BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065P23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 105,331,983 - 105,436,379
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbcg3, LOC626471, EG545790
Upstream geneKlhl8, Hsd17b13, EG666629, Hsd17b11, Nudt9, Sparcl1, LOC100041136, Dspp, Dmp1, LOC100041145, Ibsp, Mepe, Spp1, Pkd2, BC005561, LOC100042165, LOC100041172, D930016D06Rik, 2310012P17Rik, LOC640963, LOC100041199, LOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216
Downstream gene5830443L24Rik, BC057170, Gbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l, EG634650, Lrrc8b, Lrrc8c, Lrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065P23.bB6Ng01-065P23.g
ACCDH885309DH885310
length1,156727
definitionDH885309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P23, 5' end.DH885310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,435,200 - 105,436,379)(105,331,983 - 105,332,710)
sequence
gaattccttctggcttggaccaacagaggtgataatctatgtttaatgat
agaatccatggaagagtgcaatgaagtgtaaacctgaacatgcaggctct
gacagtcagaataagtacagccatacgtgttttcatgtctttggagttag
gattaactaaaacccacaaacaggataaatgtaaaaataacagaaaattg
tctcttagctttagaccctgggacttcaaaatcagagtgtcagcatgctg
gtatctggggagttgtcacttaggtcaatgaccactgacttatggtgtct
cctcacactatgggaaggccagtgagttgtcttaggagcttttgtaagaa
cagcaattccaggcacaagacctctgcacttcccacttaaacatctcatg
aaaggctgcacatcctgtggggttgagtgtaaggactgaatttttgagga
aggcaaacgtttactccatttcagtgagtgtttgtgatcttagactcaat
ctcagagccatggatcttactgagttggagatttgatatttgcctatctt
tttacaaaattcacaaaggatttgaggactcaggtgacaacctctgtgga
cggcatcaacaatttagcagttgtaataaaaaagttatttctatcacaga
agtggtagaaatactatcactgctgttagtccaggccagacggaagggga
caaagagttccacttctagctaaagagtcatggctactggtggaggctgg
gggagtcatgtttttattttttagtgctgcagttgtggttgtatggccac
catccagtgaatgttattaacccaagagtgtataagctgtacaaactata
cttagtgccttgtctaggggtaactctggtccttcatgagactcagcatt
tgtgcagaaagcagctggccagtgcagtgagcagaagcccagtgactggg
gctccctcagtcttctcctagcagcttctgatgctcacacgcctgtagat
gaagttatgctgtcctttcactgtaataagtacattttgatcctggacta
tcaagtcttaatcactaaaatatgccttctatgaagtgtatcaaacggac
tttctcctgattcttgagatcttttgttttttcccattgtgcacatttct
gtacat
gaattccaaagaaatatgctctaatgccaaaaaattaaaattcaaattga
cagccactgtttatataacattgacaattatatattttaattaaaatata
ttagatcagttttccccttgatcttcactaagtcccttccccaaatttcc
tcaggtaatttgttccttattaagaatctgtgattaaatcccgtcgtggt
ggcacacgcctttagtcccagcactctgtactcagaggcaggtagattct
gagttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggc
tacacagagaaaacctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaggtgtgattaa
gtattgcatatgccagaaagattgtgctgaaggcaccctgttacacctgt
ctcgtatgaggctatgccagtgcctggcaaatacagaattggatgctctc
agtcatctataagatggaacacatggcccccaatggggaagcttgagaaa
gcacccaaggagctgaaggggtctgcaaccctattggtggaacaacagta
tgaactaaccagtatccccagagctcgtatctctagctgcataagtagga
gaagatggcctagttggccatcactgggaagagaggccccttggtattgc
aaactttatatgccccagaacaggggaatgccagggccaagaagcagagt
cggtgggtaggggagcagggtggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_105435200_105436379
seq2: B6Ng01-065P23.b_48_1203 (reverse)

seq1  ATGTACAGAAATGTGACCAAATGGGAAAAAAACAGAAAGGAACTTTCAAA  50
      ||||||||||||||| |  |||||||||||   | ||| ||  | |||| 
seq2  ATGTACAGAAATGTG-CACAATGGGAAAAA---ACAAAAGA--TCTCAA-  43

seq1  GAAACCAGTAGAAAAGTCCGTTTGACTACCACTCATGAGAA-GCATATTC  99
        || ||| || ||||||||||||| |||   |||| |||| ||||||| 
seq2  -GAATCAGGAG-AAAGTCCGTTTGA-TACACTTCAT-AGAAGGCATATTT  89

seq1  TAGTGTATTAAGACTTGGAATAAGTCAAGAATCAAAAATGTGACTTATTT  149
      ||||| |||||||||||  || |||| || ||| ||||||| ||||| ||
seq2  TAGTG-ATTAAGACTTG--AT-AGTCCAGGATC-AAAATGT-ACTTA-TT  132

seq1  ACAAGTGAAAAGACAGCAATAACTTCCTTCTAACAGGCTGTGTGAGCATC  199
      || ||||||| |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||
seq2  AC-AGTGAAAGGACAGC-ATAACTT-CATCT-ACAGGC-GTGTGAGCATC  177

seq1  AGAAGCTGCTA-GAGAATGACTGAGGGGAGCCCCAGTCACTGGGCCTTCT  248
      ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAGCTGCTAGGAGAA-GACTGA-GGGAGCCCCAGTCACTGGG-CTTCT  224

seq1  GCTCACTGCACTGGCCAGCTGCTTTCTGCAC-AATGCTGAGTTCTCATGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GCTCACTGCACTGGCCAGCTGCTTTCTGCACAAATGCTGAG-TCTCATGA  273

seq1  AGGACCAGAGTTACCCCTAGACAAGGCACTAAGTATAGTTTGTACAGCTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGAGTTACCCCTAGACAAGGCACTAAGTATAGTTTGTACAGCTT  323

seq1  ATACACTCTTGGGTTTATAACATTCACTGGATGGTGGCCATACAACCACA  397
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTCTTGGGTTAATAACATTCACTGGATGGTGGCCATACAACCACA  373

seq1  ACTGCAGCACTAAAAAATAAAAACATGACTCCCCCAGCCTCCACCAGTAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGCACTAAAAAATAAAAACATGACTCCCCCAGCCTCCACCAGTAG  423

seq1  CCATGACTCTTTAGCTAGAAGTGGAACTCTTTGTCCCCTTCCGTCTGGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACTCTTTAGCTAGAAGTGGAACTCTTTGTCCCCTTCCGTCTGGCC  473

seq1  TGGACTAACAGCAGTGATAGTATTTCTACCACTTCTGTGATAGAAATAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTAACAGCAGTGATAGTATTTCTACCACTTCTGTGATAGAAATAAC  523

seq1  TTTTTTATTACAACTGCTAAATTGTTGATGCCGTCCACAGAGGTTGTCAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTACAACTGCTAAATTGTTGATGCCGTCCACAGAGGTTGTCAC  573

seq1  CTGAGTCCTCAAATCCTTTGTGAATTTTGTAAAAAGATAGGCAAATATCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCCTCAAATCCTTTGTGAATTTTGTAAAAAGATAGGCAAATATCA  623

seq1  AATCTCCAACTCAGTAAGATCCATGGCTCTGAGATTGAGTCTAAGATCAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAACTCAGTAAGATCCATGGCTCTGAGATTGAGTCTAAGATCAC  673

seq1  AAACACTCACTGAAATGGAGTAAACGTTTGCCTTCCTCAAAAATTCAGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCACTGAAATGGAGTAAACGTTTGCCTTCCTCAAAAATTCAGTC  723

seq1  CTTACACTCAACCCCACAGGATGTGCAGCCTTTCATGAGATGTTTAAGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACTCAACCCCACAGGATGTGCAGCCTTTCATGAGATGTTTAAGTG  773

seq1  GGAAGTGCAGAGGTCTTGTGCCTGGAATTGCTGTTCTTACAAAAGCTCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGCAGAGGTCTTGTGCCTGGAATTGCTGTTCTTACAAAAGCTCCT  823

