BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044N17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 97,372,431 - 97,514,461
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670358, Bmp2k, Paqr3
Upstream geneCxcl13, EG666231, Cnot6l, LOC100040559, Mrpl1, Fras1, Anxa3, EG666266
Downstream geneLOC100040598, EG433923, EG666293, C80008, Gk2, Antxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044N17.bB6Ng01-044N17.g
ACCDH870489DH870490
length1,177915
definitionDH870489|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N17, 5' end.DH870490|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,372,431 - 97,373,615)(97,513,546 - 97,514,461)
sequence
gaattctcccaactccacctcccgccatctcttggtctctgttcagacac
agccttcttgactgtgtttgatagttacttttataaacaactaacttcaa
ggctattctctgtgtgtcccctgccttcctgttcttatcacaatacaacg
tttgctctgtactccgctgtctctggagcaggcttccttcagagaacaag
cctcagaaaccacctgcaactcccttgacttgctaccatttctggccacc
cccacccccaccccgccctgtgcacctcttttagagtgtgtatctcattt
attacctagaatgtctctcttctctagtcaagtccagacaaaacacctct
acactggctggcatgtgtttgtattgtctgcttctgtgttcctggtgctt
agcgttgggcttagtaaggcttagcaagtgtttgttgaatgtggaatgat
ctctttaaggcaaggtgtgttccttctacagcccacataaggtaaggaca
gtattgcagagcgcagggattttgccgcctgccttggcgacttcgtgact
ttaaccttgtagtcgttgggggactcagaggtttatatgctcttcttcat
tcactgtgcaattctataaatatacactgtgtgcttgctgtgggccaata
ttcaagggactgtggttatgtcattagatggttatagcagaattcaagac
agggagaaaagcttgatgttccaataaaataatgaacaatctatttgggg
aaggaattcgagagtgctgcatgaacacataaccaaataaataaaatttt
caattagggataaaaagcctcaataaagtggttgaaaaaggccagggcaa
tcctcattaaagagacagtatttgaactggaattaaataagatagtatct
gtgaacatcctagactcctgcctgacatataataatatcagaaatagaat
taccattaatcaaacgtgtccaaagaagttagcacatccctgtagtccca
gcacgaggagctgagtaggacgattgtgagtttaaggctccacctggtgc
ttgattagccaaggtgtgtcttcagagcagcatgaaacccacaagaaatg
tgaacctttgaggaaatgtacttcactgatttattttacacagtgtacca
cctatagggtagcccattatgccactg
gaattctttctatgacagctcgggaactgagtagcaacccaggtccttca
aactcgctatcagaatgaggaacccagcagacatgagggaatcaatgatg
ccatgctggcctaacatctctgctgctctgtagcatcacatcttacaact
cacctgatggacccagcccacaggacagacctccaagactacccctggac
gatgccctgcacacgtggtacttgatgaactggtagaatccttgactgca
ggcctgctccagtgttgtggctggccaaccatccctacttatcatatctc
atcgtccttactctctgtttcctagctctgtgcacatgtgtaaccaaaat
gactgctccaagagtggcaactggtatatatagaaagggatatcatgaca
attcagacactatagggaggtacttttagctcagaattcagtcacttgca
ttttcttactacctttaacaaacaaatgtctgttttcaggagtttgcact
cagtgtcagtactcaaaacatttccaatgtgctggaaaactcacaggagg
gaaaatgggtgcataaatccaagcctacacctccagcagtcagtaaagac
ctccttaaggagaaggcaggattgaaccatgagaaagagccgtacaaagg
acaagcttctagctgcttcagatgaaaagctctgggaccttgagatagtg
aaactgggataatgtggctggaacatggtcaggagggggctgggccgcta
cactgctcagaacccatgtgaaaggctacacgttcacacgggctttgtag
cctcagtgctgggaaaacaaggaatatcccctggtgctccctggcaagcc
agtctagccaactatggaagttctagggcagtgagagactgtagggagag
tgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_97372431_97373615
seq2: B6Ng01-044N17.b_48_1224

seq1  GAATTCTCCCAACTCCACCTCCCGCCATCTCTTGGTCTCTGTTCAGACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCAACTCCACCTCCCGCCATCTCTTGGTCTCTGTTCAGACAC  50

seq1  AGCCTTCTTGACTGTGTTTGATAGTTACTTTTATAAACAACTAACTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTTGACTGTGTTTGATAGTTACTTTTATAAACAACTAACTTCAA  100

seq1  GGCTATTCTCTGTGTGTCCCCTGCCTTCCTGTTCTTATCACAATACAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTCTCTGTGTGTCCCCTGCCTTCCTGTTCTTATCACAATACAACG  150

