BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-053J08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,215,073 - 50,347,033
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666223
Upstream geneKcnip4, LOC100041668, LOC100041659, EG433885
Downstream geneGpr125, EG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-053J08.bB6Ng01-053J08.g
ACCDH876589DH876590
length1,1251,127
definitionDH876589|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053J08, 5' end.DH876590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,215,073 - 50,216,204)(50,345,894 - 50,347,033)
sequence
gaattcactttagtcatgaagtattggcagtactaacttatttccatggt
taaaagtacacatgccagctaagtatggtagtccatgcctgtaatcccta
cacttggaaaactgaagtagaagactgtcatgagtttgaggccagctaag
ctacatagtgaatttggggccagtctgagatatagactgaggaccccccc
catctccaaaccaaccagcaagagacacttttcacaaaaagtgaagcagt
accttctcaccttgtatttcctagagcttttcctttgtgcttgctcatgg
aggagatagctcagccttggatttataaggatgctgattccataggtagg
gccttaatcagaacctaccacctcttaaaggcgctatttctgaccaccac
cttctggggattaggaggtcacccgtttgaatttctgggagagaacagcg
ctcacctcatgatggaagacaaagttgggcaacgaggattaggtctgtcc
ttattcacaggttccaatatctagaacagcacaaacaaaatggtcactca
ggaagtgtctgctaatcatattaagagcatgagaattatctgttatttga
gtgctgagttaaaatataaaagtcagtatcaaatttcatgtgttcatatg
cacgctgtccaaatttccattgcccaaatatcaatgacttattgccaggt
taagaccacgagttaagacatagatagatattgtgtatttaggacttaac
aaaccttcttgcagcagcatttttgaacttggaatgttaactcctaaagt
taacacaaaccttggacatggaggaaaatgatgaccacttccttcatcta
ggcaatgagggtcacaatgagtcatctcaatccagctagccaggcttagg
agacagcatggccagccgtacttagtgtgcaaccatgaacacctgagctg
gcttaccagagtacacatttaagaaggcatgcatgaaataaacagcccaa
tccataaaattatgcatactctagcataaagattgacaacaacttcttaa
aggactaggccataaccacttcagctttatgggccatttgtatatctttg
tgcgtgagaaagcaaccaggctcaa
gaattctttaagtgggacttaatgggccgtcctaaaaggaatatgcaaga
cattggcactgagggtgatttgaactctggagatcattcttatgatgttt
tggtgaagaatgttgctgccttttgcccttgtccaaagagtctgtctgaa
gctaaggtaaagagatttcaattaattgcattgacaaaggaagtgcccga
caagtccagcatagactttaccctctggtttactctcttgaagagtgttt
tgggccagcatagcaagcttagaaaggaaaaaatataaaatgtatggttc
aaataataaaagggcacaaggaagtgcaatggagctaaatcctgtgttca
aggagataaacagattaagggagtggcctacccggtgatcccgagtcttt
tctatgtgtctgtttgtccaatattctttatcttgtcattctagtcagat
caagtcctagctgagtggaataagcagatgatgatgagatggtgaggtct
cctttctcagcagatggaagaaactgaccgtgaacttacagggcttggta
gtactaagtactcatttctgtagccagtgaccacccactcccctttcata
aggctgagtgcttagtagtaattccacttattacttcagcatcatcgaag
taaactttgcttcatgctgaccaagacacagattgaccttctggctgtgt
cctatttatcaagtgatagagaatgtgtatgtgtgcgttttatccatcat
ctgcctctgccatctgggttaatccattatctgctgctgccatctggtct
gggaagatgctaaagacctttattagagatcccaggtatcttttaaaagg
tatagagtatttttagaggattctttggctccctaggcaggttcctttaa
cagtgtaaggagtctaactcataaattttcagtttataatcattgtgttc
ttttgcctgacgtacagcactaatggtttgcttttgcacacgacttagac
tgttgaaacgaggaaatgtatttgtagcagcgatgttttagaactagtag
tcctgagttcaaccagcttaagaaccactgccacgaaagaatggactcca
gtactgaggactgtttattagcacatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50215073_50216204
seq2: B6Ng01-053J08.b_46_1170

seq1  GAATTCACTTTAGTCATGAAGTATTGGCAGTACTAACTTATTTCCATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTAGTCATGAAGTATTGGCAGTACTAACTTATTTCCATGGT  50

seq1  TAAAAGTACACATGCCAGCTAAGTATGGTAGTCCATGCCTGTAATCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTACACATGCCAGCTAAGTATGGTAGTCCATGCCTGTAATCCCTA  100

seq1  CACTTGGAAAACTGAAGTAGAAGACTGTCATGAGTTTGAGGCCAGCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGAAAACTGAAGTAGAAGACTGTCATGAGTTTGAGGCCAGCTAAG  150

seq1  CTACATAGTGAATTTGGGGCCAGTCTGAGATATAGACTGAGGACCCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGTGAATTTGGGGCCAGTCTGAGATATAGACTGAGGACCCCCCC  200

seq1  CATCTCCAAACCAACCAGCAAGAGACACTTTTCACAAAAAGTGAAGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCAAACCAACCAGCAAGAGACACTTTTCACAAAAAGTGAAGCAGT  250

seq1  ACCTTCTCACCTTGTATTTCCTAGAGCTTTTCCTTTGTGCTTGCTCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCACCTTGTATTTCCTAGAGCTTTTCCTTTGTGCTTGCTCATGG  300

seq1  AGGAGATAGCTCAGCCTTGGATTTATAAGGATGCTGATTCCATAGGTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATAGCTCAGCCTTGGATTTATAAGGATGCTGATTCCATAGGTAGG  350

seq1  GCCTTAATCAGAACCTACCACCTCTTAAAGGCGCTATTTCTGACCACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAATCAGAACCTACCACCTCTTAAAGGCGCTATTTCTGACCACCAC  400

seq1  CTTCTGGGGATTAGGAGGTCACCCGTTTGAATTTCTGGGAGAGAACAGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGGGATTAGGAGGTCACCCGTTTGAATTTCTGGGAGAGAACAGCG  450

seq1  CTCACCTCATGATGGAAGACAAAGTTGGGCAACGAGGATTAGGTCTGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCATGATGGAAGACAAAGTTGGGCAACGAGGATTAGGTCTGTCC  500

seq1  TTATTCACAGGTTCCAATATCTAGAACAGCACAAACAAAATGGTCACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACAGGTTCCAATATCTAGAACAGCACAAACAAAATGGTCACTCA  550

seq1  GGAAGTGTCTGCTAATCATATTAAGAGCATGAGAATTATCTGTTATTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGTCTGCTAATCATATTAAGAGCATGAGAATTATCTGTTATTTGA  600

seq1  GTGCTGAGTTAAAATATAAAAGTCAGTATCAAATTTCATGTGTTCATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGTTAAAATATAAAAGTCAGTATCAAATTTCATGTGTTCATATG  650

seq1  CACGCTGTCCAAATTTCCATTGCCCAAATATCAATGACTTATTGCCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTGTCCAAATTTCCATTGCCCAAATATCAATGACTTATTGCCAGGT  700

seq1  TAAGACCACGAGTTAAGACATAGATAGATATTGTGTATTTAGGACTTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCACGAGTTAAGACATAGATAGATATTGTGTATTTAGGACTTAAC  750

seq1  AAACCTTCTTGCAGCAGCATTTTTGAACTTGGAATGTTAACTCCTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCTTGCAGCAGCATTTTTGAACTTGGAATGTTAACTCCTAAAGT  800

seq1  TAACACAAACCTTGGACATGGAGGAAAATGATGACCACTTCCTTCATCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAAACCTTGGACATGGAGGAAAATGATGACCACTTCCTTCATCTA  850

seq1  GGCAATGAGGGTCACAATGAGTCATCTCAATCCAGCTAGCCAGGCTTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGAGGGTCACAATGAGTCATCTCAATCCAGCTAGCCAGGCTTAGG  900

seq1  AGACAGCATGGCCAGCCGTACTTAGTGTGCAACCATGAACACCTGAGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCATGGCCAGCCGTACTTAGTGTGCAACCATGAACACCTGAGCTG  950

seq1  GCTTACCAGAGTACACATTTAAGAAGGCATGCATGAAATAAAACAGCCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GCTTACCAGAGTACACATTTAAGAAGGCATGCATGAAAT-AAACAGCCC-  998

seq1  AATCCATAAAAATATGCATACTCTAGCATAAAGATTGACAAACACTTTCT  1050
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||   
seq2  AATCCATAAAATTATGCATACTCTAGCATAAAGATTGACAACAACTT--C  1046

seq1  TTAAAGGACTAGGCCATAACCACTTCAGCTTTATGGGCCATTTTGTATAA  1100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TTAAAGGACTAGGCCATAACCACTTCAGCTTTATGGGCCA-TTTGTAT-A  1094

seq1  TCTTTGTGCAGTGAGAAAGCAACCAGGCTCAA  1132
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGC-GTGAGAAAGCAACCAGGCTCAA  1125

seq1: chr5_50345894_50347033
seq2: B6Ng01-053J08.g_68_1194 (reverse)

seq1  GATGTTGCTAATAAAACAGTCCTCAGTACTGGAGTTCAATCCTTTCGTAT  50
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||  
seq2  GATG-TGCTAAT-AAACAGTCCTCAGTACTGGAG-TCCATTCTTTCGT-G  46

seq1  GCAGT-GTTCTTAAGCTGGGTTGGTACTCACGACTACTAGTTCTAAAAAC  99
      ||||| |||||||||||||  | | ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GCAGTGGTTCTTAAGCTGG--TTGAACTCAGGACTACTAGTTCT-AAAAC  93

seq1  AATCCGCTGCTACAAATACATTTCCTCGTTTCAACAGTCTAAGTTCGTGT  149
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A--TCGCTGCTACAAATACATTTCCTCGTTTCAACAGTCTAAG-TCGTGT  140

seq1  GCAAAAGCAAACCATTAGTGCTGTACGTCAGGCCAAAAAGAACACAATGA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCAAACCATTAGTGCTGTACGTCAGGC--AAAAGAACACAATGA  188

seq1  TTATAAAACTGAAAATTTTATGAGTTAGACTCCTTACACTGTTAAAGGAA  249
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAT-AAACTGAAAA-TTTATGAGTTAGACTCCTTACACTGTTAAAGGAA  236

seq1  CCTGCCTAGGGAGCCAAAGAATCCTCTAAAAATACTCTATACCTTTTAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTAGGGAGCCAAAGAATCCTCTAAAAATACTCTATACCTTTTAAA  286

seq1  AGATACCTGGGATCTCTAATAAAGGTCTTTAGCATCTTCCCAGACCAGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCTGGGATCTCTAATAAAGGTCTTTAGCATCTTCCCAGACCAGAT  336

seq1  GGCAGCAGCAGATAATGGATTAACCCAGATGGCAGAGGCAGATGATGGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAGCAGATAATGGATTAACCCAGATGGCAGAGGCAGATGATGGAT  386

seq1  AAAACGCACACATACACATTCTCTATCACTTGATAAATAGGACACAGCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGCACACATACACATTCTCTATCACTTGATAAATAGGACACAGCCA  436

seq1  GAAGGTCAATCTGTGTCTTGGTCAGCATGAAGCAAAGTTTACTTCGATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCAATCTGTGTCTTGGTCAGCATGAAGCAAAGTTTACTTCGATGA  486

seq1  TGCTGAAGTAATAAGTGGAATTACTACTAAGCACTCAGCCTTATGAAAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGTAATAAGTGGAATTACTACTAAGCACTCAGCCTTATGAAAGG  536

seq1  GGAGTGGGTGGTCACTGGCTACAGAAATGAGTACTTAGTACTACCAAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGGTGGTCACTGGCTACAGAAATGAGTACTTAGTACTACCAAGCC  586

seq1  CTGTAAGTTCACGGTCAGTTTCTTCCATCTGCTGAGAAAGGAGACCTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGTTCACGGTCAGTTTCTTCCATCTGCTGAGAAAGGAGACCTCAC  636

seq1  CATCTCATCATCATCTGCTTATTCCACTCAGCTAGGACTTGATCTGACTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCATCATCATCTGCTTATTCCACTCAGCTAGGACTTGATCTGACTA  686

seq1  GAATGACAAGATAAAGAATATTGGACAAACAGACACATAGAAAAGACTCG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACAAGATAAAGAATATTGGACAAACAGACACATAGAAAAGACTCG  736

seq1  GGATCACCGGGTAGGCCACTCCCTTAATCTGTTTATCTCCTTGAACACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACCGGGTAGGCCACTCCCTTAATCTGTTTATCTCCTTGAACACAG  786

seq1  GATTTAGCTCCATTGCACTTCCTTGTGCCCTTTTATTATTTGAACCATAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGCTCCATTGCACTTCCTTGTGCCCTTTTATTATTTGAACCATAC  836

seq1  ATTTTATATTTTTTCCTTTCTAAGCTTGCTATGCTGGCCCAAAACACTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATTTTTTCCTTTCTAAGCTTGCTATGCTGGCCCAAAACACTCT  886

seq1  TCAAGAGAGTAAACCAGAGGGTAAAGTCTATGCTGGACTTGTCGGGCACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGAGTAAACCAGAGGGTAAAGTCTATGCTGGACTTGTCGGGCACT  936

seq1  TCCTTTGTCAATGCAATTAATTGAAATCTCTTTACCTTAGCTTCAGACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTCAATGCAATTAATTGAAATCTCTTTACCTTAGCTTCAGACAG  986

seq1  ACTCTTTGGACAAGGGCAAAAGGCAGCAACATTCTTCACCAAAACATCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGGACAAGGGCAAAAGGCAGCAACATTCTTCACCAAAACATCAT  1036

seq1  AAGAATGATCTCCAGAGTTCAAATCACCCTCAGTGCCAATGTCTTGCATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGATCTCCAGAGTTCAAATCACCCTCAGTGCCAATGTCTTGCATA  1086

seq1  TTCCTTTTAGGACGGCCCATTAAGTCCCACTTAAAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTAGGACGGCCCATTAAGTCCCACTTAAAGAATTC  1127