BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080K11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 147,273,346 - 147,393,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWasf3, LOC623198, LOC622924, 4930449I24Rik, LOC100041548, LOC100041554, LOC100041566, LOC100041578, EG667172
Upstream geneLOC100041375, LOC667065, Cyp3a41, Cyp3a44, Cyp3a11, Cyp3a25, LOC667098, LOC667104, LOC100041449, LOC433961, EG622306, 1700001J03Rik, LOC667121, Rnf6, Cdk8
Downstream geneGpr12, Usp12, 1700041I07Rik, Rpl21, Rasl11a, LOC100039699, LOC627218, Gtf3a, Mtif3, Lnx2, Rpo1-3, Gsh1, Pdx1, Cdx2, EG231903, LOC622952, Flt3, Map1lc3-ps3, LOC384254, LOC100039805, Pan3, Flt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080K11.bB6Ng01-080K11.g
ACCDH895729DH895730
length1,1011,101
definitionDH895729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080K11, 5' end.DH895730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,273,346 - 147,274,459)(147,392,170 - 147,393,285)
sequence
gaattcaagccgggcacatagctcagttggaagagtggtttcctggcatg
tgtgaagccctgggggtgaaccctggtttcataaagcgggcgtgctggca
caagcctgtaacctgacacccagaggtggaggcaggatgaccagaaattc
agggttatcctgggctacatatttgaggccaacctgggatacctgagact
cttttaaaagtaacaacaacatacaaaggtacaaactaaccaaaacatca
agagtttatccaagaaaatgtcaaaaataacatgaaatcaggtatgtact
tcatatttgatttctttcatatttgttttttcttcttttcacctttattg
ccttggagtttagcaccatctctacccacccaaaagaataggtgggtgtg
taggggacaagcttagggactgcaggaattctgatcctgcttcctgcccg
ggcctatgagctctgaaaaggcgtgccccaggtcatctttctgtacacct
gtaagcttaggtgttgggagaactctgggagctctgagctctagcctcat
gcttggcctttagtgtcagcttattgatactacggttctgctcctgccgt
gaagggtgcgggaaccccagagtccccatggtgtctatttcttgttttga
caagtaacttggttgggttttaattctgtcacacaaagcacacacattgt
tttcagtctgtatatggtctgatttaatcacgtgcagacggggaaggggg
atttttccttataccctcagttgaatgctgttccctagagtctgagattg
gcccgtgcctgcatttgatcctctgcttctgtgttcacattgcctaggca
cagtttcattctcttagtggctcctctgtcacagtggcttgtgtccatgc
cctctgctgtgactcactgttgcagacctgactttagcaaacatcacagt
catcactggacttggacggaaccccttcaattaagctggctggtttatga
aactgcagcttttctctccttaagatgaggaatttcctttaataattgtt
gtaggtggaatggatactctgtgtgagtaaacgcccgtggagcagaatgg
a
gaattcctgaatggcacatcaagaccagtatttcaggatccttggtgagg
ggtcatttgtaataggttcccctcaaaggcttgtcccaatcagtatttta
tgtattttatagatattattttatgtatatgagtacactgtagctgtaca
gatggttgtgagctttcatatagttgctgggaattgaactgaggacctct
gctcgctctggcccaaagatttatttattattatatctaagtacactgta
gctgtcttcagacagccccagaagaggacatcagatctcattacagatgg
ttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcaggacctctggaag
aacaatcagagctcttaaccgctgagccatctcaccagcccctggccatg
atgatttcaggaccagtcttcaaagcctgcctgccaaacccattcctcca
aagttgcttctcaagtggctcaagtgagaaagcatcttatacttgaatct
gtatctcttctctgaggctgctcatggctgcatgagagggattgaaatac
tgaagaagtaggaaaggattttcagccctgtatgatcaaccccaatccag
ccaacagctttaaaacatttattttgaatacaatatgggcgtggtaagaa
agaataggttgagtctttttattcattaatttaaatatcttatttatgta
ttcattttacttacaactcacatagatgtacatatgtgtgcaggtgtcat
gagaggccacaggtatccaaatggcctggagctgcagttacagctggttg
tgagctgccatgtggatgttgggaatagaacctgggtcttccacaacagc
agtcagtgctcttaaccactgagccatctctccagcccagtcatttagct
tagacttgagcaggaaactctcataatgggtctttaagcaacagatggcg
ctttatgggatgggagctctcctttgcacatctctgctagggaaacagag
tgcagtcagttttgcctgccacgtgtgctctcacctgacttgctgtttac
tagcttctttctttctttttaatgcacctgtgaaacccacatttgtggtg
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_147273346_147274459
seq2: B6Ng01-080K11.b_45_1145

seq1  GAATTCAAGCCGGGCACATAGCTCAGTTGGAAGAGTGGTTTCCTGGCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCCGGGCACATAGCTCAGTTGGAAGAGTGGTTTCCTGGCATG  50

seq1  TGTGAAGCCCTGGGGGTGAACCCTGGTTTCATAAAGCGGGCGTGCTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGCCCTGGGGGTGAACCCTGGTTTCATAAAGCGGGCGTGCTGGCA  100

seq1  CAAGCCTGTAACCTGACACCCAGAGGTGGAGGCAGGATGACCAGAAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGTAACCTGACACCCAGAGGTGGAGGCAGGATGACCAGAAATTC  150

seq1  AGGGTTATCCTGGGCTACATATTTGAGGCCAACCTGGGATACCTGAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTATCCTGGGCTACATATTTGAGGCCAACCTGGGATACCTGAGACT  200

seq1  CTTTTAAAAGTAACAACAACATACAAAGGTACAAACTAACCAAAACATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAAGTAACAACAACATACAAAGGTACAAACTAACCAAAACATCA  250

seq1  AGAGTTTATCCAAGAAAATGTCAAAAATAACATGAAATCAGGTATGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTATCCAAGAAAATGTCAAAAATAACATGAAATCAGGTATGTACT  300

seq1  TCATATTTGATTTCTTTCATATTTGTTTTTTCTTCTTTTCACCTTTATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTGATTTCTTTCATATTTGTTTTTTCTTCTTTTCACCTTTATTG  350

seq1  CCTTGGAGTTTAGCACCATCTCTACCCACCCAAAAGAATAGGTGGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGTTTAGCACCATCTCTACCCACCCAAAAGAATAGGTGGGTGTG  400

seq1  TAGGGGACAAGCTTAGGGACTGCAGGAATTCTGATCCTGCTTCCTGCCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGACAAGCTTAGGGACTGCAGGAATTCTGATCCTGCTTCCTGCCCG  450

seq1  GGCCTATGAGCTCTGAAAAGGCGTGCCCCAGGTCATCTTTCTGTACACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGAGCTCTGAAAAGGCGTGCCCCAGGTCATCTTTCTGTACACCT  500

seq1  GTAAGCTTAGGTGTTGGGAGAACTCTGGGAGCTCTGAGCTCTAGCCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTTAGGTGTTGGGAGAACTCTGGGAGCTCTGAGCTCTAGCCTCAT  550

seq1  GCTTGGCCTTTAGTGTCAGCTTATTGATACTACGGTTCTGCTCCTGCCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCTTTAGTGTCAGCTTATTGATACTACGGTTCTGCTCCTGCCGT  600

seq1  GAAGGGTGCGGGAACCCCAGAGTCCCCATGGTGTCTATTTCTTGTTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTGCGGGAACCCCAGAGTCCCCATGGTGTCTATTTCTTGTTTTGA  650

seq1  CAAGTAACTTGGTTGGGTTTTAATTCTGTCACACAAAGCACACACATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAACTTGGTTGGGTTTTAATTCTGTCACACAAAGCACACACATTGT  700

seq1  TTTCAGTCTGTATATGGTCTGATTTAATCACGTGCAGACGGGGAAGGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTCTGTATATGGTCTGATTTAATCACGTGCAGACGGGGAAGGGGG  750

seq1  ATTTTTCCTTATACCCTCAGTTGAATGCTGTTCCCTAGAGTCTGAGATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCTTATACCCTCAGTTGAATGCTGTTCCCTAGAGTCTGAGATTG  800

seq1  GCCCGTGCCTGCATTTGATCCTCTGCTTCTGTGTTCACATTGCCTAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTGCCTGCATTTGATCCTCTGCTTCTGTGTTCACATTGCCTAGGCA  850

seq1  CAGTTTCATTCTCTTAGGTGGCTCCTCTGTCACAGTGGCTTGTGTCCCAT  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTTTCATTCTCTTA-GTGGCTCCTCTGTCACAGTGGCTTGTGT-CCAT  898

seq1  GCCCTCTGCTGTGACTCACTGTTGCAGACCTGACTTTAGCAAACATCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGCTGTGACTCACTGTTGCAGACCTGACTTTAGCAAACATCACA  948

seq1  GTTCATCACTGGACTTGGACCGAACCCCTTCAATTAAGCTGGCATGTTTT  1000
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||
seq2  G-TCATCACTGGACTTGGACGGAACCCCTTCAATTAAGCTGGC-TGGTTT  996

seq1  ATTGAAACTGCAGCCTTTTCTCTCTTTAAAGATGAGTATTTTCCTTTTAA  1050
      | ||||||||||| |||||||||| || |||||||| | ||||||||  |
seq2  A-TGAAACTGCAG-CTTTTCTCTCCTT-AAGATGAGGAATTTCCTTT--A  1041

seq1  TTATTTGTATGTATGTGGATGTGATACTCTGTGTGAGTAAAGCGCCTGTG  1100
       || |||| |||| |||||   ||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  ATAATTGT-TGTAGGTGGAATGGATACTCTGTGTGAGTAAA-CGCCCGTG  1089

seq1  GAGGCCAGAATGGA  1114
      |||  |||||||||
seq2  GAG--CAGAATGGA  1101

seq1: chr5_147392170_147393285
seq2: B6Ng01-080K11.g_69_1169 (reverse)

seq1  TCACCACAAATGTGTGTTTTCACAGTTGCATTTAAAAAAGAAAGAAAGGA  50
      |||||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||  
seq2  TCACCACAAATGTG-GGTTTCACAGGTGCATT--AAAAAGAAAGAAAG--  45

seq1  AAGCTAGTAAAACAGCAAGTTCAGGGTTGAGAGCACACGTGGGCCAGGCA  100
      |||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||||
seq2  AAGCTAGT-AAACAGCAAG-TCAGG--TGAGAGCACACGTGG--CAGGCA  89

seq1  AAACTGACTGCACTCCTGTGTCCCCTAGCAGAGATGTGCAAAGGAGAGCT  150
      |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGACTGCACT-CTGT-TTCCCTAGCAGAGATGTGCAAAGGAGAGCT  137

seq1  CCCATCCCATAAAGCGCCATCTGTTGCTTTAAGGACCCATTATGAGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCATAAAGCGCCATCTGTTGC-TTAAAGACCCATTATGAGAGTT  186

seq1  TCCTGCTCAAGTCTAAGCTAAATGACTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCAAGTCTAAGCTAAATGACT-GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTG  235

seq1  GTTAAGAGCACTGACTGCTGTTGTGGAAGACCCAGGTTCTATTCCCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAGCACTGACTGCTGTTGTGGAAGACCCAGGTTCTATTCCCAACA  285

seq1  TCCACATGGCAGCTCACAACCAGCTGTAACTGCAGCTCCAGGCCATTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGGCAGCTCACAACCAGCTGTAACTGCAGCTCCAGGCCATTTGG  335

seq1  ATACCTGTGGCCTCTCATGACACCTGCACACATATGTACATCTATGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGTGGCCTCTCATGACACCTGCACACATATGTACATCTATGTGAG  385

seq1  TTGTAAGTAAAATGAATACATAAATAAGATATTTAAATTAATGAATAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGTAAAATGAATACATAAATAAGATATTTAAATTAATGAATAAAA  435

seq1  AGACTCAACCTATTCTTTCTTACCACGCCCATATTGTATTCAAAATAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAACCTATTCTTTCTTACCACGCCCATATTGTATTCAAAATAAAT  485

seq1  GTTTTAAAGCTGTTGGCTGGATTGGGGTTGATCATACAGGGCTGAAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAGCTGTTGGCTGGATTGGGGTTGATCATACAGGGCTGAAAATC  535

seq1  CTTTCCTACTTCTTCAGTATTTCAATCCCTCTCATGCAGCCATGAGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTACTTCTTCAGTATTTCAATCCCTCTCATGCAGCCATGAGCAGC  585

seq1  CTCAGAGAAGAGATACAGATTCAAGTATAAGATGCTTTCTCACTTGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAAGAGATACAGATTCAAGTATAAGATGCTTTCTCACTTGAGCC  635

seq1  ACTTGAGAAGCAACTTTGGAGGAATGGGTTTGGCAGGCAGGCTTTGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAAGCAACTTTGGAGGAATGGGTTTGGCAGGCAGGCTTTGAAGA  685

seq1  CTGGTCCTGAAATCATCATGGCCAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCTGAAATCATCATGGCCAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGGTT  735

seq1  AAGAGCTCTGATTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCTGATTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACC  785

seq1  ACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGATGTCCTCTTCTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGATGTCCTCTTCTGGG  835

seq1  GCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAATAAATAAATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAATAAATAAATCT  885

seq1  TTGGGCCAGAGCGAGCAGAGGTCCTCAGTTCAATTCCCAGCAACTATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCAGAGCGAGCAGAGGTCCTCAGTTCAATTCCCAGCAACTATATG  935

seq1  AAAGCTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAATA  985

seq1  ATATCTATAAAATACATAAAATACTGATTGGGACAAGCCTTTGAGGGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATAAAATACATAAAATACTGATTGGGACAAGCCTTTGAGGGGAA  1035

seq1  CCTATTACAAATGACCCCTCACCAAGGATCCTGAAATACTGGTCTTGATG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTACAAATGACCCCTCACCAAGGATCCTGAAATACTGGTCTTGATG  1085

seq1  TGCCATTCAGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  TGCCATTCAGGAATTC  1101