BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034O22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 52,318,777 - 52,450,026
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666265, LOC100041059, Ppargc1a
Downstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034O22.bB6Ng01-034O22.g
ACCDH863539DH863540
length886960
definitionDH863539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034O22, 5' end.DH863540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,449,121 - 52,450,026)(52,318,777 - 52,319,723)
sequence
gaattcctgtaattctcacgttaataagtctattcttttaaacttgtttt
tcaacaggtatatgcggggctggggagatggcttggctggtaaagtgctt
gtctcataatcacaagagcttaggcttggttcccagaatacacctagaaa
tgtcagcgatggtggcacgtatctgttctctcagtgctaaggaggcagac
aggaggctccctgggtctcactggacagctgctttgctctaactggtgag
ctctaggctaaagcgagacttgtcccgaaggttaatgataatgacatcag
aagtgtccctctggtcttcacatgtgctctctctctctctctctctctct
ctcacacacacacacacacacacacacacactcacatacacacacacaca
gacagacagacacacacacaggcatatgcacacactcaaatgtgcacatg
tatacacacatgtatctttatatgtgagcacacacgtttgtgtatgcccc
acccccaagaaaaagatgcatgcgtcattcttatctctaggttgtaggac
atcttgggtgggaattgacctctgggctacagctgctgattccctaacct
agtgaaatgcaacacacaaaaggcagaagcaggggattgccacaaatttg
agttatcccagtctacacagtgagttctaggccagcctgagctaccacaa
gtgagagtctgtcttgaaaacaagcaagaagcacacccttcctcttgcct
cttcagtactgcagagttcatgcagactatgagtatctgtttatgacaag
gtggactttcattagtgctgatgggatgtaaatgaataagccaattgaag
aagctgacatttctcccaaatgactccctgcaatcc
gaattctctgggcctgagttctctgctcagcaaagtgaaagctcattgtt
acgatgaaggatggagagctgatgtacaaagtgcctgagagggtctaaca
caccagagggagtcctgatgagacagaccctgattccctttcaggttaag
cctgattccatatttcctgttttgactatgtgtattcctatgttataaaa
tgctgaaaatgaaaagcagtataaataacccttgaattatctttaaacga
ttgtgtatggtttagagggaaaaaaatctatagacatataaaacactcag
gatgtcaaatatacagtatcatcattctgcacgatcatagctaatacagt
cccatctaaattgcagtctcatatttgacataattatacataaccaaaca
ctaataaaaattgctgccttatatttcaaattggtaattatggcagtaaa
cattaacaacatgtcagatataagatggtgatttgttctgaaatgtatta
gaaatcattatactgtatgataatttttaattacagtttggtagctagag
agcatgcagcagtctccgcctccaagtgcatgatggaagctcactgctct
ttgggctctgccctagccctggctgcaatttaacaatagtgtgagcccag
tctcccaggacaactggaatagcatgagatttgaagtcactcttccaaga
ttttaatcttttgctctgtcacttttctgagcacttgaattttaaataaa
ggcaatctctctgtgcctctgtttttctgtccttttaaaatggaagataa
gggaccagcatgaatggcttagtacctgaaggtgcttgccaccaacaccc
tgacaatctgagttgtgtgctccggcacctcattgtagagagaaccaact
caaacatgcttgccctctgaacctccacaggttccactgtcgcacaaaca
acttctgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_52449121_52450026
seq2: B6Ng01-034O22.b_47_932 (reverse)

seq1  GGATTGCAGGGGGAGTCATTTTGTGAGAAATTGTCAGGCTCTCTTCCAAA  50
      ||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| ||| 
seq2  GGATTGCA--GGGAGTCA-TTTGGGAGAAA-TGTCA-GCT-TCTT-CAAT  43

seq1  TGGGCTATTCCATTTTACATTCCCATCAAGCACTAAATGAAAGTCCACCC  100
      |||  |||||   |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| 
seq2  TGGCTTATTC--ATTTACA-TCCCATC-AGCACT-AATGAAAGTCCACCT  88

seq1  TGTCAATAAACAGGATTACTCCATAGTCTGGCATGGAACTCTGCAGTACT  150
      |||| ||||||||   |||| |||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TGTC-ATAAACAG--ATACT-CATAGTCT-GCAT-GAACTCTGCAGTACT  132

seq1  GGAGGGGGCAGAGGGAGGGTGTTGCTTCTTTGCTTGTTTTCAAGACAGAC  200
      | || ||  ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCAAGAGGAAGGGTG-TGCTTC-TTGCTTGTTTTCAAGACAGAC  180

seq1  TCTCAC-TGT-GTAGCTCAGGCTGGCCTAGAACTCACTGTGTAGACTGGG  248
      |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTGTGGTAGCTCAGGCTGGCCTAGAACTCACTGTGTAGACTGGG  230

seq1  ATAACCTCAAATTTGTGGCAATCCCCCTGCTTCTGCCTTTTGTGTGTTGC  298
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAA-CTCAAATTTGTGGCAAT-CCCCTGCTTCTGCCTTTTGTGTGTTGC  278

seq1  ATTTCACTAGGTTAGGGAATCAGCAGCTGTAGCCCAGAGGTCAATTCCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTAGGTTAGGGAATCAGCAGCTGTAGCCCAGAGGTCAATTCCCA  328

seq1  CCCAAGATGTCCTACAACCTAGAGATAAGAATGACGCATGCATCTTTTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGATGTCCTACAACCTAGAGATAAGAATGACGCATGCATCTTTTTC  378

seq1  TTGGGGGTGGGGCATACACAAACGTGTGTGCTCACATATAAAGATACATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGTGGGGCATACACAAACGTGTGTGCTCACATATAAAGATACATG  428

seq1  TGTGTATACATGTGCACATTTGAGTGTGTGCATATGCCTGTGTGTGTGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATACATGTGCACATTTGAGTGTGTGCATATGCCTGTGTGTGTGTC  478

seq1  TGTCTGTCTGTGTGTGTGTGTATGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTGTGTGTGTGTATGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  528

seq1  TGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACATGTGAAGACCAGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACATGTGAAGACCAGAG  578

seq1  GGACACTTCTGATGTCATTATCATTAACCTTCGGGACAAGTCTCGCTTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTTCTGATGTCATTATCATTAACCTTCGGGACAAGTCTCGCTTTA  628

seq1  GCCTAGAGCTCACCAGTTAGAGCAAAGCAGCTGTCCAGTGAGACCCAGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAGCTCACCAGTTAGAGCAAAGCAGCTGTCCAGTGAGACCCAGGG  678

seq1  AGCCTCCTGTCTGCCTCCTTAGCACTGAGAGAACAGATACGTGCCACCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCTGTCTGCCTCCTTAGCACTGAGAGAACAGATACGTGCCACCAT  728

seq1  CGCTGACATTTCTAGGTGTATTCTGGGAACCAAGCCTAAGCTCTTGTGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGACATTTCTAGGTGTATTCTGGGAACCAAGCCTAAGCTCTTGTGAT  778

seq1  TATGAGACAAGCACTTTACCAGCCAAGCCATCTCCCCAGCCCCGCATATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACAAGCACTTTACCAGCCAAGCCATCTCCCCAGCCCCGCATATA  828

seq1  CCTGTTGAAAAACAAGTTTAAAAGAATAGACTTATTAACGTGAGAATTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGAAAAACAAGTTTAAAAGAATAGACTTATTAACGTGAGAATTAC  878

seq1  AGGAATTC  906
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  886

seq1: chr5_52318777_52319723
seq2: B6Ng01-034O22.g_71_1030

seq1  GAATTCTCTGGGCCTGAGTTCTCTGCTCAGCAAAGTGAAAGCTCATTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGGCCTGAGTTCTCTGCTCAGCAAAGTGAAAGCTCATTGTT  50

seq1  ACGATGAAGGATGGAGAGCTGATGTACAAAGTGCCTGAGAGGGTCTAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGAAGGATGGAGAGCTGATGTACAAAGTGCCTGAGAGGGTCTAACA  100

seq1  CACCAGAGGGAGTCCTGATGAGACAGACCCTGATTCCCTTTCAGGTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGGGAGTCCTGATGAGACAGACCCTGATTCCCTTTCAGGTTAAG  150

seq1  CCTGATTCCATATTTCCTGTTTTGACTATGTGTATTCCTATGTTATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTCCATATTTCCTGTTTTGACTATGTGTATTCCTATGTTATAAAA  200

seq1  TGCTGAAAATGAAAAGCAGTATAAATAACCCTTGAATTATCTTTAAACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAAATGAAAAGCAGTATAAATAACCCTTGAATTATCTTTAAACGA  250

seq1  TTGTGTATGGTTTAGAGGGAAAAAAATCTATAGACATATAAAACACTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGGTTTAGAGGGAAAAAAATCTATAGACATATAAAACACTCAG  300

seq1  GATGTCAAATATACAGTATCATCATTCTGCACGATCATAGCTAATACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAATATACAGTATCATCATTCTGCACGATCATAGCTAATACAGT  350

seq1  CCCATCTAAATTGCAGTCTCATATTTGACATAATTATACATAACCAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTAAATTGCAGTCTCATATTTGACATAATTATACATAACCAAACA  400

seq1  CTAATAAAAATTGCTGCCTTATATTTCAAATTGGTAATTATGGCAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAAATTGCTGCCTTATATTTCAAATTGGTAATTATGGCAGTAAA  450

seq1  CATTAACAACATGTCAGATATAAGATGGTGATTTGTTCTGAAATGTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACAACATGTCAGATATAAGATGGTGATTTGTTCTGAAATGTATTA  500

seq1  GAAATCATTATACTGTATGATAA-TTTTAATTACAGTTTGGTAGCTAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATTATACTGTATGATAATTTTTAATTACAGTTTGGTAGCTAGAG  550

seq1  AGCATGCAGCAGTCTCCGCCTCCAAGTGCATGATGGAAGCTCACTGCTC-  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCATGCAGCAGTCTCCGCCTCCAAGTGCATGATGGAAGCTCACTGCTCT  600

seq1  TTGGGCTCTGCCCTAGCCCTGGCTGCAATTTAACAATAGTGTGAGCCCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTCTGCCCTAGCCCTGGCTGCAATTTAACAATAGTGTGAGCCCAG  650

seq1  TCTCCCAGGACAACTGGAATAGCATGAGATTTGAAGTCACTCTTCCAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGGACAACTGGAATAGCATGAGATTTGAAGTCACTCTTCCAAGA  700

seq1  TTTTAATC-TTTGCTCTGTCAC-TTTCTGAGCACTTGAA-TTTAAATAAA  745
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTAATCTTTTGCTCTGTCACTTTTCTGAGCACTTGAATTTTAAATAAA  750

seq1  GGCAATCTCTCTGTGCCTCTG-TTTTCTGTCC-TTTAAAATGGAAGAT-A  792
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  GGCAATCTCTCTGTGCCTCTGTTTTTCTGTCCTTTTAAAATGGAAGATAA  800

seq1  GGGACCAGCA-GGATGGCTCAGTACCTGAAGGTGCTTGCCACCAACA-CC  840
      |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGACCAGCATGAATGGCTTAGTACCTGAAGGTGCTTGCCACCAACACCC  850

seq1  TGACAATCTGAGTTTGGTGCTCAGGTACCACATGGTAGAGAGAACCAACT  890
      ||||||||||||||  |||||| || ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TGACAATCTGAGTTGTGTGCTCCGGCACCTCATTGTAGAGAGAACCAACT  900

seq1  CAAACAAGC-TGCCCTCAG-ACCTCCACAGGTT-CACTGTCGCACAAACA  937
      |||||| || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAACATGCTTGCCCTCTGAACCTCCACAGGTTCCACTGTCGCACAAACA  950

seq1  CACTCTGAAA  947
         |||||||
seq2  ACTTCTGAAA  960