seq1  TTTGCTCTGTACTCCGCTGTCTCTGGAGCAGGCTTCCTTCAGAGAACAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTGTACTCCGCTGTCTCTGGAGCAGGCTTCCTTCAGAGAACAAG  200

seq1  CCTCAGAAACCACCTGCAACTCCCTTGACTTGCTACCATTTCTGGCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAACCACCTGCAACTCCCTTGACTTGCTACCATTTCTGGCCACC  250

seq1  CCCACCCCCACCCCGCCCTGTGCACCTCTTTTAGAGTGTGTATCTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCACCCCGCCCTGTGCACCTCTTTTAGAGTGTGTATCTCATTT  300

seq1  ATTACCTAGAATGTCTCTCTTCTCTAGTCAAGTCCAGACAAAACACCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTAGAATGTCTCTCTTCTCTAGTCAAGTCCAGACAAAACACCTCT  350

seq1  ACACTGGCTGGCATGTGTTTGTATTGTCTGCTTCTGTGTTCCTGGTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCTGGCATGTGTTTGTATTGTCTGCTTCTGTGTTCCTGGTGCTT  400

seq1  AGCGTTGGGCTTAGTAAGGCTTAGCAAGTGTTTGTTGAATGTGGAATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTGGGCTTAGTAAGGCTTAGCAAGTGTTTGTTGAATGTGGAATGAT  450

seq1  CTCTTTAAGGCAAGGTGTGTTCCTTCTACAGCCCACATAAGGTAAGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAGGCAAGGTGTGTTCCTTCTACAGCCCACATAAGGTAAGGACA  500

seq1  GTATTGCAGAGCGCAGGGATTTTGCCGCCTGCCTTGGCGACTTCGTGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCAGAGCGCAGGGATTTTGCCGCCTGCCTTGGCGACTTCGTGACT  550

seq1  TTAACCTTGTAGTCGTTGGGGGACTCAGAGGTTTATATGCTCTTCTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTTGTAGTCGTTGGGGGACTCAGAGGTTTATATGCTCTTCTTCAT  600

seq1  TCACTGTGCAATTCTATAAATATACACTGTGTGCTTGCTGTGGGCCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGCAATTCTATAAATATACACTGTGTGCTTGCTGTGGGCCAATA  650

seq1  TTCAAGGGACTGTGGTTATGTCATTAGATGGTTATAGCAGAATTCAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGGACTGTGGTTATGTCATTAGATGGTTATAGCAGAATTCAAGAC  700

seq1  AGGGAGAAAAGCTTGATGTTCCAATAAAATAATGAACAATCTATTTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAAAGCTTGATGTTCCAATAAAATAATGAACAATCTATTTGGGG  750

seq1  AAGGAATTCGAGAGTGCTGCATGAACACATAACCAAATAAATAAAATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATTCGAGAGTGCTGCATGAACACATAACCAAATAAATAAAATTTT  800

seq1  CAATTAGGGATAAAAAGCCTCAATAAAGTGGTTGAAAAAGGCCAGGGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGGGATAAAAAGCCTCAATAAAGTGGTTGAAAAAGGCCAGGGCAA  850

seq1  TCCTCATTAAAGAGACAGTATTTGAACTGGAATTAAATAAGATAGTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTAAAGAGACAGTATTTGAACTGGAATTAAATAAGATAGTATCT  900

seq1  GTGAACATCCTAGACTCCTGCCTGACATATAATAATATCAGAAATAGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACATCCTAGACTCCTGCCTGACATATAATAATATCAGAAATAGAAT  950

seq1  TACCATTAATCAAAACGTGTCCAAAGAAGTTAGCACATCCCTGTAGTCCC  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTAATC-AAACGTGTCCAAAGAAGTTAGCACATCCCTGTAGTCCC  999

seq1  AGCACGAGGAAGCTGAAGTAGGACGATTGTGAGTTTAAGGCT-CACCT-G  1048
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AGCACGAGG-AGCTG-AGTAGGACGATTGTGAGTTTAAGGCTCCACCTGG  1047

seq1  TGC-TGATTAGCCAGAGTGTGTC-TCAGAGCAGCAATGAAAACCCCACAA  1096
      ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||  |||||||
seq2  TGCTTGATTAGCCAAGGTGTGTCTTCAGAGCAGC-ATGAAA--CCCACAA  1094

seq1  GAAATGATGAACATTTGAGGAAATGTACTTAACCTGATTTATATTACACA  1146
      |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||
seq2  GAAATG-TGAACCTTTGAGGAAATGTACTTCA-CTGATTTATTTTACACA  1142

seq1  GTGTACAACTATATAAGGATAGCACATTTTATGCCACTG  1185
      |||||| ||  ||| ||| |||| ||  |||||||||||
seq2  GTGTACCAC-CTAT-AGGGTAGCCCA--TTATGCCACTG  1177

seq1: chr5_97513546_97514461
seq2: B6Ng01-044N17.g_69_983 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACCTCTCCCTACAGTCTCTCACTGCCCTAGAACTTC  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACA-CTCTCCCTACAGTCTCTCACTGCCCTAGAACTTC  49

seq1  CATAGTTGGCTAGACTGGCTTGCCAGGGAGCACCAGGGGATATTCCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTGGCTAGACTGGCTTGCCAGGGAGCACCAGGGGATATTCCTTGT  99

seq1  TTTCCCAGCACTGAGGCTACAAAGCCCGTGTGAACGTGTAGCCTTTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCACTGAGGCTACAAAGCCCGTGTGAACGTGTAGCCTTTCACA  149

seq1  TGGGTTCTGAGCAGTGTAGCGGCCCAGCCCCCTCCTGACCATGTTCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTGAGCAGTGTAGCGGCCCAGCCCCCTCCTGACCATGTTCCAGC  199

seq1  CACATTATCCCAGTTTCACTATCTCAAGGTCCCAGAGCTTTTCATCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTATCCCAGTTTCACTATCTCAAGGTCCCAGAGCTTTTCATCTGAA  249

seq1  GCAGCTAGAAGCTTGTCCTTTGTACGGCTCTTTCTCATGGTTCAATCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAGAAGCTTGTCCTTTGTACGGCTCTTTCTCATGGTTCAATCCTG  299

seq1  CCTTCTCCTTAAGGAGGTCTTTACTGACTGCTGGAGGTGTAGGCTTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCTTAAGGAGGTCTTTACTGACTGCTGGAGGTGTAGGCTTGGAT  349

seq1  TTATGCACCCATTTTCCCTCCTGTGAGTTTTCCAGCACATTGGAAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCACCCATTTTCCCTCCTGTGAGTTTTCCAGCACATTGGAAATGTT  399

seq1  TTGAGTACTGACACTGAGTGCAAACTCCTGAAAACAGACATTTGTTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTACTGACACTGAGTGCAAACTCCTGAAAACAGACATTTGTTTGTT  449

seq1  AAAGGTAGTAAGAAAATGCAAGTGACTGAATTCTGAGCTAAAAGTACCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAGTAAGAAAATGCAAGTGACTGAATTCTGAGCTAAAAGTACCTC  499

seq1  CCTATAGTGTCTGAATTGTCATGATATCCCTTTCTATATATACCAGTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGTGTCTGAATTGTCATGATATCCCTTTCTATATATACCAGTTGC  549

seq1  CACTCTTGGAGCAGTCATTTTGGTTACACATGTGCACAGAGCTAGGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTGGAGCAGTCATTTTGGTTACACATGTGCACAGAGCTAGGAAAC  599

seq1  AGAGAGTAAGGACGATGAGATATGATAAGTAGGGATGGTTGGCCAGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTAAGGACGATGAGATATGATAAGTAGGGATGGTTGGCCAGCCAC  649

seq1  AACACTGGAGCAGGCCTGCAGTCAAGGATTCTACCAGTTCATCAAGTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGGAGCAGGCCTGCAGTCAAGGATTCTACCAGTTCATCAAGTACC  699

seq1  ACGTGTGCAGGGCATCGTCCAGGGGTAGTCTTGGAGGTCTGTCCTGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTGCAGGGCATCGTCCAGGGGTAGTCTTGGAGGTCTGTCCTGTGGG  749

seq1  CTGGGTCCATCAGGTGAGTTGTAAGATGTGATGCTACAGAGCAGCAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCCATCAGGTGAGTTGTAAGATGTGATGCTACAGAGCAGCAGAGA  799

seq1  TGTTAGGCCAGCATGGCATCATTGATTCCCTCATGTCTGCTGGGTTCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGCCAGCATGGCATCATTGATTCCCTCATGTCTGCTGGGTTCCTC  849

seq1  ATTCTGATAGCGAGTTTGAAGGACCTGGGTTGCTACTCAGTTCCCGAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATAGCGAGTTTGAAGGACCTGGGTTGCTACTCAGTTCCCGAGCT  899

seq1  GTCATAGAAAGAATTC  916
      ||||||||||||||||
seq2  GTCATAGAAAGAATTC  915