BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082A04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 75,868,203 - 75,996,279
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039169, Kit
Upstream geneScfd2, Fip1l1, Lnx1, EG619945, Chic2, Gsh2, LOC100039083, Olfr1401-ps1, Pdgfra, LOC100039125, LOC100039143, LOC100039158
Downstream geneEG664874, Kdr, Gabarapl2-ps5_758.1, Srd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu, LOC665065, EG639545, Exoc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082A04.bB6Ng01-082A04.g
ACCDH896696DH896697
length1,0721,105
definitionDH896696|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082A04, 5' end.DH896697|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,995,199 - 75,996,279)(75,868,203 - 75,869,315)
sequence
gaattcatcaccaaggtcatagaggtgtagacaataaacaaactctcctg
tctcctaggccacaggccccaggaaacaaccccttgtctaatgcaaattt
ctgtctagcgttcagagacgtgatacgttttgagttggtgcggagtctgt
tggatttatgagccaacttgatgtttcaagcactagcaatgcagccgctt
aagtcagtttcaaaactcccaaaacaaaggacaaggtatctttgcagggt
gtttttaaaagcagctcctgcagagaggtatctgtcaagattggcttaaa
agcgagctagctggcagaagagaggaggagaaagtaaacctaataaagtg
ggcatgcctgcaattgctacaacaggtgtgagctgggtctccgaggacca
gcaggaactcagccccgctatttaacttagggagtgctgagggctaagag
cacacccgcctaccacacacccagctggaggagggacgctcccagccaga
gaccaatgaagccagtgctggcaaaagggctatccatccttggctcttca
ccttaggaacattaagaagccatcctcactggaaactgggcatggagtgt
ttgggtgcctttttttttttttttttttaacaagggctcaacttagttgg
cccaactgtgggctaacagttgtgagtctcaggctcagctaagctaggat
atctgacagattgagtgtattaattaaatacatttataacttctaagttt
tttttttaaatcaacattcctactattgtaacgtaaggaatatctgcatt
aaagtgaactgattaaagtgaaaagggatggagtgtcagcagagatcaga
aaggggttcccggagttcagagttcaagttgaacaaagtgtacggccagg
ctgcgggtgggatgagagagagcgcaagtacaacccccccccccccagaa
aagagcagcgagctggggttagttagggtgggggagaccagcccagactg
cttttccacagagggagttctgccctgagaaatgagactagaacaagtca
gttgagaaacagagagcagatg
gaattcactctacaacccagacagatcttgaatgtgtggttttcctgcct
cagtctcctgaatggttgagattacagtcctggtctatgaagccttgaca
gaaatccctttccctgactcatgctaagtcttactagatcataactgact
ggcacgttattggggtgtgatctttgggatcagctataataccccagagg
ttgcagcagagagcccagtcttgctgttttcaagcaagaatttgatgctc
cgtgggaggcactccaatgggaaggattctgcttgggttcaggccattga
gtctgccatggaagtcctggagctaatttccccttattattgaacttgaa
acagctagggtaaataaagcagattttaatcaactgcattataaacaaaa
ggcacagatggcaggggagattgacaacagcacagagccccgaggctctc
ttgaacacgcctggggaggggtgctaaagactgttcctcactggtttctt
ttgttcttggcatttataaattccaggaactcctgccctcagtggagata
gctgccatcaacaggatgctagatggagaatgctcttgaagctaggaggt
gggttaggcagggagcagctgctagaatcttcaaaggtcatggggcaact
gtctatccagggagtctgtggcataaagggaaatccggtttaccaaggga
ggggagcttaaggtccctgccgattgtctaggtgaagtgaccgaggagaa
aactggagagattgatgagagaggtttgataaatggattaggagatgagt
ctggattcacctgattgctcttaatcctcctcacccagaaaccacatgtg
tatacacagtgccaactgcaaatggctgctatatacctcactccaaacct
ggactccttggaaccctaaccctgtggccaccgttgcctggtgcactggg
gatcatcctactcaaagaatctaatcacagtctgatcctgtccctgattt
accacagcaggatgtccccccacagtgagcagtcagactcttttccttgg
gactacgacgcatagcactgagaaagccagtcacttggcacgtgaagctg
ctcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_75995199_75996279
seq2: B6Ng01-082A04.b_47_1118 (reverse)

seq1  CATCTTGCTCTTCCTTGTTTCTCAACTGACTTTGTTCTAGTCTCATTTTC  50
      |||| ||||||    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  CATC-TGCTCT---CTGTTTCTCAACTGAC-TTGTTCTAGTCTCA-TTTC  44

seq1  TCAGGGCAG-ACTCCCTCCTGTGGAAAAGCAGGTCCTGGGCTGGTCT-CC  98
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||
seq2  TCAGGGCAGAACTCCCT-CTGTGGAAAAGCAG--TCTGGGCTGGTCTCCC  91

seq1  CCACCCTAACTAACCCCCAGCTCGCTGCTCTTTTTCTGGGGGGGGGGGGG  148
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTAACTAA-CCCCAGCTCGCTGCTC-TTTTCTGGGGGGGGGGGGG  139

seq1  TTGTACTTGCGCTCTCTCTCATCCCACCCGCAGCCTGGCCGTACACTTTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTGCGCTCTCTCTCATCCCACCCGCAGCCTGGCCGTACACTTTG  189

seq1  TTCAACTTGAACTCTGAACTCCCGGAACCCCTTTCTGATCTCTGCTGACA  248
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTTGAACTCTGAACTCCGGGAACCCCTTTCTGATCTCTGCTGACA  239

seq1  CTCCATCCCTTTTCACTTTAATCAGTTCACTTTAATGCAGATATTCCTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCCTTTTCACTTTAATCAGTTCACTTTAATGCAGATATTCCTTA  289

seq1  CGTTACAATAGTAGGAATGTTGATTTAAAAAAAAAACTTAGAAGTTATAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTACAATAGTAGGAATGTTGATTTAAAAAAAAAACTTAGAAGTTATAA  339

seq1  ATGTATTTAATTAATACACTCAATCTGTCAGATATCCTAGCTTAGCTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTAATTAATACACTCAATCTGTCAGATATCCTAGCTTAGCTGAG  389

seq1  CCTGAGACTCACAACTGTTAGCCCACAGTTGGGCCAACTAAGTTGAGCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACTCACAACTGTTAGCCCACAGTTGGGCCAACTAAGTTGAGCCC  439

seq1  TTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCACCCAAACACTCCATGCCCAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCACCCAAACACTCCATGCCCAGTT  489

seq1  TCCAGTGAGGATGGCTTCTTAATGTTCCTAAGGTGAAGAGCCAAGGATGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGAGGATGGCTTCTTAATGTTCCTAAGGTGAAGAGCCAAGGATGG  539

seq1  ATAGCCCTTTTGCCAGCACTGGCTTCATTGGTCTCTGGCTGGGAGCGTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCTTTTGCCAGCACTGGCTTCATTGGTCTCTGGCTGGGAGCGTCC  589

seq1  CTCCTCCAGCTGGGTGTGTGGTAGGCGGGTGTGCTCTTAGCCCTCAGCAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCAGCTGGGTGTGTGGTAGGCGGGTGTGCTCTTAGCCCTCAGCAC  639

seq1  TCCCTAAGTTAAATAGCGGGGCTGAGTTCCTGCTGGTCCTCGGAGACCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAGTTAAATAGCGGGGCTGAGTTCCTGCTGGTCCTCGGAGACCCA  689

seq1  GCTCACACCTGTTGTAGCAATTGCAGGCATGCCCACTTTATTAGGTTTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACCTGTTGTAGCAATTGCAGGCATGCCCACTTTATTAGGTTTAC  739

seq1  TTTCTCCTCCTCTCTTCTGCCAGCTAGCTCGCTTTTAAGCCAATCTTGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTCCTCTCTTCTGCCAGCTAGCTCGCTTTTAAGCCAATCTTGAC  789

seq1  AGATACCTCTCTGCAGGAGCTGCTTTTAAAAACACCCTGCAAAGATACCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCTCTCTGCAGGAGCTGCTTTTAAAAACACCCTGCAAAGATACCT  839

seq1  TGTCCTTTGTTTTGGGAGTTTTGAAACTGACTTAAGCGGCTGCATTGCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTGTTTTGGGAGTTTTGAAACTGACTTAAGCGGCTGCATTGCTA  889

seq1  GTGCTTGAAACATCAAGTTGGCTCATAAATCCAACAGACTCCGCACCAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGAAACATCAAGTTGGCTCATAAATCCAACAGACTCCGCACCAAC  939

seq1  TCAAAACGTATCACGTCTCTGAACGCTAGACAGAAATTTGCATTAGACAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACGTATCACGTCTCTGAACGCTAGACAGAAATTTGCATTAGACAA  989

seq1  GGGGTTGTTTCCTGGGGCCTGTGGCCTAGGAGACAGGAGAGTTTGTTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGTTTCCTGGGGCCTGTGGCCTAGGAGACAGGAGAGTTTGTTTAT  1039

