BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071O18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 41,168,479 - 41,292,859
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665839, LOC100040502
Downstream geneLOC208522, Rab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071O18.bB6Ng01-071O18.g
ACCDH889483DH889484
length1,0771,188
definitionDH889483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071O18, 5' end.DH889484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,291,775 - 41,292,859)(41,168,479 - 41,169,693)
sequence
gaattcagaaagaactagaaagggttatcagaggtaataagcctctgcga
tgacaattacttttgagaataaaagtcactttataaatatattgtataac
tgtgtatataattttattgtataattgtaaagtcttacaggctgctgtct
aattaatctatcattgtctagctgtgaatggaaagtccttgaatctagta
attactcagtcctaagaggctgggtgtctcagctagttttctctattagc
tcaaatccaaggaatgaatatattggcaaagtgaaagcaaaccgttgaag
aacaaatgagctctttctttttctattgtccttacataggcttccagcag
aaggtataacccagattaaaggtgtgtctcaagatctggattaaagacct
tgtcaacctgtatcaaaaaatatatatgctgcctcatgacctagatcaat
ggcatattttctgcctgcctcaagatgcaggccacaggcatgcactccat
ttctgaattgtagttcattccagatatagtcaagttcacaaccaagaatc
tcctccacagataccattacatgtgcacaatgttcatacattaaaattcc
aatcccttcctacttcttatctccatatttcagaaaatacttttcttgga
gttggtttgttctattatgataaacaccatgaccaaacacttccaaagag
atacagggattattttagtttatagttctgaatgaatagtgcccatcatt
ttgggaaaggtatggcatagtaataggaacagggatttggtttatcaagt
tttatccataaacaggaatcaaagagagaggaaagtgagcagaggctata
cacccttagggctcatgcccagtgatgtacttccattgaatgtctacatc
ctataagttcttgaaccgctacatgcactcccgccccaacagcatgacca
actgagcaacaattgaacaattgttcaaatgagcctttggaagacatttt
tcattcaaatctctatctgtgagtataatacctgagttagacccagacta
gtaacagctgaatatgtagtccacagt
gaattcattcatctctaagtttgatcccacaagcaaaatctctctctctc
tctctctctctctctctctctcacacacacacgcacatatctgtctgttt
ctctcataatatgtttattctatgtcatatttatagctacataggtataa
agagttattcttaaatccttcttattttgaaaatcaataaaaatatcgca
aagtatttaaaatgtattttaatattctttctattagtttgaaaggtaaa
accacatgagatatattattaaatgactaactgtatctgattaaatatag
aaaagtaagaaccattgttttttatgtttgcttgtaatgtttttcatgtt
ttccctcaagaaggttatgaaataagtatgtatacaatgtaaaatgtaac
acacgacaagccctttcttactgttagttttcatatatgtttgatcactt
ggtaaaagtaacttttcaaaagatcaggcttaaatatgtttatacctgca
cgaaatcaaatgcaacactaattttgcaagacataataaggtgagcattg
aaagtaatcattttaggctctgtgcacctgacacgctgagccaaatatgt
gacatgagaaaaaatgcagaagacctgatggagcttgttttatttttttt
attggaaattattaatgaaaaacctgcagaatggaggttgacacttctgc
ccaggagtcatagacaattaggagctctgagatgtaggaggtttgtacgc
tctcaaactttcctcttccacttctagaaattttagctttgcattctgaa
gaccaccatcaggtaataattcggtaagtatttaagttaagcccgggtaa
agcataggttatcatcctatggatatttgtaaacatccccagacttcaga
gtagtgatagattctgtctgaggctcaagtacaaaccaatgtaattttaa
ctccctcacaatgcttacccctctgaactatataaacttggatttttctg
atgctaaaatcgtgatatttccatcaagctgcagtcctgtactgaagagg
gaaagatcctcttttgtcattacttctgtcaatacaagaaacattgtaaa
atcttcgattcatattaaagctattactgatgtcattgtctgtacagatt
ggatactgggtaccttgccataggcgtatgtatcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_41291775_41292859
seq2: B6Ng01-071O18.b_50_1126 (reverse)

seq1  ACTGTGGACTACCATA-TCAGCTGTTTACCTAGGTTCTGGGTCTAACTCA  49
      ||||||||||| |||| |||||||||   ||||  |||||||||||||||
seq2  ACTGTGGACTA-CATATTCAGCTGTT--ACTAG--TCTGGGTCTAACTCA  45

seq1  GGTATTTATACTCACAAGATAGAGGATTTTGAATGAAAAATGTCTTCCAA  99
      |||| |||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTA-TTATACTCAC-AGATAGAG--ATTTGAATGAAAAATGTCTTCCAA  91

seq1  AGGCTCATTTGAACAATTGTTCAATTGTTGCTCAGTTGGTCATGCTGTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATTTGAACAATTGTTCAATTGTTGCTCAGTTGGTCATGCTGTTG  141

