BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032O20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 136,830,086 - 136,976,160
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCutl1
Upstream geneTrim50, Nsun5, Pom121, Hip1, Ccl26l, Ccl24, Rhbdd2, Por, 2010310D06Rik, Styxl1, Mdh2, 2900083I11Rik, Hspb1, Ywhag, Srcrb4d, Zp3, Dtx2, Upk3b, 2310043J07Rik, Rasa4, Polr2j, 1200011O22Rik, Alkbh4, Tmem142b, Prkrip1, LOC269718, Sh2b2
Downstream geneMylc2pl, Emid2, LOC677021, Rabl5, Fis1, Cldn15, Znhit1, Plod3, LOC639992, Vgf, Ap1s1, Serpine1, Trim56, Muc3, LOC100040941, Ache, 2700038N03Rik, Ars2, Trip6, Slc12a9, Ephb4, Zan, EG665591, Epo, Pop7, EG666372, Perq1, Gnb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032O20.bB6Ng01-032O20.g
ACCDH862124DH862125
length4751,012
definitionDH862124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O20, 5' end.DH862125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,830,086 - 136,830,565)(136,975,140 - 136,976,160)
sequence
ctatgtagaccaagttgaccttccaactcagagtcccattagcctctgtc
tctggagtgctaagattaaaggtgttcacagcctggcttccaaagtaaac
ttcaagggacatgtttattaaggtgttaacagctgtggaatagtttgacc
atgaaacttttggtccccatagtaccagcacctaaaaggcaactaattca
aatttcaaaatgtagacagagttcaagctgggaagatgcttcagttggta
aacatcttgctgttccaatatgaggaccaagtaaaacacccagaacctat
gataagaaaaggttgagcccagtggtgtgcacttgaattcctagctctgg
gaagcagacagagactcgccctgtagtccagatagtctagctcccttggt
gagttccagggtattaaagggctttgtttgaaaaaaaaaaaaaaaaaggt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtggt
gaattcatgcagtcccctttcatgtccatacatctctgtaaccttgatgc
agctgcctctgagacagcaacggcctcttcctgtttgtagggttaagaca
gacttatcccaatcccattagacaccccagttcagaccttcccaccacac
agaccatgatattgctgttggcaagtgcatgctgtaagtgctatgcagcc
gcacagggagctctggagaaacctgctagcagacagagcgcttaggaatg
gggtctgctgggaacaagtctgcagtcaccttctcctgaaagtctttttg
tggtttgttcctttatttcttctgaggcagggtctcatgtagcccaagat
ggcttccaactcaccatgctcaggatgtcttaactcctgatccttctgtc
tccacttccccagtgtggtgattttgggaatgcatgaccacacctggttt
atgaagtcctgggaatgcactcagggtttcatgggaacactctaccaacc
aagccatagccataacccaaggaacaaattgcagtgagtgtaatttcctg
ccccaaggagttttgattggtgatgggggtacagaagagacacctaggat
gtggggtcacttctgatgggaacaggactggctatgactgaattagtatc
agaatagcccccctcctcctcacacacactatgtggcagcaagagtttgt
ggtaattgtgcttgttaattgtctgtctccatcctttaggcaactccaga
cagtagcagtgactcattagctagcttttgtgtgactgtagctaggggac
cccgccaacttttgggacaagctggggtacagcggataaatagagttcct
gtcctaggactagtgtgagtagataggtagcacacttccaggtttgagag
ggctggaggcattctcactgtgaataaaatggcccttaaactactctgct
taaggcaccaggcctgaaaatctcaaaattaacccaagtaaagtcaagga
gggctcactggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_136830086_136830565
seq2: B6Ng01-032O20.b_45_525

seq1  GAATTCCTATGTAGACCAAGTTGACCTT-GAACTCAGAGTCCCATTAGCC  49
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGTAGACCAAGTTGACCTTCCAACTCAGAGTCCCATTAGCC  50

seq1  TCTGTCTCTGGAGTGCTAAGATTAAAGGTGTTCACAGCCTGGCTTCCAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTGGAGTGCTAAGATTAAAGGTGTTCACAGCCTGGCTTCCAAA  100

seq1  GTAAACTTCAAGGGACATGTTTATTAAGGTGTTAACAGCTGTGGAATAGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTTCAAGGGACATGTTTATTAAGGTGTTAACAGCTGTGGAATAGT  150

seq1  TTGACCATGAAACTTTTGGTCCCCATAGTACCAGCACCTAAAAGGCAACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCATGAAACTTTTGGTCCCCATAGTACCAGCACCTAAAAGGCAACT  200

seq1  AATTCAAATTTCAAAATGTAGACAGAGTTCAAGCTGGGAAGATGCTTCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATTTCAAAATGTAGACAGAGTTCAAGCTGGGAAGATGCTTCAG  250

seq1  TTGGTAAACATCTTGCTGTTCCAATATGAGGACCAAGTAAAACACCCAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAACATCTTGCTGTTCCAATATGAGGACCAAGTAAAACACCCAGA  300

seq1  ACCTATGATAAGAAAAGGTTGAGCCCAGTGGTGTGCACTTGAATTCCTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGATAAGAAAAGGTTGAGCCCAGTGGTGTGCACTTGAATTCCTAG  350

