BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038M01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 37,094,094 - 37,270,331
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c
Upstream geneAblim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2, 2310020A21Rik, Grpel1, Ccdc96, Tbc1d14, D5Ertd579e, LOC100040278, LOC100040825
Downstream geneWfs1, Jakmip1, EG330070, Gm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988, Stk32b, Cytl1, Msx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038M01.bB6Ng01-038M01.g
ACCDH866219DH866220
length1,079841
definitionDH866219|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038M01, 5' end.DH866220|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,269,247 - 37,270,331)(37,094,094 - 37,094,933)
sequence
gaattcttttggctgtcctggaactaaatagaccaggttggctccaaact
cagagatccttctgcctccagagtgctgcaattaaaggtgtgtgtaccac
acccggagctacagaattcttccggggaggggggggcgcttttagactga
aagcaagagctttaatttggtaaggtcatgtggcaaagatggcagcccac
caagatccacactctcttaataataccaccattcctgggttacctagcca
cagactacactctccagctcccccttacagccgggtggatccattgatta
gctccagccagaatggggtggggcgggggcagtgaaaggtaccacggggg
cagtgaaaggtaccacttgtgagccaaagtgtctgggaggccagtgagct
acatccacacagcatctcaaagaacatttgggaggagaaagctgacaggt
ggaagggtctggtcccccataatgctgcccaccaccgggctggccacatc
tgtgatgattaactgccattaacacagagtctagaatcacctggtgtcct
ggtctctgaataatcctaggagagatcttctcagttgggctaactgaaga
tcggaagacctggggttggatcattccatgggcggggttgtggactgaat
gaggcacagacattggcttaaaaggaccgaatgaggcgccatcatttacc
ttcctttttccgactgcggacacgaggtaaccagctacgtcaagctcctg
tagccctgatttccccaccgtggtgggctgtactttgaactgagcccccc
aaataaaccctgtctcccttgagttgctgtcagaatgatttatcatacag
gcaggtacgacactcagccactgggtctggggcttctattgaactggtgt
caagtatggcattaccaaattctagatgacagcccactctctgcttccag
agattgctggttcccctcctcactgacgagtgctgggtgaagccgctcat
cagcaactgagcaatcacatgtgaatattgtctagtccttttgccgctcc
taccctggggaaaagatggctatcctctg
gaattccaggctagggctagccttggcttcagagtgagatctttctccaa
aaataaaaataaaataaataaaaattaaaaaggggggaagagaaaaaaaa
gattgtcagtagatgtagctccgtttgtagagtgcttctctagcaggaac
aaagtcccaggtctgcaccttataaacagggagggtggggtggcattcag
aaggtggaagcagttgaagaccatccttggctacttgcttgaggctggct
tgggctgtctgaggctctttctcaaaacaaaagccagagttgtgacagta
gactgcctagcatctgcaaagtcctatgttccagtcacactctcccttcc
ggtgacctctccgatttaaatatctgtgggtgtccagagaacaccaagag
tgcccttgagactgatgagagactatgagtgataatcataaacttgggtg
gcacttccctacagtctatgatagacagacactgcagtaccagatgcggc
ttggacaagaggctatctgaagatccctaccactgtgtgatcttaggctt
aaaggatgacttgaggatattcatggtgccaggttctcgggagtaggaaa
ggagggtagtggttacccagggagtgccacgggtttacaaccttgcttgg
gctataaagaattgatactaacagctaatgatgctatgctcttttatagg
ggaagtgcatataattgatgttttattaaaatggacataatatttatgtt
tacacaccataattatttcagtcctatgacaattcaggaagtgtctcttc
caagaagaagtgatctgaggtaagagacttgatgcttccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_37269247_37270331
seq2: B6Ng01-038M01.b_48_1126 (reverse)

seq1  CAGAGGGAATGAGCCATCTTTTCCCCCAGGGTGAGAGCGGCAAAAGGACT  50
      ||||||  || ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||
seq2  CAGAGG--AT-AGCCATCTTTT-CCCCAGGGTAGGAGCGGCAAAAGGACT  46

seq1  AGCCCATACTCACCTGTGTATGCTCCTGTTGCTGCTGAGCGGCCTTCACC  100
      || | ||| |||| ||||  |||| | ||||||| ||||||| ||||| |
seq2  AGACAATATTCACATGTGATTGCT-CAGTTGCTGATGAGCGG-CTTCA-C  93

