BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066E02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 145,494,680 - 145,647,914
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem130, LOC100039427, Trrap, Smurf1
Upstream geneEif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2, Bhlhb8, 2210010N04Rik, Bri3, Baiap2l1, 4930568B11Rik, Nptx2, EG621967
Downstream geneAW146299, EG231885, EG666992, 1700018F24Rik, Arpc1a, Arpc1b, Pdap1, Bud31, Ptcd1, Cpsf4, Atp5j2, Zkscan14, Zkscan5, EG622116, Zfp655, LOC677270, EG666311, EG622127, LOC100039566, Cyp3a16, LOC100041375, LOC667065, Cyp3a41, Cyp3a44
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066E02.bB6Ng01-066E02.g
ACCDH885483DH885484
length1,148415
definitionDH885483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066E02, 5' end.DH885484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066E02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,646,750 - 145,647,914)(145,494,680 - 145,495,100)
sequence
gaattcaacaggaaattagaagggcatagttgttcataaattctctgttt
tcctagagcttgagatgttcatctaccaaactcttattatagaatgctta
gaaactccaactggcagtgatggtgcacgcctttaattccagcacttgga
aggcagaggaaggcagatctctgagttcaagaccagcctagtctacagag
ggaattccagtacacatacacactcaggactgcacagagaagccctatct
tgaaaatgatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagat
agatagatagataggcaagcaagcaagctggaactggagaggtggtaggc
agttagagcacgtcctgctctctcaaaggacctgaccttggttcccagca
tccacaaggcagttcacaaccgcctctaagttcagctccagggcatctga
aaccctcttctggcgtgcttgagcactgcatgcttgtggcatacattcac
acaagccttaaagacagtctgaaagggatattgttagcacatgtgagagc
tgtgttgttattgttccagggagtggctgtatttgttgtgccatgaaatg
ttgaacccgtactatggactcttccagtattccacggacaatatttacac
actgcagatcaacccagattcttctatcaaccctgtgagtattgcagtga
ggcgctgagaaacccagctgcagtttccccggttactggggactcgggtg
ctggggagaactcagggcaagggcagggaggatccaggcaggtttggatc
aggaacctgctgtccacagtggagggctgtggatctgggctgctctgtgc
ctgagtactttaccctttgaggggactctggtatggtagtagatcatggt
tttttgaatgtcatctttagagctaggttaccaagtccagactctgatca
aagtggcaaagttcatctttagctttctggggccacagatgtgagcattc
cacatgaggtaggataagggacacgtctaaggaagcctaaatcgtgaaga
cagtgtacaaggccacagagctgaaatgaggactattcctgctagagaat
tcatacaataagcctgtggtggtaatgctcgggcccagcataaagact
cacgtctttctcttttgctttctagggatgaaaaagccattcaccctgcc
atgcatttcccaccatgggtctttggcatcccaccagagacccaaagcaa
gactgcacaccagtcttggtctgaaatctccaaaagtcagtcaaagaaac
ctttactcaatgttggatcctgtgaatttagattagtaacgaaggttcag
gcagttgttggagatttgaagggaatgaactgatttgggaagctgcgtgg
ctgcagacagacagcccaggctctctgtgaaagaagttcatcccctgcca
tactggccttctgtgacttcttgcaaaggctcatagcaccccctgatgtc
cactactggaattgcactggaatttcatggagggattcagggggtgagat
gtttggatatgtaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_145646750_145647914
seq2: B6Ng01-066E02.b_42_1189 (reverse)

seq1  AGTCTTTATGCTTGTGTGGCCGAGCCATTTTCCCAACCACAGGCTTATTT  50
      |||||||||||   || | ||||| ||||    | |||||||||||| ||
seq2  AGTCTTTATGC---TGGGCCCGAG-CATT---ACCACCACAGGCTTA-TT  42

seq1  GTATTGAATTCTCTAGCAGAGATAGTCCCTCATTTCAGCTCTGTGGCCTT  100
      ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTA-TGAATTCTCTAGCAGGAATAGT-CCTCATTTCAGCTCTGTGGCCTT  90

seq1  GTAACACTGTCCTTCACGGATTTAGGCTTCCCTTAGACGTGTCCCTTAAT  150
      || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GT-ACACTGT-CTTCAC-GATTTAGGCTT-CCTTAGACGTGTCCCTT-AT  135

seq1  CCTACCTCATGTGGAATGCTCACATCTGTGGCCCAAGAGAGCTAAAGATG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| 
seq2  CCTACCTCATGTGGAATGCTCACATCTGTGGCCCCAGAAAGCTAAAGAT-  184

seq1  GAACTTTGCCAACTTTGATCAGAGTCTGGACTTGGTAACCTAGCTCTAAA  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTGCC-ACTTTGATCAGAGTCTGGACTTGGTAACCTAGCTCTAAA  233

seq1  GATGACATTCAAAAAACCATGATCTACTACCATACCAGAGTCCCCTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACATTCAAAAAACCATGATCTACTACCATACCAGAGTCCCCTCAAA  283

seq1  GGGTAAAGTACTCAGGCACAGAGCAGCCCAGATCCACAGCCCTCCACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAGTACTCAGGCACAGAGCAGCCCAGATCCACAGCCCTCCACTGT  333