seq1  CTCTGGGAAGCAGACAGAGACTCGCCCTGTAGTCCAGATAGTCTAGCTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAAGCAGACAGAGACTCGCCCTGTAGTCCAGATAGTCTAGCTCC  400

seq1  CTTGGTGAGTTCCAGGGTATTAAAGGGCTTTGTTTGAAAAAAAAAAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGAGTTCCAGGGTATTAAAGGGCTTTGTTTGAAAAAAAAAAAAAA  450

seq1  AAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGGT  480
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGGT  481

seq1: chr5_136975140_136976160
seq2: B6Ng01-032O20.g_70_1081 (reverse)

seq1  ACCAGCTGAGCCATCCTTGACTTTACTTTTGTGGTTAATTTTTGAGATTT  50
      ||||| |||||| |||||||||||||||    |||||| |||||||||||
seq2  ACCAG-TGAGCCCTCCTTGACTTTACTT---GGGTTAA-TTTTGAGATTT  45

seq1  TCAGGGCCTGGTGCCTAAAGCAGAGTAGTTTTAAGGGCCATTTTAATTCA  100
      ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TCA-GGCCTGGTGCCTTAAGCAGAGTAG-TTTAAGGGCCATTTT-ATTCA  92

seq1  CAGTGAGAATGGCCTCCAGCCCTCTTCAAACCTGGAAGTGCTGCTACCTA  150
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGTGAGAAT-GCCTCCAGCCCTC-TCAAACCTGGAAGTG-TGCTACCTA  139

seq1  TCTACTCACACTAGTCCCTAGGACAGGAACTCTATTTATCCGCTGTACCC  200
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCACACTAGT-CCTAGGACAGGAACTCTATTTATCCGCTGTACCC  188

seq1  CAGCTTGT-CCAAAAGTTGGC-GGGTCCCCTAGCTACAGTCACAC-AAAG  247
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGCTTGTCCCAAAAGTTGGCGGGGTCCCCTAGCTACAGTCACACAAAAG  238

seq1  CTAGCTAATGAGTCACTGCTACTGTCTGGAGTTGCCTAAAGGATGGAGAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTAATGAGTCACTGCTACTGTCTGGAGTTGCCTAAAGGATGGAGAC  288

seq1  AGACAATTAACAAGCACAATTACCACAAACTCTTGCTGCCACATAGTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATTAACAAGCACAATTACCACAAACTCTTGCTGCCACATAGTGTG  338

seq1  TGTGAGGAGGAGGGGGGCTATTCTGATACTAATTCAGTCATAGCCAGTCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGAGGAGGGGGGCTATTCTGATACTAATTCAGTCATAGCCAGTCC  388

seq1  TGTTCCCATCAGAAGTGACCCCACATCCTAGGTGTCTCTTCTGTACCCCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCATCAGAAGTGACCCCACATCCTAGGTGTCTCTTCTGTACCCCC  438

seq1  ATCACCAATCAAAACTCCTTGGGGCAGGAAATTACACTCACTGCAATTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAATCAAAACTCCTTGGGGCAGGAAATTACACTCACTGCAATTTG  488

seq1  TTCCTTGGGTTATGGCTATGGCTTGGTTGGTAGAGTGTTCCCATGAAACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGGTTATGGCTATGGCTTGGTTGGTAGAGTGTTCCCATGAAACC  538

seq1  CTGAGTGCATTCCCAGGACTTCATAAACCAGGTGTGGTCATGCATTCCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGCATTCCCAGGACTTCATAAACCAGGTGTGGTCATGCATTCCCA  588

seq1  AAATCACCACACTGGGGAAGTGGAGACAGAAGGATCAGGAGTTAAGACAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACCACACTGGGGAAGTGGAGACAGAAGGATCAGGAGTTAAGACAT  638

seq1  CCTGAGCATGGTGAGTTGGAAGCCATCTTGGGCTACATGAGACCCTGCCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCATGGTGAGTTGGAAGCCATCTTGGGCTACATGAGACCCTGCCT  688

seq1  CAGAAGAAATAAAGGAACAAACCACAAAAAGACTTTCAGGAGAAGGTGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAATAAAGGAACAAACCACAAAAAGACTTTCAGGAGAAGGTGAC  738

seq1  TGCAGACTTGTTCCCAGCAGACCCCATTCCTAAGCGCTCTGTCTGCTAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACTTGTTCCCAGCAGACCCCATTCCTAAGCGCTCTGTCTGCTAGC  788

seq1  AGGTTTCTCCAGAGCTCCCTGTGCGGCTGCATAGCACTTACAGCATGCAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTCCAGAGCTCCCTGTGCGGCTGCATAGCACTTACAGCATGCAC  838

seq1  TTGCCAACAGCAATATCATGGTCTGTGTGGTGGGAAGGTCTGAACTGGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACAGCAATATCATGGTCTGTGTGGTGGGAAGGTCTGAACTGGGG  888

seq1  TGTCTAATGGGATTGGGATAAGTCTGTCTTAACCCTACAAACAGGAAGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATGGGATTGGGATAAGTCTGTCTTAACCCTACAAACAGGAAGAG  938

seq1  GCCGTTGCTGTCTCAGAGGCAGCTGCATCAAGGTTACAGAGATGTATGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTTGCTGTCTCAGAGGCAGCTGCATCAAGGTTACAGAGATGTATGGA  988

seq1  CATGAAAGGGGACTGCATGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGGGGACTGCATGAATTC  1012