BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066P13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 23,382,012 - 23,520,029
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671410, Drctnnb1a, LOC627317
Upstream geneLhfpl3, EG625219, LOC100042101, LOC100042082, 4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7, Rint1, 4933427G23Rik, Tomm7
Downstream geneKlhl7, LOC100042211, Nupl2, LOC434047, LOC100042244, Kcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5, Slc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066P13.bB6Ng01-066P13.g
ACCDH886001DH886002
length1,0961,192
definitionDH886001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066P13, 5' end.DH886002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,518,924 - 23,520,029)(23,382,012 - 23,383,235)
sequence
gaattccatattgtagtgacctttgaaaagtctgttttggggctcctgta
cagagatggtatgctctaaatgttaaaagctcgtgttttagctgggcatg
gtgtcagacagcatttgggaggcagggaccgaaggtttggcaatttgagg
ccagcctgagctgcatagcaagacagaagagaggagtgggggtcctcgct
gggagggtagagccaccgagagggagagtgatttctctatctgttggtcc
ctgtcaaaccaccatcaagtttattggcttagcccagcaggacttctgtg
taggcttcacagggcgaggacatctacgattggtggaagtctcaaggctg
cagctgtgcaggggctccagttctacccacacagccttcatggcagtttg
ggcttcattaactgtgctacctgagttgcagcaggaggaggtacaagtgc
agggcttctagtaccacgttcactgtgttggcttggtcaaagtagctaca
ggactagttcagatatcaacatggttgttgaaaaatacttctttctaatt
tctcatttagagttcatatcagatattttcttcctggacaaggtattttt
ctgaagttctggaggatttgaaaagaataggggatggaaatgagaggcag
gatcgccatctctccttctattgtcctgtctttcccaacaggcaccctta
gggctggttgccatagcaagctgttccaacatgttcttatttgtccttgg
attaggcaaatgttttattcaaaaatatttccttgagttaaaaaaaaatg
ctcaaatttcagtaaccagataggtgatttgtgacttacagggaaaccag
gcttacacaatggatgctgagagaatgcccctgcctttccttaggtgtga
acagttcctttatgggcagctagcctcatggcatcctctgcttcttatac
attttatcagactctgacctgtaatatccagagctggaatcaggttgtct
gtgacataattgaacagttacctctactctgtttcccgaatttcacctgt
acttgtgaagacattctgacagccactaaatagctgtccaatggcc
gaattcaattctagacctgtttggctccaaatccctttcttctacagact
acaatattgcttttcctgtagcccttaatggcttgtcacctctattcctc
tgcccattgcactggtgagggtggcactgtccacagctgatctgtgttgt
cccctgtgaggctcacaatccagtccctgtggatggtgatggtaagagca
ctgccagccagctttgccatagctgctagggtaatcaccattgcatagca
ggccgcctaccaagggagggaagaagaggctggagggaggccaagaatag
acctctggcccagggaagaacatgcttatttatctgactgcttgaggaac
atgtaaagggagcctgtgacctttgagaggaaaaggcgctgtgttaagtc
taagccaaacgcattttattcctctccccgtcagaccagatgcaatgcta
attcgtaccttgcggatgagtctgctgttccactgcctcatcctctgcgg
gatttgggatccaattcagaaattagaggcctggagggcagacaaaaggg
gatggtgaggcaattaggtagagagcacctcttgacagatacctggctgt
gttgatagcatgaactcttattgcacaggagtgagagaagagacacaggt
cctgctgaggcagccatgtcagagtcgctccatctccctcctgtaggcaa
acaccagcttgaggaccacttgccagaagttgtgagtgaagactgagtca
cgagcaactgcaaacggaaaccccagggccaggtattgatattggcttta
agaggcagatcacagttacgtcaccatctaatgcagagccattatgtctg
actttcatgtttgtgcccaccaggttcatcatttccatcagcagtcccag
gcttaggcagggctcagggcagattccatgagcactaagcctctgcaaca
atttaaaaccaaaccaaaaccagccaagcaaaccagagctgacattgcag
tggatgaagcaaccccgtaagaagagacaaaacaacaaacaacaaacaac
aacacaacctgtttcgttaatttaagaatgtggaaattctaggtacatct
gactgtcctgaacttactctctaaccagtctacaactgggccttagaaca
cactccaggttagcatgactttctatacggtctatctaagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_23518924_23520029
seq2: B6Ng01-066P13.b_48_1143 (reverse)

seq1  GGCCAATTGTGACAGCTAATTAAGTGCTGTCAGAATGTTCTCACAGTTAC  50
      |||| |||| |||||||| |||   |||||||||||||  |||||  |||
seq2  GGCC-ATTG-GACAGCTATTTAGTGGCTGTCAGAATGTCTTCACAAGTAC  48

seq1  AAGGTGAAATTCGGGAAAACAGAGTAGAGGTAACTGTTCAAATTATGTCA  100
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -AGGTGAAATTCGGG-AAACAGAGTAGAGGTAACTGTTC-AATTATGTCA  95

seq1  CAGAACAAAACTGATTCCAGCTCTGGATATTACAGGTCAGAGTCTGAATA  150
      ||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGA--CAACCTGATTCCAGCTCTGGATATTACAGGTCAGAGTCTG-ATA  142

seq1  AAATGTATAAAGAAGCAGAGGATGCCATGAGGCTAGCTGCCCATAAAGGA  200
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAT-AAGAAGCAGAGGATGCCATGAGGCTAGCTGCCCATAAAGGA  191

seq1  ACTGTTCAACACCTAAGGAAAGGCAGGGGCATTCTCTCAGCATCCATTGT  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTC-ACACCTAAGGAAAGGCAGGGGCATTCTCTCAGCATCCATTGT  240

seq1  GTAAGCCTGGTTTCCCTGTAAGTCACAAATCACCTATCTGGTTACTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCTGGTTTCCCTGTAAGTCACAAATCACCTATCTGGTTACTGAAA  290

seq1  TTTGAGCATTTTTTTTTAACTCAAGGAAATATTTTTGAATAAAACATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCATTTTTTTTTAACTCAAGGAAATATTTTTGAATAAAACATTTG  340

seq1  CCTAATCCAAGGACAAATAAGAACATGTTGGAACAGCTTGCTATGGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCCAAGGACAAATAAGAACATGTTGGAACAGCTTGCTATGGCAAC  390

seq1  CAGCCCTAAGGGTGCCTGTTGGGAAAGACAGGACAATAGAAGGAGAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTAAGGGTGCCTGTTGGGAAAGACAGGACAATAGAAGGAGAGATG  440

seq1  GCGATCCTGCCTCTCATTTCCATCCCCTATTCTTTTCAAATCCTCCAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATCCTGCCTCTCATTTCCATCCCCTATTCTTTTCAAATCCTCCAGAA  490

seq1  CTTCAGAAAAATACCTTGTCCAGGAAGAAAATATCTGATATGAACTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAAAAATACCTTGTCCAGGAAGAAAATATCTGATATGAACTCTAA  540

seq1  ATGAGAAATTAGAAAGAAGTATTTTTCAACAACCATGTTGATATCTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAATTAGAAAGAAGTATTTTTCAACAACCATGTTGATATCTGAAC  590

seq1  TAGTCCTGTAGCTACTTTGACCAAGCCAACACAGTGAACGTGGTACTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTGTAGCTACTTTGACCAAGCCAACACAGTGAACGTGGTACTAGA  640

seq1  AGCCCTGCACTTGTACCTCCTCCTGCTGCAACTCAGGTAGCACAGTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGCACTTGTACCTCCTCCTGCTGCAACTCAGGTAGCACAGTTAAT  690

seq1  GAAGCCCAAACTGCCATGAAGGCTGTGTGGGTAGAACTGGAGCCCCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCAAACTGCCATGAAGGCTGTGTGGGTAGAACTGGAGCCCCTGCA  740

seq1  CAGCTGCAGCCTTGAGACTTCCACCAATCGTAGATGTCCTCGCCCTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCAGCCTTGAGACTTCCACCAATCGTAGATGTCCTCGCCCTGTGA  790

seq1  AGCCTACACAGAAGTCCTGCTGGGCTAAGCCAATAAACTTGATGGTGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACACAGAAGTCCTGCTGGGCTAAGCCAATAAACTTGATGGTGGTT  840

seq1  TGACAGGGACCAACAGATAGAGAAATCACTCTCCCTCTCGGTGGCTCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGGACCAACAGATAGAGAAATCACTCTCCCTCTCGGTGGCTCTAC  890

seq1  CCTCCCAGCGAGGACCCCCACTCCTCTCTTCTGTCTTGCTATGCAGCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGCGAGGACCCCCACTCCTCTCTTCTGTCTTGCTATGCAGCTCA  940

seq1  GGCTGGCCTCAAATTGCCAAACCTTCGGTCCCTGCCTCCCAAATGCTGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCTCAAATTGCCAAACCTTCGGTCCCTGCCTCCCAAATGCTGTC  990

seq1  TGACACCATGCCCAGCTAAAACACGAGCTTTTAACATTTAGAGCATACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCATGCCCAGCTAAAACACGAGCTTTTAACATTTAGAGCATACCA  1040

seq1  TCTCTGTACAGGAGCCCCAAAACAGACTTTTCAAAGGTCACTACAATATG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTACAGGAGCCCCAAAACAGACTTTTCAAAGGTCACTACAATATG  1090

seq1  GAATTC  1106
      ||||||
seq2  GAATTC  1096

seq1: chr5_23382012_23383235
seq2: B6Ng01-066P13.g_70_1261

seq1  GAATTCAATTCTAGACCTGTTTGGCTCCAAATCCCTTTCTTCTACAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCTAGACCTGTTTGGCTCCAAATCCCTTTCTTCTACAGACT  50

seq1  ACAATATTGCTTTTCCTGTAGCCCTTAATGGCTTGTCACCTCTATTCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTGCTTTTCCTGTAGCCCTTAATGGCTTGTCACCTCTATTCCTC  100

seq1  TGCCCATTGCACTGGTGAGGGTGGCACTGTCCACAGCTGATCTGTGTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTGCACTGGTGAGGGTGGCACTGTCCACAGCTGATCTGTGTTGT  150

seq1  CCCCTGTGAGGCTCACAATCCAGTCCCTGTGGATGGTGATGGTAAGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTGAGGCTCACAATCCAGTCCCTGTGGATGGTGATGGTAAGAGCA  200

seq1  CTGCCAGCCAGCTTTGCCATAGCTGCTAGGGTAATCACCATTGCATAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCCAGCTTTGCCATAGCTGCTAGGGTAATCACCATTGCATAGCA  250

seq1  GGCCGCCTACCAAGGGAGGGAAGAAGAGGCTGGAGGGAGGCCAAGAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGCCTACCAAGGGAGGGAAGAAGAGGCTGGAGGGAGGCCAAGAATAG  300

seq1  ACCTCTGGCCCAGGGAAGAACATGCTTATTTATCTGACTGCTTGAGGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGCCCAGGGAAGAACATGCTTATTTATCTGACTGCTTGAGGAAC  350

seq1  ATGTAAAGGGAGCCTGTGACCTTTGAGAGGAAAAGGCGCTGTGTTAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGGGAGCCTGTGACCTTTGAGAGGAAAAGGCGCTGTGTTAAGTC  400

seq1  TAAGCCAAACGCATTTTATTCCTCTCCCCGTCAGACCAGATGCAATGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAAACGCATTTTATTCCTCTCCCCGTCAGACCAGATGCAATGCTA  450

seq1  ATTCGTACCTTGCGGATGAGTCTGCTGTTCCACTGCCTCATCCTCTGCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTACCTTGCGGATGAGTCTGCTGTTCCACTGCCTCATCCTCTGCGG  500

seq1  GATTTGGGATCCAATTCAGAAATTAGAGGCCTGGAGGGCAGACAAAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGATCCAATTCAGAAATTAGAGGCCTGGAGGGCAGACAAAAGGG  550

seq1  GATGGTGAGGCAATTAGGTAGAGAGCACCTCTTGACAGATACCTGGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGAGGCAATTAGGTAGAGAGCACCTCTTGACAGATACCTGGCTGT  600

seq1  GTTGATAGCATGAACTCTTATTGCACAGGAGTGAGAGAAGAGACACAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAGCATGAACTCTTATTGCACAGGAGTGAGAGAAGAGACACAGGT  650

seq1  CCTGCTGAGGCAGCCATGTCAGAGTCGCTCCATCTCCCTCCTGTAGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGAGGCAGCCATGTCAGAGTCGCTCCATCTCCCTCCTGTAGGCAA  700

seq1  ACACCAGCTTGAGGACCACTTGCCAGAAGTTGTGAGTGAAGACTGAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCTTGAGGACCACTTGCCAGAAGTTGTGAGTGAAGACTGAGTCA  750

seq1  CGAGCAACTGCAAACGGAAACCCCAGGGCCAGGTATTGATATTGGCTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAACTGCAAACGGAAACCCCAGGGCCAGGTATTGATATTGGCTTTA  800

seq1  AGAGGCAGATCACAGTTACGTCACCATCTAATGCAGAGCCATTATGTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGATCACAGTTACGTCACCATCTAATGCAGAGCCATTATGTCTG  850

seq1  AC-TTCATGTTTGTGCCCACCAGGTTCATCATTTCCATCAGCAGTCCCAG  899
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCATGTTTGTGCCCACCAGGTTCATCATTTCCATCAGCAGTCCCAG  900

seq1  GCTTAGGCAGGGCTCAGGGCAGATTCCATGAGCACTAAAGCCTCTGCAAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTTAGGCAGGGCTCAGGGCAGATTCCATGAGCACT-AAGCCTCTGCAAC  949

seq1  AAATTTAAAACCAAAACCAAAACCAGCCAAGCAAAACCAGAGCTGAACAT  999
       ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  -AATTTAAAACC-AAACCAAAACCAGCCAAGC-AAACCAGAGCTG-ACAT  995

seq1  TGCAAGTGAATGAAAGCAAACCCCGTAAGAAAGAAGACAAAACAAACAAA  1049
      ||| |||| ||| |||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||
seq2  TGC-AGTGGATG-AAGC-AACCCCGTAAGAA--GAGACAAAAC-AACAAA  1039

seq1  CAAACAAACAAACAAACACAACCTGGTTTCCAGTTAATTTAAAGAATGT-  1098
      | |||||||||   |||||||||| |||||  |||||||| |||||||| 
seq2  C-AACAAACAA--CAACACAACCT-GTTTC--GTTAATTT-AAGAATGTG  1082

seq1  GAAATTCTAAGGCTACATCTGACTGTCCTGGACTTAATCTCTAACCAAGT  1148
      |||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||
seq2  GAAATTCTA--GGTACATCTGACTGTCCTGAACTTACTCTCTAACC-AGT  1129

seq1  CTTAGCAACTGGGCCTAAGAAACAACACTCCAGGTTTTAAAGCAATTGAC  1198
      ||   ||||||||||| ||||   ||||||||||||    ||||  ||||
seq2  CT--ACAACTGGGCCTTAGAA--CACACTCCAGGTT----AGCA--TGAC  1169

seq1  TTTTCTATGACCTGTCTATCCAAGTC  1224
       |||||||   | ||||||| |||||
seq2  -TTTCTAT--ACGGTCTATCTAAGTC  1192