BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032H13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 48,681,187 - 48,773,523
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit2, 4933428G09Rik
Upstream geneLOC100040865, LOC100040876
Downstream geneKcnip4, LOC100041668
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032H13.bB6Ng01-032H13.g
ACCDH861798DH861799
length1,0881,066
definitionDH861798|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H13, 5' end.DH861799|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,681,187 - 48,682,299)(48,772,455 - 48,773,523)
sequence
gaattctctttggtgattatttttatcaggcttttatcagattaaacatt
tataccattttgtgagagaaaaaaatcttaatatgattctcactcataat
ttgaaaataggatccagacccaatttgcaaaagacatacttaatatgcat
ttgtgtaacccccaggccttcattgtgaaattgctttttttttttttttt
gcaattcagtcatttttattagatgtaccaaattgtagaatcctcataca
aattcacttaaaaatgtaactatccttgaggtgttttgaagagctgatga
gagcaggttctcgtggatgcttaattacaagcttattgtaggtaaagtaa
ttttcattttaaaagtgatgcatgatgatcagaggtgcggacactcaagg
caggcatctgttctcaggtctgcttagccacggggcacttgtgccacctt
tgaaaatgaggtgttcagctcttatgcatcttcagagaactgataggatg
tgtgtaatgtttgcaaacagtacttcactggttatgtcaaataattgttg
tccttattatttatatttctctaatgaagaagaaaatactacagctgccc
taggctgcacatttcaatagaagttacacaagataagcaagctagacctt
tcagcattatccttaatgctgaccctgaatgttccaggtttcttaataaa
acgtatctttgagaagctgtctgtaaatataccaggaacccatgagttct
ggctatcaccaggtgctataactaacaattcctgctaccttaaatatatc
ttatttatgttcacataacttctgtttattgaacatctacaatcagatat
tcatgtgaatctttgaacgtatacagaaataaataatatatgagccttac
tttaaaaggagcttacaatttagattgcattaaagatgtaaacttaaaac
aataaacgggggaaaccctgatggaaagtagcgatgagtgctgatgaatg
gactctccctgcgtccagctggcacaccgcatcagagcataaacgttaag
tctccagcccctcatttactgcaccaactatcatagta
gaattcattcttctagctgggctgccttgtctggcctcagtggaagagga
tgtgcctagctctgcaaacacttgatgtgccagggtaaggagaaactcag
aggaggcttccaccctgggtttggggaaagggactgtgaaaggaggagca
gtgatcaagacgtaaagtgaataaaagaaaagggaggggagcggtgagca
gggcataataagtgaataagtaaaatagttaaaatcaaattaaaaacaca
aaaaaacctacaccatcacagcaaaacagaaattcttagcctaaaagagg
aaaaccagggaaaggtcacgtttgtccttgcagctgcaatgagctaccac
atgctaccacctctcctaggactgaaagtcgaccgtacagaaacaatgca
agtagagttctactcacatttccgccgtgctgctccagcttttgcagagc
actggtgatgggctctttgaattttttgtccattagcctcttcgaaagct
tttggaaattaggagaaagtgggggttaataaataatctctgtataagca
taaataaattttgaacatgccttaatttaaggaagtctaatttacttaaa
aaaaaaaaaaactaagacaaaatttgtttcagtaaatgcttcactaaaat
ttacatttaacaatataacatttggttaaaagttgaatttatgtcacttc
aagctctacctatgtcacaatatctgctacgacaagttatctggggctgg
ggaaatgactgactttaatacctaatatccacattaagagctgggtgtgg
tggcttctgtttatacttctatcactggggtgccagaacaggttgggacc
cactggccagacagtgtagcctaactggtaagctcaagtaaaacagaaga
atctgtcttaaaggaattggacagtacttctgaagatacactcgacattg
tcctctaccatccacatgcatgcatgtataagacatacaggcacacgctt
gcatccaattacaaacacatgtactcatacgaaaactacatttaaaaact
gggcataatttcattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_48681187_48682299
seq2: B6Ng01-032H13.b_43_1130

seq1  GAATTCTCTTTGGTGATTATTTTTATCAGGCTTTTATCAGATTAAACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGGTGATTATTTTTATCAGGCTTTTATCAGATTAAACATT  50

seq1  TATACCATTTTGTGAGAGAAAAAAATCTTAATATGATTCTCACTCATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCATTTTGTGAGAGAAAAAAATCTTAATATGATTCTCACTCATAAT  100

seq1  TTGAAAATAGGATCCAGACCCAATTTGCAAAAGACATACTTAATATGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAGGATCCAGACCCAATTTGCAAAAGACATACTTAATATGCAT  150

