BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054G01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 15,362,178 - 15,475,969
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1
Upstream genePclo, ENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1
Downstream geneLOC668121, Hgf, EG668131
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054G01.bB6Ng01-054G01.g
ACCDH877135DH877136
length1,1081,107
definitionDH877135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G01, 5' end.DH877136|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,474,861 - 15,475,969)(15,362,178 - 15,363,289)
sequence
gaattccttgagaacgacttcagagcttactcctctgctcagcctgagca
ccagggtatactgatgagttgaatcatggtgcttccaaggccaagtaaga
gggtttgatgcccatacattactcggataatatcaataataattgaccat
tacacttcactgagtgtcagtcatcaggaaagacatctgacctagtggaa
tattagtgtcctggtctaccatgaagaataaatagtattatgtagtgtca
tacatagtgtattggatatttttgcttatataatccctcttgtagtttat
caagaggtaaactactaggtatacagaaacatgtcaaagatggtatctcc
tatgagactacacattttacaaagatgataagcatggggtgaatttgttt
tcataccatgtaagttacagatatttagaacagtagactagggaagcatt
caacctaggaagtcagggtgactaaactcatatgaaaaaaaaaaaagata
cttatatgatgctaaatataaagtctaaaggttcaagaaactcaaatgaa
attagataaccaggaagcattctaaaagaccatcccttctccacacagcc
agtgcctgggagtacatcagaggcagaatactcaccttgaccagtatttt
tgacactatctccatttctactgtttttatattaaccatatgactttgtt
attccttctttctacacactgctattccttctggatcctacatcagcatc
atctacagtgctataaaagacctaatgatcccttcacagatttttctagc
tctggaatctactactgtcactactgggtatgcaaacaactcaagcagaa
cccagtcaaccagctttctgacccacgagaagataagcaacagcaaatgt
tatatcatattcatctttatccacaacgttcaccaccactacctacaatc
caagaatgttctatgtggtgagccttcatggatgcttatttaaattatga
gactcaaccctgttgtaggaacaggacaaataaaatacctttctaatgaa
tggacattttgttatcagctattgcctacacattcttggcagaaacagcc
cttctaaa
gaattcctcttcatgaaaatgaagtattctcaatacctcagtgctaactg
ataatgtacactcatcctgaaaaccccttacacactcctcaaggtttata
taacccttattatccctgaataaagagatctgttacactgaaagcttgga
gaagggttatttctcccaggggcactcaagacaatggagttcctgacaac
ccaccccaccaggacaagccttattcctttccttctggcccagtgaacca
tggtacctgaataccccaaagctaggagcagaactggcccacaaatatgg
atatgacttattcagagattctggaagtatcgcactatgagaaatggact
ttattcccagtatggccattagaggacacccagtcagtctcaatttagtt
tctgtgttttgttttgttttgttgttttttcaccaagaaagcagatatat
tgatagctataacatcggatgcatcctagagctaaggcttttgagttgct
ggaattttatttttgacaagcaagatatgccctagcaaaatatggaacct
aaattaataccattgaaaaatcaacaaatgcatgagtgtttgttgaaaag
ggtatatcactaataggctgatatgattgctttctgtagaattggtgaaa
taaacaaaacactagacaggaatttctttacccaaaagctcttggtaggt
ttattttgagcattctataatgacactcacagacaaaacatactcttgct
tacaaagagggctcttgatctttatccacagcaagtgaagagctcagaat
gacatatacaaagggtggagtggacattcaaagggtttcagccactccct
acatgtttcccttccttgctgagtgttgtgtgatcttcctctgtgaaact
ctttatgctcagtccaagtctcagagagtgagctgttccttttgataact
aggagggtaaccaaccggaagaagactcatcagaaggaaacctgagggtt
tgctgaaaaaagagtacccaggacttcaacacagaatataagcacccagg
tccactttattctgagaactctatggctcattcaggaatgatttcagcgg
atcccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_15474861_15475969
seq2: B6Ng01-054G01.b_46_1153 (reverse)

seq1  TTTAGAA-GGCTG-TTCTTGCAAGAATGTGTAGGCAATAGCTTGATAACA  48
      ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTAGAAGGGCTGTTTCTGCCAAGAATGTGTAGGCAATAGC-TGATAACA  49

seq1  AAATGTCCATTCATTTAGAAA-GTATGTTATATGTCCTGGTTCTAC-ACA  96
      ||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||| | |||| |||
seq2  AAATGTCCATTCA-TTAGAAAGGTATTTTATTTGTCCTGTTCCTACAACA  98

seq1  GGGTTGAGTCTCATAATTTAAATAAGCATCCATGAAGGCTCACCACATAG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGAGTCTCATAATTTAAATAAGCATCCATGAAGGCTCACCACATAG  148

seq1  AACATTTCTTTGGATTGTAGGTAGTGGTGGTGAACGTTGTGGATAAAGAT  196
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATT--CTTGGATTGTAGGTAGTGGTGGTGAACGTTGTGGATAAAGAT  196

seq1  GAATATGATATAACATTTGCTGTTTGCTTATCTTCTCGTGGGTCAGAAAG  246
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGATATAACATTTGCTG-TTGCTTATCTTCTCGTGGGTCAGAAAG  245

seq1  CTGGTTGACTGGGTTCTGCTTGAGTTGTTTGCATACCCAGTAGTGACAGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGACTGGGTTCTGCTTGAGTTGTTTGCATACCCAGTAGTGACAGT  295

seq1  AGTAGATTCCAGAGCTAGAAAAATCTGTGAAGGGATCATTAGGTCTTTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATTCCAGAGCTAGAAAAATCTGTGAAGGGATCATTAGGTCTTTTA  345

seq1  TAGCACTGTAGATGATGCTGATGTAGGATCCAGAAGGAATAGCAGTGTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTGTAGATGATGCTGATGTAGGATCCAGAAGGAATAGCAGTGTGT  395

seq1  AGAAAGAAGGAATAACAAAGTCATATGGTTAATATAAAAACAGTAGAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAGGAATAACAAAGTCATATGGTTAATATAAAAACAGTAGAAAT  445

seq1  GGAGATAGTGTCAAAAATACTGGTCAAGGTGAGTATTCTGCCTCTGATGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAGTGTCAAAAATACTGGTCAAGGTGAGTATTCTGCCTCTGATGT  495

seq1  ACTCCCAGGCACTGGCTGTGTGGAGAAGGGATGGTCTTTTAGAATGCTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGCACTGGCTGTGTGGAGAAGGGATGGTCTTTTAGAATGCTTC  545

seq1  CTGGTTATCTAATTTCATTTGAGTTTCTTGAACCTTTAGACTTTATATTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTATCTAATTTCATTTGAGTTTCTTGAACCTTTAGACTTTATATTT  595

seq1  AGCATCATATAAGTATCTTTTTTTTTTTTCATATGAGTTTAGTCACCCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATATAAGTATCTTTTTTTTTTTTCATATGAGTTTAGTCACCCTG  645

seq1  ACTTCCTAGGTTGAATGCTTCCCTAGTCTACTGTTCTAAATATCTGTAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTAGGTTGAATGCTTCCCTAGTCTACTGTTCTAAATATCTGTAAC  695

seq1  TTACATGGTATGAAAACAAATTCACCCCATGCTTATCATCTTTGTAAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGTATGAAAACAAATTCACCCCATGCTTATCATCTTTGTAAAAT  745

seq1  GTGTAGTCTCATAGGAGATACCATCTTTGACATGTTTCTGTATACCTAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTCTCATAGGAGATACCATCTTTGACATGTTTCTGTATACCTAGT  795

seq1  AGTTTACCTCTTGATAAACTACAAGAGGGATTATATAAGCAAAAATATCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACCTCTTGATAAACTACAAGAGGGATTATATAAGCAAAAATATCC  845

seq1  AATACACTATGTATGACACTACATAATACTATTTATTCTTCATGGTAGAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACTATGTATGACACTACATAATACTATTTATTCTTCATGGTAGAC  895

seq1  CAGGACACTAATATTCCACTAGGTCAGATGTCTTTCCTGATGACTGACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACACTAATATTCCACTAGGTCAGATGTCTTTCCTGATGACTGACAC  945

seq1  TCAGTGAAGTGTAATGGTCAATTATTATTGATATTATCCGAGTAATGTAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAGTGTAATGGTCAATTATTATTGATATTATCCGAGTAATGTAT  995

seq1  GGGCATCAAACCCTCTTACTTGGCCTTGGAAGCACCATGATTCAACTCAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCAAACCCTCTTACTTGGCCTTGGAAGCACCATGATTCAACTCAT  1045

seq1  CAGTATACCCTGGTGCTCAGGCTGAGCAGAGGAGTAAGCTCTGAAGTCGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATACCCTGGTGCTCAGGCTGAGCAGAGGAGTAAGCTCTGAAGTCGT  1095

seq1  TCTCAAGGAATTC  1109
      |||||||||||||
seq2  TCTCAAGGAATTC  1108

seq1: chr5_15362178_15363289
seq2: B6Ng01-054G01.g_66_1172

seq1  GAATTCCTCTTCATGAAAATGAAGTATTCTCAATACCTCAGTGCTAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTCATGAAAATGAAGTATTCTCAATACCTCAGTGCTAACTG  50

