BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071A06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 23,766,190 - 23,927,728
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5
Upstream geneLhfpl3, LOC100042082, 4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7, Rint1, 4933427G23Rik, Tomm7, LOC671410, Drctnnb1a, LOC627317, Klhl7, LOC100042211, Nupl2, LOC434047, LOC100042244
Downstream geneSlc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2, Galntl5, E130116L18Rik, Galnt11, Mll3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071A06.bB6Ng01-071A06.g
ACCDH888836DH888837
length4101,160
definitionDH888836|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A06, 5' end.DH888837|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,766,190 - 23,766,605)(23,926,540 - 23,927,728)
sequence
ccacagcagagctgtagaggcagcaaaactgtagcaaattcaaggtcagc
ctgaggtatatagtaagttccagacaagtccaggtacatagcaagaccca
gttctgcaaaagaaaaatctaagcagcccagatattgttacattattaaa
actaacaaagaccaagtagacagattaatgaagtactattttaagtataa
agtttacattcatctataaatatgtatcagacatggcttatatgttttat
taatctgtatatgtgtatgcatacctgtgcgtgagtgtacatgcgcaagt
cagagcacagttagctggctgtaagattccaggaattaaccatcttgtca
caggactgctgggacgacagaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgt
gaattcagtttctagcacccaactgatgtagctcacaaccacctgtaact
ccagacccaggggatctagtacccacttttggccttcaagggcacctgca
ctcatgtgcacaccctcctccccttgacacacatgtgcatgcatggatgt
atacacatacgtacgtaatttttaaataaagtaaatcttagagaaagaga
gagagaagccaacataataagtatttgctgaaggttttgctgtgtaccag
tcactattctaggcctaaaaccaatgccttggcccaggtcccaccagaag
tgggtcctgagtaatactgaactttgtatttatgttgatgcttatggtgt
gtgtacccaattgcagctatgtaggggagaccaacatggactggaaatac
aggaaggtccaccaggaagctgtgagaagcaaggacagtttggttactgt
tgtactcccacacatccctccagtgcccgcagtgcagattctcaaaagta
actagatgaaaggctgaaaagatagctcagttgttaagagcacttgccaa
gctgggtgtgggggtgctagtctttaactccggcacttgggaggcagcag
caggtgcatctctgaggtcaaggccagcctgatctatagatggagttcca
ggacagccagggctacacagagaatccctctgtgtaaacaaacaaaatag
taacaaagaacactttctgctcttgcagaggactcactcatacacatgca
cacacacagacacacacacacacacacacaatggacttttccactggctg
caagtaacatgggctataggtcgtagtgggcctgactccctcttccttac
ctctccccagtcattcctcttccagctgctgaaaggctgggattctgtca
cagccgcaacgtgctacatagggacctgaagccccagaacctgctcataa
acagggtattgctctgggaacagggatgagaatgcagacgctgagcaggg
gtgggagcactgagagcagatggggagaagaactggctatcttgaccagt
taaaggcttcctccgtgttcctttgtgtattttccctcagatgggagtga
aatggctgatttgcctgcccggcattgattcccgtcgcgctactctgctg
aggtgacctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_23766190_23766605
seq2: B6Ng01-071A06.b_46_461

seq1  GAATTCCCACAGCAGAGCTGTAGAGGCAGCAAAACTGTAGCAAATTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACAGCAGAGCTGTAGAGGCAGCAAAACTGTAGCAAATTCAAG  50

seq1  GTCAGCCTGAGGTATATAGTAAGTTCCAGACAAGTCCAGGTACATAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCTGAGGTATATAGTAAGTTCCAGACAAGTCCAGGTACATAGCAA  100

seq1  GACCCAGTTCTGCAAAAGAAAAATCTAAGCAGCCCAGATATTGTTACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGTTCTGCAAAAGAAAAATCTAAGCAGCCCAGATATTGTTACATT  150

seq1  ATTAAAACTAACAAAGACCAAGTAGACAGATTAATGAAGTACTATTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACTAACAAAGACCAAGTAGACAGATTAATGAAGTACTATTTTAA  200

seq1  GTATAAAGTTTACATTCATCTATAAATATGTATCAGACATGGCTTATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAGTTTACATTCATCTATAAATATGTATCAGACATGGCTTATATG  250

seq1  TTTTATTAATCTGTATATGTGTATGCATACCTGTGCGTGAGTGTACATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAATCTGTATATGTGTATGCATACCTGTGCGTGAGTGTACATGC  300

seq1  GCAAGTCAGAGCACAGTTAGCTGGCTGTAAGATTCCAGGAATTAACCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCAGAGCACAGTTAGCTGGCTGTAAGATTCCAGGAATTAACCATC  350

seq1  TTGTCACAGGACTGCTGGGACGACAGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACAGGACTGCTGGGACGACAGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGT  416
      ||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGT  416

seq1: chr5_23926540_23927728
seq2: B6Ng01-071A06.g_67_1226 (reverse)

seq1  CAGGCTCACCTCAGCAGAGTAGCAGCGGACGGGGATACCAAAGGCTCGGG  50
      |||| |||||||||||||||||| || |||||| ||  ||| |   | ||
seq2  CAGG-TCACCTCAGCAGAGTAGC-GC-GACGGGAAT--CAATG---CCGG  42

seq1  CCAGGCCAAAATCAGCCAATTTCAACTCCCCATTCTGAGGGGAGATAACA  100
       |||||  ||||||||| ||||| ||||||   |||||||| | || |||
seq2  GCAGGC--AAATCAGCC-ATTTC-ACTCCC--ATCTGAGGGAAAAT-ACA  85

seq1  CAAAGGGAACACGGAGAAGGCCTTTTAACTGGGTCAGGATAGGCTCAGTT  150
      |||| ||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||   |||||
seq2  CAAA-GGAACACGGAGGAAGCC-TTTAACT-GGTCAAGATAG--CCAGTT  130

seq1  TCCTTCTCCCCATCCTGCTTCCTCAGTGCTCCCCACCCCTGCTCCAGCGT  200
        ||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  --CTTCTCCCCAT-CTGCT--CTCAGTGCT-CCCACCCCTGCT-CAGCGT  173

seq1  CTGCATTCTCATTCCCTGTTCCCAGAGCAATACCCTGTTTATGAGCAGGT  250
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCTCA-TCCCTGTTCCCAGAGCAATACCCTGTTTATGAGCAGGT  222

seq1  TCTGGGGCTTCAGGTCCCTATGTAGCACGTTGCGGCTGTGACAGAATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCTTCAGGTCCCTATGTAGCACGTTGCGGCTGTGACAGAATCCC  272

seq1  AGGCCTTTCAGCAGCTGGAAGAGGAATGACTGGGGAGAGGTAAGGAAGAG  350
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GCCTTTCAGCAGCTGGAAGAGGAATGACTGGGGAGAGGTAAGGAAGAG  321

seq1  GGAGTCAGGCCCACTACGACCTATAGCCCATGTTACTTGCAGCCAGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGGCCCACTACGACCTATAGCCCATGTTACTTGCAGCCAGTGGA  371

seq1  AAAGTCCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGCATGTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGCATGTGTAT  421

seq1  GAGTGAGTCCTCTGCAAGAGCAGAAAGTGTTCTTTGTTACTATTTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTCCTCTGCAAGAGCAGAAAGTGTTCTTTGTTACTATTTTGTTT  471

seq1  GTTTACACAGAGGGATTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACACAGAGGGATTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCCAT  521

seq1  CTATAGATCAGGCTGGCCTTGACCTCAGAGATGCACCTGCTGCTGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGATCAGGCTGGCCTTGACCTCAGAGATGCACCTGCTGCTGCCTCC  571

seq1  CAAGTGCCGGAGTTAAAGACTAGCACCCCCACACCCAGCTTGGCAAGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCCGGAGTTAAAGACTAGCACCCCCACACCCAGCTTGGCAAGTGC  621

seq1  TCTTAACAACTGAGCTATCTTTTCAGCCTTTCATCTAGTTACTTTTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACAACTGAGCTATCTTTTCAGCCTTTCATCTAGTTACTTTTGAGA  671

seq1  ATCTGCACTGCGGGCACTGGAGGGATGTGTGGGAGTACAACAGTAACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCACTGCGGGCACTGGAGGGATGTGTGGGAGTACAACAGTAACCAA  721

seq1  ACTGTCCTTGCTTCTCACAGCTTCCTGGTGGACCTTCCTGTATTTCCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTTGCTTCTCACAGCTTCCTGGTGGACCTTCCTGTATTTCCAGT  771

seq1  CCATGTTGGTCTCCCCTACATAGCTGCAATTGGGTACACACACCATAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTGGTCTCCCCTACATAGCTGCAATTGGGTACACACACCATAAGC  821

seq1  ATCAACATAAATACAAAGTTCAGTATTACTCAGGACCCACTTCTGGTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACATAAATACAAAGTTCAGTATTACTCAGGACCCACTTCTGGTGGG  871

seq1  ACCTGGGCCAAGGCATTGGTTTTAGGCCTAGAATAGTGACTGGTACACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCCAAGGCATTGGTTTTAGGCCTAGAATAGTGACTGGTACACAG  921

seq1  CAAAACCTTCAGCAAATACTTATTATGTTGGCTTCTCTCTCTCTTTCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCTTCAGCAAATACTTATTATGTTGGCTTCTCTCTCTCTTTCTCT  971

seq1  AAGATTTACTTTATTTAAAAATTACGTACGTATGTGTATACATCCATGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTACTTTATTTAAAAATTACGTACGTATGTGTATACATCCATGCA  1021

seq1  TGCACATGTGTGTCAAGGGGAGGAGGGTGTGCACATGAGTGCAGGTGCCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGTGTGTCAAGGGGAGGAGGGTGTGCACATGAGTGCAGGTGCCC  1071

seq1  TTGAAGGCCAAAAGTGGGTACTAGATCCCCTGGGTCTGGAGTTACAGGTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGCCAAAAGTGGGTACTAGATCCCCTGGGTCTGGAGTTACAGGTG  1121

seq1  GTTGTGAGCTACATCAGTTGGGTGCTAGAAACTGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGCTACATCAGTTGGGTGCTAGAAACTGAATTC  1160