BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043I22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 144,249,699 - 144,377,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDaglb, Rac1, 2810453I06Rik
Upstream geneLOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888, Zfp469, LOC666788, Fbxl18, D430018E03Rik, LOC100042558, Actb, Fscn1, 2810055G22Rik, LOC667809, Olfr718-ps1, LOC640324, LOC100042605, Rbak, 4933411G11Rik, Spdyb, Zfp12, Zfp316, Gm792, E130309D02Rik, Zdhhc4, Grid2ip, Kdelr2, LOC231869, LOC670671
Downstream genePscd3, Usp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2, Bhlhb8, 2210010N04Rik, Bri3, Baiap2l1, 4930568B11Rik, Nptx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043I22.bB6Ng01-043I22.g
ACCDH869583DH869584
length1,0781,019
definitionDH869583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043I22, 5' end.DH869584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,376,760 - 144,377,851)(144,249,699 - 144,250,725)
sequence
gaattcccaagataccctacctcaaccaggttatgtaagcagcgaggatt
tctgggaaagagctctctcctaagagctccagggtcacagcttttcctga
gtcatggtagagtgggtttctgctgacacagctgcccttgagtcactcaa
actcatgtaaattcactggttcacactaggctagactttgggtggaatcc
tttctgtcatcattgccttaccaggaagtgaatagtattttgtgttgttt
tgggttgtttgttcttcctgggaatactcacccagcagtaacttactctt
acgcggtcttttattcaaatgatggtttccctgcttccacccgctcagtg
ggtaccagcatgctaacctggataatatcgttgttatctttatctagttc
tttgattttatagtttgagcctgccctactgaaaaaaagaaaactaattt
cacacacacaaaaatcaggtcacagtctgtggtacacagcttaaagctat
catcagatattgtcctggagttcagagtgtataatcagtcaggggattaa
agaggtgaagggtgaagtgacagatataaagacatagagcatctgtctgt
gattgaggtcatccacgcagacagtgtgctccttgccaacagatgatggg
atgctaagtggccctgacctgaaaggactgtgactcaagaaggcttaact
agacccaagcaacggtgactccataatgtggcctctcggagtggaagcca
atcatgagatctggccatgtcacaccagtgtgcctctgggttctagccat
gaaacatcacgtagtaccaccattggtacctggataacccatactttcca
atcagagggacagaacactgttccctggctgtggaacctgggcaattgtt
tcacttctctgtgccttactttctataaaatgagaccaacaactagtctg
gctcggaaagtgtcgtgagaaactgctgttggccatggtgtgtatgactg
taatcccagcactgataactgagcaagagcacctagttcaggccaggacc
agagacactgcagctcttttcaacagcc
gaattctttctcagtccctgctctgaccagttggttccccgcagtgagag
aaaggtttcctggcctctctgctcttatcctagtcagacaggcccttcct
gtgtagctcccaagtgtccccaaatgctggaattacaagtgggttcccaa
cacaacctgctccagtctgtcccctatgctgtcctctggaaacccccagt
gcactcagctttccggagggagggggtgcttgtttcccatgctctgtgac
ctgccagccacttcttcctagtgccactctgtatagagcactaagtggta
tgcctgcctggtgtcctctgtagacagttgaaggggctttttgtcatata
ggggtaagcacgacatggtggcctatgcctgtaatcccaggatgggaggc
agaagcagaaaggattcaaagctagcctgggctacgtggtgagaccctgt
cacaaacaaaatttgaagccgtgtggaccccaggaggtgcttgtccccag
gtgcttgctccctcgggtctggccaccactcatcccatctctcctgtgag
cactgagtgtggacttctgaggacaggagcgggttttgctctgggctagg
aaggtccctagatggtggtgctgcaagacaaaggtgctttagggtgacca
ctcgccatcctcctacccccttccagccagcttcgtgcctcacctgggtt
ctctgtggagactgcatgacagttctctcagcagcctgacagctgtctgc
catgcttcagagcagtggttccagccttcctgatgctgcaacactttaat
aaagttccttatgttgtggtgaccttccccctcaaccataaaactatttt
cattgctactgtaattttgcaaccgttacaaatgataatttaaatatctg
ttttctgatggtcttaggtgacccccatgacaggtcatttgacccctccc
caagggtctaaactacaggttaggaacaacactttggagtgccctgggag
ctgagcaggccgtcagccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_144376760_144377851
seq2: B6Ng01-043I22.b_45_1122 (reverse)

seq1  GGCTGTTTGGAAAGAGCTGCCAGTGCTCTTTCTGGTCCTGGCCTTGAACT  50
      ||||| ||| ||||||||| |||||   | ||||||||||||| ||||||
seq2  GGCTG-TTGAAAAGAGCTG-CAGTG---TCTCTGGTCCTGGCC-TGAACT  44

seq1  TGGTGCTCTTGCCTCAGTTTATCAAGTGCTGGGATTACAGTCATACACCA  100
       |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGTGCTCTTG-CTCAG-TTATC-AGTGCTGGGATTACAGTCATACA-CA  90

seq1  CCATGGCCAACAGCAGTTTCTCACGACACCTTTCCGAGCCAGAACTAGTT  150
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCATGGCCAACAGCAGTTTCTCACGACA-CTTTCCGAGCCAG-ACTAGTT  138

seq1  GTTGGTCTCATTTTATAGAAAGTAAGGCACAGAGAAGTGAAACAATTTGC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  GTTGGTCTCATTTTATAGAAAGTAAGGCACAGAGAAGTGAAACAATT--G  186

seq1  CCCAGGTTCCACAGCCAGGGAACAGTGTTCTGTCCCTCTGATTGGAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTTCCACAGCCAGGGAACAGTGTTCTGTCCCTCTGATTGGAAAGT  236

seq1  ATGGGTTATCCAGGTACCAATGGTGGTACTACGTGATGTTTCATGGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTATCCAGGTACCAATGGTGGTACTACGTGATGTTTCATGGCTAG  286

seq1  AACCCAGAGGCACACTGGTGTGACATGGCCAGATCTCATGATTGGCTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGAGGCACACTGGTGTGACATGGCCAGATCTCATGATTGGCTTCC  336

seq1  ACTCCGAGAGGCCACATTATGGAGTCACCGTTGCTTGGGTCTAGTTAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGAGAGGCCACATTATGGAGTCACCGTTGCTTGGGTCTAGTTAAGC  386

seq1  CTTCTTGAGTCACAGTCCTTTCAGGTCAGGGCCACTTAGCATCCCATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGAGTCACAGTCCTTTCAGGTCAGGGCCACTTAGCATCCCATCAT  436

seq1  CTGTTGGCAAGGAGCACACTGTCTGCGTGGATGACCTCAATCACAGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCAAGGAGCACACTGTCTGCGTGGATGACCTCAATCACAGACAG  486

seq1  ATGCTCTATGTCTTTATATCTGTCACTTCACCCTTCACCTCTTTAATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTATGTCTTTATATCTGTCACTTCACCCTTCACCTCTTTAATCCC  536

seq1  CTGACTGATTATACACTCTGAACTCCAGGACAATATCTGATGATAGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGATTATACACTCTGAACTCCAGGACAATATCTGATGATAGCTTT  586

seq1  AAGCTGTGTACCACAGACTGTGACCTGATTTTTGTGTGTGTGAAATTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGTACCACAGACTGTGACCTGATTTTTGTGTGTGTGAAATTAGT  636

seq1  TTTCTTTTTTTCAGTAGGGCAGGCTCAAACTATAAAATCAAAGAACTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTTCAGTAGGGCAGGCTCAAACTATAAAATCAAAGAACTAGA  686

seq1  TAAAGATAACAACGATATTATCCAGGTTAGCATGCTGGTACCCACTGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAACAACGATATTATCCAGGTTAGCATGCTGGTACCCACTGAGC  736

seq1  GGGTGGAAGCAGGGAAACCATCATTTGAATAAAAGACCGCGTAAGAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAAGCAGGGAAACCATCATTTGAATAAAAGACCGCGTAAGAGTAA  786

seq1  GTTACTGCTGGGTGAGTATTCCCAGGAAGAACAAACAACCCAAAACAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGCTGGGTGAGTATTCCCAGGAAGAACAAACAACCCAAAACAACA  836

seq1  CAAAATACTATTCACTTCCTGGTAAGGCAATGATGACAGAAAGGATTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATACTATTCACTTCCTGGTAAGGCAATGATGACAGAAAGGATTCCA  886

seq1  CCCAAAGTCTAGCCTAGTGTGAACCAGTGAATTTACATGAGTTTGAGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGTCTAGCCTAGTGTGAACCAGTGAATTTACATGAGTTTGAGTGA  936

seq1  CTCAAGGGCAGCTGTGTCAGCAGAAACCCACTCTACCATGACTCAGGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGGCAGCTGTGTCAGCAGAAACCCACTCTACCATGACTCAGGAAA  986

seq1  AGCTGTGACCCTGGAGCTCTTAGGAGAGAGCTCTTTCCCAGAAATCCTCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGACCCTGGAGCTCTTAGGAGAGAGCTCTTTCCCAGAAATCCTCG  1036

seq1  CTGCTTACATAACCTGGTTGAGGTAGGGTATCTTGGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTACATAACCTGGTTGAGGTAGGGTATCTTGGGAATTC  1078

seq1: chr5_144249699_144250725
seq2: B6Ng01-043I22.g_68_1086

seq1  GAATTCTTTCTCAGTCCCTGCTCTGACCAGTTGGTTCCCCGCAGTGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCAGTCCCTGCTCTGACCAGTTGGTTCCCCGCAGTGAGAG  50

seq1  AAAGGTTTCCTGGCCTCTCTGCTCTTATCCTAGTCAGACAGGCCCTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTCCTGGCCTCTCTGCTCTTATCCTAGTCAGACAGGCCCTTCCT  100

seq1  GTGTAGCTCCCAAGTGTCCCCAAATGCTGGAATTACAAGTGGGTTCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCTCCCAAGTGTCCCCAAATGCTGGAATTACAAGTGGGTTCCCAA  150

seq1  CACAACCTGCTCCAGTCTGTCCCCTATGCTGTCCTCTGGAAACCCCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTGCTCCAGTCTGTCCCCTATGCTGTCCTCTGGAAACCCCCAGT  200

seq1  GCACTCAGCTTTCCGGAGGGAGGGGGTGCTTGTTTCCCATGCTCTGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGCTTTCCGGAGGGAGGGGGTGCTTGTTTCCCATGCTCTGTGAC  250

seq1  CTGCCAGCCACTTCTTCCTAGTGCCACTCTGTATAGAGCACTAAGTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCCACTTCTTCCTAGTGCCACTCTGTATAGAGCACTAAGTGGTA  300

seq1  TGCCTGCCTGGTGTCCTCTGTAGACAGTTGAAGGGGCTTTTTGTCATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTGGTGTCCTCTGTAGACAGTTGAAGGGGCTTTTTGTCATATA  350

seq1  GGGGTAAGCACGACATGGTGGCCTATGCCTGTAATCCCAGGATGGGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAGCACGACATGGTGGCCTATGCCTGTAATCCCAGGATGGGAGGC  400

seq1  AGAAGCAGAAAGGATTCAAAGCTAGCCTGGGCTACGTGGTGAGACCCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGAAAGGATTCAAAGCTAGCCTGGGCTACGTGGTGAGACCCTGT  450

seq1  CACAAACAAAATTTGAAGCCGTGTGGACCCCAGGAGGTGCTTGTCCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAAAATTTGAAGCCGTGTGGACCCCAGGAGGTGCTTGTCCCCAG  500

seq1  GTGCTTGCTCCCTCGGGTCTGGCCACCACTCATCCCATCTCTCCTGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCTCCCTCGGGTCTGGCCACCACTCATCCCATCTCTCCTGTGAG  550

seq1  CACTGAGTGTGGACTTCTGAGGACAGGAGCGGGTTTTGCTCTGGGCTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGTGTGGACTTCTGAGGACAGGAGCGGGTTTTGCTCTGGGCTAGG  600

seq1  AAGGTCCCTAGATGGTGGTGCTGCAAGACAAAGGTGCTTTAGGGTGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCCTAGATGGTGGTGCTGCAAGACAAAGGTGCTTTAGGGTGACCA  650

seq1  CTCGCCATCCTCCTACCCCCTTCCAGCCAGCTTCGTGCCTCACCTGGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCATCCTCCTACCCCCTTCCAGCCAGCTTCGTGCCTCACCTGGGTT  700

seq1  CTCTGTGGAGACTGCATGACAGTTCTCTCAGCAGCCTGACAGCTGTCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGAGACTGCATGACAGTTCTCTCAGCAGCCTGACAGCTGTCTGC  750

seq1  CATGCTTCAGAGCAGTGGTTCCAGCCTTCCTGATGCTGCAACACTTTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTCAGAGCAGTGGTTCCAGCCTTCCTGATGCTGCAACACTTTAAT  800

seq1  AAAGTTCCTTATGTTGTGGTGACCTTCCCCCTCAACCATAAAACTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCTTATGTTGTGGTGACCTTCCCCCTCAACCATAAAACTATTTT  850

seq1  CATTGCTACTGTAATTTTGCAACCGTTACAAATGATAATTTAAATATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTACTGTAATTTTGCAACCGTTACAAATGATAATTTAAATATCTG  900

seq1  TTTTCTGATGGTCTTAGGTGACCCCCATGACAGGGTCATTTGACCCCTCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGATGGTCTTAGGTGACCCCCATGACA-GGTCATTTGACCCCTCC  949

seq1  CCCAAGGGGTCTTAAACTACAGGTTAGGAACAACCACTTTGGAGTGCCCT  1000
      ||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CC--AAGGGTC-TAAACTACAGGTTAGGAACAA-CACTTTGGAGTGCCCT  995

seq1  GGGAGCCTGAGGCCAGGCCGTCAGCCC  1027
      ||||| |||||  ||||||||||||||
seq2  GGGAG-CTGAG--CAGGCCGTCAGCCC  1019