BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044I18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,034,473 - 27,108,434
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837, 4930584F24Rik
Downstream geneDpp6, B930011P16Rik, Speer4b, Paxip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044I18.bB6Ng01-044I18.g
ACCDH870268DH870269
length1,1751,085
definitionDH870268|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044I18, 5' end.DH870269|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,107,261 - 27,108,434)(27,034,473 - 27,035,554)
sequence
gaattcctgcaatttccccacaaaattgtgggcttgtcttagttaggttt
aattatcaacttgacacagcctagagtcatctgagaggaaagctttgact
gaggatttgctggcagtatgttcacctgtgagcatgtctgtgtaggattg
tcttcatttagtgggaggcaccattccctaggcaagtggtcctcagctgt
gtaataaagctagaagagtatgaacaaggcagaaagtgaaccagcaaaca
accttccttcgtggttcctgtcctcagattccttctttgagttcctgctc
taatttccctctgtaatggactataacatagaagtataagctaaattaac
catgttacttttggtccatgttttattaagtcatcagaaaagaaactaga
accaaaacttccctttaaagtatcccaactatgttacttgcatgtattgg
agagcagccacttctataattatatagatatatagcttacttttcttcta
ataggatatgttaataacatttagttgtgctgaagatgtgtgaccagtga
gttatgatattggacatactgtgacatgcccagtgagatgcttgctataa
aagtcagatgtaaagggctggggccatttgatcagtctcagactgcctga
tctgaaattttctagacctaggtacaggtacatgcatgtatgtgtattgc
tgtaaatggggttgttttctgcagttcttgttccgaaagtttattgttag
ttcacaaaaacaccactagtttttatatgctcactttgacatactgcagt
ttaactacattcacttaccagacctactcaacttctattgcattcatcta
taagcaaggatgattccagaaaaccagatatggttacaatttgtctcctg
gatttgataataagtaccaatagtacctcagtttcttctaaaaatccatc
agagaaagtgccatcaaaagctgtggccacactcaggcatgatctgctag
ggtttgcaaactttcagaaagatgcttgtgtcattttgctgggtctccac
caatttcacttttctcttttctaggatgctccacgaatgcaaagaattcc
agtatgcttcagcttgcattgcttctggcagttcgtatttagtctttcct
gacatctcctcccagccagcctggt
gaattcttccttgcttgcattagaactgaagctatgtgagccccagacca
tgggaatgccagcttaaaatcatgcagtgtgagaccatgaaaagggactg
gctctggtgacatgacctggctcgggaatcagcaggcactcataaatact
gttaaatctagagtttgcctaggtaaattctaatgaaatataatgatcaa
aatcttccaatgccaggtggttttgcaggtgcagttctgtaagcgtccgt
tgagatttaacatctacctgaaggctctgacaagttcaatggagagcagc
cgcccccatgccttgagacgtgattgagtttttgtacctataagataaga
atggaggtaatctatataacacttgaactggctttagactacctattgcc
tatgtgtcgattttagatttatttattttatatgcatgagtgttttgcct
gaatgtttgtatgtgagccttgtgcctacatatctctatgtgcaccttgc
acagcctggtaccacagagctcagaagagagcactggattgctaagaatt
gtggttataggtggttgtgagctatcttgcgggtgctgggaactgaacct
agatcttctgcatgaataggaagttctcttactgagccctttctgcagtc
tatatgaattattttgaacagtgactggcatgtaataagtactatagaac
agtagtgattgttgtaaccattaatacctaaaatatgaatatattctaat
gagttccatatagttatacaatatctgatagtcattataatacattataa
ttagtttacttagattataaaacagctataactatactatatgttatgta
gtgatataattgaaataattcctaaaattctatacactacatgttcatac
agttaattaatattaaacacatatatttatgtgaacaaagctttgacttt
aaatgatgagagagagttaatgtatttatgaataccttttcatagcatct
cagcataaagtgtgtgagctcataagaattgtgagctcctaggaattgtg
agctccaattcctgtttgatatatcatttctgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27107261_27108434
seq2: B6Ng01-044I18.b_42_1216 (reverse)

seq1  ACCAGGCTAGCTGGGA-GAGATGTCAGGGAAGACATATAACGAACTGCCA  49
      |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||||||
seq2  ACCAGGCTGGCTGGGAGGAGATGTCAGGAAAGACTAAATACGAACTGCCA  50

seq1  GAAGCACTGCAGGCTGATGCATACTGGAATTCTGTGCATTCGT-GAGCAT  98
      |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GAAGCAATGCAAGCTGAAGCATACTGGAATTCTTTGCATTCGTGGAGCAT  100

seq1  TCTGTAGGAAAAGAG-AAAGTGAAATTTGGTGGAGACCCAGCAAAAATGA  147
       ||    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CCT---AGAAAAGAGAAAAGTGAAA-TTGGTGGAGACCCAGC-AAAATGA  145

seq1  CAC-AGCATCTTTCTGAAAGTTTGCAAACCCTAGCAGATCATGCCTGAGT  196
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCATCTTTCTGAAAGTTTGCAAACCCTAGCAGATCATGCCTGAGT  195

seq1  GTGGCCACAGCTTTTGATGGCACTTTCTCTGATGGATTTTTAGAAGAAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCACAGCTTTTGATGGCACTTTCTCTGATGGATTTTTAGAAGAAAC  245

seq1  TGAGGTACTATT-GTACTTATTATCAAATCCAGGAGAC-AATTGTAACCA  294
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGGTACTATTGGTACTTATTATCAAATCCAGGAGACAAATTGTAACCA  295

seq1  TATCTGGTTTTCTGGAATCATCCTTGCTTATAGATGACTGCATTAGAAGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  TATCTGGTTTTCTGGAATCATCCTTGCTTATAGATGAATGCAATAGAAGT  345

seq1  TGAGTAGGTCTGGTAAGTGAATGTAGTTAAACTGCAGTATGTCAAAGTGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGGTCTGGTAAGTGAATGTAGTTAAACTGCAGTATGTCAAAGTGA  395

seq1  GCATATAAAAACTAGTGGTGTTTTTGTGAACTAACAATAAACTTTCGGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAAAAACTAGTGGTGTTTTTGTGAACTAACAATAAACTTTCGGAA  445

seq1  CAAGAACTGCAGAAAACAACCCCATTTACAGCAATACACATACATGCATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACTGCAGAAAACAACCCCATTTACAGCAATACACATACATGCATG  495

seq1  TACCTGTACCTAGGTCTAGAAAATTTCAGATCAGGCAGTCTGAGACTGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTACCTAGGTCTAGAAAATTTCAGATCAGGCAGTCTGAGACTGAT  545

seq1  CAAATGGCCCCAGCCCTTTACATCTGACTTTTATAGCAAGCATCTCACTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGCCCCAGCCCTTTACATCTGACTTTTATAGCAAGCATCTCACTG  595

seq1  GGCATGTCACAGTATGTCCAATATCATAACTCACTGGTCACACATCTTCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTCACAGTATGTCCAATATCATAACTCACTGGTCACACATCTTCA  645

seq1  GCACAACTAAATGTTATTAACATATCCTATTAGAAGAAAAGTAAGCTATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACTAAATGTTATTAACATATCCTATTAGAAGAAAAGTAAGCTATA  695

seq1  TATCTATATAATTATAGAAGTGGCTGCTCTCCAATACATGCAAGTAACAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATATAATTATAGAAGTGGCTGCTCTCCAATACATGCAAGTAACAT  745

seq1  AGTTGGGATACTTTAAAGGGAAGTTTTGGTTCTAGTTTCTTTTCTGATGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGATACTTTAAAGGGAAGTTTTGGTTCTAGTTTCTTTTCTGATGA  795

seq1  CTTAATAAAACATGGACCAAAAGTAACATGGTTAATTTAGCTTATACTTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAAAACATGGACCAAAAGTAACATGGTTAATTTAGCTTATACTTC  845

seq1  TATGTTATAGTCCATTACAGAGGGAAATTAGAGCAGGAACTCAAAGAAGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTATAGTCCATTACAGAGGGAAATTAGAGCAGGAACTCAAAGAAGG  895

seq1  AATCTGAGGACAGGAACCACGAAGGAAGGTTGTTTGCTGGTTCACTTTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAGGACAGGAACCACGAAGGAAGGTTGTTTGCTGGTTCACTTTCT  945

seq1  GCCTTGTTCATACTCTTCTAGCTTTATTACACAGCTGAGGACCACTTGCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTTCATACTCTTCTAGCTTTATTACACAGCTGAGGACCACTTGCC  995

seq1  TAGGGAATGGTGCCTCCCACTAAATGAAGACAATCCTACACAGACATGCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAATGGTGCCTCCCACTAAATGAAGACAATCCTACACAGACATGCT  1045

seq1  CACAGGTGAACATACTGCCAGCAAATCCTCAGTCAAAGCTTTCCTCTCAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTGAACATACTGCCAGCAAATCCTCAGTCAAAGCTTTCCTCTCAG  1095

seq1  ATGACTCTAGGCTGTGTCAAGTTGATAATTAAACCTAACTAAGACAAGCC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCTAGGCTGTGTCAAGTTGATAATTAAACCTAACTAAGACAAGCC  1145

seq1  CACAATTTTGTGGGGAAATTGCAGGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTTTGTGGGGAAATTGCAGGAATTC  1175

seq1: chr5_27034473_27035554
seq2: B6Ng01-044I18.g_70_1154

seq1  GAATTCTTCCTTGCTTGCATTAGAACTGAAGCTATGTGAGCCCCAGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTTGCTTGCATTAGAACTGAAGCTATGTGAGCCCCAGACCA  50

