BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075E21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 104,203,780 - 104,310,022
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAff1, Klhl8
Upstream geneArhgap24, Mapk10, LOC666563, 4930429D17Rik, LOC100041039, 1700021F02Rik, LOC100041049, Ptpn13, Slc10a6, 1700016H13Rik
Downstream geneHsd17b13, EG666629, Hsd17b11, Nudt9, Sparcl1, LOC100041136, Dspp, Dmp1, LOC100041145, Ibsp, Mepe, Spp1, Pkd2, BC005561, LOC100042165, LOC100041172, D930016D06Rik, 2310012P17Rik, LOC640963, LOC100041199, LOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075E21.bB6Ng01-075E21.g
ACCDH891899DH891900
length6321,093
definitionDH891899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075E21, 5' end.DH891900|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,203,780 - 104,204,411)(104,308,938 - 104,310,022)
sequence
gaattcacggttgtggtaaagtaagctgctaacttcctcccagtgttccc
tgagcacatggagttagttactcagcggctctcctggagcctctgggaag
ggatgatgtcagcatccttgaggctttgagtcatttcatgggcagaacga
tctgctggcaagatccattttaggtatcagacagtgaatcacggtttgtc
atcttccagagcggcagaattctacagaattcttagtggctgacgggtgt
ctgcatataatcacttcagtcagatctgatggggtaagtggcacttgggt
gagcacagtgctaggaatggctccctcaggagggatctgtgtcctccaag
agcttctaggataagaagacaaccctaggcacgtctagagtctgtctaga
ttagatagctgtccacacaacgggaatgtagcctgataatgacaatggag
agagcttagacttgagctctcctgcctcctggctcttgagcactgcttgg
agaggtgacgtgaggatccgggagactgggtgctcagattctcacaggag
gtcatgtttgctgccaccgccctccctctgcagctgcaaaccctgtagga
ggcttgggcctgggtgggtgggtgtgggggtg
gaattcactatgtaattagtgcatttcctttcatgatcattgtgtctggg
acaagcatttgtgaaatataagcaccataaaatttgctgtgctattcata
cgtgaggccaccagatcatttaatctctagagcaagcagatgctgagcag
gacttacttagtaagttgaaagaaaaagaaatgtgaatagtgagctgcat
ttgccttgagggaatttgaagttgagccatcgatgggcacattagcataa
ttcaatgatagctagaggcttagagaaggatccatcagtgatgtctgaaa
ggtgatcagaagaggatccattagtgatgtctgaaaggtgattagaggag
gatccattagtgatgtctgaaaggtagttagaaggatttacataagagta
aaaatcctgcttcgggtcatttcaggaggtaaaagttgtttatgtactat
tatgtttactagtggaaatgttttaatatatgtaaggtaagctctaacat
tattaagcatgggtgagcattttacaaactttggtttaggtgctagtgag
tgacctgggtactcacatgctaagcacatactgcaccacctctaagtggg
gcttcttgaaggcgcctgtgttgttggggaggattgctctggcaggctca
tttcatagcatacacttctgggtctcatgttacagatcaggacacagcac
tgcatagatgctgtcacatgccatgcagcttgaggaaggcccgctccctc
accaaagctcacgttaattttagtttgaaagggtgatacagaagcagagg
gcgagtcccaggagcatgagtgtttagcatgagtggtttgcctgtatgca
cgtatgtgcaccacttgtgtgcctggtgcctgcacagatcaaaagagggc
ctctggatctggatctgaatctggagttaggtggttgtgagccactgtgt
agttgctgagagctgaacccaggttcttctgtaagagcagcagtgcttta
cccactgagccattctctctagccccaccgctgtagcaattcttaaatgt
tgccagcagtttatattttattttgactaaataaataaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_104203780_104204411
seq2: B6Ng01-075E21.b_48_679

seq1  GAATTCACGGTTGTGGTAAAGTAAGCTGCTAACTTCCTCCCAGTGTTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGGTTGTGGTAAAGTAAGCTGCTAACTTCCTCCCAGTGTTCCC  50

