BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039M14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 59,646,120 - 59,715,901
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041425
Upstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870
Downstream geneLOC546866, Cbfa2t2-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039M14.bB6Ng01-039M14.g
ACCDH866952DH866953
length1,1661,004
definitionDH866952|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039M14, 5' end.DH866953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039M14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,714,712 - 59,715,901)(59,646,120 - 59,646,866)
sequence
gaattctatagctttatgagtctttcatttgtttaagtataacaaggtca
tcaggttgattaagcgcaaccattccacaagcacacaccaccaacccaag
ctggtaaacctaatagtggttggagaactcaaaatctctacaccaaatag
ctgtccctcagtttggacattttgcttggatccaggaaaataatatttga
gctttcactagtctgcttgataagcacacttccttgtggctccttgagac
ctaaatgtattgtaattgtttttatagctagaggagaatctttgctctgc
cggggaaagggaaaaggggctggattctaagaagctgagggaaggtacat
ggaaagaacctgctgactctcagtgggttagtgatcaagaatgaggccaa
agctgcaacacattatcttgcattatcacacattgttgctagacaatcaa
gtacattaccagtgcgatttctaaccactgaaatacatgaatttttagct
tatgtgatgaagggaaatgatttagcaacaaatggagggaaagtggctaa
tcagctacccactatgtaactcacctaaactaggactttcatctggccac
cgtacatgctctgcttttctctgtgctgactttaaactctaaacatttta
ttgttgtaacagccataactatatatttaattgtttacctgattctggtg
actatttctagtaaattattaagcccaaaggttgtcttggtgatgaagac
aataaccatttagtttaataacatttatttctttttcccaaccactaaaa
tttatcttgtttattgaaatactagaccatgattatatgactcctatact
gtttatttatgtttactcaattcacattaaccaagacataaagggaggaa
tttgtcctataactgtatattatgcaaaaagcaaggacagtaacacttgt
gtaaaataacattattaagaaatgatggcagtagaagccatttttccctg
cacagtttaacttctatgagtcatgggaacatatctcaactgtatagcgt
atataattaaacaggatttctttgctttcacataaagaatttacttgaat
gaattttcaatgtgttttgaaatgtgatcacttgtgagctgagttactga
gttcctcgcttgatga
gaattccattgatgattggagataatgagtatatttgaatccacctgtgt
cttagggtttactgctgtgaacagagaacatgaccaaggcaactattata
ggaaaaacatttcatttaataaggaaaaatacaaacaaaacacaagagaa
tatgcgtaacaaaaagtgataaaaccacggactctgtgttgtgctaacca
agtgctcttggatttggcattattagccttgaactgtgttacaccttttt
ttttttccattttttattaggtatttagcacatttacatttccaatgcta
tcctaaaagtcccccatacccacccacccccactcccctaccaacccact
ccccctttttggccctggcgttccactgtactgggacatataaaatttgc
gtgtccaatgggcctctctttccagtgatggccaactaggccatcttttg
atacatgtgcagctagagtcaagagctcaggggtactggttagttcataa
tgttgttccacctatagggttgcagatcccttaagctccttgggtacttt
ctctagctcctccattgggagccctatgatccatcaattagctgactgtg
agcatccacttctttgtttgctaggccccagcatagtctcataagagaca
gctacatctgggtcctttcgaaaaaatcttgctaatgtatgcaatggtgt
cagcgtttggatgctgattatggggtggatccctggatatggcagtctct
acatggtccatcctttcgtctcagctccaaactttatctctgtaactcct
tccatgggtgttttgttcccaattctaaggaggggcatagtgtccacact
tcagtcttcatttttcttgagtttcatgtgtttaggaaattgtatcttat
atcttgggtatcctaggtttgggctatatccacttatcagtgagtacata
tatgtaaattccttgtgatgtgttacctccctcacgatgatgccctccag
gtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_59714712_59715901
seq2: B6Ng01-039M14.b_44_1209 (reverse)

