BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073H15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 14,933,589 - 15,196,256
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1
Upstream geneSema3e, LOC100042957, Pclo, ENSMUSG00000033219
Downstream gene4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1, LOC668121, Hgf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073H15.bB6Ng01-073H15.g
ACCDH890597DH890598
length1,1231,106
definitionDH890597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073H15, 5' end.DH890598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,933,589 - 14,934,720)(15,195,132 - 15,196,256)
sequence
gaattctaggtctgcagcaggggacagaacacctgaataaggaagatggt
ctcaagagtcactacttgcaaatcaatttttattcataagaaatagaatt
tttaaaaaataggttttaaaagttcaattaatatagagataaaggcaaaa
acaaacaatgaaatacaagaacaagaacatataacttctaaataacataa
caataactcaaagaacaaaaataaaaacttaaaccaaagctctaaaggaa
aattattgttcagctgctttcgctttctgcacttttagcagcacagccct
ccagcctgctgctcctcttggacactaggtatcagtgcagccgcctcagt
tctcttccaagagacgttttctgaagagaaaagggaacaacgccctgaat
cagccatggcttcctagtaaaggcctattcaccctaagaaaatgaattat
atggaagaagattcatccgaggaagattgtgggtgctggagatggtgctc
agcaggggcctcctggcctggcaactcattctgcaggatgctgtcttctt
cagctgtggccaatcccagctctcttgcagtttctgagacctgggagagg
aaggcagttactaagacacaggagtggaggagacaggcatggcagctgtg
aggctactgcctcctaccacctcaactgtacttgacagtcaacattaata
ttttaactgaagttattgatgttaaatctaaagacagggcaaaatattca
aaaacagtcacaaaaacatggactgacaaagatcaactcaggcttctatc
agttcaaaccaaaaacatggcaagggaagagacctcagtggattacagga
agaaatgaaaagggcacaggacaccagatcaatgataatgagaagcactc
atttgacatttgtacttggctctaatccctccaagtgcagacacatggga
tgtcataagacctctgcctgtctcctgtctagaccagatctcactcaaac
tctgcatagcattccctatcatgagactgcaagaatgtgacatgttattc
acctgtcaccctgtaatggctgcgattaaaagcagagttgaaagtgcatt
gcaatggttaacagtgttctcaa
gaattctttctgctcatcacaagccgtcactaacagagtgtaggtggtga
gaaccagtgcttatttgttgatgaagaagtaagaacatacatacatcagg
gaccacattttgaatgtgttttgtggtacagcctaggttttgggtgttta
tgaacagtacacttgaggaaaccttgaaattgacagctttatgtgctcta
cattaaaatataacttttacatttgctacatttacatgatgatgaataaa
ccccaatgattgcttactgtgttataacactgttgttagtgttaacccac
gtgactgtcaggatgtacacagagatggtcgtaacttagcaacttatctt
cagctatttttatagactgtcaagacaacagccatgatagtattatatta
ggactgtcatgcttttaaatgttaaaaaatgcttgtatgtataaaatata
taattgcaaaagagcagtaactcattgagattgttatagattaaacttta
ttcatttaaaaagtaaactttaattttgttaaggaatttaaacaagaacc
caataaaaagaaataatatactatctttttatacaaaacttgtaatttaa
agcatgttattttgtaaattttactaagctcatatcaatattttaagaaa
tattagttaatctagatggtaaagccttatcgctgaagacaacacctaca
tactggagaagtcatgctggtgtctaactagagctttcacccctgctgac
tggtgatcatgatctgtaaggtactctgcttgctaccagagcagaaaggc
aaacatcaacccagctacaaaccattcattctacagtgatgaccagcctg
tgtgatatgctagtggatccatagcacaaagggatgggcataaccagcca
ctgtctgattcaatttaaggctcactctatgagataggatccatgcctga
caatgcttgggtagccaaatcccgagactagttaaagctagggtaaacca
aatgctaatgttctgctagtaaatataaatgactcaacaaatcctgctgc
atccttggttcatgacttgctagcatcatcaaagaatctctctcttgcaa
gttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_14933589_14934720
seq2: B6Ng01-073H15.b_47_1167

seq1  ATTCTAGGTCTGCAGCAGGAGACAGAACACCTGAATAAGGAAGATGGTCT  50
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGGTCTGCAGCAGGGGACAGAACACCTGAATAAGGAAGATGGTCT  50

seq1  CAAGAGTCACTACTTGCAAATCAATTTTTATTCATAAGAAATAGAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTCACTACTTGCAAATCAATTTTTATTCATAAGAAATAGAATTTT  100

seq1  TAAAAAATAGGTTTTAAAAGTTCAATTAATATAGAGATAAAGGCAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATAGGTTTTAAAAGTTCAATTAATATAGAGATAAAGGCAAAAAC  150

seq1  AAACAATGAAATAAAAGAACAAGAACATATAACTTCTAAATAACGTAACA  200
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAACAATGAAATACAAGAACAAGAACATATAACTTCTAAATAACATAACA  200

