BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046O11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 26,326,112 - 26,387,155
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804
Upstream geneActr3b
Downstream geneLOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837, 4930584F24Rik, Dpp6, B930011P16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046O11.bB6Ng01-046O11.g
ACCDH871923DH871924
length1,0391,081
definitionDH871923|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046O11, 5' end.DH871924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046O11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,386,110 - 26,387,155)(26,326,112 - 26,327,213)
sequence
gaattcaccaacttcttgactacacgcaactctctaaaaagtctgcgccc
tgcaacatatatcaagataaacctgtcatggaggtgcatgaacactttcc
tgtactgaacatagaaaggtggaggtagaagtatgatgtatggttaatta
gcaaccaagttcacattgtgttcctggatttcatctcaggacaaggaagt
ggagagtctctgatggcttctctctagccccttgaaaggttctctgagct
tcggcctcaacacttaatacttcctgctggtgcagcaacattaaggaagc
taagattatcatcggcacagtaccacgctagcagcagtggatattactca
gttgttcagatgatggtattcactttcatttgttcttattgtgggctgag
gggaaaagagaacatggtccttagaatggaaagatcattttcacgtctcc
atcttcccagaaagaaagactggaagggagagaatggtaagttctttata
atagaccagaattggctagtgaggccttgcatgtagcgtgtgtttcagtg
ttgttttctgaaacagggtctcaaataccccatgtggaccaggttaacct
tgagctcagacaattctgcttccacgttcatatatttgggcttccaagtg
gggtctccaagtactatgaacacagaactggtcattgtgagagacctaga
taatctaatgctaatgcatgtactgcccagtatagcaagagccattgtgt
tctatgtctgccccctatttcagatagttgctgtcatatgacagccaatc
atcaacacagaaaaacaacttgactcagagcaaagtcatggtatccacat
tcttgttgtgttctgtatgaggtttgttaatcttacatggtcataaacca
atccatgggacccctcaataaaggacagtatgcagtataatctaaaatgg
ttgtgatcagaacagaccactgaatatttccttacttaaatgactaattg
tgttttttcatttgtttttgtttgtttgtttgttggttt
gaattcatgacaccatggatgcagtatggcagtgattacatcatcatgtg
tgtgtccatggggtaagtaaaattatggacacaaaagatcatcaccttgt
atacccctaggtggctaggctatgactttactatatagccctggctgcct
ggaacttacaaagatccatctctggatgtgagttctaggtctacagcggg
ggttagaacacctgaataaggaagatggtctcaagactcattacttgcaa
atcaatttttctgcataagaaatagaatttttaaaaaataggttttaaaa
gttcaattaatatagagataaagggaaaaacaaacaatgaaatacaagaa
ctagaacatataacttccaaataacataacaataactcaaagaacaaaaa
tgaaaaattcaaccaaaactctaaaggaaaattattgttcagcagcattt
ttctgcacttttagcagcacagccctccagcctgctgctcctcttggaca
cttggtagcagtgcagccgcctcagttctccaccaagagtcgttgtctga
agagaaaagggaacaacgccctgaatcagccatggcttcctcggtagggc
ctattcccactcaggacatgtgctataagaagattcatctgaggaagatt
catccgaggaagatggtgggtgctgaggatggtgctcagcaggggcctcc
tggcatggcaactcattctgcaagatgctgtcttcttcagctgtggccaa
tcccagctctcttgcagcttctgagacctgggagaggaaggcagttacta
agacacaggaatggtggggaagggcatggcagctctcaggctgcagtctc
ccactacctcaactttacttgacagtcaacattaatattacctgaaagta
cagattgaaaacttgcagacaggcaaagtattcaaaaacagtcacaaaac
atggactgaaaagatcactcagcttctatcagctcaacaagaacatgcaa
agagagacttcagtgattacagaagaaggagagcacatgcacccagatca
tgataatgagaagcactcattgaattgtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_26386110_26387155
seq2: B6Ng01-046O11.b_50_1088 (reverse)

seq1  AAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAACAAATGAAAAAACACAATTAGTT  50
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAACC--AACAAACAAACAAACAAAAACAAATGAAAAAACACAATTAG-T  47

seq1  CATTTAAAGTTAGGGAAATATTCAGTGGTCTGTTCTGATCAC-ACCATTT  99
      |||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATTTAA--GTAAGGAAATATTCAGTGGTCTGTTCTGATCACAACCATTT  95

seq1  TAGATATAACTGCATACTGTCCTTTAATTGGAGGGGTCCCATGGATTGGT  149
      |||||   ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATACTGCATACTGTCCTTTA--TTGAGGGGTCCCATGGATTGGT  143

seq1  TTATGGACCATTGTAAGATTAACAAACCTCATACAGAACACAAC-AGGAT  198
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
seq2  TTAT-GACCA-TGTAAGATTAACAAACCTCATACAGAACACAACAAGAAT  191

seq1  GTGGATACCATGACTTTGCTCTGAGTCAAGTTGTTTTTCTGTGTTGATGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATACCATGACTTTGCTCTGAGTCAAGTTGTTTTTCTGTGTTGATGA  241

seq1  TTGGCTGTCATATGACAGCAACTATCTGAAATAGGGGGCAGACATAGAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGTCATATGACAGCAACTATCTGAAATAGGGGGCAGACATAGAAC  291

seq1  ACAATGGCTCTTGCTATACTGGGCAGTACATGCATTAGCATTAGATTATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCTCTTGCTATACTGGGCAGTACATGCATTAGCATTAGATTATC  341

seq1  TAGGTCTCTCACAATGACCAGTTCTGTGTTCATAGTACTTGGAGACCCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTCTCACAATGACCAGTTCTGTGTTCATAGTACTTGGAGACCCCA  391

seq1  CTTGGAAGCCCAAATATATGAACGTGGAAGCAGAATTGTCTGAGCTCAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGCCCAAATATATGAACGTGGAAGCAGAATTGTCTGAGCTCAAG  441

seq1  GTTAACCTGGTCCACATGGGGTATTTGAGACCCTGTTTCAGAAAACAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCTGGTCCACATGGGGTATTTGAGACCCTGTTTCAGAAAACAACA  491

seq1  CTGAAACACACGCTACATGCAAGGCCTCACTAGCCAATTCTGGTCTATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACACACGCTACATGCAAGGCCTCACTAGCCAATTCTGGTCTATTA  541

seq1  TAAAGAACTTACCATTCTCTCCCTTCCAGTCTTTCTTTCTGGGAAGATGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACTTACCATTCTCTCCCTTCCAGTCTTTCTTTCTGGGAAGATGG  591

seq1  AGACGTGAAAATGATCTTTCCATTCTAAGGACCATGTTCTCTTTTCCCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGAAAATGATCTTTCCATTCTAAGGACCATGTTCTCTTTTCCCCT  641

seq1  CAGCCCACAATAAGAACAAATGAAAGTGAATACCATCATCTGAACAACTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCACAATAAGAACAAATGAAAGTGAATACCATCATCTGAACAACTG  691

seq1  AGTAATATCCACTGCTGCTAGCGTGGTACTGTGCCGATGATAATCTTAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATCCACTGCTGCTAGCGTGGTACTGTGCCGATGATAATCTTAGC  741

seq1  TTCCTTAATGTTGCTGCACCAGCAGGAAGTATTAAGTGTTGAGGCCGAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAATGTTGCTGCACCAGCAGGAAGTATTAAGTGTTGAGGCCGAAG  791

seq1  CTCAGAGAACCTTTCAAGGGGCTAGAGAGAAGCCATCAGAGACTCTCCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAACCTTTCAAGGGGCTAGAGAGAAGCCATCAGAGACTCTCCAC  841

seq1  TTCCTTGTCCTGAGATGAAATCCAGGAACACAATGTGAACTTGGTTGCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGTCCTGAGATGAAATCCAGGAACACAATGTGAACTTGGTTGCTA  891

seq1  ATTAACCATACATCATACTTCTACCTCCACCTTTCTATGTTCAGTACAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCATACATCATACTTCTACCTCCACCTTTCTATGTTCAGTACAGG  941

seq1  AAAGTGTTCATGCACCTCCATGACAGGTTTATCTTGATATATGTTGCAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTTCATGCACCTCCATGACAGGTTTATCTTGATATATGTTGCAGG  991

seq1  GCGCAGACTTTTTAGAGAGTTGCGTGTAGTCAAGAAGTTGGTGAATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCAGACTTTTTAGAGAGTTGCGTGTAGTCAAGAAGTTGGTGAATTC  1039

seq1: chr5_26326112_26327213
seq2: B6Ng01-046O11.g_68_1148

seq1  GAATTCATGACACCATGGATGCAGTATGGCAGTGATTACATCATCATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGACACCATGGATGCAGTATGGCAGTGATTACATCATCATGTG  50

seq1  TGTGTCCATGGGGTAAGTAAAATTATGGACACAAAAGATCATCACCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCATGGGGTAAGTAAAATTATGGACACAAAAGATCATCACCTTGT  100

