BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078O20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,326,982 - 117,448,221
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Downstream geneLOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078O20.bB6Ng01-078O20.g
ACCDH894491DH894492
length1,135369
definitionDH894491|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078O20, 5' end.DH894492|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,326,982 - 117,328,125)(117,447,847 - 117,448,221)
sequence
gaattctgcctcccagtcatctctccccaaatctaagtttaccatcaaaa
cagaccacaccacaaaatttcacagtgaccttagctgttatttacaatat
gggtgttaataactccacttatcatactttatgttgcaacacacaaatta
tttaaaacctgcagggtcagggctgggatttagatttcaccctggaggat
tgagtgatattccttccgacgggcatgagtcctcttcatgactggaatta
caagtactcaaacattacctgagaggaagaagcagcaatgggagcccatg
ttgaagggattgatggctcaggatctgaggcaaatatcaacatattatga
agactggctgggacagagactagagtaatctgaatgagtccacagaacaa
gagtgtattggcatctgttaagggtgggacacatatgtgactcagaagga
aagagacatctgagacgtcgagtgtaacgtcacctcacaggaagctcaga
aaggatacacaaagtctcctaaaatcataaagtaaccctgagcttccagt
gcatgaaaagtgtctaggcggatactttataagaaggggtggggcctttg
gcctcaactgttggtttcttcatcttcacaaaccttaggacagaattgtc
ttcacacagcagctggcccagagtaaactcttgctggtcatccacagttg
gtgcccacccaccatgacattgaagggagttcaagacctgtggttaccag
aggctagaaccaacgcaaggacacttatgtcactctaaccagatccatat
ccctgtgtggcccagtttgaagcattatagaatccaaataaccaaagata
tgctgctctggacgtctatgtcacttggcctttgcttaagtgtagctaag
ttcatgctggacataaactctttgttcacgggaccacaatcacacttctt
caccctccttccatttatgaccagatcattacccacaagcttcatggtcc
tcttcctccttagaactttgatttttctgctccacacaagtggggtctaa
tgttttccagaaggactctcactgctatttctttctttctgtgttgtctt
tggaataggatctttatggtgccaagactagcctc
atgacagtggcaacttaaaaatgaaggtctacttgtgtatcttttttttt
ttttaaaggtttacttatttatgtgagtacaccttagctatcttcagaca
ctccagtagagggcatcagatctcattacagatggttgtgagccaccata
tggttgctgggacttgaactcagaaccttcagaagaccagtcactgtgct
taacagctgagccatctctccagcccctacttgcgtatcttaaggataca
gtccattgaagtggggaaggcgtgatggcaggagcaggaggcagtctggc
catactgcatctgtattaggaacacagagaaggaaagggaggtagagatg
gatgtgggagaaggagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117326982_117328125
seq2: B6Ng01-078O20.b_48_1182

seq1  GAATTCTGCCTCCCAGTCATCTCTCCCCAAATCTAAGTTTACCATCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTCCCAGTCATCTCTCCCCAAATCTAAGTTTACCATCAAAA  50

seq1  CAGACCACACCACAAAATTTCACAGTGACCTTAGCTGTTATTTACAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCACACCACAAAATTTCACAGTGACCTTAGCTGTTATTTACAATAT  100

seq1  GGGTGTTAATAACTCCACTTATCATACTTTATGTTGCAACACACAAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTAATAACTCCACTTATCATACTTTATGTTGCAACACACAAATTA  150

seq1  TTTAAAACCTGCAGGGTCAGGGCTGGGATTTAGATTTCACCCTGGAGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACCTGCAGGGTCAGGGCTGGGATTTAGATTTCACCCTGGAGGAT  200

seq1  TGAGTGATATTCCTTCCGACGGGCATGAGTCCTCTTCATGACTGGAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATATTCCTTCCGACGGGCATGAGTCCTCTTCATGACTGGAATTA  250

seq1  CAAGTACTCAAACATTACCTGAGAGGAAGAAGCAGCAATGGGAGCCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACTCAAACATTACCTGAGAGGAAGAAGCAGCAATGGGAGCCCATG  300

seq1  TTGAAGGGATTGATGGCTCAGGATCTGAGGCAAATATCAACATATTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGGATTGATGGCTCAGGATCTGAGGCAAATATCAACATATTATGA  350

seq1  AGACTGGCTGGGACAGAGACTAGAGTAATCTGAATGAGTCCACAGAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCTGGGACAGAGACTAGAGTAATCTGAATGAGTCCACAGAACAA  400

seq1  GAGTGTATTGGCATCTGTTAAGGGTGGGACACATATGTGACTCAGAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTATTGGCATCTGTTAAGGGTGGGACACATATGTGACTCAGAAGGA  450

seq1  AAGAGACATCTGAGACGTCGAGTGTAACGTCACCTCACAGGAAGCTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACATCTGAGACGTCGAGTGTAACGTCACCTCACAGGAAGCTCAGA  500

seq1  AAGGATACACAAAGTCTCCTAAAATCATAAAGTAACCCTGAGCTTCCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATACACAAAGTCTCCTAAAATCATAAAGTAACCCTGAGCTTCCAGT  550

seq1  GCATGAAAAGTGTCTAGGCGGATACTTTATAAGAAGGGGTGGGGCCTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAAGTGTCTAGGCGGATACTTTATAAGAAGGGGTGGGGCCTTTG  600

seq1  GCCTCAACTGTTGGTTTCTTCATCTTCACAAACCTTAGGACAGAATTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAACTGTTGGTTTCTTCATCTTCACAAACCTTAGGACAGAATTGTC  650

seq1  TTCACACAGCAGCTGGCCCAGAGTAAACTCTTGCTGGTCATCCACAGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACAGCAGCTGGCCCAGAGTAAACTCTTGCTGGTCATCCACAGTTG  700

seq1  GTGCCCACCCACCATGACATTGAAGGGAGTTCAAGACCTGTGGTTACCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCACCCACCATGACATTGAAGGGAGTTCAAGACCTGTGGTTACCAG  750

seq1  AGGCTAGAACCAACGCAAGGACACTTATGTCACTCTAACCAGATCCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGAACCAACGCAAGGACACTTATGTCACTCTAACCAGATCCATAT  800

seq1  CCCTGTGTGGCCCAGTTTGAAGCATTATAGAATCCAAATAACCAAAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTGGCCCAGTTTGAAGCATTATAGAATCCAAATAACCAAAGATA  850

seq1  TGCTGCTCTGGACGTCTATGTCACTTGGCCTTTGCTTAAGTGTAGCTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCTGGACGTCTATGTCACTTGGCCTTTGCTTAAGTGTAGCTAAG  900

seq1  TTCATGCTGGACATAAACTCTTTGTTCACGGGACCAACAAATCACACTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TTCATGCTGGACATAAACTCTTTGTTCACGGGACCA--CAATCACACTTC  948

seq1  TTCAACCCTCCTTCCATTTATGACCAGATCATTACCCACAAGGCCTTCAT  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTC-ACCCTCCTTCCATTTATGACCAGATCATTACCCACAAG--CTTCAT  995

seq1  GGTCCCTCTCCCTCCTTAGAACTTTGA-TTTTCTGCT-CACACAAGT-GG  1047
      ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  GGT-CCTCTTCCTCCTTAGAACTTTGATTTTTCTGCTCCACACAAGTGGG  1044

seq1  GTCTATGTTTTTCCAGAAGGGACTCTCACTGCCTATTTCTTTCTTT-TCT  1096
      |||||   |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |
seq2  GTCTAATGTTTTCCAGAA-GGACTCTCACTG-CTATTTCTTTCTTTCTGT  1092

seq1  GTTGTTTGTTCCTTTGAGATAGGATC-TTATGTGGCCAAGACTAGCCTC  1144
      |||||      |||||  |||||||| |||||  |||||||||||||||
seq2  GTTGT------CTTTGGAATAGGATCTTTATGGTGCCAAGACTAGCCTC  1135

seq1: chr5_117447847_117448221
seq2: B6Ng01-078O20.g_68_442 (reverse)

seq1  CCTCTCCTTCTCCCACATCCATCTCTACCTCCCTTTCCTTCTCTGTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTTCTCCCACATCCATCTCTACCTCCCTTTCCTTCTCTGTGTTC  50

seq1  CTAATACAGATGCAGTATGGCCAGACTGCCTCCTGCTCCTGCCATCACGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACAGATGCAGTATGGCCAGACTGCCTCCTGCTCCTGCCATCACGC  100

seq1  CTTCCCCACTTCAATGGACTGTATCCTTAAGATACGCAAGTAGGGGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCACTTCAATGGACTGTATCCTTAAGATACGCAAGTAGGGGCTGG  150

seq1  AGAGATGGCTCAGCTGTTAAGCACAGTGACTGGTCTTCTGAAGGTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTCAGCTGTTAAGCACAGTGACTGGTCTTCTGAAGGTTCTGA  200

seq1  GTTCAAGTCCCAGCAACCATATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGTCCCAGCAACCATATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGAT  250

seq1  CTGATGCCCTCTACTGGAGTGTCTGAAGATAGCTAAGGTGTACTCACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCCTCTACTGGAGTGTCTGAAGATAGCTAAGGTGTACTCACATA  300

seq1  AATAAGTAAACCTTTAAAAAAAAAAAAAGATACACAAGTAGACCTTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTAAACCTTTAAAAAAAAAAAAAGATACACAAGTAGACCTTCATT  350

seq1  TTTAAGTTGCCACTGTCATGAATTC  375
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTGCCACTGTCATGAATTC  375