BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040N02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 71,314,227 - 71,488,089
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabra2
Upstream geneGabrg1
Downstream geneLOC635092, 4930503B16Rik, Gabra4, Gabrb1, LOC666545
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040N02.bB6Ng01-040N02.g
ACCDH867669DH867670
length8411,101
definitionDH867669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040N02, 5' end.DH867670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,487,250 - 71,488,089)(71,314,227 - 71,315,333)
sequence
gaattctcaaagtgtatgataggtttggaattacaagtccctgccaagaa
aaagccctaaaggggggaaaacctcaaactgctccatctcgttcctgtct
gcaatggaaagaaggcagcaggttccttagctcagggctaacataaactt
tttatagctcttagactgaatcttgagcaccaggtaaggagaatgcctgg
acaaagagattagggtaaagcattgctgaaagaaagcagggggttttcct
gaagggtaaggtcagcatagggccctcactgatccgctttgggcaagtct
ccagacctcctagcttgaggggaaactggtcctaattatgggagcgctga
gcaaagagaggtacatccagagggctaaggaaatcaaagaaacttcctgc
tgtgtaattccacgtaacgtgcgtttaacatggtcctgcgtggatgcgct
gatgactaagtaaaggcgtgattagccccttcgccctccagtgggagcca
tacatcgttacctcttccaggcaaccacgtcgctccactagggatgatgt
cgggggacgagcggcagggagccgcccgtgggacctagggcctcacaaac
acacaccattcacagttcagcacccacactcaccagcagccgccccctaa
cccttacaccaggaagctcactgcctccagctccaggcagggtgtgggct
ccactcctccagcgcggtgtgggcgcgggcagcggcgctcccaggcgcac
tgtggtgccccgcgctaccccggctgtgctgccccaggtgcccagagggc
ggcggtggcttggccaggattgggggtgggggataaggggt
gaattctctaccttctcattccttcctattcaacttagagcctggtgtgt
ggttaacctacaaaagatcacatcatttaagtaaactgaatccccctctc
gctccatctctcaaacactagtagatctccttccagtggttggattttgt
gtttatttttccctctttggtgggattttgcctggttggagctagcgtat
gtctttacacacttttgaaactgctttgagtttatgtgttacttcctgtt
gaatctagaaaacaaagtttcctcaatgctatccacgacctcaggctctt
atcatctttctgtgctttctttcttccaagatcactgagccttgactgta
ggcatgtgacatgcaagatccaacagcaacaacaaaatgacaagatcaat
caatgtccctaacaagcatagatgttaaaattctcagtaaagtacttgca
aactgaatttaagaacacatcaaaatattatccatcacaattaatttagc
ttcatcccaaagacacaaattgggtaaacatatggaaataaatgaattta
atccaccaacaaaaaaaatggaatttaggagagaagacacatgatcatat
tagatgcagaaaagttatctgccaaatccatcaatctcttcatgataaaa
gtcctatagaatccaagaatgggagttgggggtggctctctaaatattca
cttgcatttaaaatgctgggtagcagtcatatatcttattcagaatacaa
agtccagagactgaaaatgaactgtgaaaaaaatgcaaaaacaacaaaca
caatcctgctatgttttctccttctgagccctgcattataattttaaatt
atgaatgatagctttgaagatggataatttaagttttttctataactttg
agtcacctaataatccaaagatggtttacttctctgagtaaatgtgagag
ttaattataccacagtcttcacaatgcatggtttcatttgtgtcctgatt
gaggcatttcacagattgaaaatgtggaaataggctctacagtctcacag
tcttcctctgagaagatagtaaacgttgatttatatactctaagaagcca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_71487250_71488089
seq2: B6Ng01-040N02.b_45_885 (reverse)

seq1  ACCCCTTATCCCCCA-CCCCAATCCTGGCCAAGCCACCGCCGCCCTCTGG  49
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTATCCCCCACCCCCAATCCTGGCCAAGCCACCGCCGCCCTCTGG  50

seq1  GCACCTGGGGCAGCACAGCCGGGGTAGCGCGGGGCACCACAGTGCGCCTG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGGGGCAGCACAGCCGGGGTAGCGCGGGGCACCACAGTGCGCCTG  100

seq1  GGAGCGCCGCTGCCCGCGCCCACACCGCGCTGGAGGAGTGGAGCCCACAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGCCGCTGCCCGCGCCCACACCGCGCTGGAGGAGTGGAGCCCACAC  150

seq1  CCTGCCTGGAGCTGGAGGCAGTGAGCTTCCTGGTGTAAGGGTTAGGGGGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGGAGCTGGAGGCAGTGAGCTTCCTGGTGTAAGGGTTAGGGGGC  200

seq1  GGCTGCTGGTGAGTGTGGGTGCTGAACTGTGAATGGTGTGTGTTTGTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGGTGAGTGTGGGTGCTGAACTGTGAATGGTGTGTGTTTGTGAG  250

seq1  GCCCTAGGTCCCACGGGCGGCTCCCTGCCGCTCGTCCCCCGACATCATCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGGTCCCACGGGCGGCTCCCTGCCGCTCGTCCCCCGACATCATCC  300

seq1  CTAGTGGAGCGACGTGGTTGCCTGGAAGAGGTAACGATGTATGGCTCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGAGCGACGTGGTTGCCTGGAAGAGGTAACGATGTATGGCTCCCA  350

seq1  CTGGAGGGCGAAGGGGCTAATCACGCCTTTACTTAGTCATCAGCGCATCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGGCGAAGGGGCTAATCACGCCTTTACTTAGTCATCAGCGCATCC  400

seq1  ACGCAGGACCATGTTAAACGCACGTTACGTGGAATTACACAGCAGGAAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGGACCATGTTAAACGCACGTTACGTGGAATTACACAGCAGGAAGT  450

seq1  TTCTTTGATTTCCTTAGCCCTCTGGATGTACCTCTCTTTGCTCAGCGCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGATTTCCTTAGCCCTCTGGATGTACCTCTCTTTGCTCAGCGCTC  500

seq1  CCATAATTAGGACCAGTTTCCCCTCAAGCTAGGAGGTCTGGAGACTTGCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATTAGGACCAGTTTCCCCTCAAGCTAGGAGGTCTGGAGACTTGCC  550

seq1  CAAAGCGGATCAGTGAGGGCCCTATGCTGACCTTACCCTTCAGGAAAACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCGGATCAGTGAGGGCCCTATGCTGACCTTACCCTTCAGGAAAACC  600

seq1  CCCTGCTTTCTTTCAGCAATGCTTTACCCTAATCTCTTTGTCCAGGCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTTTCTTTCAGCAATGCTTTACCCTAATCTCTTTGTCCAGGCATT  650

seq1  CTCCTTACCTGGTGCTCAAGATTCAGTCTAAGAGCTATAAAAAGTTTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTACCTGGTGCTCAAGATTCAGTCTAAGAGCTATAAAAAGTTTATG  700

seq1  TTAGCCCTGAGCTAAGGAACCTGCTGCCTTCTTTCCATTGCAGACAGGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCTGAGCTAAGGAACCTGCTGCCTTCTTTCCATTGCAGACAGGAA  750

seq1  CGAGATGGAGCAGTTTGAGGTTTTCCCCCCTTTAGGGCTTTTTCTTGGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGATGGAGCAGTTTGAGGTTTTCCCCCCTTTAGGGCTTTTTCTTGGCA  800

seq1  GGGACTTGTAATTCCAAACCTATCATACACTTTGAGAATTC  840
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTGTAATTCCAAACCTATCATACACTTTGAGAATTC  841

seq1: chr5_71314227_71315333
seq2: B6Ng01-040N02.g_66_1166

seq1  GAATTCTCTACCTTCTCATTCCTTCCTATTCAACTTAGAGCCTGGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACCTTCTCATTCCTTCCTATTCAACTTAGAGCCTGGTGTGT  50

seq1  GGTTAACCTACAAAAGATCACATCATTTAAGTAAACTGAATCCCCCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAACCTACAAAAGATCACATCATTTAAGTAAACTGAATCCCCCTCTC  100

seq1  GCTCCATCTCTCAAACACTAGTAGATCTCCTTCCAGTGGTTGGATTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATCTCTCAAACACTAGTAGATCTCCTTCCAGTGGTTGGATTTTGT  150

seq1  GTTTATTTTTCCCTCTTTGGTGGGATTTTGCCTGGTTGGAGCTAGCGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTTCCCTCTTTGGTGGGATTTTGCCTGGTTGGAGCTAGCGTAT  200

seq1  GTCTTTACACACTTTTGAAACTGCTTTGAGTTTATGTGTTACTTCCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACACACTTTTGAAACTGCTTTGAGTTTATGTGTTACTTCCTGTT  250

seq1  GAATCTAGAAAACAAAGTTTCCTCAATGCTATCCACGACCTCAGGCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTAGAAAACAAAGTTTCCTCAATGCTATCCACGACCTCAGGCTCTT  300

seq1  ATCATCTTTCTGTGCTTTCTTTCTTCCAAGATCACTGAGCCTTGACTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTTCTGTGCTTTCTTTCTTCCAAGATCACTGAGCCTTGACTGTA  350

seq1  GGCATGTGACATGCAAGATCCAACAGCAACAACAAAATGACAAGATCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGACATGCAAGATCCAACAGCAACAACAAAATGACAAGATCAAT  400

seq1  CAATGTCCCTAACAAGCATAGATGTTAAAATTCTCAGTAAAGTACTTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCCCTAACAAGCATAGATGTTAAAATTCTCAGTAAAGTACTTGCA  450

seq1  AACTGAATTTAAGAACACATCAAAATATTATCCATCACAATTAATTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTTAAGAACACATCAAAATATTATCCATCACAATTAATTTAGC  500

seq1  TTCATCCCAAAGACACAAATTGGGTAAACATATGGAAATAAATGAATTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCAAAGACACAAATTGGGTAAACATATGGAAATAAATGAATTTA  550

seq1  ATCCACCAACAAAAAAAATGGAATTTAGGAGAGAAGACACATGATCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCAACAAAAAAAATGGAATTTAGGAGAGAAGACACATGATCATAT  600

seq1  TAGATGCAGAAAAGTTATCTGCCAAATCCATCAATCTCTTCATGATAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAGAAAAGTTATCTGCCAAATCCATCAATCTCTTCATGATAAAA  650

seq1  GTCCTATAGAATCCAAGAATGGGAGTTGGGGGTGGCTCTCTAAATATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATAGAATCCAAGAATGGGAGTTGGGGGTGGCTCTCTAAATATTCA  700

seq1  CTTGCATTTAAAATGCTGGGTAGCAGTCATATATCTTATTCAGAATACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTTAAAATGCTGGGTAGCAGTCATATATCTTATTCAGAATACAA  750

seq1  AGTCCAGAGACTGAAAATGAACTGTGAAAAAAATGCAAAAACAACAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGAGACTGAAAATGAACTGTGAAAAAAATGCAAAAACAACAAACA  800

seq1  CAATCCTGCTATGTTTTCTCCTTCTGAGCCCTGCATTATAATTTTAAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTGCTATGTTTTCTCCTTCTGAGCCCTGCATTATAATTTTAAATT  850

seq1  ATGAATGATAGCTTTGAAGATGGATAATTTAAG-TTTTTCTATAACTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGAATGATAGCTTTGAAGATGGATAATTTAAGTTTTTTCTATAACTTTG  900

seq1  AGTCACCTAATAATCCAAAGATGGTTTACTTCTCTGAGTAAATGTGAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCTAATAATCCAAAGATGGTTTACTTCTCTGAGTAAATGTGAGAG  950

seq1  TTAATTATTACCACAGTCTTCACAATGCATGGTTTCATTTGTGTCCTGAA  999
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAATTA-TACCACAGTCTTCACAATGCATGGTTTCATTTGTGTCCTG-A  998

seq1  TTGAGGCATTTCACAGAATCTGAAAATGTGGAAAATAGGCTTCTACAGTC  1049
      |||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TTGAGGCATTTCACAGA--TTGAAAATGTGG-AAATAGGC-TCTACAGTC  1044

seq1  TCACAAGTCTT-CTCTGAGAAGATAGTTAAACAGTGATTTATATACTCTA  1098
      |||| |||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||
seq2  TCAC-AGTCTTCCTCTGAGAAGATAG-TAAACGTTGATTTATATACTCTA  1092

seq1  GAGAGCCAC  1107
         ||||||
seq2  AGAAGCCAC  1101