seq1  GGGCGGGAGTGCATGTAGCGGTTCAAGAACTTATAGGATGTAGACATTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGGGAGTGCATGTAGCGGTTCAAGAACTTATAGGATGTAGACATTCA  191

seq1  ATGGAAGTACATCACTGGGCATGAGCCCTAAGGGTGTATAGCCTCTGCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTACATCACTGGGCATGAGCCCTAAGGGTGTATAGCCTCTGCTC  241

seq1  ACTTTCCTCTCTCTTTGATTCCTGTTTATGGATAAAACTTGATAAACCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCTCTCTCTTTGATTCCTGTTTATGGATAAAACTTGATAAACCAA  291

seq1  ATCCCTGTTCCTATTACTATGCCATACCTTTCCCAAAATGATGGGCACTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGTTCCTATTACTATGCCATACCTTTCCCAAAATGATGGGCACTA  341

seq1  TTCATTCAGAACTATAAACTAAAATAATCCCTGTATCTCTTTGGAAGTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCAGAACTATAAACTAAAATAATCCCTGTATCTCTTTGGAAGTGT  391

seq1  TTGGTCATGGTGTTTATCATAATAGAACAAACCAACTCCAAGAAAAGTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATGGTGTTTATCATAATAGAACAAACCAACTCCAAGAAAAGTAT  441

seq1  TTTCTGAAATATGGAGATAAGAAGTAGGAAGGGATTGGAATTTTAATGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAATATGGAGATAAGAAGTAGGAAGGGATTGGAATTTTAATGTA  491

seq1  TGAACATTGTGCACATGTAATGGTATCTGTGGAGGAGATTCTTGGTTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTGTGCACATGTAATGGTATCTGTGGAGGAGATTCTTGGTTGTG  541

seq1  AACTTGACTATATCTGGAATGAACTACAATTCAGAAATGGAGTGCATGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGACTATATCTGGAATGAACTACAATTCAGAAATGGAGTGCATGCC  591

seq1  TGTGGCCTGCATCTTGAGGCAGGCAGAAAATATGCCATTGATCTAGGTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTGCATCTTGAGGCAGGCAGAAAATATGCCATTGATCTAGGTCA  641

seq1  TGAGGCAGCATATATATTTTTTGATACAGGTTGACAAGGTCTTTAATCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGCATATATATTTTTTGATACAGGTTGACAAGGTCTTTAATCCA  691

seq1  GATCTTGAGACACACCTTTAATCTGGGTTATACCTTCTGCTGGAAGCCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGAGACACACCTTTAATCTGGGTTATACCTTCTGCTGGAAGCCTA  741

seq1  TGTAAGGACAATAGAAAAAGAAAGAGCTCATTTGTTCTTCAACGGTTTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGACAATAGAAAAAGAAAGAGCTCATTTGTTCTTCAACGGTTTGC  791

seq1  TTTCACTTTGCCAATATATTCATTCCTTGGATTTGAGCTAATAGAGAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTTGCCAATATATTCATTCCTTGGATTTGAGCTAATAGAGAAAA  841

seq1  CTAGCTGAGACACCCAGCCTCTTAGGACTGAGTAATTACTAGATTCAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGAGACACCCAGCCTCTTAGGACTGAGTAATTACTAGATTCAAGG  891

seq1  ACTTTCCATTCACAGCTAGACAATGATAGATTAATTAGACAGCAGCCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCATTCACAGCTAGACAATGATAGATTAATTAGACAGCAGCCTGT  941

seq1  AAGACTTTACAATTATACAATAAAATTATATACACAGTTATACAATATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTACAATTATACAATAAAATTATATACACAGTTATACAATATAT  991

seq1  TTATAAAGTGACTTTTATTCTCAAAAGTAATTGTCATCGCAGAGGCTTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGTGACTTTTATTCTCAAAAGTAATTGTCATCGCAGAGGCTTAT  1041

seq1  TACCTCTGATAACCCTTTCTAGTTCTTTCTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGATAACCCTTTCTAGTTCTTTCTGAATTC  1077

seq1: chr5_41168479_41169693
seq2: B6Ng01-071O18.g_69_1256

seq1  GAATTCATTCATCTCTAAGTTTGATCCCACAAGCAAAATCTCTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATCTCTAAGTTTGATCCCACAAGCAAAATCTCTCTCTCTC  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACATATCTGTCTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACATATCTGTCTGTTT  100

seq1  CTCTCATAATATGTTTATTCTATGTCATATTTATAGCTACATAGGTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATAATATGTTTATTCTATGTCATATTTATAGCTACATAGGTATAA  150

seq1  AGAGTTATTCTTAAATCCTTCTTATTTTGAAAATCAATAAAAATATCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTATTCTTAAATCCTTCTTATTTTGAAAATCAATAAAAATATCGCA  200