seq1  CCAGCACTCGTCAGTG-GGTGGGGAACCAGCACTCTCTGGGAGCAGAGGG  149
      |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||| |
seq2  CCAGCACTCGTCAGTGAGGAGGGGAACCAGCAATCTCTGGAAGCAGAGAG  143

seq1  TGGGCTGTCATCTAGAATGTGGTAATGCCATACTTGACACCAGTTCCATA  199
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGGCTGTCATCTAGAATTTGGTAATGCCATACTTGACACCAGTTCAATA  193

seq1  GAAGCCCCAGACCCAGTGGCTGAGTGTCGTACCTGCCTGTATGATAAATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCCAGACCCAGTGGCTGAGTGTCGTACCTGCCTGTATGATAAATC  243

seq1  ATTCTGACAGCAACTCAAGGGAGACAGGGTTTATTTGGGGGGCTCAGTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGACAGCAACTCAAGGGAGACAGGGTTTATTTGGGGGGCTCAGTTC  293

seq1  AAAGTACAGCCCACCACGGTGGGGAAATCAGGGCTACAGGAGCTTGACGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACAGCCCACCACGGTGGGGAAATCAGGGCTACAGGAGCTTGACGT  343

seq1  AGCTGGTTACCTCGTGTCCGCAGTCGGAAAAAGGAAGGTAAATGATGGCG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTTACCTCGTGTCCGCAGTCGGAAAAAGGAAGGTAAATGATGGCG  393

seq1  CCTCATTCGGTCCTTTTAAGCCAATGTCTGTGCCTCATTCAGTCCACAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCGGTCCTTTTAAGCCAATGTCTGTGCCTCATTCAGTCCACAAC  443

seq1  CCCGCCCATGGAATGATCCAACCCCAGGTCTTCCGATCTTCAGTTAGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCCCATGGAATGATCCAACCCCAGGTCTTCCGATCTTCAGTTAGCCC  493

seq1  AACTGAGAAGATCTCTCCTAGGATTATTCAGAGACCAGGACACCAGGTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAAGATCTCTCCTAGGATTATTCAGAGACCAGGACACCAGGTGA  543

seq1  TTCTAGACTCTGTGTTAATGGCAGTTAATCATCACAGATGTGGCCAGCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGACTCTGTGTTAATGGCAGTTAATCATCACAGATGTGGCCAGCCC  593

seq1  GGTGGTGGGCAGCATTATGGGGGACCAGACCCTTCCACCTGTCAGCTTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGGCAGCATTATGGGGGACCAGACCCTTCCACCTGTCAGCTTTC  643

seq1  TCCTCCCAAATGTTCTTTGAGATGCTGTGTGGATGTAGCTCACTGGCCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAAATGTTCTTTGAGATGCTGTGTGGATGTAGCTCACTGGCCTC  693

seq1  CCAGACACTTTGGCTCACAAGTGGTACCTTTCACTGCCCCCGTGGTACCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACACTTTGGCTCACAAGTGGTACCTTTCACTGCCCCCGTGGTACCT  743

seq1  TTCACTGCCCCCGCCCCACCCCATTCTGGCTGGAGCTAATCAATGGATCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCCCCCGCCCCACCCCATTCTGGCTGGAGCTAATCAATGGATCC  793

seq1  ACCCGGCTGTAAGGGGGAGCTGGAGAGTGTAGTCTGTGGCTAGGTAACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGCTGTAAGGGGGAGCTGGAGAGTGTAGTCTGTGGCTAGGTAACCC  843

seq1  AGGAATGGTGGTATTATTAAGAGAGTGTGGATCTTGGTGGGCTGCCATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGTGGTATTATTAAGAGAGTGTGGATCTTGGTGGGCTGCCATCT  893

seq1  TTGCCACATGACCTTACCAAATTAAAGCTCTTGCTTTCAGTCTAAAAGCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACATGACCTTACCAAATTAAAGCTCTTGCTTTCAGTCTAAAAGCG  943

seq1  CCCCCCCCTCCCCGGAAGAATTCTGTAGCTCCGGGTGTGGTACACACACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCTCCCCGGAAGAATTCTGTAGCTCCGGGTGTGGTACACACACC  993

seq1  TTTAATTGCAGCACTCTGGAGGCAGAAGGATCTCTGAGTTTGGAGCCAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCAGCACTCTGGAGGCAGAAGGATCTCTGAGTTTGGAGCCAAC  1043

seq1  CTGGTCTATTTAGTTCCAGGACAGCCAAAAGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTATTTAGTTCCAGGACAGCCAAAAGAATTC  1079

seq1: chr5_37094094_37094933
seq2: B6Ng01-038M01.g_68_908

seq1  GAATTCCAGGCTAGGGCTAGCCTTGGCTTCAGAGTGAGATCTTTCTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGGGCTAGCCTTGGCTTCAGAGTGAGATCTTTCTCCAA  50

seq1  AAATAAAAATAAAATAAATAAAAATTAAAAAGGGGGGAAGAGAAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATAAAATAAATAAAAATTAAAAAGGGGGGAAGAGAAAAAAAA  100

seq1  GATTGTCAGTAGATGTAGCTCCGTTTGTAGAGTGCTTCTCTAGCAGGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCAGTAGATGTAGCTCCGTTTGTAGAGTGCTTCTCTAGCAGGAAC  150

seq1  AAAGTCCCAGGTCTGCACCTTATAAACAGGGAGGGTGGGGTGGCATTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCCAGGTCTGCACCTTATAAACAGGGAGGGTGGGGTGGCATTCAG  200

seq1  AAGGTGGAAGCAGTTGAAGACCATCCTTGGCTACTTGCTTGAGGCTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGAAGCAGTTGAAGACCATCCTTGGCTACTTGCTTGAGGCTGGCT  250

seq1  TGGGCTGTCTGAGGCTCTTTCTCAAAACAAAAGCCAGAGTTGTGACAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGTCTGAGGCTCTTTCTCAAAACAAAAGCCAGAGTTGTGACAGTA  300

seq1  GACTGCCTAGCATCTGCAAAGTCCTATGTTCCAGTCACACTCTCCCTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCTAGCATCTGCAAAGTCCTATGTTCCAGTCACACTCTCCCTTCC  350

seq1  GGTGACCTCTCCGATTTAAATATCTGTGGGTGTCCAGAGAACACCAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCTCTCCGATTTAAATATCTGTGGGTGTCCAGAGAACACCAAGAG  400

seq1  TGCCCTTGAGACTGATGAGAGACTATGAGTGATAATCATAAACTTGGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTGAGACTGATGAGAGACTATGAGTGATAATCATAAACTTGGGTG  450

seq1  GCACTTCCCTACAGTCTATGATAGACAGACACTGCAGTACCAGATGCGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCCCTACAGTCTATGATAGACAGACACTGCAGTACCAGATGCGGC  500

seq1  TTGGACAAGAGGCTATCTGAAGATCCCTACCACTGTGTGATCTTAGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAAGAGGCTATCTGAAGATCCCTACCACTGTGTGATCTTAGGCTT  550

seq1  AAAGGATGACTTGAGGATATTCATGGTGCCAGGTTCTCGGGAGTAGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGACTTGAGGATATTCATGGTGCCAGGTTCTCGGGAGTAGGAAA  600

seq1  GGAGGGTAGTGGTTACCCAGGGAGTGCCACGGGTTTACAACCTTGCTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTAGTGGTTACCCAGGGAGTGCCACGGGTTTACAACCTTGCTTGG  650

seq1  GCTATAAAGAATTGATACTAACAGCTAATGATGCTATGCTC-TTTATAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTATAAAGAATTGATACTAACAGCTAATGATGCTATGCTCTTTTATAGG  700

seq1  GGAAGTGCATATAATTGATG-TTTATTAAAATGGACATAATATTTATGTT  748
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGCATATAATTGATGTTTTATTAAAATGGACATAATATTTATGTT  750

seq1  TACACACCATAATTATTTCAGTCCTATGACAATTCAGGAAGTAGTCTCTT  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACACACCATAATTATTTCAGTCCTATGACAATTCAGGAAGT-GTCTCTT  799

seq1  CCAAGAAGAAGTGACCTGAGGTAAGGAGACTTGATGC-TCCCA  840
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  CCAAGAAGAAGTGATCTGAGGTAA-GAGACTTGATGCTTCCCA  841