BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043K14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 143,827,820 - 143,947,523
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2810055G22Rik, Olfr718-ps1, LOC640324, LOC100042605, Rbak, 4933411G11Rik
Upstream geneFoxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2, Wipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888, Zfp469, LOC666788, Fbxl18, D430018E03Rik, LOC100042558, Actb, Fscn1, LOC667809
Downstream geneSpdyb, Zfp12, Zfp316, Gm792, E130309D02Rik, Zdhhc4, Grid2ip, Kdelr2, LOC231869, LOC670671, Daglb, Rac1, 2810453I06Rik, Pscd3, Usp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043K14.bB6Ng01-043K14.g
ACCDH869657DH869658
length1,0761,063
definitionDH869657|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043K14, 5' end.DH869658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043K14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,827,820 - 143,828,900)(143,946,458 - 143,947,523)
sequence
gaattctttatgtcagagtgtaccagagaaatgaaggtctggatacacac
tccatcacatccatgagagcctgcctattttataggacagtcttaagtct
cagtcttcagggattctgggcaccaagtctttcccagataatgcaccact
atcaaagccttatctcagagtgacaggttcctgaaactctaacttgagtg
tagcttcctggcaaacactgcagtgagaaagcagatgcctttggtcttac
ataggacaaaattagctcatggctcactttttatacaaaatcctccagga
ttaactgtcagttccaccatcttgttgaagagaaagggcgccacactggg
gcaagtacaaaggaaaaggcagatgtcctcacagcacaaccatctctgcc
attaaatctgaatgcacacagtagtttgctttagcactaacctcaaagaa
ttttgtccattctgcttacaagacagttgtgctgacacatctactttgga
aatacccaagggggagagggcacttttcttgtggaatgctagtgccatct
agtggcagcttattccatagttcacacaaaacagcttcgtacagatgcct
ctctgcattgtattataggtttggtttttatcttatctcccacagacact
ttcctccaagagcagaaaaagaacctagagcatgagtgcctttatctata
ggtaaaggttaaattttgaaacagatggtcctggaagctataatatcctg
tgctacatctcttcactgtggatactgtaaataagatgaatgagcaaatg
gaagctctgagaaccacccaacatttgcacagtaaccatctccctactgc
atcaaactccagactccacgatccttctccagcctcagtctctttagaat
gggtgacttagtcacttcgcaagtgtgcactgagaactgtactggaaggc
accaggcaaacacacagttggcacttgtttttttcctgctgaaaccctcc
atatcccattaaatcattgatgcagtgattgagcagtggatggaagcaaa
ggactctcctgcacctgccttattca
gaattcatagccactatgcctcaagatctctataccaaaatccagatcag
aaacttctatctccaagcctccagataagggtcactggtgggccttccaa
ttctggattgtagttcattccaaatatagtcaagttgacaaccaggaata
gccactacatactcataggttgagaaccactgagatagaagaataattta
gggtgatttctgacatgggcctccacatgcataagcaagcacacacatgt
gaatgagcatgagtaaacacacatgcatccatgcacatgcaaaaacatgc
atacagattcatggcacacacacacacacatatgcatagataaaaatgag
gaaaggtctgtaataaattgataagcagtcgtgaaatggacatgtttgtt
tgtttgtttatgtatatgggtatcttatctgcacaccagaagaggttatc
agatactatgggactactgtgatctatttatgagataccatgtgattgct
ggaaactgaacccggcacctctggaagagcatccagtgctcctaatcatt
gacccatctctccatcccccagaggacatgttcttcacaagtaggatgcc
tgtgaaaatcaccaagagataccagttcacacccaacgtggatggctgaa
ataaataaattggagaataacaagtgttggcaagtgtgtggtgagcacac
tgtatttcgggtgggactgtggaatggtacagccactgtggaaaatgagt
tggtggctccttaaaaagtggaacacaggattacaagccattctactcct
ggatagcacccagtagatcgctacagaggaacgtaaccgggaacttgaac
atggatgtccataaccttgttcactataggcaaaagttgagaacacttgg
agtgtctatcagagatcagggggtgtctgccagcattttatgtggatagt
gaatgtgatttatccacgcaattactgaccttaagatgagctgagggcag
ggaggtgctcttggtgggtaaagcttttacaattgaaagccagatagcct
gagagattcacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_143827820_143828900
seq2: B6Ng01-043K14.b_43_1118

seq1  GAATTCTTTATGTCAGAGTGTACCAGAGAAATGAAGGTCTGGATACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATGTCAGAGTGTACCAGAGAAATGAAGGTCTGGATACACAC  50

seq1  TCCATCACATCCATGAGAGCCTGCCTATTTTATAGGACAGTCTTAAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACATCCATGAGAGCCTGCCTATTTTATAGGACAGTCTTAAGTCT  100

seq1  CAGTCTTCAGGGATTCTGGGCACCAAGTCTTTCCCAGATAATGCACCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTCAGGGATTCTGGGCACCAAGTCTTTCCCAGATAATGCACCACT  150

seq1  ATCAAAGCCTTATCTCAGAGTGACAGGTTCCTGAAACTCTAACTTGAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGCCTTATCTCAGAGTGACAGGTTCCTGAAACTCTAACTTGAGTG  200

seq1  TAGCTTCCTGGCAAACACTGCAGTGAGAAAGCAGATGCCTTTGGTCTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTGGCAAACACTGCAGTGAGAAAGCAGATGCCTTTGGTCTTAC  250

seq1  ATAGGACAAAATTAGCTCATGGCTCACTTTTTATACAAAATCCTCCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAAAATTAGCTCATGGCTCACTTTTTATACAAAATCCTCCAGGA  300

seq1  TTAACTGTCAGTTCCACCATCTTGTTGAAGAGAAAGGGCGCCACACTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTCAGTTCCACCATCTTGTTGAAGAGAAAGGGCGCCACACTGGG  350

seq1  GCAAGTACAAAGGAAAAGGCAGATGTCCTCACAGCACAACCATCTCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTACAAAGGAAAAGGCAGATGTCCTCACAGCACAACCATCTCTGCC  400

seq1  ATTAAATCTGAATGCACACAGTAGTTTGCTTTAGCACTAACCTCAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCTGAATGCACACAGTAGTTTGCTTTAGCACTAACCTCAAAGAA  450

seq1  TTTTGTCCATTCTGCTTACAAGACAGTTGTGCTGACACATCTACTTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCATTCTGCTTACAAGACAGTTGTGCTGACACATCTACTTTGGA  500

seq1  AATACCCAAGGGGGAGAGGGCACTTTTCTTGTGGAATGCTAGTGCCATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCAAGGGGGAGAGGGCACTTTTCTTGTGGAATGCTAGTGCCATCT  550

seq1  AGTGGCAGCTTATTCCATAGTTCACACAAAACAGCTTCGTACAGATGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAGCTTATTCCATAGTTCACACAAAACAGCTTCGTACAGATGCCT  600

seq1  CTCTGCATTGTATTATAGGTTTGGTTTTTATCTTATCTCCCACAGACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATTGTATTATAGGTTTGGTTTTTATCTTATCTCCCACAGACACT  650

seq1  TTCCTCCAAGAGCAGAAAAAGAACCTAGAGCATGAGTGCCTTTATCTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAAGAGCAGAAAAAGAACCTAGAGCATGAGTGCCTTTATCTATA  700

seq1  GGTAAAGGTTAAATTTTGAAACAGATGGTCCTGGAAGCTATAATATCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGGTTAAATTTTGAAACAGATGGTCCTGGAAGCTATAATATCCTG  750

seq1  TGCTACATCTCTTCACTGTGGATACTGTAAATAAGATGAATGAGCAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATCTCTTCACTGTGGATACTGTAAATAAGATGAATGAGCAAATG  800

seq1  GAAGCTCTGAGAACCACCCAACATTTGCACAGTAACCATCTCCCTACTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTGAGAACCACCCAACATTTGCACAGTAACCATCTCCCTACTGC  850

seq1  ATCAAACTCCAGACTCCACGATCCTTCTCCAGCCTCAGTCTCTTTAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTCCAGACTCCACGATCCTTCTCCAGCCTCAGTCTCTTTAGAAT  900

seq1  GGGTGACTTAGTCACTTCGCAAGTGTGCACTGAGAACTGTACTGGAAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGACTTAGTCACTTCGCAAGTGTGCACTGAGAACTGTACTGGAAGGC  950

seq1  ACCAGGCAAACACACAGTTGGCACTTGTTTTTTTTCCTGCTGAAACCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCAAACACACAGTTGGCACTTG-TTTTTTTCCTGCTGAAACCCTC  999

seq1  CATATTCCCATTAAATCATTGATGCAGTGGATGGAAGCAGTGGATGGAAG  1050
      |||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||
seq2  CATA-TCCCATTAAATCATTGATGCAGTGATTG--AGCAGTGGATGGAAG  1046

seq1  CAAAGGACTCTCCTGCACCTTGCCTTATTCA  1081
      ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAAGGACTCTCCTGCACC-TGCCTTATTCA  1076

seq1: chr5_143946458_143947523
seq2: B6Ng01-043K14.g_68_1130 (reverse)

seq1  ATGTGACTCTCTCAGGCTATCTGGCTTTC-ATTGTAAAAGCTTTTACCCA  49
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTGAATCTCTCAGGCTATCTGGCTTTCAATTGTAAAAGC-TTTACCCA  49

seq1  C--AGAGCCACCTCCCTGGCCCTTCAGCTCATCTTAAGGTTCAGTAATTG  97
      |  |||| ||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAAGAG-CACCTCCCTG--CCCTCAGCTCATCTTAAGG-TCAGTAATTG  95

seq1  CGTGGATAAATCACATTTCACTTATCACAT-ATATGCTGGCAGACACCCC  146
      ||||||||||||||| ||||||   ||||| | |||||||||||||||||
seq2  CGTGGATAAATCACA-TTCACTATCCACATAAAATGCTGGCAGACACCCC  144

seq1  CTGATCTCCTGATAGACACTCCAAGTGTTCTCAACTTTTGCCTATAGTGA  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCT-CTGATAGACACTCCAAGTGTTCTCAACTTTTGCCTATAGTGA  193

seq1  ACAAGGTTATGGACATCCATGTTCAAGTTCCCGGTTACGTTCCTCTGTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTTATGGACATCCATGTTCAAGTTCCCGGTTACGTTCCTCTGTAG  243

seq1  CGATCTACTGGGTGCTATCCAGGAGTAGAATGGCTTGTAATCCTGTGTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTACTGGGTGCTATCCAGGAGTAGAATGGCTTGTAATCCTGTGTTC  293

seq1  CACTTTTTAAGGAGCCACCAACTCATTTTCCACAGTGGCTGTACCATTCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTTAAGGAGCCACCAACTCATTTTCCACAGTGGCTGTACCATTCC  343

seq1  ACAGTCCCACCCGAAATACAGTGTGCTCACCACACACTTGCCAACACTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCCACCCGAAATACAGTGTGCTCACCACACACTTGCCAACACTTG  393

seq1  TTATTCTCCAATTTATTTATTTCAGCCATCCACGTTGGGTGTGAACTGGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTCCAATTTATTTATTTCAGCCATCCACGTTGGGTGTGAACTGGT  443

seq1  ATCTCTTGGTGATTTTCACAGGCATCCTACTTGTGAAGAACATGTCCTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGGTGATTTTCACAGGCATCCTACTTGTGAAGAACATGTCCTCT  493

seq1  GGGGGATGGAGAGATGGGTCAATGATTAGGAGCACTGGATGCTCTTCCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATGGAGAGATGGGTCAATGATTAGGAGCACTGGATGCTCTTCCAG  543

seq1  AGGTGCCGGGTTCAGTTTCCAGCAATCACATGGTATCTCATAAATAGATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCGGGTTCAGTTTCCAGCAATCACATGGTATCTCATAAATAGATC  593

seq1  ACAGTAGTCCCATAGTATCTGATAACCTCTTCTGGTGTGCAGATAAGATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGTCCCATAGTATCTGATAACCTCTTCTGGTGTGCAGATAAGATA  643

seq1  CCCATATACATAAACAAACAAACAAACATGTCCATTTCACGACTGCTTAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATACATAAACAAACAAACAAACATGTCCATTTCACGACTGCTTAT  693

seq1  CAATTTATTACAGACCTTTCCTCATTTTTATCTATGCATATGTGTGTGTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATTACAGACCTTTCCTCATTTTTATCTATGCATATGTGTGTGTG  743

seq1  TGTGTGCCATGAATCTGTATGCATGTTTTTGCATGTGCATGGATGCATGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCCATGAATCTGTATGCATGTTTTTGCATGTGCATGGATGCATGT  793

seq1  GTGTTTACTCATGCTCATTCACATGTGTGTGCTTGCTTATGCATGTGGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACTCATGCTCATTCACATGTGTGTGCTTGCTTATGCATGTGGAG  843

seq1  GCCCATGTCAGAAATCACCCTAAATTATTCTTCTATCTCAGTGGTTCTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGTCAGAAATCACCCTAAATTATTCTTCTATCTCAGTGGTTCTCA  893

seq1  ACCTATGAGTATGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACTATATTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGAGTATGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACTATATTTG  943

seq1  GAATGAACTACAATCCAGAATTGGAAGGCCCACCAGTGACCCTTATCTGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAACTACAATCCAGAATTGGAAGGCCCACCAGTGACCCTTATCTGG  993

seq1  AGGCTTGGAGATAGAAGTTTCTGATCTGGATTTTGGTATAGAGATCTTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGAGATAGAAGTTTCTGATCTGGATTTTGGTATAGAGATCTTGA  1043

seq1  GGCATAGTGGCTATGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGTGGCTATGAATTC  1063