seq1  AAGTATTTAAAATGTATTTTAATATTCTTTCTATTAGTTTGAAAGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTAAAATGTATTTTAATATTCTTTCTATTAGTTTGAAAGGTAAA  250

seq1  ACCACATGAGATATATTATTAAATGACTAACTGTATCTGATTAAATATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGAGATATATTATTAAATGACTAACTGTATCTGATTAAATATAG  300

seq1  AAAAGTAAGAACCATTGTTTTTTATGTTTGCTTGTAATGTTTTTCATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAAGAACCATTGTTTTTTATGTTTGCTTGTAATGTTTTTCATGTT  350

seq1  TTCCCTCAAGAAGGTTATGAAATAAGTATGTATACAATGTAAAATGTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAAGAAGGTTATGAAATAAGTATGTATACAATGTAAAATGTAAC  400

seq1  ACACGACAAGCCCTTTCTTACTGTTAGTTTTCATATATGTTTGATCACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGACAAGCCCTTTCTTACTGTTAGTTTTCATATATGTTTGATCACTT  450

seq1  GGTAAAAGTAACTTTTCAAAAGATCAGGCTTAAATATGTTTATACCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAAGTAACTTTTCAAAAGATCAGGCTTAAATATGTTTATACCTGCA  500

seq1  CGAAATCAAATGCAACACTAATTTTGCAAGACATAATAAGGTGAGCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATCAAATGCAACACTAATTTTGCAAGACATAATAAGGTGAGCATTG  550

seq1  AAAGTAATCATTTTAGGCTCTGTGCACCTGACACGCTGAGCCAAATATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATCATTTTAGGCTCTGTGCACCTGACACGCTGAGCCAAATATGT  600

seq1  GACATGAGAAAAAATGCAGAAGACCTGATGGAGCTTGTTTTATTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGAAAAAATGCAGAAGACCTGATGGAGCTTGTTTTATTTTTTTT  650

seq1  ATTGGAAATTATTAATGAAAAACCTGCAGAATGGAGGTTGACACTTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAATTATTAATGAAAAACCTGCAGAATGGAGGTTGACACTTCTGC  700

seq1  CCAGGAGTCATAGACAATTAGGAGCTCTGAGATGTAGGAGGTTTGTACGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGTCATAGACAATTAGGAGCTCTGAGATGTAGGAGGTTTGTACGC  750

seq1  TCTCAAACTTTCCTCTTCCACTTCTAGAAATTTTAGCTTTGCATTCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTTTCCTCTTCCACTTCTAGAAATTTTAGCTTTGCATTCTGAA  800

seq1  GACCACCATCAGGTAATAATTCGGTAAGTATTTAAGTTAAGCCCGGGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCATCAGGTAATAATTCGGTAAGTATTTAAGTTAAGCCCGGGTAA  850

seq1  AGCATAGGTTATCATCCTATGGATATTTGTAAACATCCCCAGACTTCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGGTTATCATCCTATGGATATTTGTAAACATCCCCAGACTTCAGA  900

seq1  GTAGTGATAGATTCTGTCTGAGGCTCAAGTACAAACCAATGTAATTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATAGATTCTGTCTGAGGCTCAAGTACAAACCAATGTAATTTTAA  950

seq1  CTCCCTCACAATGCTTACCCCTCTGAACTAATATTAAACCTTGGATTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||
seq2  CTCCCTCACAATGCTTACCCCTCTGAACT-ATAT--AAACTTGGATTTTT  997

seq1  CTGATGCTAAAATCGTGATATTTCCATCAAGCTGCAAGTCCTGTACTTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CTGATGCTAAAATCGTGATATTTCCATCAAGCTGC-AGTCCTGTAC-TGA  1045

seq1  AGAGGAAAAGATCCTCTTTTGTCATTAC-TCTGTTCATACAAGAAAAACA  1099
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||  |||||
seq2  AGAGGGAAAGATCCTCTTTTGTCATTACTTCTGTCAATACAAG--AAACA  1093

seq1  TTGTAAAATCATCGTATTTCAATTAATTTTAAAGCTAATTACATTGATGC  1149
      ||||||||||       ||| ||| || |||||||| |||||  ||||| 
seq2  TTGTAAAATC-------TTCGATTCATATTAAAGCT-ATTAC--TGATGT  1133

seq1  TATTTGTTCTGTTACAGTATTGTATACTGTGGTTACCTTGCCATAGATGC  1199
       |||   |||| ||||| |||| ||||  ||| |||||||||||||  ||
seq2  CATT--GTCTG-TACAG-ATTGGATAC--TGGGTACCTTGCCATAG--GC  1175

seq1  CTGTATGTATTCTTAA  1215
        ||||||| ||||||
seq2  --GTATGTA-TCTTAA  1188