seq1  TCATCAAGCGAAGAAACCTCAGGTAACTCAAGGCTTCCACAAGTTGATCA  50
      ||||||||||| |||  |||| ||||||||  |||  |||||| ||||||
seq2  TCATCAAGCGAGGAA--CTCA-GTAACTCA--GCT--CACAAG-TGATCA  42

seq1  CATTTTCAAAACACATTTGGAAAATGTCATTTTAAAGTAAAATTCTGTAT  100
      || ||||||||||||||  |||||| |||  || |||| ||||||| |||
seq2  CA-TTTCAAAACACATT--GAAAAT-TCA--TTCAAGT-AAATTCTTTAT  85

seq1  GTGAAAGCAAAAGAAATCCTGGTTTTAATTTATATACGCTATACAGTTGA  150
      |||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGC-AAAGAAATCCTG--TTTAA-TTATATACGCTATACAGTTGA  131

seq1  GATATGTTCCCATGAACTCAATAGGAAGTTTAAACTGTGCAGGGAAAAAT  200
      |||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTTCCCATG-ACTC-ATA-GAAG-TTAAACTGTGCAGGGAAAAAT  177

seq1  GGCTTCTACTGCCATCATTTTCTTAATAATGTTATTTTTACACAAGTGTT  250
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGCTTCTACTGCCATCA-TTTCTTAATAATGTTA-TTTTACACAAGTGTT  225

seq1  ACTGTCCTTGCTTTTTGCATAATATACAGTTATAGGACAAATTCCTCCC-  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTGTCCTTGCTTTTTGCATAATATACAGTTATAGGACAAATTCCTCCCT  275

seq1  TTATGTCTTGGTTAATGTGAATTGAGTAAACATAAATAAACAGTATAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTTGGTTAATGTGAATTGAGTAAACATAAATAAACAGTATAGGA  325

seq1  GTCATATAATCATGGTCTAGTATTTCAATAAACAAGATAAATTTTAGTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATAATCATGGTCTAGTATTTCAATAAACAAGATAAATTTTAGTGG  375

seq1  TTGGGAAAAAGAAATAAATGTTATTAAACTAAATGGTTATTGTCTTCATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAAAAGAAATAAATGTTATTAAACTAAATGGTTATTGTCTTCATC  425

seq1  ACCAAGACAACCTTTGGGCTTAATAATTTACTAGAAATAGTCACCAGAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGACAACCTTTGGGCTTAATAATTTACTAGAAATAGTCACCAGAAT  475

seq1  CAGGTAAACAATTAAATATATAGTTATGGCTGTTACAACAATAAAATGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAACAATTAAATATATAGTTATGGCTGTTACAACAATAAAATGTT  525

seq1  TAGAGTTTAAAGTCAGCACAGAGAAAAGCAGAGCATGTACGGTGGCCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTAAAGTCAGCACAGAGAAAAGCAGAGCATGTACGGTGGCCAGA  575

seq1  TGAAAGTCCTAGTTTAGGTGAGTTACATAGTGGGTAGCTGATTAGCCACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCCTAGTTTAGGTGAGTTACATAGTGGGTAGCTGATTAGCCACT  625

seq1  TTCCCTCCATTTGTTGCTAAATCATTTCCCTTCATCACATAAGCTAAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCATTTGTTGCTAAATCATTTCCCTTCATCACATAAGCTAAAAA  675

seq1  TTCATGTATTTCAGTGGTTAGAAATCGCACTGGTAATGTACTTGATTGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTATTTCAGTGGTTAGAAATCGCACTGGTAATGTACTTGATTGTC  725

seq1  TAGCAACAATGTGTGATAATGCAAGATAATGTGTTGCAGCTTTGGCCTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACAATGTGTGATAATGCAAGATAATGTGTTGCAGCTTTGGCCTCA  775

seq1  TTCTTGATCACTAACCCACTGAGAGTCAGCAGGTTCTTTCCATGTACCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGATCACTAACCCACTGAGAGTCAGCAGGTTCTTTCCATGTACCTT  825

seq1  CCCTCAGCTTCTTAGAATCCAGCCCCTTTTCCCTTTCCCCGGCAGAGCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGCTTCTTAGAATCCAGCCCCTTTTCCCTTTCCCCGGCAGAGCAA  875

seq1  AGATTCTCCTCTAGCTATAAAAACAATTACAATACATTTAGGTCTCAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTCCTCTAGCTATAAAAACAATTACAATACATTTAGGTCTCAAGG  925

seq1  AGCCACAAGGAAGTGTGCTTATCAAGCAGACTAGTGAAAGCTCAAATATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAAGGAAGTGTGCTTATCAAGCAGACTAGTGAAAGCTCAAATATT  975

seq1  ATTTTCCTGGATCCAAGCAAAATGTCCAAACTGAGGGACAGCTATTTGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTGGATCCAAGCAAAATGTCCAAACTGAGGGACAGCTATTTGGT  1025

seq1  GTAGAGATTTTGAGTTCTCCAACCACTATTAGGTTTACCAGCTTGGGTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATTTTGAGTTCTCCAACCACTATTAGGTTTACCAGCTTGGGTTG  1075

seq1  GTGGTGTGTGCTTGTGGAATGGTTGCGCTTAATCAACCTGATGACCTTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTGTGCTTGTGGAATGGTTGCGCTTAATCAACCTGATGACCTTGT  1125

seq1  TATACTTAAACAAATGAAAGACTCATAAAGCTATAGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTAAACAAATGAAAGACTCATAAAGCTATAGAATTC  1166

seq1: chr5_59646120_59646866
seq2: B6Ng01-039M14.g_68_814

seq1  GAATTCCATTGATGATTGGAGATAATGAGTATATTTGAATCCACCTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGATGATTGGAGATAATGAGTATATTTGAATCCACCTGTGT  50

seq1  CTTAGGGTTTACTGCTGTGAACAGAGAACATGACCAAGGCAACTATTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGTTTACTGCTGTGAACAGAGAACATGACCAAGGCAACTATTATA  100

seq1  GGAAAAACATTTCATTTAATAAGGAAAAATACAAACAAAACACAAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAACATTTCATTTAATAAGGAAAAATACAAACAAAACACAAGAGAA  150

seq1  TATGCGTAACAAAAAGTGATAAAACCACGGACTCTGTGTTGTGCTAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTAACAAAAAGTGATAAAACCACGGACTCTGTGTTGTGCTAACCA  200

seq1  AGTGCTCTTGGATTTGGCATTATTAGCCTTGAACTGTGTTACACCTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTTGGATTTGGCATTATTAGCCTTGAACTGTGTTACACCTTTTT  250

seq1  TTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCACATTTACATTTCCAATGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCACATTTACATTTCCAATGCTA  300

seq1  TCCTAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCAACCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCAACCCACT  350

seq1  CCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCACTGTACTGGGACATATAAAATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCACTGTACTGGGACATATAAAATTTGC  400

seq1  GTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCAACTAGGCCATCTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCAACTAGGCCATCTTTTG  450

seq1  ATACATGTGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACTGGTTAGTTCATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACTGGTTAGTTCATAA  500

seq1  TGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTAAGCTCCTTGGGTACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTAAGCTCCTTGGGTACTTT  550

seq1  CTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTATGATCCATCAATTAGCTGACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTATGATCCATCAATTAGCTGACTGTG  600

seq1  AGCATCCACTTCTTTGTTTGCTAGGCCCCAGCATAGTCTCATAAGAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCACTTCTTTGTTTGCTAGGCCCCAGCATAGTCTCATAAGAGACA  650

seq1  GCTACATCTGGGTCCTTTCGAAAAAATCTTGCTAATGTATGCAATGGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATCTGGGTCCTTTCGAAAAAATCTTGCTAATGTATGCAATGGTGT  700

seq1  CAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTC  747
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTC  747