BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062N08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 42,742,555 - 42,869,757
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308, LOC100040588
Downstream geneEG636612, LOC433883, EG665934, Cpeb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062N08.bB6Ng01-062N08.g
ACCDH883104DH883105
length1,1361,002
definitionDH883104|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N08, 5' end.DH883105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,868,608 - 42,869,757)(42,742,555 - 42,743,556)
sequence
gaattcttgaccccaaactccctaatctattaaaaagatgaatttttgtt
gttgttggtcacgtcgatatgatcactttcttccttatttttaaaaaaat
cacaggtaaagaaaaattcaccttgacatttgagggactaaatctggtac
attgtgttggtcactgaaagtgaagtctctcgactaaaaacttgttaatt
tctataagtctggatgggcttatgtgtaaacatgcatggactcccacttc
aataggtaatacaaaagtaaaagtctgaagatggtcccttgctgtaagaa
ttcacattgagttttactttacaatcattctgggtagaattggattactg
tgaacagttggttattggtatcgattcaagtttcttagaactctgcaggg
tactgagaaaaacctcagccaactgtagattcttgaatgtgttctcagtc
aacatggctcacaaggaaaagcactaagaatacaagtgcaaattcaaagt
ttctgtccaaaacactataaatgaaaagccttacttggtttggattctct
gggtctaatctgcccattttatatgaagtgcagcaactatgtgggccttc
aattataaagtgaaatggaaaaacacattattatcatatttctataatta
aatatattggaatgtaacaatagcctttttgattccagtcaactctgata
atcatccaaacaaacaaacaaccacaaaaaacaaaacaaacaaacaaaca
aaagcttaggaaaatatagaagaaaatatcagcagtacaatcaagttcac
tagagttgagatcccaaactggcttatgcatcttaatatcagtgaagacg
aggtacaccaaggaggcaaataataattcaaatatattgtaaagcaatcc
aacagaatacaatagaacagactgtagaattggttagaatataaccataa
acataaaggaatgataatattagacacacacattgtcaaacaaagtaaat
actatccttaaagaaacaatgtactaaaaaatagtcagctacagaccagc
tagacataaacagctccaccaacaccattttttttttaagactagaagat
ttggtgaatgtctatacataggtaaattttctaaaa
gaattccattaaagttccttttcggcttaagctgcaggaacacgtagagc
caaatctaacacataattaaagcatggttattatcacttctggtgcaaat
atctaccattctcatcatttcgtagtcttgagccattttatgactagaat
acattagaattttcattgctttataagttactctcgacatatttgaaaaa
gtggtaaaaatgtaagtaaaattcattcaaaagtgtgacatctgtatagc
agacctcaagcagtacgtgtcaagtggaaacaagtgaagccaagctcttg
agagttttatgaagaattaggaagtctgtctggacctcctgtgcacactt
aaattcaagcaaatgagggaatgctgagatgttgcaatatttgcaggtga
gttatgaggggacagacagacacaggaggaatctacagattgaatttcta
aaaatccattgtgaaatatatgtggaagaagtatgtaaattagagataaa
tacactgtttagaaatcagaaccctttattattgttagggttatttaata
ttaggctgttgtaagggttccagggatttgtgttgattttattgctgaat
tttgcattcgcccttcccacatagagtcatagaattttacatccagatgg
gagtctgtcccagagatcatgttcctggattcttagagcagtattgatgt
atgtgctttatgttattgttcctgtgatattataagtacatttacatttc
cttgaatctaacgttttctttgactctcaaaaaggtgtgtaattgagtgc
tttcatttatcttcctaagtgaaatgttaataagagtataaccttacatt
atggttaggaaacatgaagcttttcacagagaaagtaattttcccacgga
cacagtctcagttgatgtcatacttgaaaaatgaattatacctgtttcta
actttaaaagagctttcttctttgcatgtatgtatgtgtatatgtatgga
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_42868608_42869757
seq2: B6Ng01-062N08.b_44_1179 (reverse)

seq1  TTTTAGAAAAATTTAACCTATGTAATAAACCACATTCACCAGAATCTCTT  50
      ||||||||||  || |||||||| |||    |||||||||| ||||| | 
seq2  TTTTAGAAAA--TTTACCTATGT-ATA---GACATTCACCA-AATCT-TC  42

seq1  AAGTCTTAAAAAAAAAAATGGTGTTGTGTGGAGCTGTTTATGTCTTAGCT  100
       |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTCTT-AAAAAAAAAATGGTGTTG-GTGGAGCTGTTTATGTC-TAGCT  89