seq1  AAGACAACTCACTGGCCTTCCCATAGTGTGAGGAGACACCATAAGTCAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACTCACTGGCCTTCCCATAGTGTGAGGAGACACCATAAGTCAGT  873

seq1  GGTCATTGACCTAAGTGACAACTCCCCAGATACCAGCATGCTGACACTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTGACCTAAGTGACAACTCCCCAGATACCAGCATGCTGACACTCT  923

seq1  GATTTTGAAGTCCCAGGGTCTAAAGCTAAGAGACAATTTTCTGTTATTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGAAGTCCCAGGGTCTAAAGCTAAGAGACAATTTTCTGTTATTTT  973

seq1  TACATTTATCCTGTTTGTGGGTTTTAGTTAATCCTAACTCCAAAGACATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTATCCTGTTTGTGGGTTTTAGTTAATCCTAACTCCAAAGACATG  1023

seq1  AAAACACGTATGGCTGTACTTATTCTGACTGTCAGAGCCTGCATGTTCAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACGTATGGCTGTACTTATTCTGACTGTCAGAGCCTGCATGTTCAG  1073

seq1  GTTTACACTTCATTGCACTCTTCCATGGATTCTATCATTAAACATAGATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACACTTCATTGCACTCTTCCATGGATTCTATCATTAAACATAGATT  1123

seq1  ATCACCTCTGTTGGTCCAAGCCAGAAGGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTCTGTTGGTCCAAGCCAGAAGGAATTC  1156

seq1: chr5_105331983_105332710
seq2: B6Ng01-065P23.g_69_795

seq1  GAATTCCAAAGAAATATGCTCTAATGCCAAAAAATTAAAATTCAAATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGAAATATGCTCTAATGCCAAAAAATTAAAATTCAAATTGA  50

seq1  CAGCCACTGTTTATATAACATTGACAATTATATATTTTAATTAAAATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACTGTTTATATAACATTGACAATTATATATTTTAATTAAAATATA  100

seq1  TTAGATCAGTTTTCCCCTTGATCTTCACTAAGTCCCTTCCCCAAATTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCAGTTTTCCCCTTGATCTTCACTAAGTCCCTTCCCCAAATTTCC  150

seq1  TCAGGTAATTTGTTCCTTATTAAGAATCTGTGATTAAATCCCGTCGTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAATTTGTTCCTTATTAAGAATCTGTGATTAAATCCCGTCGTGGT  200

seq1  GGCACACGCCTTTAGTCCCAGCACTCTGTACTCAGAGGCAGGTAGATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACGCCTTTAGTCCCAGCACTCTGTACTCAGAGGCAGGTAGATTCT  250

seq1  GAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  300

seq1  TACACAGAGAAAACCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGTGATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGAAAACCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGTGATTAA  350

seq1  GTATTGCATATGCCAGAAAGATTGTGCTGAAGGCACCCTGTTACACCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCATATGCCAGAAAGATTGTGCTGAAGGCACCCTGTTACACCTGT  400

seq1  CTCGTATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAATTGGATGCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAATTGGATGCTCTC  450

seq1  AGTCATCTATAAGATGGAACACATGGCCCCCAATGGGGAAGCTTGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTATAAGATGGAACACATGGCCCCCAATGGGGAAGCTTGAGAAA  500

seq1  GCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATTGGTGGAACAACAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATTGGTGGAACAACAGTA  550

seq1  TGAACTAACCAGTATCCCCAGAGCTCGTATCTCTAGCTGCATAAGTAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTAACCAGTATCCCCAGAGCTCGTATCTCTAGCTGCATAAGTAGGA  600

seq1  GAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTATTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTATTGC  650

seq1  AAACTTTATATGCCCCAGAACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGCAGGAG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAACTTTATATGCCCCAGAACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGCA-GAG  699

seq1  TCGGTGGGTAGGGGAGCAGGGTGGAGGG  728
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGGGTAGGGGAGCAGGGTGGAGGG  727