BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072L04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 116,989,152 - 117,120,605
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Upstream genePxn, Arbp, Gcn1l1, LOC100042199, Rab35, Ccdc64, LOC665032, Cit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8
Downstream geneLOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072L04.bB6Ng01-072L04.g
ACCDH890040DH890041
length1,1251,131
definitionDH890040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072L04, 5' end.DH890041|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072L04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,119,479 - 117,120,605)(116,989,152 - 116,990,302)
sequence
gaattctagacaacactctccagcagctattgtcctcgggaagcgtggag
atggcctgggcatggagatggcctgggtgtttgaacttgttttattctga
atcttttgaacactgtgtgccgacagtccatgacttggaggactgtctta
gctcatgtttctgtcgctgtgtcataccaaagacagcctggagaggaaaa
ggcttatttcattttacagcttgcagtccatcatctatggacatcagggc
aggaacctggagacaggagctgatggagaggccgtggaagatcactgctt
actggcttgctcctcgtggctttcacagcctgctttacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactatatata
tatatatatatatatatatatatatatccctggaccacctgagggatggt
ccttcccatatcaaccattaatcaagaaaatgcctcccagacacacccac
agaccaatctgttggaggtggcaatctctcagttgagagtccttcttccc
tgggatgtctagttctctttcaaattgacagaaactttgacagatgtcac
gaaggaaaagaaggacatacttctgccttttgaggcctgatttctgtctc
cctggtcatcagggagtcctgtgatagcagaattgtacaattaagacaag
aaatgcctacgattcagacaggattggaattccccttcccaggagcagac
accccatgaaacatatcccatgtccccctttgtctgtgttgctaagcagc
atgaagctggattgtccatatctatgtaatggcttttattagctttcttg
tctactttttaaagtctacctagcctcctctgacggcacttgtttgaacc
ccctcccgatagatgcttgcttcttccctcgctgtatgttgtgtagacac
tcaaaacacttcaagtcgtctggtatgcaactggagccatttagggggac
gtagacacgttcacggcattatgagaatctgataaatcccaaatgtttga
agacaccccgcagccagtctgtttggagcatgacttgatgtcaacgtata
ttccacagaagtccacgcccgagtc
gaattccttgcgggacatgtggctcaccccacagttggcactgtgaggtg
cacatggataccgtggaccatttggtaggaccccttctgccttctgtcct
atgtctcctttcttctctcctcccccccaccacccctccaccaatctctt
ctgcacccagctgtcccttctccattaacctcagttttcccctgggcacc
tctcaaaatgaacccatgggtgtcacatgtcactctccttttctagtccc
caaatatctgccaagatagccagtgaggggattgtcttgttcctgtatcc
aactgctgacaccacttctgctgggatccaggacaaggttaatgtccaga
gaaacacagaaagtattgtcagcatacagggctgacaggctgagcatgga
tggaggtctgggtttagctgggagccaccatatgctcagaacaatggccc
ctggtgctatgagaggagaccctggctggatctggaagcagctgccagag
gaaccggtgcacattacaaactcactgagtgacagttttggagcccacag
gtatcgtggaaattgaaataggagcaaatagtcacagcaggaggagccta
aggcggtgatctgcagaggctgctggagtgagtactggagacatggcggg
ggctctcgctgaccaaatgcagaggccacatctggcttcccacaaagaat
aaaaggaaacctctcacacaggcgccaaaaatagctttgagtctggacac
ctttcttatctctccgagcagctgaatctctgaaaggggagaggaaaatt
acaatacaatcagctttctctttcccctggactggaatagccaatcaaag
atctactaaattcttctgacaagccgtatgggccactgatgtacgagaag
caggagcaggctctgtaagcacgaggaagcagttaaaaccgtcctaaatg
cttggagagatgagaaaggctcataggacagctaccttgagaagaagttt
agaagcatttgtgattggggacaacggggctggagagatgctccatggat
aaggcagtttccacagcgtgggacagcgtttgttccgatgccactgaaag
cagcaacatgtgcttggagttctgttgtcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117119479_117120605
seq2: B6Ng01-072L04.b_45_1169 (reverse)

seq1  GACTCGGGCGTTGACTTCTGTGG-ATATACGTTTTGACATTCCAAGTCAT  49
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||
seq2  GACTCGGGCGTGGACTTCTGTGGAATATACG--TTGACAT--CAAGTCAT  46

seq1  GCTCCAAACAGACTGGCTGC-GGGTGTCTTCAAACATTTGGAATTTATCA  98
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTCCAAACAGACTGGCTGCGGGGTGTCTTCAAACATTTGGGATTTATCA  96

seq1  GATTCTCATAATGCCGTGAACGTGTCTACGTCCCCCTAAATGGCTCCAGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCATAATGCCGTGAACGTGTCTACGTCCCCCTAAATGGCTCCAGT  146

seq1  TGCATACCAGACGACTTGAAGTGTTTTGAGTGTCTACACAACATACAGCG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACCAGACGACTTGAAGTGTTTTGAGTGTCTACACAACATACAGCG  196

seq1  AGGGAAGAAGCAAGCATCTATCGGGAGGGGGTTCAAACAAGTGCCGTCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAAGCAAGCATCTATCGGGAGGGGGTTCAAACAAGTGCCGTCAG  246

seq1  AGGAGGCTAGGTAGACTTTAAAAAGTAGACAAGAAAGCTAATAAAAGCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCTAGGTAGACTTTAAAAAGTAGACAAGAAAGCTAATAAAAGCCA  296

seq1  TTACATAGATATGGACAATCCAGCTTCATGCTGCTTAGCAACACAGACAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAGATATGGACAATCCAGCTTCATGCTGCTTAGCAACACAGACAA  346

seq1  AGGGGGACATGGGATATGTTTCATGGGGTGTCTGCTCCTGGGAAGGGGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGACATGGGATATGTTTCATGGGGTGTCTGCTCCTGGGAAGGGGAA  396

seq1  TTCCAATCCTGTCTGAATCGTAGGCATTTCTTGTCTTAATTGTACAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCCTGTCTGAATCGTAGGCATTTCTTGTCTTAATTGTACAATTC  446

seq1  TGCTATCACAGGACTCCCTGATGACCAGGGAGACAGAAATCAGGCCTCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCACAGGACTCCCTGATGACCAGGGAGACAGAAATCAGGCCTCAA  496

seq1  AAGGCAGAAGTATGTCCTTCTTTTCCTTCGTGACATCTGTCAAAGTTTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAAGTATGTCCTTCTTTTCCTTCGTGACATCTGTCAAAGTTTCT  546

seq1  GTCAATTTGAAAGAGAACTAGACATCCCAGGGAAGAAGGACTCTCAACTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTTGAAAGAGAACTAGACATCCCAGGGAAGAAGGACTCTCAACTG  596

seq1  AGAGATTGCCACCTCCAACAGATTGGTCTGTGGGTGTGTCTGGGAGGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGCCACCTCCAACAGATTGGTCTGTGGGTGTGTCTGGGAGGCAT  646

seq1  TTTCTTGATTAATGGTTGATATGGGAAGGACCATCCCTCAGGTGGTCCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGATTAATGGTTGATATGGGAAGGACCATCCCTCAGGTGGTCCAG  696

seq1  GGATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTGTGTGTGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTGTGTGTGTGTG  746

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGCAG  796

seq1  GCTGTGAAAGCCACGAGGAGCAAGCCAGTAAGCAGTGATCTTCCACGGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGAAAGCCACGAGGAGCAAGCCAGTAAGCAGTGATCTTCCACGGCC  846

seq1  TCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGGTTCCTGCCCTGATGTCCATAGATGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGGTTCCTGCCCTGATGTCCATAGATGAT  896

seq1  GGACTGCAAGCTGTAAAATGAAATAAGCCTTTTCCTCTCCAGGCTGTCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGCAAGCTGTAAAATGAAATAAGCCTTTTCCTCTCCAGGCTGTCTT  946

seq1  TGGTATGACACAGCGACAGAAACATGAGCTAAGACAGTCCTCCAAGTCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGACACAGCGACAGAAACATGAGCTAAGACAGTCCTCCAAGTCAT  996

seq1  GGACTGTCGGCACACAGTGTTCAAAAGATTCAGAATAAAACAAGTTCAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTCGGCACACAGTGTTCAAAAGATTCAGAATAAAACAAGTTCAAA  1046

seq1  CACCCAGGCCATCTCCATGCCCAGGCCATCTCCACGCTTCCCGAGGACAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGCCATCTCCATGCCCAGGCCATCTCCACGCTTCCCGAGGACAA  1096

seq1  TAGCTGCTGGAGAGTGTTGTCTAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCTGGAGAGTGTTGTCTAGAATTC  1125

seq1: chr5_116989152_116990302
seq2: B6Ng01-072L04.g_66_1196

seq1  GAATTCCTTGCGGGACATGTGGCTCACCCCACAGTTGGCACTGTGAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCGGGACATGTGGCTCACCCCACAGTTGGCACTGTGAGGTG  50

seq1  CACATGGATACCGTGGACCATTTGGTAGGACCCCTTCTGCCTTCTGTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGATACCGTGGACCATTTGGTAGGACCCCTTCTGCCTTCTGTCCT  100

seq1  ATGTCTCCTTTCTTCTCTCCTCCCCCCCACCACCCCTCCACCAATCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCTTTCTTCTCTCCTCCCCCCCACCACCCCTCCACCAATCTCTT  150