seq1  ATAACTCAAAGATCAAAAATAAAAACTTAAACCAAAACTCTAAAGGAAAA  250
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATAACTCAAAGAACAAAAATAAAAACTTAAACCAAAGCTCTAAAGGAAAA  250

seq1  TTATTGTTCAGCTGCTTTCGCTTTCTGCACTTTTAGCAGCACAGCCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTCAGCTGCTTTCGCTTTCTGCACTTTTAGCAGCACAGCCCTCC  300

seq1  AGCCTGCTGCTCCTCTTGGACACTAGGTATCAGTGCAGCCGCCTCAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTGCTCCTCTTGGACACTAGGTATCAGTGCAGCCGCCTCAGTTC  350

seq1  TCTGCCAAGAGACGTTGTCTGAAGAGAAAAGGGAACAACGCCCTGAATCA  400
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAGAGACGTTTTCTGAAGAGAAAAGGGAACAACGCCCTGAATCA  400

seq1  GCCATGGCTTCCTTGTAAAGGCCTATTCACCCTAAGAAAATGAATTATAT  450
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGCTTCCTAGTAAAGGCCTATTCACCCTAAGAAAATGAATTATAT  450

seq1  GGAAGAAGATTCATCCGAGGAAGATTGTGGGTGCTGGAGATGGTGCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAGATTCATCCGAGGAAGATTGTGGGTGCTGGAGATGGTGCTCAG  500

seq1  CAGGGGCCTCCTGGCCTGGCAACTCATTCTGCAGGATGCTGTCTTCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCTCCTGGCCTGGCAACTCATTCTGCAGGATGCTGTCTTCTTCA  550

seq1  GCTGTGGCCAATCCCAGCTCTCTTGCAGCTTCTGAGACCTGGGAGAGGAA  600
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGCCAATCCCAGCTCTCTTGCAGTTTCTGAGACCTGGGAGAGGAA  600

seq1  GGCAGTTACTAAGACACAGGAGTGGAGGAGACAGGCATGGCAGCTGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTACTAAGACACAGGAGTGGAGGAGACAGGCATGGCAGCTGTGAG  650

seq1  GCTACTGCCTCCTACCACCTCAACTGTACTTGACAGTCAACATTAATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGCCTCCTACCACCTCAACTGTACTTGACAGTCAACATTAATATT  700

seq1  TTAACTGAAGTTATTGATGTTAAATCTAAAGACAGGGCAAAATATTCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAACTGAAGTTATTGATGTTAAATCTAAAGACAGGGCAAAATATTCAAA  750

seq1  AACAGTCACAAAAACATGGACTGACAAAGATCAACTCAGGCTTCTATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCACAAAAACATGGACTGACAAAGATCAACTCAGGCTTCTATCAG  800

seq1  TTCCAACCAAAAACATGGCAAAGGAAGAGACCTCAGTGGATTACAGGAAG  850
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCAAAAACATGGCAAGGGAAGAGACCTCAGTGGATTACAGGAAG  850

seq1  AAAGGAGAAGGGCACAGGATACCAGATCAATGATAATGAGAAGCACTCAT  900
      ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAAGGGCACAGGACACCAGATCAATGATAATGAGAAGCACTCAT  900

seq1  TTGACATTTGTACTTGGCTCTAATCCCTCCAAGGTGCAGACACATGGGAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGACATTTGTACTTGGCTCTAATCCCTCCAA-GTGCAGACACATGGGAT  949

seq1  GTCATAAGACCTCTGCCTGTCTCCTGTCTAAGGACCCAGATCTCACTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||
seq2  GTCATAAGACCTCTGCCTGTCTCCTGTCTA--GA-CCAGATCTCACTCAA  996

seq1  ACCTCTGCATAGCATTCCACCTATCATGAGGACATGCAAGAATGTGACAT  1050
      | |||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  A-CTCTGCATAGCATTC--CCTATCATGA-GAC-TGCAAGAATGTGACAT  1041

seq1  GTTATTCACCTGTCACCCTGTAGTGGGCTGCAGATT-AAAGCAGAGTTGA  1099
      |||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||
seq2  GTTATTCACCTGTCACCCTGTAAT-GGCTGC-GATTAAAAGCAGAGTTGA  1089

seq1  AAGGTGCATTTGCCAGTGGTAACAGTG-TCTCAA  1132
      || ||||| |||| |  | |||||||| ||||||
seq2  AA-GTGCA-TTGCAATGGTTAACAGTGTTCTCAA  1121

seq1: chr5_15195132_15196256
seq2: B6Ng01-073H15.g_71_1172 (reverse)

seq1  TAGAACCTTCTGCAAGAGGAAGATTCTCTGATGATGGCTGAGCAAGTCAT  50
      ||||||    ||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||| 
seq2  TAGAAC---TTGCAAGAGAGAGATTCTTTGATGAT-GCT-AGCAAGTCA-  44

seq1  TGAACCAAGGATGCAGCAGGATTTTGTTGAGTAATTTTATTTTACTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   |||||     
seq2  TGAACCAAGGATGCAGCAGGA-TTTGTTGAGTCATTTATATTTAC-----  88

seq1  TCCTTTAGCAGAACATTAGCATTTGGTTTTACCCTAGCTTTAACTAGTCT  150
           ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -----TAGCAGAACATTAGCATTTGG-TTTACCCTAGCTTTAACTAGTCT  132

seq1  CAGGATTTTGGCTACCCAAGCATTGTCAGGCATGGATCCTATCTCGTAGA  200
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CGGGA-TTTGGCTACCCAAGCATTGTCAGGCATGGATCCTATCTCATAGA  181

seq1  GTGAGCCTTAAATTGAATCAGATGGTGGCTGGTTATGCCCATTCCTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  GTGAGCCTTAAATTGAATCAGACAGTGGCTGGTTATGCCCA-TCCCTTTG  230

seq1  TACTATGGATCCACTAGCATATCACGCAGGCTGGTCATCACTGTAGAATG  300
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGATCCACTAGCATATCACACAGGCTGGTCATCACTGTAGAATG  280

seq1  AATGGTTTGTAGCTGGGTTGATGTTTGCCTTTCTGCTCTGGTAGCAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTGTAGCTGGGTTGATGTTTGCCTTTCTGCTCTGGTAGCAAGCA  330

seq1  GAGTACCTTACAGATCGTGATCACCAGTCAGCAGGGGTGAAAGCTCTAGT  400
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACCTTACAGATCATGATCACCAGTCAGCAGGGGTGAAAGCTCTAGT  380

seq1  TAGACACCAGCATGACTTCTCCAGTATGTAGGTGTTGTCTTCAGCGATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAGACACCAGCATGACTTCTCCAGTATGTAGGTGTTGTCTTCAGCGATAA  430

seq1  GGCTTTACCATCTAGATTAACTAATATTTCTTAAAATATTGATCTGAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCTTTACCATCTAGATTAACTAATATTTCTTAAAATATTGATATGAGCT  480

seq1  TAGTAAAATTTACAAAATAACATGCTTTAAATTACAAGTTTTGTATAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAATTTACAAAATAACATGCTTTAAATTACAAGTTTTGTATAAAA  530

seq1  AGATAGTATATTATTTCTTTTTATTGGGTTCTTGTTGTTTAAATTCCTTA  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  AGATAGTATATTATTTCTTTTTATTGGGTTC---TTGTTTAAATTCCTTA  577

seq1  ACAAAATTAAAGTTTACTTTTTAAATGAATAAAGTTTAATCTATAACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTAAAGTTTACTTTTTAAATGAATAAAGTTTAATCTATAACAAT  627

seq1  CTCAATGAGTTACTGCTCTTTTGCAATTTTATATTTTATACATACAAGCA  700
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGAGTTACTGCTCTTTTGCAATTATATATTTTATACATACAAGCA  677

seq1  TTTTTTAACATTTAAAAGCATGACAGTCCTAATATAATACTATCATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAACATTTAAAAGCATGACAGTCCTAATATAATACTATCATGGCT  727

seq1  GTTGTCTTAACAGTCTATAAAAATAGCTGAAGATAAGTTGCTAAGTTACG  800
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTTGACAGTCTATAAAAATAGCTGAAGATAAGTTGCTAAGTTACG  777

seq1  ACCATCTCTGTGTACATCCTGACAGTCACGTGGGTTAACACTAACAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCTGTGTACATCCTGACAGTCACGTGGGTTAACACTAACAACAG  827

seq1  TATTATAACGCAGTAAGCAATCATTGGGGTTTATTCATCGTCATGTAAAT  900
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTTATAACACAGTAAGCAATCATTGGGGTTTATTCATCATCATGTAAAT  877

seq1  GTAACAAATATAAAAGTTATATTTTAATGTAGAGCATATAAAGCTGTCAA  950
      ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTAGCAAATGTAAAAGTTATATTTTAATGTAGAGCACATAAAGCTGTCAA  927

seq1  TTCCAAGGTTTCCTCAAGTATACTGTTCATAAACACCCAAAACCTAGGCT  1000
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGGTTTCCTCAAGTGTACTGTTCATAAACACCCAAAACCTAGGCT  977

seq1  GTACCACAAAACACATTCAAAATGTGGTCCCTGATGTATGTATGTTCTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACAAAACACATTCAAAATGTGGTCCCTGATGTATGTATGTTCTTA  1027

seq1  CTTCTTCATCAACAAATAAGCACTAGTTCTCACCACCCACATTCTGTTAG  1100
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||
seq2  CTTCTTCATCAACAAATAAGCACTGGTTCTCACCACCTACACTCTGTTAG  1077

seq1  TGACGGCTTGTGATGAGCAGAAAGA  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGGCTTGTGATGAGCAGAAAGA  1102