BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071F04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,501,223 - 17,632,620
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGnat3
Upstream geneLOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927, Sema3c, Cd36
Downstream geneGnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071F04.bB6Ng01-071F04.g
ACCDH889055DH889056
length1,138840
definitionDH889055|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071F04, 5' end.DH889056|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,501,223 - 17,502,360)(17,631,781 - 17,632,620)
sequence
gaattcctgtaagcaatatatgtggatcacctgtgtcctacaacagatca
ggaattctcaacagctgtcaatattcaaagactgaaagtttagtagcaac
agcatttgacatttttaattacttctcaaacagacatgcaagtcttctat
tccgggatctgatatatctttttctctcttatttggaaatgtgattgcat
ggttcagaatgaattcaacaagattctaagtctgcccaaggcacataata
acaatgaagaatcattgtctcatttgtaaagaaacacttagcactaggaa
ggttgagaatcactgctttgggctacatggcgtcgaaaatgacctgtgac
ctttcaataccattcctcatgccatggggatcccccccaagcataaaatt
cttttcattgctacttcttctctataattttgctattgttatgacttaga
atgtaaatgcctgtttctgattgtcttgggaactcctgtgaaccctaaag
cgcagtaatcctcagggtttatttaaaatgaaattatagaggagtaaaaa
gcccttagtttttctagaattagcatatttgttactttggtttgcttgtt
caacaatattttagcaacacgtattttgttgctcatcagagtgtataaat
gaactaaaccacaaaagtctttgccattgtatacctatacactaaaaaaa
ccaataaagtaagaaggggaaaggcacttgaataaattctatgagtaaca
tgaaacaggggaaagtgtactttgagagtgctagaagaataaaaaggtag
agtaagattccttaagaatggttcaatcaaagggtccagggacacacaag
aacatgacccacattgtcaactgactagggacgcagacttgcagaaatca
cggagactatatgggtctgacataagtcctctactatgttgtgactgaat
agctaggaattcttgtaagattcctaacagtgggagcaggggctgtctct
gaccctttggactacttctgaggaccctattcttcctactgggttgcctt
gtccagccttgatgtgacggtatgtgcctactcttattgtagcttgtttg
atgttccttgggagatgtactccttttgagggaaggca
gaattcaactgttttgggtaatttctgcttagatctatgtaatgatttgt
cactttaaaatatgaattctatggagcaattatattttctcatttgagtg
aaggacatgaggcaaatatttgctgagggaagaacattagtatacttagc
tatgcagaacacaatggctaacctgacatttattcgcatatacatcaagt
ttattgtctgtctgttaatcatattcttccctagaactagctgttttctt
attattaaattttcttatgctttcttaataagcaagaaaataatattagt
gtcggatcttggctaactttttaataatcatctacttactgtgatttgca
cttctggggaaatataaaaaataacttcttatgtttatccttagaagtct
gataactgacctatgatcaatcatctctatatatagatcatgtagaactt
tgtttttccagacactattgcatatgccagcaagattttgctgaaaggac
cctgatataggtgtcttgtatgaggctatgccagtgtctgacaaacacag
aagtggatgctcacagttatctataggatggaacacagggccctcaatac
aagagctagagaaagtacccaaggagctaaagggttctgcaaccctatag
gtggaaaaacaatatgaactaaccagtacccccagagctagtgtctctag
ctgcatatgtagcagaagatagcctagtcggccatcattgggaagagagg
ccccttggtcttgcaaactttatatgacacagtacagtggaaacaccagg
gccaagaagtgggagtaggtgggtagaggagctggggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17501223_17502360
seq2: B6Ng01-071F04.b_42_1179

seq1  GAATTCCTGTAAGCAATATATGTGGATCACCTGTGTCCTACAACAGATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTAAGCAATATATGTGGATCACCTGTGTCCTACAACAGATCA  50

seq1  GGAATTCTCAACAGCTGTCAATATTCAAAGACTGAAAGTTTAGTAGCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTCAACAGCTGTCAATATTCAAAGACTGAAAGTTTAGTAGCAAC  100

seq1  AGCATTTGACATTTTTAATTACTTCTCAAACAGACATGCAAGTCTTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGACATTTTTAATTACTTCTCAAACAGACATGCAAGTCTTCTAT  150

seq1  TCCGGGATCTGATATATCTTTTTCTCTCTTATTTGGAAATGTGATTGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGATCTGATATATCTTTTTCTCTCTTATTTGGAAATGTGATTGCAT  200

seq1  GGTTCAGAATGAATTCAACAAGATTCTAAGTCTGCCCAAGGCACATAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGAATGAATTCAACAAGATTCTAAGTCTGCCCAAGGCACATAATA  250

seq1  ACAATGAAGAATCATTGTCTCATTTGTAAAGAAACACTTAGCACTAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAAGAATCATTGTCTCATTTGTAAAGAAACACTTAGCACTAGGAA  300

seq1  GGTTGAGAATCACTGCTTTGGGCTACATGGCGTCGAAAATGACCTGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGAATCACTGCTTTGGGCTACATGGCGTCGAAAATGACCTGTGAC  350

seq1  CTTTCAATACCATTCCTCATGCCATGGGGATCCCCCCCAAGCATAAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATACCATTCCTCATGCCATGGGGATCCCCCCCAAGCATAAAATT  400

seq1  CTTTTCATTGCTACTTCTTCTCTATAATTTTGCTATTGTTATGACTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATTGCTACTTCTTCTCTATAATTTTGCTATTGTTATGACTTAGA  450

seq1  ATGTAAATGCCTGTTTCTGATTGTCTTGGGAACTCCTGTGAACCCTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATGCCTGTTTCTGATTGTCTTGGGAACTCCTGTGAACCCTAAAG  500

seq1  CGCAGTAATCCTCAGGGTTTATTTAAAATGAAATTATAGAGGAGTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGTAATCCTCAGGGTTTATTTAAAATGAAATTATAGAGGAGTAAAAA  550

seq1  GCCCTTAGTTTTTCTAGAATTAGCATATTTGTTACTTTGGTTTGCTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGTTTTTCTAGAATTAGCATATTTGTTACTTTGGTTTGCTTGTT  600

seq1  CAACAATATTTTAGCAACACGTATTTTGTTGCTCATCAGAGTGTATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATATTTTAGCAACACGTATTTTGTTGCTCATCAGAGTGTATAAAT  650

seq1  GAACTAAACCACAAAAGTCTTTGCCATTGTATACCTATACACTAAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAACCACAAAAGTCTTTGCCATTGTATACCTATACACTAAAAAAA  700

seq1  CCAATAAAGTAAGAAGGGGAAAGGCACTTGAATAAATTCTATGAGTAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAAAGTAAGAAGGGGAAAGGCACTTGAATAAATTCTATGAGTAACA  750

seq1  TGAAACAGGGGAAAGTGTACTTTGAGAGTGCTAGAAGAATAAAAAGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGGGGAAAGTGTACTTTGAGAGTGCTAGAAGAATAAAAAGGTAG  800

seq1  AGTAAGATTCCTTAAGAATGGTTCAATCAAAGGGTCCAGGGACACACAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGATTCCTTAAGAATGGTTCAATCAAAGGGTCCAGGGACACACAAG  850

seq1  AACATGACCCACATTGTCAACTGACTAGGGACGCAGACTTGCAGAAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGACCCACATTGTCAACTGACTAGGGACGCAGACTTGCAGAAATCA  900

seq1  GGGAGACTATATGGGTCTGACATAAGTCCTCTACTATGTTGTGACTGAAT  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGACTATATGGGTCTGACATAAGTCCTCTACTATGTTGTGACTGAAT  950

seq1  AGCTAGGAATTCTTGTAAGATTCCTAACAGTGGGAGCAGGGGCTGTCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGAATTCTTGTAAGATTCCTAACAGTGGGAGCAGGGGCTGTCTCT  1000

seq1  GACCCTTTGGACTACTTCTGAGGACCCTATTCTTCCTACTGGGTTGCCTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTTGGACTACTTCTGAGGACCCTATTCTTCCTACTGGGTTGCCTT  1050

seq1  GTCCAGCCTTGATGTGACGGTATGTGCCTACTCTTATTGTAGCTTGTTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCCTTGATGTGACGGTATGTGCCTACTCTTATTGTAGCTTGTTTG  1100

seq1  ATG-TCCCTGGGAGATGTACTCCTTTTTGAGGGAAGGCA  1138
      ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTTCCTTGGGAGATGTACTCC-TTTTGAGGGAAGGCA  1138

seq1: chr5_17631781_17632620
seq2: B6Ng01-071F04.g_65_904 (reverse)

seq1  CAACCCCAGCTCCTCTACCCACCTACTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCAGCTCCTCTACCCACCTACTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTT  50

seq1  CCACTGTACTGTGTCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTACTGTGTCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCC  100

seq1  CAATGATGGCCGACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGATGGCCGACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACAC  150

seq1  TAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTCCACCTATAGGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTCCACCTATAGGGTT  200

seq1  GCAGAACCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTGTATTGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTGTATTGAGGG  250

seq1  CCCTGTGTTCCATCCTATAGATAACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTTCCATCCTATAGATAACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGT  300

seq1  CAGACACTGGCATAGCCTCATACAAGACACCTATATCAGGGTCCTTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACTGGCATAGCCTCATACAAGACACCTATATCAGGGTCCTTTCAG  350

seq1  CAAAATCTTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGGAAAAACAAAGTTCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGGAAAAACAAAGTTCTACA  400

seq1  TGATCTATATATAGAGATGATTGATCATAGGTCAGTTATCAGACTTCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTATATATAGAGATGATTGATCATAGGTCAGTTATCAGACTTCTAA  450

seq1  GGATAAACATAAGAAGTTATTTTTTATATTTCCCCAGAAGTGCAAATCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAACATAAGAAGTTATTTTTTATATTTCCCCAGAAGTGCAAATCAC  500

seq1  AGTAAGTAGATGATTATTAAAAAGTTAGCCAAGATCCGACACTAATATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTAGATGATTATTAAAAAGTTAGCCAAGATCCGACACTAATATTA  550

seq1  TTTTCTTGCTTATTAAGAAAGCATAAGAAAATTTAATAATAAGAAAACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGCTTATTAAGAAAGCATAAGAAAATTTAATAATAAGAAAACAG  600

seq1  CTAGTTCTAGGGAAGAATATGATTAACAGACAGACAATAAACTTGATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCTAGGGAAGAATATGATTAACAGACAGACAATAAACTTGATGTA  650

seq1  TATGCGAATAAATGTCAGGTTAGCCATTGTGTTCTGCATAGCTAAGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGAATAAATGTCAGGTTAGCCATTGTGTTCTGCATAGCTAAGTATA  700

seq1  CTAATGTTCTTCCCTCAGCAAATATTTGCCTCATGTCCTTCACTCAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTTCTTCCCTCAGCAAATATTTGCCTCATGTCCTTCACTCAAATG  750

seq1  AGAAAATATAATTGCTCCATAGAATTCATATTTTAAAGTGACAAATCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATAATTGCTCCATAGAATTCATATTTTAAAGTGACAAATCATT  800

seq1  ACATAGATCTAAGCAGAAATTACCCAAAACAGTTGAATTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGATCTAAGCAGAAATTACCCAAAACAGTTGAATTC  840