seq1  TGGGAATGCCAGCTTAAAATCATGCAGTGTGAGACCATGAAAAGGGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATGCCAGCTTAAAATCATGCAGTGTGAGACCATGAAAAGGGACTG  100

seq1  GCTCTGGTGACATGACCTGGCTCGGGAATCAGCAGGCACTCATAAATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGTGACATGACCTGGCTCGGGAATCAGCAGGCACTCATAAATACT  150

seq1  GTTAAATCTAGAGTTTGCCTAGGTAAATTCTAATGAAATATAATGATCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATCTAGAGTTTGCCTAGGTAAATTCTAATGAAATATAATGATCAA  200

seq1  AATCTTCCAATGCCAGGTGGTTTTGCAGGTGCAGTTCTGTAAGCGTCCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCAATGCCAGGTGGTTTTGCAGGTGCAGTTCTGTAAGCGTCCGT  250

seq1  TGAGATTTAACATCTACCTGAAGGCTCTGACAAGTTCAATGGAGAGCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTAACATCTACCTGAAGGCTCTGACAAGTTCAATGGAGAGCAGC  300

seq1  CGCCCCCATGCCTTGAGACGTGATTGAGTTTTTGTACCTATAAGATAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCCCATGCCTTGAGACGTGATTGAGTTTTTGTACCTATAAGATAAGA  350

seq1  ATGGAGGTAATCTATATAACACTTGAACTGGCTTTAGACTACCTATTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGTAATCTATATAACACTTGAACTGGCTTTAGACTACCTATTGCC  400

seq1  TATGTGTCGATTTTAGATTTATTTATTTTATATGCATGAGTGTTTTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTCGATTTTAGATTTATTTATTTTATATGCATGAGTGTTTTGCCT  450

seq1  GAATGTTTGTATGTGAGCCTTGTGCCTACATATCTCTATGTGCACCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTTGTATGTGAGCCTTGTGCCTACATATCTCTATGTGCACCTTGC  500

seq1  ACAGCCTGGTACCACAGAGCTCAGAAGAGAGCACTGGATTGCTAAGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGGTACCACAGAGCTCAGAAGAGAGCACTGGATTGCTAAGAATT  550

seq1  GTGGTTATAGGTGGTTGTGAGCTATCTTGCGGGTGCTGGGAACTGAACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTATAGGTGGTTGTGAGCTATCTTGCGGGTGCTGGGAACTGAACCT  600

seq1  AGATCTTCTGCATGAATAGGAAGTTCTCTTACTGAGCCCTTTCTGCAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTCTGCATGAATAGGAAGTTCTCTTACTGAGCCCTTTCTGCAGTC  650

seq1  TATATGAATTATTTTGAACAGTGACTGGCATGTAATAAGTACTATAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAATTATTTTGAACAGTGACTGGCATGTAATAAGTACTATAGAAC  700

seq1  AGTAGTGATTGTTGTAACCATTAATACCTAAAATATGAATATATTCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGATTGTTGTAACCATTAATACCTAAAATATGAATATATTCTAAT  750

seq1  GAGTTCCATATAGTTATACAATATCTGATAGTCATTATAATACATTATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCATATAGTTATACAATATCTGATAGTCATTATAATACATTATAA  800

seq1  TTAG-TTAC-TAGATTAT-AAACAGCTATAACTATACTATATGTTATGTA  847
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTACTTAGATTATAAAACAGCTATAACTATACTATATGTTATGTA  850

seq1  GTGATATAATTGAAATAATTTCTAAAATTCTATAACACTACATG-TCATA  896
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GTGATATAATTGAAATAATTCCTAAAATTCTAT-ACACTACATGTTCATA  899

seq1  CAG-TAATTAATATTAAACACATATATTTATGTGAACAAAAGCATTGACT  945
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  CAGTTAATTAATATTAAACACATATATTTATGTGAAC-AAAGCTTTGACT  948

seq1  TTAAATGATGAGAGAGAGTTAAATGTAATTTATG-ATACCTTTTCATAGC  994
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAATGATGAGAGAGAGTT-AATGT-ATTTATGAATACCTTTTCATAGC  996

seq1  ATCTCAGCATATAGTGTGTGAGCTCATTAAGAA-TGTGAGCTCACTAGGA  1043
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
seq2  ATCTCAGCATAAAGTGTGTGAGCTCA-TAAGAATTGTGAGCTC-CTAGGA  1044

seq1  A-TGTGAGCTCACATTCCTGTTTGA-ATATCATTTCTGTCA  1082
      | |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTGTGAGCTCCAATTCCTGTTTGATATATCATTTCTGTCA  1085