BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043F05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 59,488,148 - 59,642,658
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870
Downstream geneLOC100041425, LOC546866, Cbfa2t2-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043F05.bB6Ng01-043F05.g
ACCDH869422DH869423
length1,0871,100
definitionDH869422|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043F05, 5' end.DH869423|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,488,148 - 59,489,236)(59,641,548 - 59,642,658)
sequence
gaattcactcctagtcactcccattctcggggtgtaatagtggggtgatg
ggcaagcaacgaatcgggagctgtcacgccatatcaggtgctgaagcgtc
acactacgggttataaaagcagcgccattttcccggtttggaatcttcct
gagaaacaagcaataaagctcttgccgcggaagattctggtttgttgcgt
ctttcttgccggtcgagcgggacgcaatatacatcaacctttcatgtgtg
tcccatccaaaatttatcaacaatccttttaaaaatcctcaaaaatatat
tcagttaattattccccaagcttttacaatgttctgggtgcctctaccca
gtcttattggaaggaggtgaagttggcacagatgtcagacagatgcaggt
gaaaagactgatgatctctggccttgtaacattctaactatgctggatgc
tgtagatgatagctagtagagactaaacactctcttgcttattctgtggc
tcataaatgctgtgttttgttttgttttgtttttctataattctgtgctt
tattatactacataagtctatcttgctgttctatgctaaaaacttaactc
tttatcactgtactatatatgcttcaataagcactgaagatttaactctt
tcttaaaaaagtaactattactttactcaacaagcaccaaggaaacttaa
ctccatatctttattatttactttacaaatctctgcacttcattggtgct
agattgcttaactcttgcttactttataattctgtgctttattaccactt
gaaaaaacttaactctcacttatattatacttctctatgcttgccaattt
tctttcttaaccctacgttactctgaagtcagaagctgcaagtctctggg
agaattaacatctgttgtttaacagcaggggtggagatagaagtgagaag
gttagtaacagatgaaatgctaggatgtttttctctattgcccagaagct
tctgttcctccaggccagtctggaggaagggttaaagtatccagtttatt
gacccagaagatgagaattacacttgccagaaggaaa
gaattctttgtttattcctgtacctggtttaattggattgttctagtttt
ttccatattttgttcaattcttacatgttagttttattttattttattat
gtcttattttatgatatcttattttattagctcatataagcatcataagt
tgatcagagggagaagggggaaagctgggaggagaagaggcccaggaaat
gataaatcagtgtgggaggaaaaaaaaaacactattttcaatcaaagtgg
acaaagaaatgtctaattgtgtcaatttgtcaaattacccaaataattga
taaaacattattctgagtgtttccttaataatcatattcctttcaggaag
ctttgaacaaactggggtactctccattatgttgcatggccctcagccat
ttaaattaagtatcaaataaaacatgtaattaaaacagggtcactccaaa
aatgcagggatgtctgcctttctcaggtgttaacatatggacatatgttg
attcctcccaggatttacaagcttctagacaatcctgcttacttctgtag
cttccatgactatataagacacattcctaaagtcccttctgtgtgtctcc
ttttctcttctctgagaaatctgtcacatgtaacaactttgtcaccttct
ttacagcatatgtttttgcattataaagtacaacaagacatttctttaaa
taatatagcacaaggtaccatattcacaggagattcagtttattaacttt
gccgtatttatttgctgtaaagcaattgatagctctacaaatacttcact
caaggtatttaccagctcagaactgacattatttttaatggcattcaatt
tattataatcagtcatattatagaccaactaaaggccaacatcataactg
acaatagctaaactgacattatatgactagccccatttttgtacgagtga
accataaatcttaaagaagtaaatatatagaactgtgtctcttcaggttt
tatggtttcaaatagagactagttagcatatgaagaaaagttttatttat
gaatctttcgatactattcatagtatgcatgtaaataattcatgagatct

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_59488148_59489236
seq2: B6Ng01-043F05.b_44_1130

seq1  GAATTCACTCCTAGTCACTCCCATTCTCGGGGTGTAATAGTGGGGTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCTAGTCACTCCCATTCTCGGGGTGTAATAGTGGGGTGATG  50

seq1  GGCAAGCAACGAATCGGGAGCTGTCACGCCATATCAGGTGCTGAAGCGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCAACGAATCGGGAGCTGTCACGCCATATCAGGTGCTGAAGCGTC  100

seq1  ACACTACGGGTTATAAAAGCAGCGCCATTTTCCCGGTTTGGAATCTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACGGGTTATAAAAGCAGCGCCATTTTCCCGGTTTGGAATCTTCCT  150

seq1  GAGAAACAAGCAATAAAGCTCTTGCCGCGGAAGATTCTGGTTTGTTGCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACAAGCAATAAAGCTCTTGCCGCGGAAGATTCTGGTTTGTTGCGT  200

seq1  CTTTCTTGCCGGTCGAGCGGGACGCAATATACATCAACCTTTCATGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGCCGGTCGAGCGGGACGCAATATACATCAACCTTTCATGTGTG  250

seq1  TCCCATCCAAAATTTATCAACAATCCTTTTAAAAATCCTCAAAAATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCAAAATTTATCAACAATCCTTTTAAAAATCCTCAAAAATATAT  300

seq1  TCAGTTAATTATTCCCCAAGCTTTTACAATGTTCTGGGTGCCTCTACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAATTATTCCCCAAGCTTTTACAATGTTCTGGGTGCCTCTACCCA  350

seq1  GTCTTATTGGAAGGAGGTGAAGTTGGCACAGATGTCAGACAGATGCAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTGGAAGGAGGTGAAGTTGGCACAGATGTCAGACAGATGCAGGT  400

seq1  GAAAAGACTGATGATCTCTGGCCTTGTAACATTCTAACTATGCTGGATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGACTGATGATCTCTGGCCTTGTAACATTCTAACTATGCTGGATGC  450

seq1  TGTAGATGATAGCTAGTAGAGACTAAACACTCTCTTGCTTATTCTGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATGATAGCTAGTAGAGACTAAACACTCTCTTGCTTATTCTGTGGC  500

seq1  TCATAAATGCTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCTATAATTCTGTGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATGCTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCTATAATTCTGTGCTT  550

seq1  TATTATACTACATAAGTCTATCTTGCTGTTCTATGCTAAAAACTTAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATACTACATAAGTCTATCTTGCTGTTCTATGCTAAAAACTTAACTC  600

seq1  TTTATCACTGTACTATATATGCTTCAATAAGCACTGAAGATTTAACTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCACTGTACTATATATGCTTCAATAAGCACTGAAGATTTAACTCTT  650

seq1  TCTTAAAAAAGTAACTATTACTTTACTCAACAAGCACCAAGGAAACTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAAAGTAACTATTACTTTACTCAACAAGCACCAAGGAAACTTAA  700

seq1  CTCCATATCTTTATTATTTACTTTACAAATCTCTGCACTTCATTGGTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATATCTTTATTATTTACTTTACAAATCTCTGCACTTCATTGGTGCT  750

seq1  AGATTGCTTAACTCTTGCTTACTTTATAATTCTGTGCTTTATTACCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCTTAACTCTTGCTTACTTTATAATTCTGTGCTTTATTACCACTT  800

seq1  GAAAAAACTTAACTCTCACTTATATTATACTTCTCTATGCTTGCCAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAACTTAACTCTCACTTATATTATACTTCTCTATGCTTGCCAATTT  850

seq1  TCTTTCTTAACCCTACGTTACTCTGAAGTCAGAAGCTGCAAGTCTCTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTAACCCTACGTTACTCTGAAGTCAGAAGCTGCAAGTCTCTGGG  900

seq1  AGAATTAACATCTGTTGTTTAACAGCAGGGGTGGAGATAGAAGTGAGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAACATCTGTTGTTTAACAGCAGGGGTGGAGATAGAAGTGAGAAG  950

seq1  GTTAGTAACAGATGAAATGCTAGGGATGTTTTTCTCTATTGCCCAGAAGC  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTAACAGATGAAATGCTA-GGATGTTTTTCTCTATTGCCCAGAAGC  999

seq1  CTCTGTTCTCCAAGGCCAGTCTGGAGGAAGGTTTAGAGTAATCAAGTTTT  1050
       |||||||  | ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| || |||
seq2  TTCTGTTCCTCCAGGCCAGTCTGGAGGAAGGGTTAAAGT-ATCCAG-TTT  1047

seq1  ATTGACCCAGGAGATGAGAATTACACTTG-CAGAAGGAAA  1089
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATTGACCCAGAAGATGAGAATTACACTTGCCAGAAGGAAA  1087

seq1: chr5_59641548_59642658
seq2: B6Ng01-043F05.g_67_1166 (reverse)

seq1  AGATCTTCATGAATATATTACATTGCATTACTATGAATAGTATTCTGAGA  50
      ||||| ||||||||   ||||| |||| |||||||||||||||   || |
seq2  AGATC-TCATGAATTATTTACA-TGCA-TACTATGAATAGTAT--CGAAA  45

seq1  GATTCATTAAAATAGAACTTTTCTCCATATTGCTAACTAGTCTCTAATTT  100
      |||||||  ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GATTCAT--AAATAAAACTTTTCTTCATA-TGCTAACTAGTCTCT-ATTT  91

seq1  GAAACCATAAAAACCTGAAGAGACACAGTTCTATATATTTTACTTCTTTA  150
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAACCAT-AAAACCTGAAGAGACACAGTTCTATATA-TTTACTTCTTTA  139

seq1  AGATTTTATGGTTCACTCGTACAAAAATGGGGCTAGTCATATAATGTCAG  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGA-TTTATGGTTCACTCGTACAAAAATGGGGCTAGTCATATAATGTCAG  188

seq1  TTTAGCTATTGTCAGTTATGATGTTGGCC-TTAGTTGGTCTATAATATGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATTGTCAGTTATGATGTTGGCCTTTAGTTGGTCTATAATATGA  238

seq1  CTGATTATAATAAATTGAATGCCATTAAAAATAATGTCAGTTCTGAGCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTATAATAAATTGAATGCCATTAAAAATAATGTCAGTTCTGAGCTG  288

seq1  GTAAATACCTTGAGTGAAGTATTTGTAGAGCTATCAATTGCTTTACAGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATACCTTGAGTGAAGTATTTGTAGAGCTATCAATTGCTTTACAGCA  338

seq1  AATAAATACGGCAAAGTTAATAAACTGAATCTCCTGTGAATATGGTACCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATACGGCAAAGTTAATAAACTGAATCTCCTGTGAATATGGTACCT  388

seq1  TGTGCTATATTATTTAAAGAAATGTCTTGTTGTACTTTATAATGCAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTATATTATTTAAAGAAATGTCTTGTTGTACTTTATAATGCAAAAA  438

seq1  CATATGCTGTAAAGAAGGTGACAAAGTTGTTACATGTGACAGATTTCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTGTAAAGAAGGTGACAAAGTTGTTACATGTGACAGATTTCTCA  488

seq1  GAGAAGAGAAAAGGAGACACACAGAAGGGACTTTAGGAATGTGTCTTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGAAAAGGAGACACACAGAAGGGACTTTAGGAATGTGTCTTATA  538

seq1  TAGTCATGGAAGCTACAGAAGTAAGCAGGATTGTCTAGAAGCTTGTAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGAAGCTACAGAAGTAAGCAGGATTGTCTAGAAGCTTGTAAAT  588

seq1  CCTGGGAGGAATCAACATATGTCCATATGTTAACACCTGAGAAAGGCAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGGAATCAACATATGTCCATATGTTAACACCTGAGAAAGGCAGA  638

seq1  CATCCCTGCATTTTTGGAGTGACCCTGTTTTAATTACATGTTTTATTTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGCATTTTTGGAGTGACCCTGTTTTAATTACATGTTTTATTTGA  688

seq1  TACTTAATTTAAATGGCTGAGGGCCATGCAACATAATGGAGAGTACCCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATTTAAATGGCTGAGGGCCATGCAACATAATGGAGAGTACCCCA  738

seq1  GTTTGTTCAAAGCTTCCTGAAAGGAATATGATTATTAAGGAAACACTCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTCAAAGCTTCCTGAAAGGAATATGATTATTAAGGAAACACTCAG  788

seq1  AATAATGTTTTATCAATTATTTGGGTAATTTGACAAATTGACACAATTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTTTTATCAATTATTTGGGTAATTTGACAAATTGACACAATTAG  838

seq1  ACATTTCTTTGTCCACTTTGATTGAAAATAGTGTTTTTTTTTTCCTCCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTTTGTCCACTTTGATTGAAAATAGTGTTTTTTTTTTCCTCCCA  888

seq1  CACTGATTTATCATTTCCTGGGCCTCTTCTCCTCCCAGCTTTCCCCCTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATTTATCATTTCCTGGGCCTCTTCTCCTCCCAGCTTTCCCCCTTC  938

seq1  TCCCTCTGATCAACTTATGATGCTTATATGAGCTAATAAAATAAGATATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGATCAACTTATGATGCTTATATGAGCTAATAAAATAAGATATC  988

seq1  ATAAAATAAGACATAATAAAATAAAATAAAACTAACATGTAAGAATTGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAGACATAATAAAATAAAATAAAACTAACATGTAAGAATTGAA  1038

seq1  CAAAATATGGAAAAAACTAGAACAATCCAATTAAACCAGGTACAGGAATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATGGAAAAAACTAGAACAATCCAATTAAACCAGGTACAGGAATA  1088

seq1  AACAAAGAATTC  1111
      ||||||||||||
seq2  AACAAAGAATTC  1100