seq1  TGAGCACATGGAGTTAGTTACTCAGCGGCTCTCCTGGAGCCTCTGGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACATGGAGTTAGTTACTCAGCGGCTCTCCTGGAGCCTCTGGGAAG  100

seq1  GGATGATGTCAGCATCCTTGAGGCTTTGAGTCATTTCATGGGCAGAACGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGTCAGCATCCTTGAGGCTTTGAGTCATTTCATGGGCAGAACGA  150

seq1  TCTGCTGGCAAGATCCATTTTAGGTATCAGACAGTGAATCACGGTTTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGGCAAGATCCATTTTAGGTATCAGACAGTGAATCACGGTTTGTC  200

seq1  ATCTTCCAGAGCGGCAGAATTCTACAGAATTCTTAGTGGCTGACGGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCAGAGCGGCAGAATTCTACAGAATTCTTAGTGGCTGACGGGTGT  250

seq1  CTGCATATAATCACTTCAGTCAGATCTGATGGGGTAAGTGGCACTTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATAATCACTTCAGTCAGATCTGATGGGGTAAGTGGCACTTGGGT  300

seq1  GAGCACAGTGCTAGGAATGGCTCCCTCAGGAGGGATCTGTGTCCTCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGTGCTAGGAATGGCTCCCTCAGGAGGGATCTGTGTCCTCCAAG  350

seq1  AGCTTCTAGGATAAGAAGACAACCCTAGGCACGTCTAGAGTCTGTCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTAGGATAAGAAGACAACCCTAGGCACGTCTAGAGTCTGTCTAGA  400

seq1  TTAGATAGCTGTCCACACAACGGGAATGTAGCCTGATAATGACAATGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAGCTGTCCACACAACGGGAATGTAGCCTGATAATGACAATGGAG  450

seq1  AGAGCTTAGACTTGAGCTCTCCTGCCTCCTGGCTCTTGAGCACTGCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTAGACTTGAGCTCTCCTGCCTCCTGGCTCTTGAGCACTGCTTGG  500

seq1  AGAGGTGACGTGAGGATCCGGGAGACTGGGTGCTCAGATTCTCACAGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGACGTGAGGATCCGGGAGACTGGGTGCTCAGATTCTCACAGGAG  550

seq1  GTCATGTTTGCTGCCACCGCCCTCCCTCTGCAGCTGCAAACCCTGTAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTTGCTGCCACCGCCCTCCCTCTGCAGCTGCAAACCCTGTAGGA  600

seq1  GGCTTGGGCCTGGGTGGGTGGGTGTGGGGGTG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGGCCTGGGTGGGTGGGTGTGGGGGTG  632

seq1: chr5_104308938_104310022
seq2: B6Ng01-075E21.g_72_1164 (reverse)

seq1  TTTTTTT-----TTTAGTCAAATAAATACTAT-ACCTGCTGGCAACA-TT  43
      |||||||     |||||||||| | | | ||| | |||||||||||| ||
seq2  TTTTTTTATTTATTTAGTCAAA-ATAAAATATAAACTGCTGGCAACATTT  49

seq1  AAGAATTGCTACAGCGGTGGGGCTAGAGAG-ATGGCTCAGTGGGTAAAGC  92
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGCTACAGCGGTGGGGCTAGAGAGAATGGCTCAGTGGGTAAAGC  99

seq1  ACTTGCTGCTCTTACAG-AGGACCTGGGTTCAGCTCTCAGCACCTACACA  141
      || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AC-TGCTGCTCTTACAGAAGAACCTGGGTTCAGCTCTCAGCAACTACACA  148

seq1  GTGGCTCACAACCACCTAACTCCAGATTCAGATCCAGATCCAGAGGCCCT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCACAACCACCTAACTCCAGATTCAGATCCAGATCCAGAGGCCCT  198

seq1  CTTTTGATCTGTGCAGGCACCAGGCACACAAGTGGTGCACATACGTGCAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGATCTGTGCAGGCACCAGGCACACAAGTGGTGCACATACGTGCAT  248

seq1  ACAGGCAAACCACTCATGCTAAACACTCATGCTCCTGGGACTCGCCCTCT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAACCACTCATGCTAAACACTCATGCTCCTGGGACTCGCCCTCT  298

seq1  GCTTCTGTATCACCCTTTC-AACTAAAATTAACCTGAGCTTTGGTGAGGG  340
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTATCACCCTTTCAAACTAAAATTAACGTGAGCTTTGGTGAGGG  348

seq1  AGCGGGCCTTCCTCAAGCTGCATGGCATGTGACAGCATCTATGCAGTGCT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGGCCTTCCTCAAGCTGCATGGCATGTGACAGCATCTATGCAGTGCT  398

seq1  GTGTCCTGATCTGTAACATGAGACCCAGAAGTGTATGCTATGAAATGAGC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTGATCTGTAACATGAGACCCAGAAGTGTATGCTATGAAATGAGC  448

seq1  CTGCCAGAGCAATCCTCCCCAACAACACAGGCGCCTTCAAGAAGCCCCAC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGAGCAATCCTCCCCAACAACACAGGCGCCTTCAAGAAGCCCCAC  498

seq1  TTAGAGGTGGTGCAGTATGTGCTTAGCATGTGAGTACCCAGGTCACTCAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGTGGTGCAGTATGTGCTTAGCATGTGAGTACCCAGGTCACTCAC  548

seq1  TAGCACCTAAACCAAAGTTTGTAAAATGCTCACCCATGCTTAATAATGTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACCTAAACCAAAGTTTGTAAAATGCTCACCCATGCTTAATAATGTT  598

seq1  AGAGCTTACCTTACATATATTAAAACATTTCCACTAGTAAACATAATAGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTACCTTACATATATTAAAACATTTCCACTAGTAAACATAATAGT  648

seq1  ACATAAACAACTTTTACCTCCTGAAATGACCCGAAGCAGGATTTTTACTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAACAACTTTTACCTCCTGAAATGACCCGAAGCAGGATTTTTACTC  698

seq1  TTATGTAAATCCTTCTAACTACCTTTCAGACATCACTAATGGATCCTCCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAATCCTTCTAACTACCTTTCAGACATCACTAATGGATCCTCCT  748

seq1  CTAATCACCTTTCAGACATCACTAATGGATCCTCTTCTGATCACCTTTCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCACCTTTCAGACATCACTAATGGATCCTCTTCTGATCACCTTTCA  798

seq1  GACATCACTGATGGATCCTTCTCTAAGCCTCTAGCTATCATTGAATTATG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCACTGATGGATCCTTCTCTAAGCCTCTAGCTATCATTGAATTATG  848

seq1  CTAATGTGCCCATCGATGGCTCAACTTCAAATTCCCTCAAGGCAAATGCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGCCCATCGATGGCTCAACTTCAAATTCCCTCAAGGCAAATGCA  898

seq1  GCTCACTATTCACATTTCTTTTTCTTTCAACTTACTAAGTAAGTCCTGCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTATTCACATTTCTTTTTCTTTCAACTTACTAAGTAAGTCCTGCT  948

seq1  CAGCATCTGCTTGCTCTAGAGATTAAATGATCTGGTGGCCTCACGTATGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTGCTTGCTCTAGAGATTAAATGATCTGGTGGCCTCACGTATGA  998

seq1  ATAGCACAGCAAATTTTATGGTGCTTATATTTCACAAATGCTTGTCCCAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACAGCAAATTTTATGGTGCTTATATTTCACAAATGCTTGTCCCAG  1048

seq1  ACACAATGATCATGAAAGGAAATGCACTAATTACATAGTGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGATCATGAAAGGAAATGCACTAATTACATAGTGAATTC  1093