seq1  GGACAGCAGGTTCCTGATCCAAACCTGCCTGGATCCTCCCTGCCCTTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCAGGTTCCTGATCCAAACCTGCCTGGATCCTCCCTGCCCTTGCC  383

seq1  CTGAGTTCTCCCCAGCACCCGAGTCCCCAGTAACCGGGGAAACTGCAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCTCCCCAGCACCCGAGTCCCCAGTAACCGGGGAAACTGCAGCT  433

seq1  GGGTTTCTCAGCGCCTCACTGCAATACTCACAGGGTTGATAGAAGAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTCAGCGCCTCACTGCAATACTCACAGGGTTGATAGAAGAATCT  483

seq1  GGGTTGATCTGCAGTGTGTAAATATTGTCCGTGGAATACTGGAAGAGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGATCTGCAGTGTGTAAATATTGTCCGTGGAATACTGGAAGAGTCC  533

seq1  ATAGTACGGGTTCAACATTTCATGGCACAACAAATACAGCCACTCCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACGGGTTCAACATTTCATGGCACAACAAATACAGCCACTCCCTGG  583

seq1  AACAATAACAACACAGCTCTCACATGTGCTAACAATATCCCTTTCAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAACAACACAGCTCTCACATGTGCTAACAATATCCCTTTCAGACT  633

seq1  GTCTTTAAGGCTTGTGTGAATGTATGCCACAAGCATGCAGTGCTCAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAAGGCTTGTGTGAATGTATGCCACAAGCATGCAGTGCTCAAGCA  683

seq1  CGCCAGAAGAGGGTTTCAGATGCCCTGGAGCTGAACTTAGAGGCGGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGAAGAGGGTTTCAGATGCCCTGGAGCTGAACTTAGAGGCGGTTGT  733

seq1  GAACTGCCTTGTGGATGCTGGGAACCAAGGTCAGGTCCTTTGAGAGAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCTTGTGGATGCTGGGAACCAAGGTCAGGTCCTTTGAGAGAGCA  783

seq1  GGACGTGCTCTAACTGCCTACCACCTCTCCAGTTCCAGCTTGCTTGCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGTGCTCTAACTGCCTACCACCTCTCCAGTTCCAGCTTGCTTGCTTG  833

seq1  CCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  883

seq1  TATCTATCATTTTCAAGATAGGGCTTCTCTGTGCAGTCCTGAGTGTGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCATTTTCAAGATAGGGCTTCTCTGTGCAGTCCTGAGTGTGTAT  933

seq1  GTGTACTGGAATTCCCTCTGTAGACTAGGCTGGTCTTGAACTCAGAGATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTGGAATTCCCTCTGTAGACTAGGCTGGTCTTGAACTCAGAGATC  983

seq1  TGCCTTCCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGAATTAAAGGCGTGCACCATCACT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGAATTAAAGGCGTGCACCATCACT  1033

seq1  GCCAGTTGGAGTTTCTAAGCATTCTATAATAAGAGTTTGGTAGATGAACA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTGGAGTTTCTAAGCATTCTATAATAAGAGTTTGGTAGATGAACA  1083

seq1  TCTCAAGCTCTAGGAAAACAGAGAATTTATGAACAACTATGCCCTTCTAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGCTCTAGGAAAACAGAGAATTTATGAACAACTATGCCCTTCTAA  1133

seq1  TTTCCTGTTGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTTGAATTC  1148

seq1: chr5_145494680_145495100
seq2: B6Ng01-066E02.g_69_489

seq1  GAATTCCACGTCTTTCTCTTTTGCTTTCTAGGGATGAAAAAGCCATTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGTCTTTCTCTTTTGCTTTCTAGGGATGAAAAAGCCATTCAC  50

seq1  CCTGCCATGCATTTCCCACCATGGGTCTTTGGCATCCCACCAGAGACCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATGCATTTCCCACCATGGGTCTTTGGCATCCCACCAGAGACCCA  100

seq1  AAGCAAGACTGCACACCAGTCTTGGTCTGAAATCTCCAAAAGTCAGTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGACTGCACACCAGTCTTGGTCTGAAATCTCCAAAAGTCAGTCAA  150

seq1  AGAAACCTTTACTCAATGTTGGATCCTGTGAATTTAGATTAGTAACGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCTTTACTCAATGTTGGATCCTGTGAATTTAGATTAGTAACGAAG  200

seq1  GTTCAGGCAGTTGTTGGAGATTTGAAGGGAATGAACTGATTTGGGAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGCAGTTGTTGGAGATTTGAAGGGAATGAACTGATTTGGGAAGCT  250

seq1  GCGTGGCTGCAGACAGACAGCCCAGGCTCTCTGTGAAAGAAGTTCATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCTGCAGACAGACAGCCCAGGCTCTCTGTGAAAGAAGTTCATCCC  300

seq1  CTGCCATACTGGCCTTCTGTGACTTCTTGCAAAGGCTCATAGCACCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATACTGGCCTTCTGTGACTTCTTGCAAAGGCTCATAGCACCCCCT  350

seq1  GATGTCCACTACTGGAATTGCACTGGAATTTCATGGAGGGATTCAGGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCACTACTGGAATTGCACTGGAATTTCATGGAGGGATTCAGGGGG  400

seq1  TGAGATGTTTGGATATGTAGA  421
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGTTTGGATATGTAGA  421