BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063H21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 116,980,042 - 117,156,116
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Upstream genePxn, Arbp, Gcn1l1, LOC100042199, Rab35, Ccdc64, LOC665032, Cit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8
Downstream geneLOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063H21.bB6Ng01-063H21.g
ACCDH883570DH883571
length1,143887
definitionDH883570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063H21, 5' end.DH883571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,155,256 - 117,156,116)(116,980,042 - 116,980,925)
sequence
gaattctgggaaggaatctggcatgggagctgtgaaagaaatcagacata
ggaaactgaggggaggtaaccagccacatggcagacatagaatcatataa
atggattgatttagttacaagctagttggggcgcaagcctagcttaaggc
ataggcattaattcataaataaataagtctctgtgtcgtcgtttgggaac
tggctctgatatagaaaagcccaaatggttacaaaaattgttggggtatc
agaagaagagagagtgtgtgtgaggcaggaacaagggtttgattctgtca
tcttgtcttgactccactgtttctagaaccatcaaagatgctctcctgag
accggggaattggttcagtcagcaaagtgcttgttgcctgtgatggccag
ttttatgtcacctggctacaagctggagtcatctgaaaggaaggatcctc
aattgagaaaatgtttccataagatccagctgtaaggcattttcttaatt
agtaattgacagggagggccagcccattgtgggtggagctatccctaggc
tggtggtcctgggttctataagaaagcaggctgagcaaaccatggggagc
aagccaataagcagcatccctccatggcctccgcatcagctgctgcctaa
ggttcttgccttgcttgagttcctgtcctgacttcctttgaggatgaaca
gcagggtggaagtgtaaactgaaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaccct
ttcctcctcgagttgctttggttggtgttacatcacattgatagttttat
gtcacccttatgcaccctaactagaacagtaagacagtggggcagtgcta
agacctgcatttgatcaccaaccagaacccacgaaaaaagtcaggtgttg
cagctcacacatatcatccggctgttcagtgggcactgcatggatccctt
agtttcctgctgccaacaagctatcagtgagaccagctccagcagagaca
ctgcctcaaataataaatataataataataataataaatagtaataaggt
ggcagttctgaggacatcatcaactgaggtgaccttgaccttacctctgt
gccaacagtgttcaagggtgatagtccttccccatggagctag
gaattcacacacaggttcccagtcttagttcttagctctggtgccccttc
cagccccaagattctctggatgggcttcgatgtatagagcaaccgcaaga
tgccctgtcattgactggcagatcggacttgctctgcccacctggaaact
cattcaggaaagtgaaacctcccctggcttcatccctctcacccctgaga
acctgtccagggataattaatggtcctctgccctgtcactttctgcaaag
gaggcatctccaacaaggtcatggctgaaggttaggttggaaggaacaaa
ccacagtgttggcagtggagaaagtctggggtgatgtctcagccttgtaa
agcttgacagagcagggagattcctgaacagggttgatggagcctggaga
agccctgagttggtacacagttaggtcacacagccgcttgctttccattg
actgcctgtatcctaggcatgtcccctgcctgcccttacccccgtgtagc
tgaaattagggatgaccttaataatgacagtggctgttcatctgacttgg
atgcggattggaccccgtggtaaacatttctgttgatcatcatgattaac
ccaaggaaggtggcactggctccactcgtactgaacagatgcgaggcaca
gtaagagaagtaactggctcaagacaccttagcagggctggtatcagaac
ccaggaagtctggtttatggggactcacattcacttataaccacaggggg
ctgcactcacttctcagactccaggaaaggctcaaacaactccagcggat
gtcttgactttttcttgtgtgcttgtgtgtgtgtgtgttgaggtggggtg
catgtctttttggggttgggtgtgtggcatgtgtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117155256_117156116
seq2: B6Ng01-063H21.b_361_1189 (reverse)

seq1  CTAGCTTCCATGGGGGAAGGGACATATCCACCCTTGCACACATGTTGGCA  50
      ||||| |||||||||  | |||| ||| |||||||| |||| ||||||||
seq2  CTAGC-TCCATGGGG--AAGGAC-TAT-CACCCTTGAACAC-TGTTGGCA  44

seq1  CAGGAGTGTAAAGGTCAGAGGTCAACCTCAGTTGATGATGTCCCTCAGGA  100
      |||  ||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CAGAGGT---AAGGTCA-AGGTC-ACCTCAGTTGATGATGT-CCTCA-GA  87

seq1  ACTGCCCACCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAT  150
      |||| ||||||||||        |||||| |||||   |||||  | |||
seq2  ACTG-CCACCTTATT------ACTATTTA-TTATT--ATTATTATTATAT  127

seq1  TTATTTATTTGAGGCAGTGTCTCTTGCTGGGAGCTGGGTCTCACTGATTA  200
      ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||
seq2  TTA-TTATTTGAGGCAGTGTCTC-TGCT-GGAGCT-GGTCTCACTGA-TA  172

seq1  GCCTTGGTTGGCAGCCAGGAAACCTAAGGGATCCATGCAGTGCCCACTGA  250
      ||  | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC--TTGTTGGCAG-CAGGAAA-CTAAGGGATCCATGCAGTGCCCACTGA  218

seq1  ACAGCCGGATGATATGTGTGAGCTGCAACACCTGACTTTTTTCGTGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCGGATGATATGTGTGAGCTGCAACACCTGACTTTTTTCGTGGGTT  268

seq1  CTGGTTGGTGATCAAATGCAGGTCTTTAGCACTG-CCCACTGTCTTACTG  349
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGTGATCAAATGCAGGTC-TTAGCACTGCCCCACTGTCTTACTG  317

seq1  TTCTAGTTAGGGTGCATAAGGGTGACATAAAACTATCAATGTGATGTAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTTAGGGTGCATAAGGGTGACATAAAACTATCAATGTGATGTAAC  367

seq1  ACCAACCAAAGCAACTCGAGGAGGAAAGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCAAAGCAACTCGAGGAGGAAAGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  417

seq1  TTTTTCAGTTTACACTTCCACCCTGCTGTTCATCCTCAAAGGAAGTCAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGTTTACACTTCCACCCTGCTGTTCATCCTCAAAGGAAGTCAGG  467

seq1  ACAGGAACTCAAGCAAGGCAAGAACCTTAGGCAGCAGCTGATGCGGAGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACTCAAGCAAGGCAAGAACCTTAGGCAGCAGCTGATGCGGAGGC  517

seq1  CATGGAGGGATGCTGCTTATTGGCTTGCTCCCCATGGTTTGCTCAGCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGGATGCTGCTTATTGGCTTGCTCCCCATGGTTTGCTCAGCCTG  567

seq1  CTTTCTTATAGAACCCAGGACCACCAGCCTAGGGATAGCTCCACCCACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTATAGAACCCAGGACCACCAGCCTAGGGATAGCTCCACCCACAA  617

seq1  TGGGCTGGCCCTCCCTGTCAATTACTAATTAAGAAAATGCCTTACAGCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGCCCTCCCTGTCAATTACTAATTAAGAAAATGCCTTACAGCTG  667

seq1  GATCTTATGGAAACATTTTCTCAATTGAGGATCCTTCCTTTCAGATGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTATGGAAACATTTTCTCAATTGAGGATCCTTCCTTTCAGATGACT  717

seq1  CCAGCTTGTAGCCAGGTGACATAAAACTGGCCATCACAGGCAACAAGCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTGTAGCCAGGTGACATAAAACTGGCCATCACAGGCAACAAGCAC  767

seq1  TTTGCTGACTGAACCAATTCCCCGGTCTCAGGAGAGCATCTTTGATGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGACTGAACCAATTCCCCGGTCTCAGGAGAGCATCTTTGATGGTT  817

seq1  CTAGAAACAGTG  861
      ||||||||||||
seq2  CTAGAAACAGTG  829

seq1: chr5_116980042_116980925
seq2: B6Ng01-063H21.g_66_952

seq1  GAATTCACACACAGGTTCCCAGTCTTAGTTCTTAGCTCTGGTGCCCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACACAGGTTCCCAGTCTTAGTTCTTAGCTCTGGTGCCCCTTC  50

seq1  CAGCCCCAAGATTCTCTGGATGGGCTTCGATGTATAGAGCAACCGCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCAAGATTCTCTGGATGGGCTTCGATGTATAGAGCAACCGCAAGA  100

seq1  TGCCCTGTCATTGACTGGCAGATCGGACTTGCTCTGCCCACCTGGAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGTCATTGACTGGCAGATCGGACTTGCTCTGCCCACCTGGAAACT  150

seq1  CATTCAGGAAAGTGAAACCTCCCCTGGCTTCATCCCTCTCACCCCTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGGAAAGTGAAACCTCCCCTGGCTTCATCCCTCTCACCCCTGAGA  200

seq1  ACCTGTCCAGGGATAATTAATGGTCCTCTGCCCTGTCACTTTCTGCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCCAGGGATAATTAATGGTCCTCTGCCCTGTCACTTTCTGCAAAG  250

seq1  GAGGCATCTCCAACAAGGTCATGGCTGAAGGTTAGGTTGGAAGGAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATCTCCAACAAGGTCATGGCTGAAGGTTAGGTTGGAAGGAACAAA  300

seq1  CCACAGTGTTGGCAGTGGAGAAAGTCTGGGGTGATGTCTCAGCCTTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGTTGGCAGTGGAGAAAGTCTGGGGTGATGTCTCAGCCTTGTAA  350

seq1  AGCTTGACAGAGCAGGGAGATTCCTGAACAGGGTTGATGGAGCCTGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGACAGAGCAGGGAGATTCCTGAACAGGGTTGATGGAGCCTGGAGA  400

seq1  AGCCCTGAGTTGGTACACAGTTAGGTCACACAGCCGCTTGCTTTCCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGAGTTGGTACACAGTTAGGTCACACAGCCGCTTGCTTTCCATTG  450

seq1  ACTGCCTGTATCCTAGGCATGTCCCCTGCCTGCCCTTACCCCCGTGTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGTATCCTAGGCATGTCCCCTGCCTGCCCTTACCCCCGTGTAGC  500

seq1  TGAAATTAGGGATGACCTTAATAATGACAGTGGCTGTTCATCTGACTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAGGGATGACCTTAATAATGACAGTGGCTGTTCATCTGACTTGG  550

seq1  ATGCGGATTGGACCCCGTGGTAAACATTTCTGTTGATCATCATGATTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGATTGGACCCCGTGGTAAACATTTCTGTTGATCATCATGATTAAC  600

seq1  CCAAGGAAGGTGGCACTGGCTCCACTCGTACTGAACAGATGCGAGGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAAGGTGGCACTGGCTCCACTCGTACTGAACAGATGCGAGGCACA  650

seq1  GTAAGAGAAGTAACTGGCTCAAAGACACCTTAGCAGGGCTGGTATCAGAA  700
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGAAGTAACTGGCTC-AAGACACCTTAGCAGGGCTGGTATCAGAA  699

seq1  CCCAGGAAGTCTGGTTTAT-GGGACTCACATTCACTTATAACCACA-GGG  748
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCAGGAAGTCTGGTTTATGGGGACTCACATTCACTTATAACCACAGGGG  749

seq1  GCTGCACTCACTTCTCAGACTCCAGGAAAGGCTCAAACAACTCCAGCGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACTCACTTCTCAGACTCCAGGAAAGGCTCAAACAACTCCAGCGGA  799

seq1  TGTCTTGACTTTTTCTTGTGTGCTTGTGTGTGTGTGTGTTGAGGT-GTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  TGTCTTGACTTTTTCTTGTGTGCTTGTGTGTGTGTGTGTTGAGGTGGGGT  849

seq1  GCATGTCTTTTTGGGTTTGGGTGTGT-GCATGTGTGGG  884
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GCATGTCTTTTTGGGGTTGGGTGTGTGGCATGTGTGGG  887