seq1  ATACCCCTAGGTGGCTAGGCTATGACTTTACTATATAGCCCTGGCTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCCTAGGTGGCTAGGCTATGACTTTACTATATAGCCCTGGCTGCCT  150

seq1  GGAACTTACAAAGATCCATCTCTGGATGTGAGTTCTAGGTCTACAGCGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTACAAAGATCCATCTCTGGATGTGAGTTCTAGGTCTACAGCGGG  200

seq1  GGTTAGAACACCTGAATAAGGAAGATGGTCTCAAGACTCATTACTTGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAACACCTGAATAAGGAAGATGGTCTCAAGACTCATTACTTGCAA  250

seq1  ATCAATTTTTCTGCATAAGAAATAGAATTTTTAAAAAATAGGTTTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTTTCTGCATAAGAAATAGAATTTTTAAAAAATAGGTTTTAAAA  300

seq1  GTTCAATTAATATAGAGATAAAGGGAAAAACAAACAATGAAATACAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTAATATAGAGATAAAGGGAAAAACAAACAATGAAATACAAGAA  350

seq1  CTAGAACATATAACTTCCAAATAACATAACAATAACTCAAAGAACAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACATATAACTTCCAAATAACATAACAATAACTCAAAGAACAAAAA  400

seq1  TGAAAAATTCAACCAAAACTCTAAAGGAAAATTATTGTTCAGCAGCATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTCAACCAAAACTCTAAAGGAAAATTATTGTTCAGCAGCATTT  450

seq1  TTCTGCACTTTTAGCAGCACAGCCCTCCAGCCTGCTGCTCCTCTTGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCACTTTTAGCAGCACAGCCCTCCAGCCTGCTGCTCCTCTTGGACA  500

seq1  CTTGGTAGCAGTGCAGCCGCCTCAGTTCTCCACCAAGAGTCGTTGTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAGCAGTGCAGCCGCCTCAGTTCTCCACCAAGAGTCGTTGTCTGA  550

seq1  AGAGAAAAGGGAACAACGCCCTGAATCAGCCATGGCTTCCTCGGTAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAGGGAACAACGCCCTGAATCAGCCATGGCTTCCTCGGTAGGGC  600

seq1  CTATTCCCACTCAGGACATGTGCTATAAGAAGATTCATCTGAGGAAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCCACTCAGGACATGTGCTATAAGAAGATTCATCTGAGGAAGATT  650

seq1  CATCCGAGGAAGATGGTGGGTGCTGAGGATGGTGCTCAGCAGGGGCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGAGGAAGATGGTGGGTGCTGAGGATGGTGCTCAGCAGGGGCCTCC  700

seq1  TGGCATGGCAACTCATTCTGCAAGATGCTGTCTTCTTCAGCTGTGGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGGCAACTCATTCTGCAAGATGCTGTCTTCTTCAGCTGTGGCCAA  750

seq1  TCCCAGCTCTCTTGCAGCTTCTGAGACCTGGGAGAGGAAGGCAGTTACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTCTCTTGCAGCTTCTGAGACCTGGGAGAGGAAGGCAGTTACTA  800

seq1  AGACACAGGAATGGTGGGGAAGGGCATGGCAGCTCTCAGGCTGCAGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGGAATGGTGGGGAAGGGCATGGCAGCTCTCAGGCTGCAGTCTC  850

seq1  CCACTACCTCAACTTTACTTGACAGTCAACATTAATATTTTAACTGAAAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||
seq2  CCACTACCTCAACTTTACTTGACAGTCAACATTAATA--TTACCTGAAAG  898

seq1  TACAGATTTGAAAAC-TGCAGACAGGCAAAGTATTCAAAAACAGTCACAA  949
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGA-TTGAAAACTTGCAGACAGGCAAAGTATTCAAAAACAGTCACAA  947

seq1  AACATGGACTGAAAAAGATCAACTCAGGCTTCTATCAGCTCCAAACAAGA  999
      ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||
seq2  AACATGGACTG-AAAAGATC-ACTCA-GCTTCTATCAGCTC--AACAAGA  992

seq1  ACATGGCAAAGGAAGAGACCTCAGTGGATTACAGGAAGAAAGGAGAAGGC  1049
      |||| ||||||  |||||| ||||| ||||||| |||| |||||||    
seq2  ACAT-GCAAAG--AGAGACTTCAGT-GATTACA-GAAG-AAGGAGA---G  1033

seq1  CACATGCCACCCAGATCAATGATAATGAGAAGCACTCATTTGACATTTGT  1099
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    | ||||
seq2  CACATG-CACCCAGATC-ATGATAATGAGAAGCACTCATT---GAATTGT  1078

seq1  ACT  1102
      |||
seq2  ACT  1081