seq1  TTGTGTAACCCCCAGGCCTTCATTGTGAAATTGCTTTTTTTTTTTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAACCCCCAGGCCTTCATTGTGAAATTGCTTTTTTTTTTTTTTTT  200

seq1  GCAATTCAGTCATTTTTATTAGATGTACCAAATTGTAGAATCCTCATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCAGTCATTTTTATTAGATGTACCAAATTGTAGAATCCTCATACA  250

seq1  AATTCACTTAAAAATGTAACTATCCTTGAGGTGTTTTGAAGAGCTGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACTTAAAAATGTAACTATCCTTGAGGTGTTTTGAAGAGCTGATGA  300

seq1  GAGCAGGTTCTCGTGGATGCTTAATTACAAGCTTATTGTAGGTAAAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGTTCTCGTGGATGCTTAATTACAAGCTTATTGTAGGTAAAGTAA  350

seq1  TTTTCATTTTAAAAGTGATGCATGATGATCAGAGGTGCGGACACTCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTTTAAAAGTGATGCATGATGATCAGAGGTGCGGACACTCAAGG  400

seq1  CAGGCATCTGTTCTCAGGTCTGCTTAGCCACGGGGCACTTGTGCCACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATCTGTTCTCAGGTCTGCTTAGCCACGGGGCACTTGTGCCACCTT  450

seq1  TGAAAATGAGGTGTTCAGCTCTTATGCATCTTCAGAGAACTGATAGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGAGGTGTTCAGCTCTTATGCATCTTCAGAGAACTGATAGGATG  500

seq1  TGTGTAATGTTTGCAAACAGTACTTCACTGGTTATGTCAAATAATTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAATGTTTGCAAACAGTACTTCACTGGTTATGTCAAATAATTGTTG  550

seq1  TCCTTATTATTTATATTTCTCTAATGAAGAAGAAAATACTACAGCTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTATTTATATTTCTCTAATGAAGAAGAAAATACTACAGCTGCCC  600

seq1  TAGGCTGCACATTTCAATAGAAGTTACACAAGATAAGCAAGCTAGACCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCACATTTCAATAGAAGTTACACAAGATAAGCAAGCTAGACCTT  650

seq1  TCAGCATTATCCTTAATGCTGACCCTGAATGTTCCAGGTTTCTTAATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTATCCTTAATGCTGACCCTGAATGTTCCAGGTTTCTTAATAAA  700

seq1  ACGTATCTTTGAGAAGCTGTCTGTAAATATACCAGGAACCCATGAGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATCTTTGAGAAGCTGTCTGTAAATATACCAGGAACCCATGAGTTCT  750

seq1  GGCTATCACCAGGTGCTATAACTAACAATTCCTGCTACCTTAAATATATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCACCAGGTGCTATAACTAACAATTCCTGCTACCTTAAATATATC  800

seq1  TTATTTATGTTCACATAACTTCTGTTTATTGAACATCTACAATCAGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGTTCACATAACTTCTGTTTATTGAACATCTACAATCAGATAT  850

seq1  TCATGTGAATCTTTGAACGTATACAGAAATAAATAATATATGAGCCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGAATCTTTGAACGTATACAGAAATAAATAATATATGAGCCTTAC  900

seq1  TTTAAAAGGAGCTTACAATTTAGATTGCATTAAAGATGTAAAACTTAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TTTAAAAGGAGCTTACAATTTAGATTGCATTAAAGATGT-AAACTT-AAA  948

seq1  ACAAATAAAACGGGGGGAAAACCCTGATTGGAAAGTAAGCAGATTGAGTT  1000
      ||||   |||||||||  ||||||||| |||||||| ||| || |||| |
seq2  ACAA--TAAACGGGGG--AAACCCTGA-TGGAAAGT-AGC-GA-TGAG-T  989

seq1  GCTGATGAAATGGACTCTCCCTGGCGTCCCAGCTGGCACACCGCATCAAG  1050
      ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  
seq2  GCTGATG-AATGGACTCTCCCT-GCGT-CCAGCTGGCACACCGCATCA--  1034

seq1  AAGCATAAAACGTTAAAGGTCTCCAGCCACTCAATTTTACTGCACCAAAA  1100
       ||||| |||||||||  |||||||||| ||||  |||||||||||||  
seq2  GAGCAT-AAACGTTAA--GTCTCCAGCCCCTCA--TTTACTGCACCAA--  1077

seq1  CCTATCATTAGTA  1113
       |||||| |||||
seq2  -CTATCA-TAGTA  1088

seq1: chr5_48772455_48773523
seq2: B6Ng01-032H13.g_69_1134 (reverse)

seq1  AAATGAAAATTATGCCATGTTTTTGTAAATGTAGTTTTTGTATGAGTACA  50
      ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAATG-AAATTATGCCCAGTTTT--TAAATGTAGTTTTCGTATGAGTACA  47

seq1  TGTGTTTGTATGTGGATGCAAGCGTGTGCCTGTATGTC-TATACATGCAT  99
      ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGTTTGTAATTGGATGCAAGCGTGTGCCTGTATGTCTTATACATGCAT  97

seq1  GCATGTGGATGGTAGAGGACAATGTCGAGTGTTATCTTCAGAAGTACTGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGGATGGTAGAGGACAATGTCGAGTG-TATCTTCAGAAGTACTGT  146

seq1  CCACTTCCTTTAAGACAGA-TCTTCTGTTTACCTGGAGCTTACCAGTTAG  198
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||
seq2  CCAATTCCTTTAAGACAGATTCTTCTGTTTTACTTGAGCTTACCAGTTAG  196

seq1  GCTACACTGTCTGGCCAGTGGGTCCCAACCTGTTTCTGGCACCCCAGTGA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTACACTGTCTGGCCAGTGGGTCCCAACCTG-TTCTGGCACCCCAGTGA  245

seq1  TAGAAGTATAAACAGAAGCCACCACACCCAGCTCTTAATGTGGATATTAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTATAAACAGAAGCCACCACACCCAGCTCTTAATGTGGATATTAG  295

seq1  GTATTAAAGTCAGTCATTTCCCCAGCCCCAGATAACTTGTCGTAGCAGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAAGTCAGTCATTTCCCCAGCCCCAGATAACTTGTCGTAGCAGAT  345

seq1  ATTGTGACATAGGTAGAGCTTGAAGTGACATAAATTCAACTTTTAACCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACATAGGTAGAGCTTGAAGTGACATAAATTCAACTTTTAACCAA  395

seq1  ATGTTATATTGTTAAATGTAAATTTTAGTGAAGCATTTACTGAAACAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATATTGTTAAATGTAAATTTTAGTGAAGCATTTACTGAAACAAAT  445

seq1  TTTGTCTTAGTTTTTTTTTTTTTTAAGTAAATTAGACTTCCTTAAATTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTAGTTTTTTTTTTTTTTAAGTAAATTAGACTTCCTTAAATTAA  495

seq1  GGCATGTTCAAAATTTATTTATGCTTATACAGAGATTATTTATTAACCCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTCAAAATTTATTTATGCTTATACAGAGATTATTTATTAACCCC  545

seq1  CACTTTCTCCTAATTTCCAAAAGCTTTCGAAGAGGCTAATGGACAAAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTCCTAATTTCCAAAAGCTTTCGAAGAGGCTAATGGACAAAAAA  595

seq1  TTCAAAGAGCCCATCACCAGTGCTCTGCAAAAGCTGGAGCAGCACGGCGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAGCCCATCACCAGTGCTCTGCAAAAGCTGGAGCAGCACGGCGG  645

seq1  AAATGTGAGTAGAACTCTACTTGCATTGTTTCTGTACGGTCGACTTTCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGAGTAGAACTCTACTTGCATTGTTTCTGTACGGTCGACTTTCAG  695

seq1  TCCTAGGAGAGGTGGTAGCATGTGGTAGCTCATTGCAGCTGCAAGGACAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGAGAGGTGGTAGCATGTGGTAGCTCATTGCAGCTGCAAGGACAA  745

seq1  ACGTGACCTTTCCCTGGTTTTCCTCTTTTAGGCTAAGAATTTCTGTTTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGACCTTTCCCTGGTTTTCCTCTTTTAGGCTAAGAATTTCTGTTTTG  795

seq1  CTGTGATGGTGTAGGTTTTTTTGTGTTTTTAATTTGATTTTAACTATTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATGGTGTAGGTTTTTTTGTGTTTTTAATTTGATTTTAACTATTTT  845

seq1  ACTTATTCACTTATTATGCCCTGCTCACCGCTCCCCTCCCTTTTCTTTTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCACTTATTATGCCCTGCTCACCGCTCCCCTCCCTTTTCTTTTA  895

seq1  TTCACTTTACGTCTTGATCACTGCTCCTCCTTTCACAGTCCCTTTCCCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTTACGTCTTGATCACTGCTCCTCCTTTCACAGTCCCTTTCCCCA  945

seq1  AACCCAGGGTGGAAGCCTCCTCTGAGTTTCTCCTTACCCTGGCACATCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGGGTGGAAGCCTCCTCTGAGTTTCTCCTTACCCTGGCACATCAA  995

seq1  GTGTTTGCAGAGCTAGGCACATCCTCTTCCACTGAGGCCAGACAAGGCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCAGAGCTAGGCACATCCTCTTCCACTGAGGCCAGACAAGGCAG  1045

seq1  CCCAGCTAGAAGAATGAATTC  1069
      |||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTAGAAGAATGAATTC  1066