BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039L07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 66,792,026 - 66,955,463
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApbb2
Upstream geneLias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7
Downstream geneUchl1, LOC100041876, 3732412D22Rik, LOC624662, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039L07.bB6Ng01-039L07.g
ACCDH866899DH866900
length1,1911,066
definitionDH866899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039L07, 5' end.DH866900|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,792,026 - 66,793,237)(66,954,394 - 66,955,463)
sequence
gaattcaacaaaaggccagactggcttcaaaactgggtcagtaatgtaaa
cacatggaagaaggtgggagtgagaggctatacagaatggtggagagtgt
ggcaaatgggcaaccatctgcagagtccaaagacattcaaatccaatcaa
tagcccttaagcaaagtaggtgccaaataaaattcacactctggacaatt
tctcagtttactgaggagttatttgctttaaaacctttttcttcctactc
ttgagttgaacctactaagggaaaaacagcacaaaagaaaagaagcaggg
tgagaatttcagaggtggaaggatcatgaagtcccagagtaactgtatct
gtgagggtaggctggcctcctgggctctagacttctgttctattctgagg
gtctgagccttttctagagttgtacacaaagctagaatgttttattgcac
ttccagtgaggacacatgtgggtcttgctcagtacaacattgtataatgt
gggcacccattactgaagctgttatagataggacagaagaaaaggagaag
ccagacaaagaggctggtcaagtccatgggcatagacatgcatccacact
gttgcaagtccatgggcataaatgtgcatccacactgttgcaagtacatg
ggcacagccatgcatccacactgttgcaagtccatgggcacagccgtgca
tccacactgttgcactattctcatttcagcttgctagaggcaaaactgcc
acaagtctcaaactatggtggaaacattgccttctatccacagaaatatt
aagcatgattatgtaattccaaattaacaacatctgcagcaaagactcta
accaataaccaaatgtttttatattccccattcctgccccactttcagga
gataaaattttttttttctgatagcctttgtttttagcatctcaactggg
gaaggaaagtaaaatgcagaggacttaaattggagaaacctggagtgtgt
ttatggctcccagacaaaagtcttgggttaaaaaagaaaggaatgaaaag
gcactctctctacctctgcggttatgacgtctgtttatttatactgagag
tggggacgctatgcacacacgaatatggattcatgtcgaacagacaaaga
gcaagcctgtagcttagcatgttgcttcctacagggtgagg
gaattcatagccactatgcctcaagatctccatgacaagatccaggtcag
aaactctatctcccagtcttcaaattagggtcactggttcattccagata
tagtcaagttgacaaccaagaatagccactacagtggggaaccaggtaaa
tggtttgccccacattatacggctgtaaatagcaaggggagggagatact
tagattctcggcctcaaactatctactctaaatgagtgtcctgtagatgt
cttaaacagttgaggaaaatgaaagtggaataggaaagtggtttatcacg
cctctggtgaaatgttgggtaaatggaacttaggagaaaaggaacactta
aaatcctgtgtaaaataaaagttaaagagggaaggaaaaatcagaattat
taccataagatggacattctgtttgctttcatatgtagggaggcagctgc
cttctaagacatgtatgtgatgagagaccatttggggatgctcttaggtt
aagaagaatcagcttctaacagtacagccttctgctggctcttcaaacat
gtggaattttgtttgtatgtgtctcaaagctagtgtcttgttagatttaa
aatcctgagaatactacagccattttagctactttaaagctaacatttaa
ggcagaatgagatactgttccacttgctcaggtatctgtactctgtaggg
ttttctgttgtttgagtttttccaagatacttattctagaaagtgtctga
aggcacttgggtttgtgctgtctggtaggaagagagacagtggtggtctc
ttaattagaagaaaggcaacttgcaagcaatctctcattagaaggaggct
gatttgtgccctacgtcagcttcttagcaatttgtggtcctgatcataat
ctataggcaaaccccacataccccctgagttcagaagtagagatggccct
gcaaactgctcactatctctccatagagatgaaaggctaaccttccttta
tatggatttccttcttccacattccctcttgaacactatccgggtgttta
tgctgctgtcgactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_66792026_66793237
seq2: B6Ng01-039L07.b_45_1235

seq1  GAATTCAACAAAAGGCCAGACTGGCTTCAAAACTGGGTCAGTAATGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAAGGCCAGACTGGCTTCAAAACTGGGTCAGTAATGTAAA  50

seq1  CACATGGAAGAAGGTGGGAGTGAGAGGCTATACAGAATGGTGGAGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGAAGAAGGTGGGAGTGAGAGGCTATACAGAATGGTGGAGAGTGT  100

seq1  GGCAAATGGGCAACCATCTGCAGAGTCCAAAGACATTCAAATCCAATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATGGGCAACCATCTGCAGAGTCCAAAGACATTCAAATCCAATCAA  150

seq1  TAGCCCTTAAGCAAAGTAGGTGCCAAATAAAATTCACACTCTGGACAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTTAAGCAAAGTAGGTGCCAAATAAAATTCACACTCTGGACAATT  200

seq1  TCTCAGTTTACTGAGGAGTTATTTGCTTTAAAACCTTTTTCTTCCTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTTTACTGAGGAGTTATTTGCTTTAAAACCTTTTTCTTCCTACTC  250

seq1  TTGAGTTGAACCTACTAAGGGAAAAACAGCACAAAAGAAAAGAAGCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTGAACCTACTAAGGGAAAAACAGCACAAAAGAAAAGAAGCAGGG  300

seq1  TGAGAATTTCAGAGGTGGAAGGATCATGAAGTCCCAGAGTAACTGTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTTCAGAGGTGGAAGGATCATGAAGTCCCAGAGTAACTGTATCT  350

seq1  GTGAGGGTAGGCTGGCCTCCTGGGCTCTAGACTTCTGTTCTATTCTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTAGGCTGGCCTCCTGGGCTCTAGACTTCTGTTCTATTCTGAGG  400

seq1  GTCTGAGCCTTTTCTAGAGTTGTACACAAAGCTAGAATGTTTTATTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGCCTTTTCTAGAGTTGTACACAAAGCTAGAATGTTTTATTGCAC  450

seq1  TTCCAGTGAGGACACATGTGGGTCTTGCTCAGTACAACATTGTATAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGAGGACACATGTGGGTCTTGCTCAGTACAACATTGTATAATGT  500

seq1  GGGCACCCATTACTGAAGCTGTTATAGATAGGACAGAAGAAAAGGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCCATTACTGAAGCTGTTATAGATAGGACAGAAGAAAAGGAGAAG  550

seq1  CCAGACAAAGAGGCTGGTCAAGTCCATGGGCATAGACATGCATCCACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAAAGAGGCTGGTCAAGTCCATGGGCATAGACATGCATCCACACT  600

seq1  GTTGCAAGTCCATGGGCATAAATGTGCATCCACACTGTTGCAAGTACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAGTCCATGGGCATAAATGTGCATCCACACTGTTGCAAGTACATG  650

seq1  GGCACAGCCATGCATCCACACTGTTGCAAGTCCATGGGCACAGCCGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGCCATGCATCCACACTGTTGCAAGTCCATGGGCACAGCCGTGCA  700

seq1  TCCACACTGTTGCACTATTCTCATTTCAGCTTGCTAGAGGCAAAACTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACTGTTGCACTATTCTCATTTCAGCTTGCTAGAGGCAAAACTGCC  750

seq1  ACAAGTCTCAAACTATGGTGGAAACATTGCCTTCTATCCACAGAAATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCTCAAACTATGGTGGAAACATTGCCTTCTATCCACAGAAATATT  800

seq1  AAGCATGATTATGTAATTCCAAATTAACAACATCTGCAGCAAAGACTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGATTATGTAATTCCAAATTAACAACATCTGCAGCAAAGACTCTA  850

seq1  ACCAATAACCAAATGTTTTTATATTCCCCATTCCTGCCCCACTTTCAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAACCAAATGTTTTTATATTCCCCATTCCTGCCCCACTTTCAGGA  900

seq1  GATAAAATTTTTTTTTTCTGATAGCCTTTGTTTTTAGCATCTCAACTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATTTTTTTTTTCTGATAGCCTTTGTTTTTAGCATCTCAACTGGG  950

seq1  GAAGGGAAAGTAAAATGCAGAGGACTTAAATTGGAGAAACCTGGAGTGTG  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAA-GGAAAGTAAAATGCAGAGGACTTAAATTGGAGAAACCTGGAGTGTG  999

seq1  TCTATGGCTCCCAGACAAAAAGGTCTGGGGTTAAAATAGGAAAGGAATGA  1050
      | ||||||||||||||||||  |||| ||||||||| | |||||||||||
seq2  TTTATGGCTCCCAGACAAAA--GTCTTGGGTTAAAA-AAGAAAGGAATGA  1046

seq1  AAAGGCACTCTCTCTACCTCTGCGGTTTATGACGTCTGTATATTTATACT  1100
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGGCACTCTCTCTACCTCTGCGG-TTATGACGTCTGTTTATTTATACT  1095

seq1  GGAGAGTGAGGAACAGCTATGCACACCACCAGAATATGAATTCATGTCAG  1150
       ||||||| |||   |||||||||| |||  ||||||| ||||||||| |
seq2  -GAGAGTGGGGA--CGCTATGCACA-CAC--GAATATGGATTCATGTC-G  1138

seq1  ACCAAGGACAAAGAGCAAGGTCTGTAGCTTTTAAGCCATGTTGCTTCCTA  1200
      | ||  |||||||||||| | |||||||||   || ||||||||||||||
seq2  AACA--GACAAAGAGCAA-GCCTGTAGCTT---AG-CATGTTGCTTCCTA  1181

seq1  CAGTGTGTGAGG  1212
      ||  | ||||||
seq2  CA--GGGTGAGG  1191

seq1: chr5_66954394_66955463
seq2: B6Ng01-039L07.g_65_1130 (reverse)

seq1  TAAGTCGACAGCAGCCATAAACACTC-GATAGTGTTTCAAAGAGGGAATG  49
      |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||   |||||||||||
seq2  TAAGTCGACAGCAG-CATAAACACCCGGATAGTGTT--CAAGAGGGAATG  47

seq1  TGGAGGAAGGAAATCCATTATAAAGGAAGGTTAGCCTTTCATCTCTTATG  99
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGAAGAAGGAAATCCA-TATAAAGGAAGGTTAGCCTTTCATCTC-TATG  95

seq1  GAGAGATAGTGAGCAGTTTGCAGGGCCATCTCTACTTCTGAACTCAGGGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATAGTGAGCAGTTTGCAGGGCCATCTCTACTTCTGAACTCAGGGG  145

seq1  GTATGTGGGGTTTGCCTATAGATTATGATCAGGACCACAAATTGCTAAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGGGGTTTGCCTATAGATTATGATCAGGACCACAAATTGCTAAGA  195

seq1  AGCTGACGTAGGGCACAAATCAGCCTCCTTCTAATGAGAGATTGCTTGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACGTAGGGCACAAATCAGCCTCCTTCTAATGAGAGATTGCTTGCA  245

seq1  AGTTGCCTTTCTTCTAATTAAGAGACCACCACTGTCTCTCTTCCTACCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTTTCTTCTAATTAAGAGACCACCACTGTCTCTCTTCCTACCAG  295

seq1  ACAGCACAAACCCAAGTGCCTTCAGACACTTTCTAGAATAAGTATCTTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACAAACCCAAGTGCCTTCAGACACTTTCTAGAATAAGTATCTTGG  345

seq1  AAAAACTCAAACAACAGAAAACCCTACAGAGTACAGATACCTGAGCAAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTCAAACAACAGAAAACCCTACAGAGTACAGATACCTGAGCAAGT  395

seq1  GGAACAGTATCTCATTCTGCCTTAAATGTTAGCTTTAAAGTAGCTAAAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGTATCTCATTCTGCCTTAAATGTTAGCTTTAAAGTAGCTAAAAT  445

seq1  GGCTGTAGTATTCTCAGGATTTTAAATCTAACAAGACACTAGCTTTGAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGTATTCTCAGGATTTTAAATCTAACAAGACACTAGCTTTGAGA  495

seq1  CACATACAAACAAAATTCCACATGTTTGAAGAGCCAGCAGAAGGCTGTAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAAACAAAATTCCACATGTTTGAAGAGCCAGCAGAAGGCTGTAC  545

seq1  TGTTAGAAGCTGATTCTTCTTAACCTAAGAGCATCCCCAAATGGTCTCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAAGCTGATTCTTCTTAACCTAAGAGCATCCCCAAATGGTCTCTC  595

seq1  ATCACATACATGTCTTAGAAGGCAGCTGCCTCCCTACATATGAAAGCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATACATGTCTTAGAAGGCAGCTGCCTCCCTACATATGAAAGCAAA  645

seq1  CAGAATGTCCATCTTATGGTAATAATTCTGATTTTTCCTTCCCTCTTTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTCCATCTTATGGTAATAATTCTGATTTTTCCTTCCCTCTTTAA  695

seq1  CTTTTATTTTACACAGGATTTTAAGTGTTCCTTTTCTCCTAAGTTCCATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTTTACACAGGATTTTAAGTGTTCCTTTTCTCCTAAGTTCCATT  745

seq1  TACCCAACATTTCACCAGAGGCGTGATAAACCACTTTCCTATTCCACTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACATTTCACCAGAGGCGTGATAAACCACTTTCCTATTCCACTTT  795

seq1  CATTTTCCTCAACTGTTTAAGACATCTACAGGACACTCATTTAGAGTAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCTCAACTGTTTAAGACATCTACAGGACACTCATTTAGAGTAGA  845

seq1  TAGTTTGAGGCCGAGAATCTAAGTATCTCCCTCCCCTTGCTATTTACAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGAGGCCGAGAATCTAAGTATCTCCCTCCCCTTGCTATTTACAGC  895

seq1  CGTATAATGTGGGGCAAACCATTTACCTGGTTCCCCACTGTAGTGGCTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATAATGTGGGGCAAACCATTTACCTGGTTCCCCACTGTAGTGGCTAT  945

seq1  TCTTGGTTGTCAACTTGACTATATCTGGAATGAACCAGTGACCCTAATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGTCAACTTGACTATATCTGGAATGAACCAGTGACCCTAATTT  995

seq1  GAAGACTGGGAGATAGAGTTTCTGACCTGGATCTTGTCATGGAGATCTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGGGAGATAGAGTTTCTGACCTGGATCTTGTCATGGAGATCTTG  1045

seq1  AGGCATAGTGGCTATGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAGTGGCTATGAATTC  1066