BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061P18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,506,087 - 127,638,138
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665760, LOC100040327
Downstream geneTmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061P18.bB6Ng01-061P18.g
ACCDH882512DH882513
length1,0441,157
definitionDH882512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061P18, 5' end.DH882513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,637,086 - 127,638,138)(127,506,087 - 127,507,262)
sequence
gaattccaggagccttgatgtgtaaaatcctttctccattttcttccata
tcttttttttttttacatgtaaaattgtagtgagttcttttttttttctt
ttttctttttggcctgacatctctcttgccctcatcaacctagttacttt
aacattagctactgatggaaatttttattcaagaatttcttttccttccc
tcccctgtgtcaggacctgtactcagctaatgagaccattctttgttgtc
tcgtaaggatcttttgctttgcaggactttgttgaggaccccagatgttt
ttcctccataacagattaaaaccctgcgtgcctgccctctgccagcggtt
agactaaggaggttaatgctcatacggatatgaagctccactttaattgt
gttggagaaatagaggcagggagacacacagatcatacaacaaggtgagg
agtggaggcattgtgattgaggtgtcatggaaacccaaggggaggctgtc
cttaccagggatcagtcaaggactctgcagagtcaggctgtgggagagga
ggccacctgggctgaacatggcctggggatgccagggaggggagagaagg
agccactgacaacactctgttgagagttgaacagattctgatcgcggtga
gctctgcatctggttcccagctcggcttttggagccaaaggtgtgctcaa
agatgacctttgggaggggccgagcagtagccacacgtggtttctctgta
attgcttctagtcttccggtaaatttgtcatcattcccaaactggacaca
cacgcccaccacagcgtggcatgcagccaggaccgaagaaagtttttatc
ttgcttagaggattatgattggcctctaaagatgtgccatagtttttatt
tctatttttaattaaatttttattgtataggttacagaagacccttacta
tcaggcagtctatagtgagttcataaaggctttatacataatccttcatc
ctaacagaggtgctctggttctcatcatcattttctcttctaga
gaattccagatgactcatgatccaggtactggttactatactcacttgtc
tggatgctcagtcaagtggtgggattcctttcgatctggtcagagctctg
tggctacacagaaagcttgctttagatagaggacttggttatcctttatg
taattcattattatcccatttcactgggtagaggagggtaagtctccatc
cttgacaatattcaacactggaaaaagcaccacagaatatacagaagata
tatgtagtgattagaataagtatggcctttgtagacttatgtgtttgagt
tcttggccatatgtttgaattcttgtgtttgaattggaagtggcactatt
aggaaatatggtcattttgaagtaggtatagccttgttggaggaagtgta
ttactgtggcagtaggttttaagatcttatatataagttcaagccacact
cagtatgagacacagtttccttctggcaccctttggatcaagatgtagaa
ttctcatcccctccaacaccatgtcatcctggatgctgccatccttccca
ccatgatgataatggacaaaacctctgaaactgtaagccagacccattta
aatgacacattttttggtcatggtgtctcttcacagcaataaaaccccaa
cttagacaataaatatattcatttacccttaaaagattttttaacacttc
taaattatttatgtgtatatgtgggcagtgcacaagagtgctgtgttcat
tgaagccagaagagggtgacagatccttggagctggggttacaggtagct
gtgaccaacccaacatggatgctgggaaccaaaacgagttcctctgcaga
ggagtgcatgctgttacctgacaagccatggtggtcttgagttatatagg
gaaacaggctgagtaaaccatggggaacaggtcagtaagcagcattcctc
atgacctgctgctgcttctttagagcttggcttcaaatcccaaagactac
agcaattctctcgaagaaaatcttaggctgacgggatttagttatacata
ttgtacaaagctagccaaagagcgagacaggattcccaagctgtcagctc
cgaaacgaatgactcttgacactcaactaaatgtccaagaattacggaaa
ttccaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127637086_127638138
seq2: B6Ng01-061P18.b_50_1093 (reverse)

seq1  TCTAGAGGAAGAAAATGAATGATGAGAACAAGAGCAACCTCTTGGTTAGG  50
      |||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||||||
seq2  TCTAGAAG-AGAAAATG-ATGATGAGAACCAGAGC-ACCTCT--GTTAGG  45

seq1  ATGAAGGATTATGTATAAAGCCCTTTATGAACTCACTATAGACTTGCCTG  100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGAAGGATTATGTATAAAG-CCTTTATGAACTCACTATAGAC-TGCCTG  93

seq1  ATAGTAAGGGTCTTCTGTAACCTATACAATAAAAATTTTAATTAAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ATAGTAAGGGTCTTCTGTAACCTATACAATAAAAA-TTTAATT-AAAAAT  141

seq1  AGAAATAAAAACTATGGCACATCTTTAGAGGCCAATCATAATCCTCTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAAAACTATGGCACATCTTTAGAGGCCAATCATAATCCTCTAAG  191

seq1  CAAGATAAAAACTTTCTTCGGTCCTGGCTGCATGCCACGCTGTGGTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAAAACTTTCTTCGGTCCTGGCTGCATGCCACGCTGTGGTGGGC  241

seq1  GTGTGTGTCCAGTTTGGGAATGATGACAAATTTACCGGAAGACTAGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTCCAGTTTGGGAATGATGACAAATTTACCGGAAGACTAGAAGC  291

seq1  AATTACAGAGAAACCACGTGTGGCTACTGCTCGGCCCCTCCCAAAGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGAGAAACCACGTGTGGCTACTGCTCGGCCCCTCCCAAAGGTCA  341

seq1  TCTTTGAGCACACCTTTGGCTCCAAAAGCCGAGCTGGGAACCAGATGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGCACACCTTTGGCTCCAAAAGCCGAGCTGGGAACCAGATGCAG  391

seq1  AGCTCACCGCGATCAGAATCTGTTCAACTCTCAACAGAGTGTTGTCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACCGCGATCAGAATCTGTTCAACTCTCAACAGAGTGTTGTCAGTG  441

seq1  GCTCCTTCTCTCCCCTCCCTGGCATCCCCAGGCCATGTTCAGCCCAGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCTCTCCCCTCCCTGGCATCCCCAGGCCATGTTCAGCCCAGGTG  491

seq1  GCCTCCTCTCCCACAGCCTGACTCTGCAGAGTCCTTGACTGATCCCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCTCCCACAGCCTGACTCTGCAGAGTCCTTGACTGATCCCTGGT  541

seq1  AAGGACAGCCTCCCCTTGGGTTTCCATGACACCTCAATCACAATGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGCCTCCCCTTGGGTTTCCATGACACCTCAATCACAATGCCTCC  591

seq1  ACTCCTCACCTTGTTGTATGATCTGTGTGTCTCCCTGCCTCTATTTCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCACCTTGTTGTATGATCTGTGTGTCTCCCTGCCTCTATTTCTCC  641

seq1  AACACAATTAAAGTGGAGCTTCATATCCGTATGAGCATTAACCTCCTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATTAAAGTGGAGCTTCATATCCGTATGAGCATTAACCTCCTTAG  691

seq1  TCTAACCGCTGGCAGAGGGCAGGCACGCAGGGTTTTAATCTGTTATGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCGCTGGCAGAGGGCAGGCACGCAGGGTTTTAATCTGTTATGGAG  741

seq1  GAAAAACATCTGGGGTCCTCAACAAAGTCCTGCAAAGCAAAAGATCCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACATCTGGGGTCCTCAACAAAGTCCTGCAAAGCAAAAGATCCTTA  791

seq1  CGAGACAACAAAGAATGGTCTCATTAGCTGAGTACAGGTCCTGACACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACAACAAAGAATGGTCTCATTAGCTGAGTACAGGTCCTGACACAGG  841

seq1  GGAGGGAAGGAAAAGAAATTCTTGAATAAAAATTTCCATCAGTAGCTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAAGGAAAAGAAATTCTTGAATAAAAATTTCCATCAGTAGCTAAT  891

seq1  GTTAAAGTAACTAGGTTGATGAGGGCAAGAGAGATGTCAGGCCAAAAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGTAACTAGGTTGATGAGGGCAAGAGAGATGTCAGGCCAAAAAGA  941

seq1  AAAAAGAAAAAAAAAAGAACTCACTACAATTTTACATGTAAAAAAAAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAAAAAAAAGAACTCACTACAATTTTACATGTAAAAAAAAAAA  991

seq1  AGATATGGAAGAAAATGGAGAAAGGATTTTACACATCAAGGCTCCTGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGAAGAAAATGGAGAAAGGATTTTACACATCAAGGCTCCTGGAA  1041

seq1  TTC  1053
      |||
seq2  TTC  1044

seq1: chr5_127506087_127507262
seq2: B6Ng01-061P18.g_70_1226

seq1  GAATTCCAGATGACTCATGATCCAGGTACTGGTTACTATACTCACTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATGACTCATGATCCAGGTACTGGTTACTATACTCACTTGTC  50

seq1  TGGATGCTCAGTCAAGTGGTGGGATTCCTTTCGATCTGGTCAGAGCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCTCAGTCAAGTGGTGGGATTCCTTTCGATCTGGTCAGAGCTCTG  100

seq1  TGGCTACACAGAAAGCTTGCTTTAGATAGAGGACTTGGTTATCCTTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACACAGAAAGCTTGCTTTAGATAGAGGACTTGGTTATCCTTTATG  150

seq1  TAATTCATTATTATCCCATTTCACTGGGTAGAGGAGGGTAAGTCTCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATTATTATCCCATTTCACTGGGTAGAGGAGGGTAAGTCTCCATC  200

seq1  CTTGACAATATTCAACACTGGAAAAAGCACCACAGAATATACAGAAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAATATTCAACACTGGAAAAAGCACCACAGAATATACAGAAGATA  250

seq1  TATGTAGTGATTAGAATAAGTATGGCCTTTGTAGACTTATGTGTTTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTGATTAGAATAAGTATGGCCTTTGTAGACTTATGTGTTTGAGT  300

seq1  TCTTGGCCATATGTTTGAATTCTTGTGTTTGAATTGGAAGTGGCACTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCCATATGTTTGAATTCTTGTGTTTGAATTGGAAGTGGCACTATT  350

seq1  AGGAAATATGGTCATTTTGAAGTAGGTATAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATATGGTCATTTTGAAGTAGGTATAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTA  400

seq1  TTACTGTGGCAGTAGGTTTTAAGATCTTATATATAAGTTCAAGCCACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGGCAGTAGGTTTTAAGATCTTATATATAAGTTCAAGCCACACT  450

seq1  CAGTATGAGACACAGTTTCCTTCTGGCACCCTTTGGATCAAGATGTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGAGACACAGTTTCCTTCTGGCACCCTTTGGATCAAGATGTAGAA  500

seq1  TTCTCATCCCCTCCAACACCATGTCATCCTGGATGCTGCCATCCTTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCCCCTCCAACACCATGTCATCCTGGATGCTGCCATCCTTCCCA  550

seq1  CCATGATGATAATGGACAAAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGACCCATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGATAATGGACAAAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGACCCATTTA  600

seq1  AATGACACATTTTTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACACATTTTTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCCAA  650

seq1  CTTAGACAATAAATATATTCATTTACCCTTAAAAGATTTTTTAACACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACAATAAATATATTCATTTACCCTTAAAAGATTTTTTAACACTTC  700

seq1  TAAATTATTTATGTGTATATGTGGGCAGTGCACAAGAGTGCTGTGTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATTTATGTGTATATGTGGGCAGTGCACAAGAGTGCTGTGTTCAT  750

seq1  TGAAGCCAGAAGAGGGTGACAGATCCTTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCAGAAGAGGGTGACAGATCCTTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGCT  800

seq1  GTGACCAACCCAACATGGATGCTGGGAACCAAAACGAGTTCCTCTGCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGACCAACCCAACATGGATGCTGGGAACCAAAACGAGTTCCTCTGC-AG  849

seq1  AGGAGTGCATGCTGTTACCTGACAAGCCATGGTGGTCTTGAGTTATATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGCATGCTGTTACCTGACAAGCCATGGTGGTCTTGAGTTATATAG  899

seq1  GGAAACAGGCTGAGTAAACCATGGGGAACAGGTCAGTAAGCAGCATTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGGCTGAGTAAACCATGGGGAACAGGTCAGTAAGCAGCATTCCT  949

seq1  CCATGACCTGCTGCTGCTTCCTTAGAGCTTGGCTTCAAATCCCAAAGACT  1000
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CATGACCTGCTGCTGCTTCTTTAGAGCTTGGCTTCAAATCCCAAAGACT  998

seq1  ACAGCAATTCTCTTCAGAAGAAAATTCCTTAGGCTGACGGGATTTAGTAT  1050
      |||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  
seq2  ACAGCAATTCTCT--CGAAGAAAAT--CTTAGGCTGACGGGATTTAGTTA  1044

seq1  AACATATTGTACCAAAGCAAAGCAAAACAGAGCGAGACAGGATTCACAAA  1100
       |||||||||| |||||| |  |||   ||||||||||||||||| | ||
seq2  TACATATTGTA-CAAAGCTAGCCAA---AGAGCGAGACAGGATTC-CCAA  1089

seq1  GCTGGCAGCTCCCAGAAGCAGAATGGACTC-TGACAACTCAACTAAAAAT  1149
      |||| |||||||  ||| | |||| ||||| |||| ||||||||  ||||
seq2  GCTGTCAGCTCC--GAAAC-GAAT-GACTCTTGAC-ACTCAACT--AAAT  1132

seq1  GTCAGAGAGTATTACGGAAATCCCAAA  1176
      |||  |||  ||||||||||| |||||
seq2  GTCCAAGA--ATTACGGAAATTCCAAA  1157