAATTATGACTCCAGGCTCTTAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCACAAATGACCTCAAACTTGGAATTATGACTCCAGGCTCTTAGA  735

seq1  AGAGAGGGAAACCTAAAGATTAATACAGATGCAAAATCCTGGAATACAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGAAACCTAAAGATTAATACAGATGCAAAATCCTGGAATACAAA  785

seq1  CTCTTCTCTCTGCTAAGGTTGTATTAGTAACCAAACCAAGTCTGAGACTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCTCTGCTAAGGTTGTATTAGTAACCAAACCAAGTCTGAGACTC  835

seq1  TGGCTAAAGTATCTTTGTCCTTTCTCACATAGCTTCCCTGATGTCATAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAAGTATCTTTGTCCTTTCTCACATAGCTTCCCTGATGTCATAGG  885

seq1  CCCCAGGAGCGGAGAACATGCACAGCACTTTCCTCTGTGCTGAGTAGGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGAGCGGAGAACATGCACAGCACTTTCCTCTGTGCTGAGTAGGGT  935

seq1  GTGGCGCCCACTACAAGCCCAAGAACAATCCATTTCTCTTAGCAAAAACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGCCCACTACAAGCCCAAGAACAATCCATTTCTCTTAGCAAAAACA  985

seq1  CATGCTTTCTTACTTGCGTCTTTAAGCCCATGGAAGACCTTTTAGCCTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTCTTACTTGCGTCTTTAAGCCCATGGAAGACCTTTTAGCCTAA  1035

seq1  TGCTACTGATTCATGGAACATTCTCTTCCAAGGAATAACTGCCAAATGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGATTCATGGAACATTCTCTTCCAAGGAATAACTGCCAAATGAT  1085

seq1  TTTGAAATATTAAAAATACCATATATGAGAACATAAAACAAAGTGTCTTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATATTAAAAATACCATATATGAGAACATAAAACAAAGTGTCTTA  1135

seq1  GAGAATTC  1156
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1143

seq1: chr5_39184179_39185237
seq2: B6Ng01-032C17.g_66_1113

seq1  GAATTCAGAGGAGGATGGAGACTTAATACCTGTGCTTAACAATATGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGAGGATGGAGACTTAATACCTGTGCTTAACAATATGAAGG  50

seq1  CAGCAGACGTGAGCTCAGGGCTGTTTTCTATCTTAGTGACAATGATGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGACGTGAGCTCAGGGCTGTTTTCTATCTTAGTGACAATGATGGCC  100

seq1  CTGAGGTTTATTGCAATCATGTCAAGACTAGCTGGGTAGACTCAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTTTATTGCAATCATGTCAAGACTAGCTGGGTAGACTCAGAGAGA  150

seq1  ATTTTTAGTCTCTTTTTACCTTTAAATGGGAGGCTGACAATCTGATTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAGTCTCTTTTTACCTTTAAATGGGAGGCTGACAATCTGATTAGC  200

seq1  TGGGTTCAGAACTAATTATAAGCTCGTAAGTTGCAACCTAGCACATATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCAGAACTAATTATAAGCTCGTAAGTTGCAACCTAGCACATATTG  250

seq1  AGTATGCACAGACTATTACTTATTGAGAATCTACTATTGTCCAGGTGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCACAGACTATTACTTATTGAGAATCTACTATTGTCCAGGTGTTA  300

seq1  CAGAGACCATTGGTTCACTCTCCAAATATCACACTGTGTGGAGTGCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACCATTGGTTCACTCTCCAAATATCACACTGTGTGGAGTGCAGGG  350

seq1  CACTCAGCTATAGAGGAGAGTCAACCCTTCCCAAATAACATTTACTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCTATAGAGGAGAGTCAACCCTTCCCAAATAACATTTACTGAAG  400

seq1  TTCACAGCTGGAGATAGCTCCTATAAAACACACCATCAGTTAGCAGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGCTGGAGATAGCTCCTATAAAACACACCATCAGTTAGCAGGTTG  450

seq1  GCTGAAATTTTGGCTAAGGCCTAGGGGATGCAGTGTGCACGGTGACACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATTTTGGCTAAGGCCTAGGGGATGCAGTGTGCACGGTGACACTG  500

seq1  CCCATCATCAGCATCCTCCCTTCTCTGTTGCTCAATGCCAATGATTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCATCAGCATCCTCCCTTCTCTGTTGCTCAATGCCAATGATTGTCA  550

seq1  TTTTATATGGGAAATGAACACGTTGGTTTAATAGATACTAAAGTAAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGGGAAATGAACACGTTGGTTTAATAGATACTAAAGTAAGAGA  600

seq1  GTGGACCGAAATATGTCGTTTTCAGACATTTTAATTTGATTTATATATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCGAAATATGTCGTTTTCAGACATTTTAATTTGATTTATATATCT  650

seq1  CAAAAACTAATTTATATTCATATAATGCTTTCATTATAAAATATGCAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTAATTTATATTCATATAATGCTTTCATTATAAAATATGCAGTG  700

seq1  GTAGAGAGATTTGTGTGAATATGGGAATTTTAAAAAAATTGGTTTATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGATTTGTGTGAATATGGGAATTTTAAAAAAATTGGTTTATAAA  750

seq1  TGGCCTGGAACAGGTTGCAGAAGCGCCATCAGTTGCTCTTTTTAATATAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGCCTGGAACAGGTTGCAGAAGCGCCATCAGTTGCTC-TTTTAATATAT  799

seq1  CTTGAGCATGCTATGACACATCCTGAAATAATTTGCTTCTGGGGGAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTGAGCATGCTATGACACATCCTGAAATAATTTGCTTCTGGGGG-AAAA  848

seq1  AAACCACTACTCACCTCTCTGTCTTTTCCCCCTAAAATGTAACTGTAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  AAACCACTACTCACCTCTCTGTCTTTTCCCCCT-AAATGTAACTGT-AAT  896

seq1  ATTACTTTGATGTATGTAATTGCTTCAACCCTCTCTCTCTTGGAAGGAAG  950
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTGATGTATGT-ATTGCCTCAACCCTCTCTCTCTTGGAAGGAAG  945

seq1  GCTTCTAACCCTTCCATTTCCCATCTCTTGCTTTTGTCAAGAAATAAGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||
seq2  GCTTCTAACCCTTCCATTTCCCATCTCTTGCTTTTGTC-AGAA--TAGAA  992

seq1  AAACAGACTTAAAATGCATTATTCAAATGTGTGTAATGTAAACATTAAAG  1050
      |||||||||  ||||||||||||||  |||||| |||||  |||||||||
seq2  AAACAGACT--AAATGCATTATTCATTTGTGTG-AATGT-TACATTAAAG  1038

seq1  AAGT-CTGAG  1059
      |||| |||||
seq2  AAGTCCTGAG  1048