BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060E17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 24,694,261 - 24,797,398
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGalntl5, E130116L18Rik, Galnt11, Mll3
Upstream geneLOC434047, LOC100042244, Kcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5, Slc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2
Downstream geneGm443, Xrcc2, LOC435835, Actr3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060E17.bB6Ng01-060E17.g
ACCDH881306DH881307
length1,090941
definitionDH881306|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060E17, 5' end.DH881307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,796,295 - 24,797,398)(24,694,261 - 24,695,194)
sequence
gaattcctagctatgtcaatagaatgaagctctttccagcttgtgagtgc
acatatggtgatctagcacaggtgtctgtttaatccctggactagcaact
ttttccaggtctccttcaatgtgagcaggagaaacagaagatagaaggtc
cacagccatgttccgaaactgtagcttgaggtctcaccatctctctagtg
aactagagccttgactgaaacaatgggggtctgttcccttctttgttttt
cactgcttattagttaagagaattaagtgccaacaccaccaccgttgctg
tgttttctctcatcttgccactatacgcagctgcgacagaatagatgtat
ctgtggctccatggaggctgacttgaatataaacttggaccagtcagcac
agcctccctcttcatctcagaggtgtcagtttctcgtgctatggcggagt
ctggagtacttccctctcggaggtctttacatttcaatctacagctcttt
cgaaagaatagccatttgtactgttttataggtcagcccatttactatgt
tttcatagcagcataataactgctccatttgctgttttgttgttgctgtt
gtcgagaggacgttgctgtggtaccatgtgtggggctggtgagaagtccc
agtggaattgtgcattgtgatgcatgtgctcctcctctttcaggatacag
gaccactatggtgaccgggacactcccgatagtttcgtcccctcctcttc
tcctgagagtgtggttggtgtggaggtgaacaagtacccagatctgtcac
tggtgaaagaggagcctccagaacctgtgccgtcccccatcatccccatt
cttcccagcatatccgggaaagtacgtttggcttatctacaagtactatt
gtaaatatttgactttgagagctctgaatattcttttctccctttcagat
tcagatcaggaagaaatgacatcaaactgaggcaggcacttattttttac
ttcaccttttggttcatccctataggtcccgatcggtcttaattctgtac
gatacctctgcatcttacgctggctgaggtaaagacggca
gaattcagctcccttgagagtttgttgggaggttctagcaggggaatgta
tctactcatgtactcttgactgaagactggtcgtcctctattcagggaaa
gtccagaagggcacacgtggaaggatgagggaggcgggttagccaaagca
ggtgatcaaccctggtaatcagtggggtgacagatgtagccacatctccc
tcacatccagtcatgagagtgagagagccctgtcccttaccagctgtagt
acttgggaaagcaggcccacacctcactgggcagcacagtagagctggct
ctagtgactctgaggacatgaaaatgggagagctgcctggcccttgccaa
ttgtggctttgggggagccagcctggacagtgttggagagcttgccctgg
tggtgtggtgcagaagaattggggggctgactaactcagctgccacccat
gctcacagtgagatccagggctttgagttggcccaccccagcatccactc
catctcagagcactcatcgcctgctgctgacattggaatagtaggctctg
cttagtcccactgacaccagcaggtggggcaaggatactgctgtttgctt
ccttagggtgaaggtgagagtccaagacttggggcaagtatagcaaaggt
ttgtcctgctttgtcattaggctgcctttcccccagcactttcttgggct
agtgagaatgagtttattatcttggaggtttgctgataatatcttatctg
tgactatttgtgtttcggccggtcagaggcctctgtagttcatgtgtggc
aggtatgtatgaatgcacaaatgcatgcatgcatgcttgcatgtatgtat
gtatttatatgtatatatacacacacatatatttgtatgtatgtatgcat
gtatgtagtatgtatgcatatatatatatatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_24796295_24797398
seq2: B6Ng01-060E17.b_42_1131 (reverse)

seq1  TGCCGTCCTTTACCTCAG-CAGCTGTAGGATGCAGAGTGATCGCTACAGA  49
      |||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||  |||| ||||||
seq2  TGCCGT-CTTTACCTCAGCCAGC-GTAAGATGCAGAGGTATCG-TACAGA  47

seq1  TATAAGACCCGATCTGGGACCATTTGGGGATGAACCAAAAGGTGAAGTAA  99
        ||||| |||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGA-CCGATC-GGGACC-TATAGGGATGAACCAAAAGGTGAAGTAA  94

seq1  AAAATAAAGTGCCTGGCTCAGTTTTGATGTCATTTCTTCTTGATTCTGAA  149
      ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  AAAAT-AAGTGCCTGCCTCAG-TTTGATGTCATTTCTTCCTGA-TCTGAA  141

seq1  TCTGAAAGGGGAGAAAAGAATATTCAGAGCTCTCAAAGTCAAAATATTTA  199
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTGAAA-GGGAGAAAAGAATATTCAGAGCTCTCAAAGTC-AAATATTTA  189

seq1  CAATAGTAACTTGTTAGATTAAGCCAAACGTACTTTTCCCGGATATGCTG  249
      ||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAATAGT-ACTTG-TAGA-TAAGCCAAACGTAC-TTTCCCGGATATGCTG  235

seq1  GGAAGAATGGGGATGATGGGGGACGGCACAGGTTCTGGAGGCTCCTCTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATGGGGATGATGGGGGACGGCACAGGTTCTGGAGGCTCCTCTTT  285

seq1  CACCAGTGACAGATCTGGGTACTTGTTCACCTCCACACCAACCACACTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTGACAGATCTGGGTACTTGTTCACCTCCACACCAACCACACTCT  335

seq1  CAGGAGAAGAGGAGGGGACGAAACTATCGGGAGTGTCCCGGTCACCATAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAGAGGAGGGGACGAAACTATCGGGAGTGTCCCGGTCACCATAG  385

seq1  TGGTCCTGTATCCTGAAAGAGGAGGAGCACATGCATCACAATGCACAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGTATCCTGAAAGAGGAGGAGCACATGCATCACAATGCACAATT  435

seq1  CCACTGGGACTTCTCACCAGCCCCACACATGGTACCACAGCAACGTCCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGACTTCTCACCAGCCCCACACATGGTACCACAGCAACGTCCTC  485

seq1  TCGACAACAGCAACAACAAAACAGCAAATGGAGCAGTTATTATGCTGCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACAACAGCAACAACAAAACAGCAAATGGAGCAGTTATTATGCTGCTA  535

seq1  TGAAAACATAGTAAATGGGCTGACCTATAAAACAGTACAAATGGCTATTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACATAGTAAATGGGCTGACCTATAAAACAGTACAAATGGCTATTC  585

seq1  TTTCGAAAGAGCTGTAGATTGAAATGTAAAGACCTCCGAGAGGGAAGTAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGAAAGAGCTGTAGATTGAAATGTAAAGACCTCCGAGAGGGAAGTAC  635

seq1  TCCAGACTCCGCCATAGCACGAGAAACTGACACCTCTGAGATGAAGAGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACTCCGCCATAGCACGAGAAACTGACACCTCTGAGATGAAGAGGG  685

seq1  AGGCTGTGCTGACTGGTCCAAGTTTATATTCAAGTCAGCCTCCATGGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGCTGACTGGTCCAAGTTTATATTCAAGTCAGCCTCCATGGAGC  735

seq1  CACAGATACATCTATTCTGTCGCAGCTGCGTATAGTGGCAAGATGAGAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATACATCTATTCTGTCGCAGCTGCGTATAGTGGCAAGATGAGAGA  785

seq1  AAACACAGCAACGGTGGTGGTGTTGGCACTTAATTCTCTTAACTAATAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGCAACGGTGGTGGTGTTGGCACTTAATTCTCTTAACTAATAAG  835

seq1  CAGTGAAAAACAAAGAAGGGAACAGACCCCCATTGTTTCAGTCAAGGCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAAAACAAAGAAGGGAACAGACCCCCATTGTTTCAGTCAAGGCTC  885

seq1  TAGTTCACTAGAGAGATGGTGAGACCTCAAGCTACAGTTTCGGAACATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCACTAGAGAGATGGTGAGACCTCAAGCTACAGTTTCGGAACATGG  935

seq1  CTGTGGACCTTCTATCTTCTGTTTCTCCTGCTCACATTGAAGGAGACCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACCTTCTATCTTCTGTTTCTCCTGCTCACATTGAAGGAGACCTG  985

seq1  GAAAAAGTTGCTAGTCCAGGGATTAAACAGACACCTGTGCTAGATCACCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGTTGCTAGTCCAGGGATTAAACAGACACCTGTGCTAGATCACCA  1035

seq1  TATGTGCACTCACAAGCTGGAAAGAGCTTCATTCTATTGACATAGCTAGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACTCACAAGCTGGAAAGAGCTTCATTCTATTGACATAGCTAGG  1085

seq1  AATTC  1104
      |||||
seq2  AATTC  1090

seq1: chr5_24694261_24695194
seq2: B6Ng01-060E17.g_74_1007

seq1  GCTCCCTTGAGAGTTTGTTGGGAGGTTCTAGCAGGGGAATGTATCTACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTTGAGAGTTTGTTGGGAGGTTCTAGCAGGGGAATGTATCTACTC  50

seq1  ATGTACTCTTGACTGAAGACTGGTCGTCCTCTATTCAGGGAAAGTCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTCTTGACTGAAGACTGGTCGTCCTCTATTCAGGGAAAGTCCAGA  100

seq1  AGGGCACACGTGGAAGGATGAGGGAGGCGGGTTAGCCAAAGCAGGTGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACACGTGGAAGGATGAGGGAGGCGGGTTAGCCAAAGCAGGTGATC  150

seq1  AACCCTGGTAATCAGTGGGGTGACAGATGTAGCCACATCTCCCTCACATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGGTAATCAGTGGGGTGACAGATGTAGCCACATCTCCCTCACATC  200

seq1  CAGTCATGAGAGTGAGAGAGCCCTGTCCCTTACCAGCTGTAGTACTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATGAGAGTGAGAGAGCCCTGTCCCTTACCAGCTGTAGTACTTGGG  250

seq1  AAAGCAGGCCCACACCTCACTGGGCAGCACAGTAGAGCTGGCTCTAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGCCCACACCTCACTGGGCAGCACAGTAGAGCTGGCTCTAGTGA  300

seq1  CTCTGAGGACATGAAAATGGGAGAGCTGCCTGGCCCTTGCCAATTGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGGACATGAAAATGGGAGAGCTGCCTGGCCCTTGCCAATTGTGGC  350

seq1  TTTGGGGGAGCCAGCCTGGACAGTGTTGGAGAGCTTGCCCTGGTGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGAGCCAGCCTGGACAGTGTTGGAGAGCTTGCCCTGGTGGTGTG  400

seq1  GTGCAGAAGAATTGGGGGGCTGACTAACTCAGCTGCCACCCATGCTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAAGAATTGGGGGGCTGACTAACTCAGCTGCCACCCATGCTCACA  450

seq1  GTGAGATCCAGGGCTTTGAGTTGGCCCACCCCAGCATCCACTCCATCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCCAGGGCTTTGAGTTGGCCCACCCCAGCATCCACTCCATCTCA  500

seq1  GAGCACTCATCGCCTGCTGCTGACATTGGAATAGTAGGCTCTGCTTAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTCATCGCCTGCTGCTGACATTGGAATAGTAGGCTCTGCTTAGTC  550

seq1  CCACTGACACCAGCAGGTGGGGCAAGGATACTGCTGTTTGCTTCCTTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACACCAGCAGGTGGGGCAAGGATACTGCTGTTTGCTTCCTTAGG  600

seq1  GTGAAGGTGAGAGTCCAAGACTTGGGGCAAGTATAGCAAAGGTTTGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGTGAGAGTCCAAGACTTGGGGCAAGTATAGCAAAGGTTTGTCCT  650

seq1  GCTTTGTCATTAGGCTGCCTTTCCCCCAGCACTTTCTTGGGCTAGTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTCATTAGGCTGCCTTTCCCCCAGCACTTTCTTGGGCTAGTGAGA  700

seq1  ATGAGTTTATTATCTTGGAGGTTTGCTGATAATATCTTATCTGTGACTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTATTATCTTGGAGGTTTGCTGATAATATCTTATCTGTGACTAT  750

seq1  TTGTGTTTCGGCCGGTCAGAGGCCTCTGTAGTTCATGTGTGGCAGGTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTCGGCCGGTCAGAGGCCTCTGTAGTTCATGTGTGGCAGGTATG  800

seq1  TATGAATGCACAAATGCATGCATGCATGCATGCATGTATGTATGTATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATGCACAAATGCATGCATGCATGCTTGCATGTATGTATGTATTTA  850

seq1  TATGTATATATACACACACATATATTTGTATGTATGTATGCATGTATGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATATACACACACATATATTTGTATGTATGTATGCATGTATGTA  900

seq1  GTATGTATGCATATATATATATATATATATATAT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGCATATATATATATATATATATATAT  934