BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076L24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,524,904 - 49,630,962
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlit2, 4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125, EG637307
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076L24.bB6Ng01-076L24.g
ACCDH892924DH892925
length1,0921,066
definitionDH892924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076L24, 5' end.DH892925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,524,904 - 49,526,003)(49,629,896 - 49,630,962)
sequence
gaattcttagaagaattcctgctcactactcattagatgacagatgtgat
ctcttaattatgagtcataactaaatgtactcccaaatataggtatattt
ctccttccaaaacaaaaaaactaaggtgcctctagtaggacccaatgagc
tagagagtgccatctaatgtatctcccaattctagttaattataatcaca
atatagccataataaagtgctaatattttctaggcacatcctaattcatt
taaccttgaaaaaagttaaaagacatagttgattacttttgtactggtga
tgatgaaaatgaatcaaagaaagttaagtcagagcccagatttgaataaa
cagaaacagatacttctaggacatgggtttgcaatcaccaggactgcaga
ctgactttcaaaacctggacagtgtatcttatggcattttcctgctcact
agctaaacagagatctatattcaatgacctcagaggtctcgtccattgtg
ggtctctaaattttagatgaatcaatttggtcagatttgtttccataaag
gcaagatcagtatatattagatattgtacagctgtagaagcctagttgct
aatgtcagccatccatctttactgattgaaattcatgctgtttaattcct
gtgacctcttggaactctcttcaaggacaacatttgacagggaagacaaa
gtctgcttccaatacattccttgcaaatgtctccatgttcttactgcaaa
gttttcaatgccttcaaggttatataggatcacaggcattttcaaagaat
atgcataactctgcatttcttaccagttgacttttggacaggtgtgcaaa
tattaacattgaatatctggacatggtgttggaaaatataccttcagatt
acatggtatattaatgaacactcttgatgggaacagttccctagcctgac
gtgactaaagagccccatgcttatggaaaatcaatatagtgcatgaaggc
tagggctttgatcagtcacatgtgcaaaacatggcagagctttgacttca
gtacatgagcagagcaatgcatagatgtggcaaactaagttt
gaattctttgtttagctctgtaccccaattttaatagggttatttggttt
tctggagtctaacttcttgagttctttatacatattggatattagccacc
tattggatttaagattggtaaatacctttttccaatctgttggtttcact
tttgtcttattgaccatgtcctttgccttacagaagctttgcaattttat
ggggtcccatttgtagattcttgatcttacgcacaagccattggtgttct
gttcaagaattttttcccccattcccatatctttgagacctttccccact
ttcttctctataagtttcagtgtctctggttttatgtggagttccttgat
caacttagacttgagctttgtacaaggagataaaaatggatcaattcaca
tttttctacatggtaactaccagttgagccagcactgtttaatgaaaatg
ctgtcttctttccactggaaactgtgcattcttaatgaggattcctcagt
tttctcttcaatgagagaaggttgttcatgtttaaagcagtggatccatt
tactcttcttatattcagtgctgtgtgttaagtaacatgggaggtgcaag
aagatttatattaaaagagactgaaaacttgccataggttaaggggtcaa
ttgttattcaagatggagatttcatgtccctaatctatcattttaataaa
tatacatactggattttacctgtgccatccagtgaaactctactaggtaa
taaagacgaggtgggcatgggatcagaagagtaggtcagcacattttata
ggatgatgaggaataaattagactaagtaaaatgctattctagtaatggg
aacaacaatagcatctcagacccatcatgaagataataagaggatatttg
aaatttacagtgcacaatgagaggcaggggattataatgaaatctttcct
cttgatgactaagtcaggaggggatgaaaaatataaagcagtgacagaat
attaggattcagatgacaattagtaacgatggggatgccaagggaccaca
gacatggaggtcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49524904_49526003
seq2: B6Ng01-076L24.b_50_1141

seq1  GAATTCTTAGAAGAATTCCTGCTCACTACTCATTAGATGACAGATGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGAAGAATTCCTGCTCACTACTCATTAGATGACAGATGTGAT  50

seq1  CTCTTAATTATGAGTCATAACTAAATGTACTCCCAAATATAGGTATATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATTATGAGTCATAACTAAATGTACTCCCAAATATAGGTATATTT  100

seq1  CTCCTTCCAAAACAAAAAAACTAAGGTGCCTCTAGTAGGACCCAATGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCAAAACAAAAAAACTAAGGTGCCTCTAGTAGGACCCAATGAGC  150

seq1  TAGAGAGTGCCATCTAATGTATCTCCCAATTCTAGTTAATTATAATCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGTGCCATCTAATGTATCTCCCAATTCTAGTTAATTATAATCACA  200

seq1  ATATAGCCATAATAAAGTGCTAATATTTTCTAGGCACATCCTAATTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCATAATAAAGTGCTAATATTTTCTAGGCACATCCTAATTCATT  250

seq1  TAACCTTGAAAAAAGTTAAAAGACATAGTTGATTACTTTTGTACTGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTGAAAAAAGTTAAAAGACATAGTTGATTACTTTTGTACTGGTGA  300

seq1  TGATGAAAATGAATCAAAGAAAGTTAAGTCAGAGCCCAGATTTGAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAATGAATCAAAGAAAGTTAAGTCAGAGCCCAGATTTGAATAAA  350

seq1  CAGAAACAGATACTTCTAGGACATGGGTTTGCAATCACCAGGACTGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAGATACTTCTAGGACATGGGTTTGCAATCACCAGGACTGCAGA  400

seq1  CTGACTTTCAAAACCTGGACAGTGTATCTTATGGCATTTTCCTGCTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTCAAAACCTGGACAGTGTATCTTATGGCATTTTCCTGCTCACT  450

seq1  AGCTAAACAGAGATCTATATTCAATGACCTCAGAGGTCTCGTCCATTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACAGAGATCTATATTCAATGACCTCAGAGGTCTCGTCCATTGTG  500

seq1  GGTCTCTAAATTTTAGATGAATCAATTTGGTCAGATTTGTTTCCATAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTAAATTTTAGATGAATCAATTTGGTCAGATTTGTTTCCATAAAG  550

seq1  GCAAGATCAGTATATATTAGATATTGTACAGCTGTAGAAGCCTAGTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATCAGTATATATTAGATATTGTACAGCTGTAGAAGCCTAGTTGCT  600

seq1  AATGTCAGCCATCCATCTTTACTGATTGAAATTCATGCTGTTTAATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAGCCATCCATCTTTACTGATTGAAATTCATGCTGTTTAATTCCT  650

seq1  GTGACCTCTTGGAACTCTCTTCAAGGACAACATTTGACAGGGAAGACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTCTTGGAACTCTCTTCAAGGACAACATTTGACAGGGAAGACAAA  700

seq1  GTCTGCTTCCAATACATTCCTTGCAAATGTCTCCATGTTCTTACTGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTTCCAATACATTCCTTGCAAATGTCTCCATGTTCTTACTGCAAA  750

seq1  GTTTTCAATGCCTTCAAGGTTATATAGGATCACAGGCATTTTCAAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAATGCCTTCAAGGTTATATAGGATCACAGGCATTTTCAAAGAAT  800

seq1  ATGCATAACTCTGCATTTCTTACCAGTTGACTTTTGGACAGGTGTGCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAACTCTGCATTTCTTACCAGTTGACTTTTGGACAGGTGTGCAAA  850

seq1  TATTAACATTGAATATCTGGACATGGTGTTGGAAAATATACCTTCAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACATTGAATATCTGGACATGGTGTTGGAAAATATACCTTCAGATT  900

seq1  ACATGGTATATTAATGAACAACTCTTGATGGGAACAGTTCCCTAGCCTGA  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTATATTAATGAAC-ACTCTTGATGGGAACAGTTCCCTAGCCTGA  949

seq1  CGTGACTAAAGAGCCCCATGCTTATGGAAAATCAAATTATAGTGCATGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CGTGACTAAAGAGCCCCATGCTTATGGAAAATCAA--TATAGTGCATGAA  997

seq1  GGCTAGGGCTTTGATTCAGTCACCATGTGCAAAACAATGGCAGAGCCTTG  1050
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||
seq2  GGCTAGGGCTTTGA-TCAGTCA-CATGTGCAAAAC-ATGGCAGAGCTTTG  1044

seq1  ACTTCAGTACATGAGGCAGAGCAATGCAATAGATGTGGCAAACTAAGTTT  1100
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGTACATGA-GCAGAGCAATGC-ATAGATGTGGCAAACTAAGTTT  1092

seq1: chr5_49629896_49630962
seq2: B6Ng01-076L24.g_68_1133 (reverse)

seq1  AGCTGA-CTCCATGTCTGTGGT-CCTTTGCATCCCTATCGTTACTAATTT  48
      |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||
seq2  AGCTGACCTCCATGTCTGTGGTCCCTTGGCATCCCCATCGTTACTAA-TT  49

seq1  GTCATCTGAATCCTAATATTCTGTCACCTGCTTTATATCTTTCATCCCCT  98
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCATCTGAATCCTAATATTCTGTCA-CTGCTTTATATTTTTCATCCCCT  98

seq1  CCCTGACTTAGTCATCAAGAGGAAAGATTTCATTATAATCCCCTGCCTCT  148
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCTGACTTAGTCATCAAGAGGAAAGATTTCATTATAATCCCCTGCCTCT  147

seq1  CATTGTGCACTGTAAATTTCAAATATCCTCTTATTATCTTCATGATGGGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGCACTGTAAATTTCAAATATCCTCTTATTATCTTCATGATGGGT  197

seq1  CTGAGATGCTATTGTTGTTCCCATTACTAGAATAGCATTTTACTTAGTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGCTATTGTTGTTCCCATTACTAGAATAGCATTTTACTTAGTCT  247

seq1  AATTTATTCCTCATCATCCTATAAAATGTGCTGACCTACTCTTCTGATCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTCCTCATCATCCTATAAAATGTGCTGACCTACTCTTCTGATCC  297

seq1  CATGCCCACCTCGTCTTTATTACCTAGTAGAGTTTCACTGGATGGCACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCACCTCGTCTTTATTACCTAGTAGAGTTTCACTGGATGGCACAG  347

seq1  GTAAAATCCAGTATGTATATTTATTAAAATGATAGATTAGGGACATGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATCCAGTATGTATATTTATTAAAATGATAGATTAGGGACATGAAA  397

seq1  TCTCCATCTTGAATAACAATTGACCCCTTAACCTATGGCAAGTTTTCAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTTGAATAACAATTGACCCCTTAACCTATGGCAAGTTTTCAGT  447

seq1  CTCTTTTAATATAAATCTTCTTGCACCTCCCATGTTACTTAACACACAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTAATATAAATCTTCTTGCACCTCCCATGTTACTTAACACACAGC  497

seq1  ACTGAATATAAGAAGAGTAAATGGATCCACTGCTTTAAACATGAACAACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATATAAGAAGAGTAAATGGATCCACTGCTTTAAACATGAACAACC  547

seq1  TTCTCTCATTGAAGAGAAAACTGAGGAATCCTCATTAAGAATGCACAGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCATTGAAGAGAAAACTGAGGAATCCTCATTAAGAATGCACAGTT  597

seq1  TCCAGTGGAAAGAAGACAGCATTTTCATTAAACAGTGCTGGCTCAACTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGAAAGAAGACAGCATTTTCATTAAACAGTGCTGGCTCAACTGG  647

seq1  TAGTTACCATGTAGAAAAATGTGAATTGATCCATTTTTATCTCCTTGTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACCATGTAGAAAAATGTGAATTGATCCATTTTTATCTCCTTGTAC  697

seq1  AAAGCTCAAGTCTAAGTTGATCAAGGAACTCCACATAAAACCAGAGACAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCAAGTCTAAGTTGATCAAGGAACTCCACATAAAACCAGAGACAC  747

seq1  TGAAACTTATAGAGAAGAAAGTGGGGAAAGGTCTCAAAGATATGGGAATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTATAGAGAAGAAAGTGGGGAAAGGTCTCAAAGATATGGGAATG  797

seq1  GGGGAAAAAATTCTTGAACAGAACACCAATGGCTTGTGCGTAAGATCAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAATTCTTGAACAGAACACCAATGGCTTGTGCGTAAGATCAAG  847

seq1  AATCTACAAATGGGACCCCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTACAAATGGGACCCCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGG  897

seq1  ACATGGTCAATAAGACAAAAGTGAAACCAACAGATTGGAAAAAGGTATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTCAATAAGACAAAAGTGAAACCAACAGATTGGAAAAAGGTATTT  947

seq1  ACCAATCTTAAATCCAATAGGTGGCTAATATCCAATATGTATAAAGAACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCTTAAATCCAATAGGTGGCTAATATCCAATATGTATAAAGAACT  997

seq1  CAAGAAGTTAGACTCCAGAAAACCAAATAACCCTATTAAAATTGGGGTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTTAGACTCCAGAAAACCAAATAACCCTATTAAAATTGGGGTAC  1047

seq1  AGAGCTAAACAAAGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAAACAAAGAATTC  1066