BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062M06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 130,940,835 - 131,080,078
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCaln1
Upstream geneSfrs8, Mmp17, EG620248, Zfp11, 1700016K13Rik, Mrps17, Gbas, Psph, Cct6a, LOC100038887, Sumf2, Phkg1, Chchd2, 2410018M08Rik, 4930579G22Rik, Vkorc1l1, Gusb, Asl, Crcp, Tpst1, Kctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik
Downstream geneWbscr17, Auts2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062M06.bB6Ng01-062M06.g
ACCDH883061DH883062
length1,0541,147
definitionDH883061|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062M06, 5' end.DH883062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,940,835 - 130,941,901)(131,078,899 - 131,080,078)
sequence
gaattccatatgaaatccccttgggtcccccataggctattggacaatgg
agaaggacatcctattttatcttattggttttgagacagtctcatggatc
ctaggatgctctcagacttgtcatcataccataaatgagcttgaaatctt
gattctcctgcttctgcttcctgagttttgggatgacagacatgtgctgc
catgcccagattaagtggtacatacagggccttatgaatgctaggcaaaa
ctctacaacttaccccaaacccagctccagccccagcatcccgcatatta
aaaggaagtataactggtgttgagtactactctccttggtccaaactggg
atttcagtgtcattctggaaccatgagttatgacacaggctgactcaaaa
ttccatacaccagagaaaccaaagccaggcacatttgtcctagacccatc
acgttctcttgtagttctagcctgaggtccctgtgtggaaggtttgcctg
aagaggaaagtttgtctctctgccttggagtcatatagtacagggaagag
gtgtggctgctcttagtggctaggataactctggaactcatcaagcaggt
tagattgggtagccagcaagcccccaggagtcctcctgtctctgcctacc
cagccttgcgattaccagcataaactatcacacacagaactcttctttta
aaacatgggctctaggactccagcttattcatgcttggacggtgagtact
ctgtggactccccaaaccatgtccccagccaccagtgttgggatctttag
ctgacatttcagcccggcagttctttaatttgtctgaacatggaaatcca
actcatttcacggatgctttagtttagtgtcccccacccccaaaaccagt
gacatcagaagcttcccaggtggatggcagatgggacctagttcttccgt
gtgccttctggagcagccaatgtgagatgcatggctctagatatttcttt
ctttctctcttttttttttccaaaggtctgaccagtgcctggaaatagga
gttt
gaattcaactcaggacctctacaaatgcagtgcctgctcttaaccagtga
cccatccctcccctccctggagccttgaatttttatcaattgtgctgaag
tcttccactcccagctagattcccaagggagagtttccttttaattctct
gtttctggcccttcccatccctcaaaacccctgctcactctccccccacc
ccttctcatcctgcctcagctgggagtcacacttgaacctttaggatctt
aaggtcaatgaggcagaatagagagaccgtgtcatggcacagcatgtcta
aattactgtctacacaaatggaagaaagagacttataagtgatggtgaac
tgtgctaggattacttgtgtagggtcttcatagccccagggctcagttga
caaaggatgctctaagctcagactggagcctctattcctagaggactctg
agaccataaaagataaacttattcagggctagtgttggacattgagaagt
aagacaccctgctgaccatcaagaagtgagggtccacagcagatggagaa
ctttcaggatgtctgcccctcaaaaccctagtctttcacccaccctactc
accatctgtccatatcactcagctctgggaatttagtctcttgccatttt
gcatagacaccctctcctgttagcccatctcatctcatgcatatttaaat
atttaaatctcatttcccccacctcctttcaatctttaatgccagcactc
agcctgcctctggccatggtagtgggcttccactttgttttgctggggtt
caatcagctctaatgtacctgaaatgctaaactcacttcagcctcatttg
gttgggatatgaagtttttcatctggttacctcttttcgaggggattctt
gaagctccgttcattttatttcatgtatgagtgttttgcctgcgtgtacg
tatgtgcaccattgccttgtgtatgcttagcttctatggaagtcagagag
ggaatgagatgctcggaaatggattatggatagttagaaccacctgtggg
tgcagaatgaccaggtctcaatgagcacagtgtcttactgttgaactatc
tccaaaccccgccaatttgaggagaattggatggagtccctatagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_130940835_130941901
seq2: B6Ng01-062M06.b_50_1103

seq1  GAATTCCATATGAAATCCCCTTGGGTCCCCCATAGGCTATTGGACAATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGAAATCCCCTTGGGTCCCCCATAGGCTATTGGACAATGG  50

seq1  AGAAGGACATCCTATTTTATCTTATTGGTTTTGAGACAGTCTCATGGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACATCCTATTTTATCTTATTGGTTTTGAGACAGTCTCATGGATC  100

seq1  CTAGGATGCTCTCAGACTTGTCATCATACCATAAATGAGCTTGAAATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATGCTCTCAGACTTGTCATCATACCATAAATGAGCTTGAAATCTT  150

