BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048N05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 51,898,534 - 51,993,032
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpargc1a
Upstream geneLOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
Downstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048N05.bB6Ng01-048N05.g
ACCDH873268DH873269
length812952
definitionDH873268|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048N05, 5' end.DH873269|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048N05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,992,221 - 51,993,032)(51,898,534 - 51,899,515)
sequence
gaattctttctcttcttcacttttatgtgggttctgagaaaatcaatgtc
aaacctaggtcatcatggttgtacatcaagtgttcttacatgctcagcaa
tgccacctgtccagaattccacatttacagaaggcccctgtttgacaaac
tttagtatgggggtatccctaggaagttacaattttagcctatggattgt
ggaaaaatctttatatccagagcttcacagtttatctgcttcctactgtg
ctaaagggtctaagggggagtgatcttaagccaggatatttaagtagcaa
gcaaacaagaaagtcctgggaaaatgtagaattgactcatatgagctgtc
tctgtgagacctggggctatgttgtcaagaagctcagagagtgagatggt
tgcatttactggctaactacacatattacatcagctgagggtttcacttt
cttctttgtccatgtcatgtcattacatgaagcgtctgttgctgcgttca
cttgcaatgcatccagcactatcaaaagtgcagcgagtcagcgagcgcaa
gaggctggtgcttcatttgatttttaaagagagatagccatagctgtggc
atttttttcaagtggaatctagaaatttctccttctccttttgacaattg
cccattgaagccacattaaaaagatcccacttattttataagtcttcagt
gggctatcacgtccttcccgcgtctgacagaagttagcaggtagcgctgg
cacacttcccttcacatctgtggccagtgtagagagttttaagctggagg
aggaagaggatg
gaattccatctctgtatgcaacacatattaatcatgcccaccctcaacct
ttttgctacactttatcttgattccacctaagtcactttcccaacttcgt
ggcctcttctggtttcttttttaaataactcactgagtccaattagtggc
ggtctgtatgtacataaatgtaaagtcatccagtggagcatgggcaacct
accaagggtcacacctcaaagaaacccaactgtagtcatcaacttccaat
ggattcccacctaggagtagagcattggattctcacctaggagtagagaa
gtatgaatccctcccccatccatttagtaatgttggctggcttgatcttg
tgtaggtcttgggctggcaactatagctatagcagctgattttactgaat
gcttctgatgtaacctaatgctgagttaattagcatatgtgcactatttc
acttaaagtatccatttaacactgttattagtctaaaatcatgtgcgtaa
tgagaggcagagttgggtatcaagctaaacatatttgataaaatatggct
cttatgttctgtgttgaaattttatggaagagaaaatttaataggaatag
gaggtaaatttgtgctattctaatctatcttcctatcagaaggtatatct
atacttaccaacagactacaaaacaagatgtccatgcacttatactccag
gatacatgtaatcttctatgtagaaagaggggatcactttaaaattgctt
ctcatcgttttgctaactcatgttacttcaaatctatctttactcctagt
gaatgtaattggtcttctgctagatgtttttttccctttcctcatttgtt
cctgccacccccatatcaagctgacaacactgtctagtctgcatatgagt
gagaagagaagagagacgagtagaagaaagagacgcagagagagagagca
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_51992221_51993032
seq2: B6Ng01-048N05.b_47_858 (reverse)

seq1  CATCCTCCTCCTCCTCCAGCTTAAAACT---ACCACTGGGCCCACAAGAA  47
      ||||||| ||||||||||||||||||||     ||||||  |||||   |
seq2  CATCCTCTTCCTCCTCCAGCTTAAAACTCTCTACACTGG--CCACA--GA  46

seq1  TGTGGAAGGGAGTGTGCCAG-GCTACCTGCCAACTTCTGCCAAACTCCAG  96
      |||| | || |||||||||| ||||||||| |||||||| || || |  |
seq2  TGTGAAGGGAAGTGTGCCAGCGCTACCTGCTAACTTCTGTCAGACGCGGG  96

seq1  AAGGAGGTGATAGCCCACTGAAGACTTATAAAATAAGTGGGATCTTTTTA  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACGTGATAGCCCACTGAAGACTTATAAAATAAGTGGGATCTTTTTA  146

seq1  ATGTGGCTTCAATGGGCAATTGTCAAAAGGAGAAGGAGAAACAGTCTAGA  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  ATGTGGCTTCAATGGGCAATTGTCAAAAGGAGAAGGAGAAA-TTTCTAGA  195

seq1  TTCCACTTGAAAAAAATGCCACAGCTATGGCTATCTCTCTTTAAAAATCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTGAAAAAAATGCCACAGCTATGGCTATCTCTCTTTAAAAATCA  245

seq1  AATGAAGCACCAGCCTCTTGCGCTCGCTGACTCGCTGCACTTTTGATAGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCACCAGCCTCTTGCGCTCGCTGACTCGCTGCACTTTTGATAGT  295

seq1  GCTGGATGCATTGCAAGTGAACGCAGCAACAGACGCTTCATGTAATGACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATGCATTGCAAGTGAACGCAGCAACAGACGCTTCATGTAATGACA  345

seq1  TGACATGGACAAAGAAGAAAGTGAAACCCTCAGCTGATGTAATATGTGTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGACAAAGAAGAAAGTGAAACCCTCAGCTGATGTAATATGTGTA  395

seq1  GTTAGCCAGTAAATGCAACCATCTCACTCTCTGAGCTTCTTGACAACATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCCAGTAAATGCAACCATCTCACTCTCTGAGCTTCTTGACAACATA  445

seq1  GCCCCAGGTCTCACAGAGACAGCTCATATGAGTCAATTCTACA-TTTCCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCCCAGGTCTCACAGAGACAGCTCATATGAGTCAATTCTACATTTTCCC  495

seq1  AGGACTTTCTTGTTTGCTTGCTACTTAAATATCCTGGCTTAAGATCACTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTTCTTGTTTGCTTGCTACTTAAATATCCTGGCTTAAGATCACTC  545

seq1  CCCCTTAGACCCTTTAGCACAGTAGGAAGCAGATAAACTGTGAAGCTCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTAGACCCTTTAGCACAGTAGGAAGCAGATAAACTGTGAAGCTCTG  595

seq1  GATATAAAGATTTTTCCACAATCCATAGGCTAAAATTGTAACTTCCTAGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAAGATTTTTCCACAATCCATAGGCTAAAATTGTAACTTCCTAGG  645

seq1  GATACCCCCATACTAAAGTTTGTCAAACAGGGGCCTTCTGTAAATGTGGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCCCCATACTAAAGTTTGTCAAACAGGGGCCTTCTGTAAATGTGGA  695

seq1  ATTCTGGACAGGTGGCATTGCTGAGCATGTAAGAACACTTGATGTACAAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGACAGGTGGCATTGCTGAGCATGTAAGAACACTTGATGTACAAC  745

seq1  CATGATGACCTAGGTTTGACATTGATTTTCTCAGAACCCACATAAAAGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGACCTAGGTTTGACATTGATTTTCTCAGAACCCACATAAAAGTG  795

seq1  AAGAAGAGAAAGAATTC  812
      |||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGAAAGAATTC  812

seq1: chr5_51898534_51899515
seq2: B6Ng01-048N05.g_67_1018

seq1  GAATTCCATCTCTGTATGCAACACATATTAATCATGCCCACCCTCAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCTGTATGCAACACATATTAATCATGCCCACCCTCAACCT  50

seq1  TTTTGCTACACTTTATCTTGATTCCACCTAAGTCACTTTCCCAACTTCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTACACTTTATCTTGATTCCACCTAAGTCACTTTCCCAACTTCGT  100

seq1  GGCCTCTTCTGGTTTCTTTTTTAAATAACTCACTGAGTCCAATTAGTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTTCTGGTTTCTTTTTTAAATAACTCACTGAGTCCAATTAGTGGC  150

seq1  GGTCTGTATGTACATAAATGTAAAGTCATCCAGTGGAGCATGGGCAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTATGTACATAAATGTAAAGTCATCCAGTGGAGCATGGGCAACCT  200

seq1  ACCAAGGGTCACACCTCAAAGAAACCCAACTGTAGTCATCAACTTCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGGTCACACCTCAAAGAAACCCAACTGTAGTCATCAACTTCCAAT  250

seq1  GGATTCCCACCTAGGAGTAGAGCATTGGATTCTCACCTAGGAGTAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCCACCTAGGAGTAGAGCATTGGATTCTCACCTAGGAGTAGAGAA  300

seq1  GTATGAATCCCTCCCCCATCCATTTAGTAATGTTGGCTGGCTTGATCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATCCCTCCCCCATCCATTTAGTAATGTTGGCTGGCTTGATCTTG  350

seq1  TGTAGGTCTTGGGCTGGCAACTATAGCTATAGCAGCTGATTTTACTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTCTTGGGCTGGCAACTATAGCTATAGCAGCTGATTTTACTGAAT  400

seq1  GCTTCTGATGTAACCTAATGCTGAGTTAATTAGCATATGTGCACTATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGATGTAACCTAATGCTGAGTTAATTAGCATATGTGCACTATTTC  450

seq1  ACTTAAAGTATCCATTTAACACTGTTATTAGTCTAAAATCATGTGCGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGTATCCATTTAACACTGTTATTAGTCTAAAATCATGTGCGTAA  500

seq1  TGAGAGGCAGAGTTGGGTATCAAGCTAAACATATTTGATAAAATATGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCAGAGTTGGGTATCAAGCTAAACATATTTGATAAAATATGGCT  550

seq1  CTTATGTTCTGTGTTGAAATTTTATGGAAGAGAAAATTTAATAGGAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTCTGTGTTGAAATTTTATGGAAGAGAAAATTTAATAGGAATAG  600

seq1  GAGGTAAATTTGTGCTATTCTAATCTATCTTCCTATCAGAAGGTATATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAATTTGTGCTATTCTAATCTATCTTCCTATCAGAAGGTATATCT  650

seq1  ATACTTACCAACAGACTACAAAACAAGATGTCCATGCACTTATACTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTACCAACAGACTACAAAACAAGATGTCCATGCACTTATACTCCAG  700

seq1  GATACATGTAATCTTCTATGTAGAAAGAGGGGATCACTTTAAAATTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATGTAATCTTCTATGTAGAAAGAGGGGATCACTTTAAAATTGCTT  750

seq1  CTCATCGTTTTTGCTAACTCATGTTACTTCAAAATCTATCTTTACTCCTA  800
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCATCG-TTTTGCTAACTCATGTTACTTC-AAATCTATCTTTACTCCTA  798

seq1  GTGAATGTAATTGGTTCTTCTGCTAGAATGTTTTTTTTCCCTTTCCTTCA  850
      |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||
seq2  GTGAATGTAATTGG-TCTTCTGCTAG-ATG-TTTTTTTCCCTTTCC-TCA  844

seq1  TTTGTTCCTGCCACCCCCATATCAAAGCTGACAAACACTGGTCTAAGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||
seq2  TTTGTTCCTGCCACCCCCATATC-AAGCTGAC-AACACT-GTCT-AGTCT  890

seq1  GCATATGAGTGAGAAAGAGAAAGAGAGAGGGAGTAAGAAAAGGAGAAAGA  950
      ||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||      || |||||||
seq2  GCATATGAGTGAG-AAGAG-AAGAGAGA-CGAGT------AGAAGAAAGA  931

seq1  GGAAGGGCAGAAGGAAGGGAAGAGAGAGCAGT  982
      |     |||||         ||||||||||||
seq2  G---ACGCAGA--------GAGAGAGAGCAGT  952