seq1  CTGCACCCAGCTGTCCCTTCTCCATTAACCTCAGTTTTCCCCTGGGCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCCAGCTGTCCCTTCTCCATTAACCTCAGTTTTCCCCTGGGCACC  200

seq1  TCTCAAAATGAACCCATGGGTGTCACATGTCACTCTCCTTTTCTAGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAATGAACCCATGGGTGTCACATGTCACTCTCCTTTTCTAGTCCC  250

seq1  CAAATATCTGCCAAGATAGCCAGTGAGGGGATTGTCTTGTTCCTGTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATCTGCCAAGATAGCCAGTGAGGGGATTGTCTTGTTCCTGTATCC  300

seq1  AACTGCTGACACCACTTCTGCTGGGATCCAGGACAAGGTTAATGTCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTGACACCACTTCTGCTGGGATCCAGGACAAGGTTAATGTCCAGA  350

seq1  GAAACACAGAAAGTATTGTCAGCATACAGGGCTGACAGGCTGAGCATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACAGAAAGTATTGTCAGCATACAGGGCTGACAGGCTGAGCATGGA  400

seq1  TGGAGGTCTGGGTTTAGCTGGGAGCCACCATATGCTCAGAACAATGGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCTGGGTTTAGCTGGGAGCCACCATATGCTCAGAACAATGGCCC  450

seq1  CTGGTGCTATGAGAGGAGACCCTGGCTGGATCTGGAAGCAGCTGCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCTATGAGAGGAGACCCTGGCTGGATCTGGAAGCAGCTGCCAGAG  500

seq1  GAACCGGTGCACATTACAAACTCACTGAGTGACAGTTTTGGAGCCCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCGGTGCACATTACAAACTCACTGAGTGACAGTTTTGGAGCCCACAG  550

seq1  GTATCGTGGAAATTGAAATAGGAGCAAATAGTCACAGCAGGAGGAGCCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTGGAAATTGAAATAGGAGCAAATAGTCACAGCAGGAGGAGCCTA  600

seq1  AGGCGGTGATCTGCAGAGGCTGCTGGAGTGAGTACTGGAGACATGGCGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGGTGATCTGCAGAGGCTGCTGGAGTGAGTACTGGAGACATGGCGGG  650

seq1  GGCTCTCGCTGACCAAATGCAGAGGCCACATCTGGCTTCCCACAAAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCGCTGACCAAATGCAGAGGCCACATCTGGCTTCCCACAAAGAAT  700

seq1  AAAAGGAAACCTCTCACACAGGCGCCAAAAATAGCTTTGAGTCTGGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAACCTCTCACACAGGCGCCAAAAATAGCTTTGAGTCTGGACAC  750

seq1  CTTTCTTATCTCTCCGAGCAGCTGAATCTCTGAAAGGGGAGAGGAAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTATCTCTCCGAGCAGCTGAATCTCTGAAAGGGGAGAGGAAAATT  800

seq1  ACAATACAATCAGCTTTCTCTTTCCCCTGGACTGGAATAGCCAATCAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACAATCAGCTTTCTCTTTCCCCTGGACTGGAATAGCCAATCAAAG  850

seq1  ATCTACTAAATTCTTCTGACAAGCCGTATGGGCCACTGATGTACGAGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTAAATTCTTCTGACAAGCCGTATGGGCCACTGATGTACGAGAAG  900

seq1  CAGGGAGCAGGCTCTGTAAGCACGAGGAAGCAGTTAAAACCGTCCTAAAT  950
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GGAGCAGGCTCTGTAAGCACGAGGAAGCAGTTAAAACCGTCCTAAAT  949

seq1  GCTTGGAGAAGATGAGAAAGGCTCAATAGGACAGCTACCTTGAGAAGAAA  1000
      |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |
seq2  GCTTGGAG-AGATGAGAAAGGCTC-ATAGGACAGCTACCTTGAGAAG--A  995

seq1  AGTTTAGAAGCATTTGTGATTGGGGACAAAGGGGGCTGGAGAGATGGCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
seq2  AGTTTAGAAGCATTTGTGATTGGGGAC-AACGGGGCTGGAGAGAT-GCTC  1043

seq1  CATGGATAAGGCAGTTACACACAGCCGTGGGGACCAGCGTTTGGTCCCCA  1100
      |||||||||||||||| | ||||| ||||||   ||||||||| |||   
seq2  CATGGATAAGGCAGTTTC-CACAG-CGTGGG--ACAGCGTTTGTTCC---  1086

seq1  GATGCCACGTGAAAGCAGGGCAGCCATGGTGCCTGGAGTTCTGTTGCTCA  1150
      |||||||| ||||||||  |||  ||| |||| ||||||||||||| |||
seq2  GATGCCAC-TGAAAGCA--GCA-ACAT-GTGCTTGGAGTTCTGTTG-TCA  1130

seq1  G  1151
      |
seq2  G  1131