BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045K10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 45,024,614 - 45,139,094
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLdb2, LOC100041481
Upstream gene5730509K17Rik, Fbxl5, Bst1, Cd38, EG665989, EG665994, LOC100040677, EG384179, Fgfbp1, Prom1, LOC100041413, Tapt1, LOC100040717, LOC545747
Downstream geneLOC100040737, Qdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045K10.bB6Ng01-045K10.g
ACCDH871047DH871048
length1,075990
definitionDH871047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045K10, 5' end.DH871048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045K10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,138,012 - 45,139,094)(45,024,614 - 45,025,601)
sequence
gaattcctagtcttttgttggcattgaatgtttgcagtcccttcttggca
ggacacgtgtagggaaggtggtattgattgcttgtgagaatttctaacca
acacagagcaaaacccaccttctcttagatgcaggaaagagggctggaaa
gaaaagagcaaggctcctccagaggctcaggcactgagaggtgcttttag
agaaaactcttccaaaatgcatgaactatgctttcgctatttattttcca
ctccatgtggaagactgaatcatttattagcattaatggaaaacagatta
atgtctttttgcccacactggaactgtatgctttgccaggcagaaagaca
ggtttataatctcagtgtgctctgggagatctgtaacaaggtgcgtctca
ggtgtgttccccaggaggtgacaatgtatttcaggtgtcttttgagcgca
caacaagaagtgtaccaccatcccaacaggacttgctaaaagtttctcca
acacccttcactgtagcttttacaaaagtgggccttcctttgtaatggaa
gccacaagtttgctcttgaaatgaagtttaaaagtgtcttttccagatgt
ggagctacaaagtgtcaatatggctcatggtcacatttgtaagacttgaa
gctggagcctgcatttgttgcattgtaagacttgaaggttggaagcctgc
atttgttgctgacttatctctatttccaacttcttttagtaggagagatg
atcagactatcccagggctggagatggaatgtactttccctaaaatgttt
agatcatgtatttccatgtcagaaaaaaaatgccatgttgggagagcaca
tgcaatagaggaacatgcctgaatattttagctggtttacatgacaagtc
ttcccttttcttaaaggcaaattgagtccagcttccatgagcagactttc
tctgtttcagacatctgagatgcttaggcagtgagaagtcttgtttctac
ctttggattctcctcagcactcccccgcaatttcattttcaaaatcttac
acagattcccatcttgatgagctga
gaattcttcttttaacaagtgatggtttattttataatgagcaacagatg
tctgggtgaggaataaagtggagaggaaagtaataattcagtaagataat
ttaaaaaaattaaaaatcgaagtgccactgtaaatctccttagaattctt
gcagcagacagagccaaagcaatgcctcaaataggaaagagcctgtcatt
gttccagttacagaaggggacccttattgagcacacttctgtcttaagat
ctctcagtctttctgtaaactaactacaaatactccaaggttaggcaaag
ctggggtgcttttgaacaaaacatttgcaacatcaatttctttgttttct
gtgacacaagtgtatttgatttgagagacagacgctataatccatcaact
aggggctaagacaataatgactcagcagctgacaaggcttgttacacaag
cctaatgagctgagcctggatatcagaaaaccttggaaaaatctgtatat
ggtatcatacatgttcatgttactctgggtgcttctatggagatgtggga
agcagagacaatgacctatcttacctagaagctcatggtttagttttcgt
tgtggacccagtacactggaagaaataggcctgcatcttgccataggtac
atgggaaaaaccaacccctcaaagttgtcctttgacctgtatatgctagc
cattatatgaatgtgccaatgtcacatatacatccgagacatacccctca
cgcacacatgtacgcatacatgcacatctgattattgtcttccaattgct
tacacttgtcaggtaactaaacatataatgaagtacaattctgattttgt
gctcttcaccttttaaggaagaagaaaataccctgtaattacaatattac
accaaaatgaccaaatagacctgggaatagtgaaaaataaatcctggatt
ttaatcagctttttaagcaccaccagtttaaacaattgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_45138012_45139094
seq2: B6Ng01-045K10.b_41_1115 (reverse)

seq1  TCAGCTCATCAAGATGGTGTATCTGTGTATGATTTTTGGAAAATGGAAAT  50
      ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  |||||| |||||
seq2  TCAGCTCATCAAGATGG-GAATCTGTGTAAGATTTT--GAAAAT-GAAAT  46

seq1  TGCGGGGGAGTGCTGAGGAGAATACAGAAGGTAGGAACAAGACTTCTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCGGGGGAGTGCTGAGGAGAATCCA-AAGGTAGAAACAAGACTTCTCAC  95

seq1  TGCCAAAGCATCTCAGAATGTCTGAAAACAGAGAAAGTCTGCTCATGGAA  150
      |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAGCATCTCAG-ATGTCTG-AAACAGAGAAAGTCTGCTCATGGAA  143

seq1  GCTGGACTCAATTTGCCTTTAAGGAAAAGGGAAGACTTGTCATGTAAACC  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACTCAATTTGCCTTTAA-GAAAAGGGAAGACTTGTCATGTAAACC  192

seq1  AGCTAAAATATTCAGGCATGTTCCTCTATTGCATGTGCTCTCCCAACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAATATTCAGGCATGTTCCTCTATTGCATGTGCTCTCCCAACATG  242

seq1  GCATTTTTTTTCTGACATGGAAATACATGATCTAAACATTTTAGGGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTTTTTCTGACATGGAAATACATGATCTAAACATTTTAGGGAAAG  292

seq1  TACATTCCATCTCCAGCCCTGGGATAGTCTGATCATCTCTCCTACTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCCATCTCCAGCCCTGGGATAGTCTGATCATCTCTCCTACTAAAA  342

seq1  GAAGTTGGAAATAGAGATAAGTCAGCAACAAATGCAGGCTTCCAACCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGAAATAGAGATAAGTCAGCAACAAATGCAGGCTTCCAACCTTC  392

seq1  AAGTCTTACAATGCAACAAATGCAGGCTCCAGCTTCAAGTCTTACAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTACAATGCAACAAATGCAGGCTCCAGCTTCAAGTCTTACAAATG  442

seq1  TGACCATGAGCCATATTGACACTTTGTAGCTCCACATCTGGAAAAGACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGAGCCATATTGACACTTTGTAGCTCCACATCTGGAAAAGACAC  492

seq1  TTTTAAACTTCATTTCAAGAGCAAACTTGTGGCTTCCATTACAAAGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACTTCATTTCAAGAGCAAACTTGTGGCTTCCATTACAAAGGAAG  542

seq1  GCCCACTTTTGTAAAAGCTACAGTGAAGGGTGTTGGAGAAACTTTTAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTTTTGTAAAAGCTACAGTGAAGGGTGTTGGAGAAACTTTTAGCA  592

seq1  AGTCCTGTTGGGATGGTGGTACACTTCTTGTTGTGCGCTCAAAAGACACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGTTGGGATGGTGGTACACTTCTTGTTGTGCGCTCAAAAGACACC  642

seq1  TGAAATACATTGTCACCTCCTGGGGAACACACCTGAGACGCACCTTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATACATTGTCACCTCCTGGGGAACACACCTGAGACGCACCTTGTTA  692

seq1  CAGATCTCCCAGAGCACACTGAGATTATAAACCTGTCTTTCTGCCTGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCCCAGAGCACACTGAGATTATAAACCTGTCTTTCTGCCTGGCA  742

seq1  AAGCATACAGTTCCAGTGTGGGCAAAAAGACATTAATCTGTTTTCCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACAGTTCCAGTGTGGGCAAAAAGACATTAATCTGTTTTCCATTA  792

seq1  ATGCTAATAAATGATTCAGTCTTCCACATGGAGTGGAAAATAAATAGCGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAATAAATGATTCAGTCTTCCACATGGAGTGGAAAATAAATAGCGA  842

seq1  AAGCATAGTTCATGCATTTTGGAAGAGTTTTCTCTAAAAGCACCTCTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGTTCATGCATTTTGGAAGAGTTTTCTCTAAAAGCACCTCTCAG  892

seq1  TGCCTGAGCCTCTGGAGGAGCCTTGCTCTTTTCTTTCCAGCCCTCTTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAGCCTCTGGAGGAGCCTTGCTCTTTTCTTTCCAGCCCTCTTTCC  942

seq1  TGCATCTAAGAGAAGGTGGGTTTTGCTCTGTGTTGGTTAGAAATTCTCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTAAGAGAAGGTGGGTTTTGCTCTGTGTTGGTTAGAAATTCTCAC  992

seq1  AAGCAATCAATACCACCTTCCCTACACGTGTCCTGCCAAGAAGGGACTGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATCAATACCACCTTCCCTACACGTGTCCTGCCAAGAAGGGACTGC  1042

seq1  AAACATTCAATGCCAACAAAAGACTAGGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCAATGCCAACAAAAGACTAGGAATTC  1075

seq1: chr5_45024614_45025601
seq2: B6Ng01-045K10.g_69_1058

seq1  GAATTCTTCTTTGAACAAGTGATGGTTTATTTTATAATGAGCAACAGATG  50
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTTTAACAAGTGATGGTTTATTTTATAATGAGCAACAGATG  50

seq1  TCTGGGTGAGGAATAAAGTGGAGAGGAAAGTAATAATTCAGTAAGATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTGAGGAATAAAGTGGAGAGGAAAGTAATAATTCAGTAAGATAAT  100

seq1  TTAAAAAAATTAAAAATCGAAGTGCCACTGTAAATCTCCTTAGAATTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAATTAAAAATCGAAGTGCCACTGTAAATCTCCTTAGAATTCTT  150

seq1  GCAGCAGACAGAGCCAAAGCAATGCCTCAAATAGGAAAGAGCCTGTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGACAGAGCCAAAGCAATGCCTCAAATAGGAAAGAGCCTGTCATT  200

seq1  GTTCCAGTTACAGAAGGGGACCCTTATTGAGCACACTTCTGTCTTAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTTACAGAAGGGGACCCTTATTGAGCACACTTCTGTCTTAAGAT  250

seq1  CTCTCAGTCTTTCTGTAAACTAACTACAAATACTCCAAGGTTAGGCAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGTCTTTCTGTAAACTAACTACAAATACTCCAAGGTTAGGCAAAG  300

seq1  CTGGGGTGCTTTTGAACAAAACATTTGCAACATCAATTTCTTTGTTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTGCTTTTGAACAAAACATTTGCAACATCAATTTCTTTGTTTTCT  350

seq1  GTGACACAAGTGTATTTGATTTGAGAGACAGACGCTATAATCCATCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACAAGTGTATTTGATTTGAGAGACAGACGCTATAATCCATCAACT  400

seq1  AGGGGCTAAGACAATAATGACTCAGCAGCTGACAAGGCTTGTTACACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTAAGACAATAATGACTCAGCAGCTGACAAGGCTTGTTACACAAG  450

seq1  CCTAATGAGCTGAGCCTGGATATCAGAAAACCTTGGAAAAATCTGTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGAGCTGAGCCTGGATATCAGAAAACCTTGGAAAAATCTGTATAT  500

seq1  GGTATCATACATGTTCATGTTACTCTGGGTGCTTCTATGGAGATGTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCATACATGTTCATGTTACTCTGGGTGCTTCTATGGAGATGTGGGA  550

seq1  AGCAGAGACAATGACCTATCTTACCTAGAAGCTCATGGTTTAGTTTTCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGACAATGACCTATCTTACCTAGAAGCTCATGGTTTAGTTTTCGT  600

seq1  TGTGGACCCAGTACACTGGAAGAAATAGGCCTGCATCTTGCCATAGGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACCCAGTACACTGGAAGAAATAGGCCTGCATCTTGCCATAGGTAC  650

seq1  ATGGGAAAAACCAACCCCTCAAAGTTGTCCTTTGACCTGTATATGCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAAAACCAACCCCTCAAAGTTGTCCTTTGACCTGTATATGCTAGC  700

seq1  CATTATATGAATGTGCCAATGTCACATATACATCCGAGACATACCCCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATGAATGTGCCAATGTCACATATACATCCGAGACATACCCCTCA  750

seq1  CGCACACATGTACGCATACATGCACATCTGATTATTGTCTTCCAATTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACATGTACGCATACATGCACATCTGATTATTGTCTTCCAATTGCT  800

seq1  TACACTTGTCAGGTAACTAAGCATAATAATGAAGTACAATTCTGATTTTG  850
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTGTCAGGTAACTAAACAT-ATAATGAAGTACAATTCTGATTTTG  849

seq1  TGCTC-TCACCTTTT-AGGAAGAAGAAAATACCCTGTAATTACAATATTA  898
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCACCTTTTAAGGAAGAAGAAAATACCCTGTAATTACAATATTA  899

seq1  CA-CAAAATGACCAAATAGACCTGGGAATAGTGTAAAATAAATCCTGGAT  947
      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACCAAAATGACCAAATAGACCTGGGAATAGTGAAAAATAAATCCTGGAT  949

seq1  TTTAATCAGCTTTTTAAGCACCACCAGTTAAGACAATTGTT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
seq2  TTTAATCAGCTTTTTAAGCACCACCAGTTTAAACAATTGTT  990