seq1  GATTCTCCTGCTTCTGCTTCCTGAGTTTTGGGATGACAGACATGTGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCCTGCTTCTGCTTCCTGAGTTTTGGGATGACAGACATGTGCTGC  200

seq1  CATGCCCAGATTAAGTGGTACATACAGGGCCTTATGAATGCTAGGCAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCAGATTAAGTGGTACATACAGGGCCTTATGAATGCTAGGCAAAA  250

seq1  CTCTACAACTTACCCCAAACCCAGCTCCAGCCCCAGCATCCCGCATATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAACTTACCCCAAACCCAGCTCCAGCCCCAGCATCCCGCATATTA  300

seq1  AAAGGAAGTATAACTGGTGTTGAGTACTACTCTCCTTGGTCCAAACTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGTATAACTGGTGTTGAGTACTACTCTCCTTGGTCCAAACTGGG  350

seq1  ATTTCAGTGTCATTCTGGAACCATGAGTTATGACACAGGCTGACTCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTGTCATTCTGGAACCATGAGTTATGACACAGGCTGACTCAAAA  400

seq1  TTCCATACACCAGAGAAACCAAAGCCAGGCACATTTGTCCTAGACCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATACACCAGAGAAACCAAAGCCAGGCACATTTGTCCTAGACCCATC  450

seq1  ACGTTCTCTTGTAGTTCTAGCCTGAGGTCCCTGTGTGGAAGGTTTGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCTCTTGTAGTTCTAGCCTGAGGTCCCTGTGTGGAAGGTTTGCCTG  500

seq1  AAGAGGAAAGTTTGTCTCTCTGCCTTGGAGTCATATAGTACAGGGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAAAGTTTGTCTCTCTGCCTTGGAGTCATATAGTACAGGGAAGAG  550

seq1  GTGTGGCTGCTCTTAGTGGCTAGGATAACTCTGGAACTCATCAAGCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTGCTCTTAGTGGCTAGGATAACTCTGGAACTCATCAAGCAGGT  600

seq1  TAGATTGGGTAGCCAGCAAGCCCCCAGGAGTCCTCCTGTCTCTGCCTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGGGTAGCCAGCAAGCCCCCAGGAGTCCTCCTGTCTCTGCCTACC  650

seq1  CAGCCTTGCGATTACCAGCATAAACTATCACACACAGAACTCTTCTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGCGATTACCAGCATAAACTATCACACACAGAACTCTTCTTTTA  700

seq1  AAACATGGGCTCTAGGACTCCAGCTTATTCATGCTTGGACGGTGAGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGGCTCTAGGACTCCAGCTTATTCATGCTTGGACGGTGAGTACT  750

seq1  CTGTGGACTCCCCAAACCATGTCCCCAGCCACCAGTGTTGGGATCTTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACTCCCCAAACCATGTCCCCAGCCACCAGTGTTGGGATCTTTAG  800

seq1  CTGACATTTCAGCCCGGCAGTTCTTTAATTTGTCTGAACATGGAAATCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATTTCAGCCCGGCAGTTCTTTAATTTGTCTGAACATGGAAATCCA  850

seq1  ACTCATTTCAGGGATGCTTTAGGTTTAGTGTCCCCCACCCCCAAAACCAG  900
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTCACGGATGCTTTA-GTTTAGTGTCCCCCACCCCCAAAACCAG  899

seq1  TGACATCAGAAGCTTCCCAGGTGGATGGCAGATGGGACCTAGTTCTTCCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCAGAAGCTTCCCAGGTGGATGGCAGATGGGACCTAGTTCTTCCG  949

seq1  TGTGCCTTCTGGAGCAGCCAATGTTGAGATGCATGGCTCTAGGATATTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTGCCTTCTGGAGCAGCCAATG-TGAGATGCATGGCTCTA-GATATTTC  997

seq1  TTTCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTCCAAAGGGTCTGACACAGTTGC  1050
      |||||      |||| | ||||||||||||||| |||||||| ||| |||
seq2  TTTCT------TTCTCTCTTTTTTTTTTCCAAA-GGTCTGAC-CAG-TGC  1038

seq1  CTGGAGATAGGGAGTTT  1067
      ||||| ||| |||||||
seq2  CTGGAAATA-GGAGTTT  1054

seq1: chr5_131078899_131080078
seq2: B6Ng01-062M06.g_66_1212 (reverse)

seq1  AGCTATATAGCGAGACTCCCAATTCAATATCTACCCTCAAAAATATTTGA  50
      |||||||    | ||||||  || |||| |||  |||||||     ||  
seq2  AGCTATA----GGGACTCC--ATCCAAT-TCT--CCTCAAA-----TT--  34

seq1  GGCGGTGTTTGTGAGATAGTTCAACAGTTAAGGACACGTGTTGCTCATAT  100
      ||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||||| || ||||||| |
seq2  GGCGGGGTTTG-GAGATAGTTCAACAGT--AAGACAC-TG-TGCTCAT-T  78

seq1  GGAGGACCTGGGTTCAATTCCTTGCACCCACAGGTGGTTCTTAACTATCC  150
      |   |||||||  || ||||  |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  G--AGACCTGG--TC-ATTC--TGCACCCACAGGTGGTTC-TAACTATCC  120

seq1  ATAATTCCATTTCCGAGCAATCTCATTCCCTCTTCTGACTTCCATAGAAG  200
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAA-TCCATTTCCGAGC-ATCTCATTCCCTC-TCTGACTTCCATAGAAG  167

seq1  CTAAGCATACACAAGGCAATGGTGCACATACGTACACGCAGGCAAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATACACAAGGCAATGGTGCACATACGTACACGCAGGCAAAACAC  217

seq1  TCATACATGAAATAAAATGAACGGAGCTTCAAGAATCCCCTCGAAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACATGAAATAAAATGAACGGAGCTTCAAGAATCCCCTCGAAAAGAG  267

seq1  GTAACCAGATGAAAAACTTCATATCCCAACCAAATGAGGCTGAAGTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCAGATGAAAAACTTCATATCCCAACCAAATGAGGCTGAAGTGAGT  317

seq1  TTAGCATTTCAGGTACATTAGAGCTGATTGAACCCCAGCAAAACAAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATTTCAGGTACATTAGAGCTGATTGAACCCCAGCAAAACAAAGTG  367

seq1  GAAGCCCACTACCATGGCCAGAGGCAGGCTGAGTGCTGGCATTAAAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCACTACCATGGCCAGAGGCAGGCTGAGTGCTGGCATTAAAGATT  417

seq1  GAAAGGAGGTGGGGGAAATGAGATTTAAATATTTAAATATGCATGAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGGTGGGGGAAATGAGATTTAAATATTTAAATATGCATGAGATG  467

seq1  AGATGGGCTAACAGGAGAGGGTGTCTATGCAAAATGGCAAGAGACTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCTAACAGGAGAGGGTGTCTATGCAAAATGGCAAGAGACTAAAT  517

seq1  TCCCAGAGCTGAGTGATATGGACAGATGGTGAGTAGGGTGGGTGAAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGCTGAGTGATATGGACAGATGGTGAGTAGGGTGGGTGAAAGAC  567

seq1  TAGGGTTTTGAGGGGCAGACATCCTGAAAGTTCTCCATCTGCTGTGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTTGAGGGGCAGACATCCTGAAAGTTCTCCATCTGCTGTGGACC  617

seq1  CTCACTTCTTGATGGTCAGCAGGGTGTCTTACTTCTCAATGTCCAACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCTTGATGGTCAGCAGGGTGTCTTACTTCTCAATGTCCAACACT  667

seq1  AGCCCTGAATAAGTTTATCTTTTATGGTCTCAGAGTCCTCTAGGAATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGAATAAGTTTATCTTTTATGGTCTCAGAGTCCTCTAGGAATAGA  717

seq1  GGCTCCAGTCTGAGCTTAGAGCATCCTTTGTCAACTGAGCCCTGGGGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAGTCTGAGCTTAGAGCATCCTTTGTCAACTGAGCCCTGGGGCTA  767

seq1  TGAAGACCCTACACAAGTAATCCTAGCACAGTTCACCATCACTTATAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACCCTACACAAGTAATCCTAGCACAGTTCACCATCACTTATAAGT  817

seq1  CTCTTTCTTCCATTTGTGTAGACAGTAATTTAGACATGCTGTGCCATGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTTCCATTTGTGTAGACAGTAATTTAGACATGCTGTGCCATGAC  867

seq1  ACGGTCTCTCTATTCTGCCTCATTGACCTTAAGATCCTAAAGGTTCAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTCTCTCTATTCTGCCTCATTGACCTTAAGATCCTAAAGGTTCAAGT  917

seq1  GTGACTCCCAGCTGAGGCAGGATGAGAAGGGGTGGGGGGAGAGTGAGCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCCCAGCTGAGGCAGGATGAGAAGGGGTGGGGGGAGAGTGAGCAG  967

seq1  GGGTTTTGAGGGATGGGAAGGGCCAGAAACAGAGAATTAAAAGGAAACTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGAGGGATGGGAAGGGCCAGAAACAGAGAATTAAAAGGAAACTC  1017

seq1  TCCCTTGGGAATCTAGCTGGGAGTGGAAGACTTCAGCACAATTGATAAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGGGAATCTAGCTGGGAGTGGAAGACTTCAGCACAATTGATAAAA  1067

seq1  ATTCAAGGCTCCAGGGAGGGGAGGGATGGGTCACTGGTTAAGAGCAGGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGGCTCCAGGGAGGGGAGGGATGGGTCACTGGTTAAGAGCAGGCA  1117

seq1  CTGCATTTGTAGAGGTCCTGAGTTGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTTGTAGAGGTCCTGAGTTGAATTC  1147