seq1  ATAATGTACACTCATCCTGAAAACCCCTTACACACTCCTCAAGGTTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTACACTCATCCTGAAAACCCCTTACACACTCCTCAAGGTTTATA  100

seq1  TAACCCTTATTATCCCTGAATAAAGAGATCTGTTACACTGAAAGCTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTTATTATCCCTGAATAAAGAGATCTGTTACACTGAAAGCTTGGA  150

seq1  GAAGGGTTATTTCTCCCAGGGGCACTCAAGACAATGGAGTTCCTGACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTATTTCTCCCAGGGGCACTCAAGACAATGGAGTTCCTGACAAC  200

seq1  CCACCCCACCAGGACAAGCCTTATTCCTTTCCTTCTGGCCCAGTGAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCACCAGGACAAGCCTTATTCCTTTCCTTCTGGCCCAGTGAACCA  250

seq1  TGGTACCTGAATACCCCAAAGCTAGGAGCAGAACTGGCCCACAAATATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACCTGAATACCCCAAAGCTAGGAGCAGAACTGGCCCACAAATATGG  300

seq1  ATATGACTTATTCAGAGATTCTGGAAGTATCGCACTATGAGAAATGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACTTATTCAGAGATTCTGGAAGTATCGCACTATGAGAAATGGACT  350

seq1  TTATTCCCAGTATGGCCATTAGAGGACACCCAGTCAGTCTCAATTTAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCAGTATGGCCATTAGAGGACACCCAGTCAGTCTCAATTTAGTT  400

seq1  TCTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTTTTTCACCAAGAAAGCAGATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTTTTTCACCAAGAAAGCAGATATAT  450

seq1  TGATAGCTATAACATCGGATGCATCCTAGAGCTAAGGCTTTTGAGTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTATAACATCGGATGCATCCTAGAGCTAAGGCTTTTGAGTTGCT  500

seq1  GGAATTTTATTTTTGACAAGCAAGATATGCCCTAGCAAAATATGGAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTATTTTTGACAAGCAAGATATGCCCTAGCAAAATATGGAACCT  550

seq1  AAATTAATACCATTGAAAAATCAACAAATGCATGAGTGTTTGTTGAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATACCATTGAAAAATCAACAAATGCATGAGTGTTTGTTGAAAAG  600

seq1  GGTATATCACTAATAGGCTGATATGATTGCTTTCTGTAGAATTGGTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATCACTAATAGGCTGATATGATTGCTTTCTGTAGAATTGGTGAAA  650

seq1  TAAACAAAACACTAGACAGGAATTTCTTTACCCAAAAGCTCTTGGTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAACACTAGACAGGAATTTCTTTACCCAAAAGCTCTTGGTAGGT  700

seq1  TTATTTTGAGCATTCTATAATGACACTCACAGACAAAACATACTCTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGAGCATTCTATAATGACACTCACAGACAAAACATACTCTTGCT  750

seq1  TACAAAGAGGGCTCTTGATCTTTATCCACAGCAAGTGAAGAGCTCAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGAGGGCTCTTGATCTTTATCCACAGCAAGTGAAGAGCTCAGAAT  800

seq1  GACATATAC-AAGGGTGGAGTGGACATTC-AAGGGTTTCAGCCACTCCCT  848
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GACATATACAAAGGGTGGAGTGGACATTCAAAGGGTTTCAGCCACTCCCT  850

seq1  ACATGTTTCCCTTCCTTGCTGAGTGTTGTGTGATCTTCCTCTGTGAAACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTTCCCTTCCTTGCTGAGTGTTGTGTGATCTTCCTCTGTGAAACT  900

seq1  CTTTATGCTCAGTCCAAGTCTCAGAGGAGTGAGCTGTTCCTTTTGATTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTTATGCTCAGTCCAAGTCTCAGA-GAGTGAGCTGTTCCTTTTGA-TAA  948

seq1  CTAGGAGGGTAACCAACCGGAAG-AGACTCATCAG-AGGAAACCTGAGGG  996
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTAGGAGGGTAACCAACCGGAAGAAGACTCATCAGAAGGAAACCTGAGGG  998

seq1  TTTGCTG-AGACAGAGTACCCAGGACTTCAAACACAGAATATAAGCACCC  1045
      ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAAAAAAGAGTACCCAGGACTTC-AACACAGAATATAAGCACCC  1047

seq1  AGGGTCCACTTTATTCTGAGAACTCTATGAGCTCATTCAGGGGAAATGAT  1095
      | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  A-GGTCCACTTTATTCTGAGAACTCTATG-GCTCATTCAGG---AATGAT  1092

seq1  TTCCAGCCAGATCCCAA  1112
      || ||| | ||||||||
seq2  TT-CAG-CGGATCCCAA  1107