seq1  GGTCTGTAGCTGACTATTTTTTTAGTACATTGTTTCTTTAAGGATAGTAT  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTAGCTGACTA-TTTTTTAGTACATTGTTTCTTTAAGGATAGTAT  138

seq1  TTACTTTGTTTTGACAATGTTGTGTGTCTAATATTATCATTCCTTTATGT  200
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTG-TTTGACAATG-TGTGTGTCTAATATTATCATTCCTTTATGT  186

seq1  TTATGGTTATATTCTAACCAATTCTACAGTCTGTTCTATTGTATTCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTATATTCTAACCAATTCTACAGTCTGTTCTATTGTATTCTGTT  236

seq1  GGATTGCTTTACAATATATTTGAATTATTATTTGCCTCCTTGGTGTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCTTTACAATATATTTGAATTATTATTTGCCTCCTTGGTGTACCT  286

seq1  CGTCTTCACTGATATTAAGATGCATAAGCCAGTTTGGGATCTCAACTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTCACTGATATTAAGATGCATAAGCCAGTTTGGGATCTCAACTCTA  336

seq1  GTGAACTTGATTGTACTGCTGATATTTTCTTCTATATTTTCCTAAGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTGATTGTACTGCTGATATTTTCTTCTATATTTTCCTAAGCTTT  386

seq1  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTGTGGTTGTTTGTTTGTTTGGATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTGTGGTTGTTTGTTTGTTTGGATGAT  436

seq1  TATCAGAGTTGACTGGAATCAAAAAGGCTATTGTTACATTCCAATATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAGTTGACTGGAATCAAAAAGGCTATTGTTACATTCCAATATATT  486

seq1  TAATTATAGAAATATGATAATAATGTGTTTTTCCATTTCACTTTATAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATAGAAATATGATAATAATGTGTTTTTCCATTTCACTTTATAATT  536

seq1  GAAGGCCCACATAGTTGCTGCACTTCATATAAAATGGGCAGATTAGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCCACATAGTTGCTGCACTTCATATAAAATGGGCAGATTAGACCC  586

seq1  AGAGAATCCAAACCAAGTAAGGCTTTTCATTTATAGTGTTTTGGACAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATCCAAACCAAGTAAGGCTTTTCATTTATAGTGTTTTGGACAGAA  636

seq1  ACTTTGAATTTGCACTTGTATTCTTAGTGCTTTTCCTTGTGAGCCATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAATTTGCACTTGTATTCTTAGTGCTTTTCCTTGTGAGCCATGTT  686

seq1  GACTGAGAACACATTCAAGAATCTACAGTTGGCTGAGGTTTTTCTCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAACACATTCAAGAATCTACAGTTGGCTGAGGTTTTTCTCAGTA  736

seq1  CCCTGCAGAGTTCTAAGAAACTTGAATCGATACCAATAACCAACTGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCAGAGTTCTAAGAAACTTGAATCGATACCAATAACCAACTGTTCA  786

seq1  CAGTAATCCAATTCTACCCAGAATGATTGTAAAGTAAAACTCAATGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATCCAATTCTACCCAGAATGATTGTAAAGTAAAACTCAATGTGAA  836

seq1  TTCTTACAGCAAGGGACCATCTTCAGACTTTTACTTTTGTATTACCTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACAGCAAGGGACCATCTTCAGACTTTTACTTTTGTATTACCTATT  886

seq1  GAAGTGGGAGTCCATGCATGTTTACACATAAGCCCATCCAGACTTATAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGAGTCCATGCATGTTTACACATAAGCCCATCCAGACTTATAGA  936

seq1  AATTAACAAGTTTTTAGTCGAGAGACTTCACTTTCAGTGACCAACACAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACAAGTTTTTAGTCGAGAGACTTCACTTTCAGTGACCAACACAAT  986

seq1  GTACCAGATTTAGTCCCTCAAATGTCAAGGTGAATTTTTCTTTACCTGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGATTTAGTCCCTCAAATGTCAAGGTGAATTTTTCTTTACCTGTG  1036

seq1  ATTTTTTTAAAAATAAGGAAGAAAGTGATCATATCGACGTGACCAACAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTAAAAATAAGGAAGAAAGTGATCATATCGACGTGACCAACAAC  1086

seq1  AACAAAAATTCATCTTTTTAATAGATTAGGGAGTTTGGGGTCAAGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAATTCATCTTTTTAATAGATTAGGGAGTTTGGGGTCAAGAATTC  1136

seq1: chr5_42742555_42743556
seq2: B6Ng01-062N08.g_66_1067

seq1  GAATTCCATTAAAGTTCCTTTTCGGCTTAAGCTGCAGGAACACGTAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAAAGTTCCTTTTCGGCTTAAGCTGCAGGAACACGTAGAGC  50

seq1  CAAATCTAACACATAATTAAAGCATGGTTATTATCACTTCTGGTGCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTAACACATAATTAAAGCATGGTTATTATCACTTCTGGTGCAAAT  100

seq1  ATCTACCATTCTCATCATTTCGTAGTCTTGAGCCATTTTATGACTAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACCATTCTCATCATTTCGTAGTCTTGAGCCATTTTATGACTAGAAT  150

seq1  ACATTAGAATTTTCATTGCTTTATAAGTTACTCTCGACATATTTGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAGAATTTTCATTGCTTTATAAGTTACTCTCGACATATTTGAAAAA  200

seq1  GTGGTAAAAATGTAAGTAAAATTCATTCAAAAGTGTGACATCTGTATAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAAAAATGTAAGTAAAATTCATTCAAAAGTGTGACATCTGTATAGC  250

seq1  AGACCTCAAGCAGTACGTGTCAAGTGGAAACAAGTGAAGCCAAGCTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCAAGCAGTACGTGTCAAGTGGAAACAAGTGAAGCCAAGCTCTTG  300

seq1  AGAGTTTTATGAAGAATTAGGAAGTCTGTCTGGACCTCCTGTGCACACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTATGAAGAATTAGGAAGTCTGTCTGGACCTCCTGTGCACACTT  350

seq1  AAATTCAAGCAAATGAGGGAATGCTGAGATGTTGCAATATTTGCAGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGCAAATGAGGGAATGCTGAGATGTTGCAATATTTGCAGGTGA  400

seq1  GTTATGAGGGGACAGACAGACACAGGAGGAATCTACAGATTGAATTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGAGGGGACAGACAGACACAGGAGGAATCTACAGATTGAATTTCTA  450

seq1  AAAATCCATTGTGAAATATATGTGGAAGAAGTATGTAAATTAGAGATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCATTGTGAAATATATGTGGAAGAAGTATGTAAATTAGAGATAAA  500

seq1  TACACTGTTTAGAAATCAGAACCCTTTATTATTGTTAGGGTTATTTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGTTTAGAAATCAGAACCCTTTATTATTGTTAGGGTTATTTAATA  550

seq1  TTAGGCTGTTGTAAGGGTTCCAGGGATTTGTGTTGATTTTATTGCTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTGTTGTAAGGGTTCCAGGGATTTGTGTTGATTTTATTGCTGAAT  600

seq1  TTTGCATTCGCCCTTCCCACATAGAGTCATAGAATTTTACATCCAGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTCGCCCTTCCCACATAGAGTCATAGAATTTTACATCCAGATGG  650

seq1  GAGTCTGTCCCAGAGATCATGTTCCTGGATTCTTAGAGCAGTATTGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTCCCAGAGATCATGTTCCTGGATTCTTAGAGCAGTATTGATGT  700

seq1  ATGTGCTTTATGTTATTGTTCCTGTGATATTATAAGTACATTTACATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTTATGTTATTGTTCCTGTGATATTATAAGTACATTTACATTTC  750

seq1  CTTGAATCTAACGTTTTCTTTGACTCTCAAAAAGGTGTGTAATTGAGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCTAACGTTTTCTTTGACTCTCAAAAAGGTGTGTAATTGAGTGC  800

seq1  TTTCATTTATCTTCCTAAGTGAAATGTTAATAAGAGTATAACCTTACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTATCTTCCTAAGTGAAATGTTAATAAGAGTATAACCTTACATT  850

seq1  ATGGTTAGGAAACATGAAGCTTTTCACAGAGAAAGTAATTTTCCCACGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAGGAAACATGAAGCTTTTCACAGAGAAAGTAATTTTCCCACGGA  900

seq1  CACAGTCTCAGTTGATGTCATACTTGAAAAATGAATTATACCTGTTTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTCAGTTGATGTCATACTTGAAAAATGAATTATACCTGTTTCTA  950

seq1  ACTTTAAAAGAGCTTTCTTCTTTGCATGTATGTATGTGTATATGTATGTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACTTTAAAAGAGCTTTCTTCTTTGCATGTATGTATGTGTATATGTATGGA  1000

seq1  TG  1002
      ||
seq2  TG  1002