seq1  TGTCTACACCTCTATGACCTTGGTGATGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACACCTCTATGACCTTGGTGATGAATTC  1072

seq1: chr5_75868203_75869315
seq2: B6Ng01-082A04.g_70_1174

seq1  GAATTCACTCTACAACCCAGACAGATCTTGAATGTGTGGTTTTCCTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTACAACCCAGACAGATCTTGAATGTGTGGTTTTCCTGCCT  50

seq1  CAGTCTCCTGAATGGTTGAGATTACAGTCCTGGTCTATGAAGCCTTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCCTGAATGGTTGAGATTACAGTCCTGGTCTATGAAGCCTTGACA  100

seq1  GAAATCCCTTTCCCTGACTCATGCTAAGTCTTACTAGATCATAACTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCTTTCCCTGACTCATGCTAAGTCTTACTAGATCATAACTGACT  150

seq1  GGCACGTTATTGGGGTGTGATCTTTGGGATCAGCTATAATACCCCAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGTTATTGGGGTGTGATCTTTGGGATCAGCTATAATACCCCAGAGG  200

seq1  TTGCAGCAGAGAGCCCAGTCTTGCTGTTTTCAAGCAAGAATTTGATGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCAGAGAGCCCAGTCTTGCTGTTTTCAAGCAAGAATTTGATGCTC  250

seq1  CGTGGGAGGCACTCCAATGGGAAGGATTCTGCTTGGGTTCAGGCCATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGAGGCACTCCAATGGGAAGGATTCTGCTTGGGTTCAGGCCATTGA  300

seq1  GTCTGCCATGGAAGTCCTGGAGCTAATTTCCCCTTATTATTGAACTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCATGGAAGTCCTGGAGCTAATTTCCCCTTATTATTGAACTTGAA  350

seq1  ACAGCTAGGGTAAATAAAGCAGATTTTAATCAACTGCATTATAAACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAGGGTAAATAAAGCAGATTTTAATCAACTGCATTATAAACAAAA  400

seq1  GGCACAGATGGCAGGGGAGATTGACAACAGCACAGAGCCCCGAGGCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGATGGCAGGGGAGATTGACAACAGCACAGAGCCCCGAGGCTCTC  450

seq1  TTGAACACGCCTGGGGAGGGGTGCTAAAGACTGTTCCTCACTGGTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACGCCTGGGGAGGGGTGCTAAAGACTGTTCCTCACTGGTTTCTT  500

seq1  TTGTTCTTGGCATTTATAAATTCCAGGAACTCCTGCCCTCAGTGGAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTGGCATTTATAAATTCCAGGAACTCCTGCCCTCAGTGGAGATA  550

seq1  GCTGCCATCAACAGGATGCTAGATGGAGAATGCTCTTGAAGCTAGGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATCAACAGGATGCTAGATGGAGAATGCTCTTGAAGCTAGGAGGT  600

seq1  GGGTTAGGCAGGGAGCAGCTGCTAGAATCTTCAAAGGTCATGGGGCAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGGCAGGGAGCAGCTGCTAGAATCTTCAAAGGTCATGGGGCAACT  650

seq1  GTCTATCCAGGGAGTCTGTGGCATAAAGGGAAATCCGGTTTACCAAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCCAGGGAGTCTGTGGCATAAAGGGAAATCCGGTTTACCAAGGGA  700

seq1  GGGGAGCTTAAGGTCCCTGCCGATTGTCTAGGTGAAGTGACCGAGGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCTTAAGGTCCCTGCCGATTGTCTAGGTGAAGTGACCGAGGAGAA  750

seq1  AACTGGAGAGATTGATGAGAGAGGTTTGATAAATGGATTAGGAGATGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGAGAGATTGATGAGAGAGGTTTGATAAATGGATTAGGAGATGAGT  800

seq1  CTGGATTCACCTGATTGCTCTTAATCCTCCTCACCCAGAAACCACATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTCACCTGATTGCTCTTAATCCTCCTCACCCAGAAACCACATGTG  850

seq1  TATACACAGTGCCAACTGCAAATGGCTGCTATATACCTCACTCCAAACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACAGTGCCAACTGCAAATGGCTGCTATATACCTCACTCCAAACCT  900

seq1  GGACTCCTTGGAACCCTAACCCTGTGGCCACCGTTGCCTGGTGCACTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCTTGGAACCCTAACCCTGTGGCCACCGTTGCCTGGTGCACTGGG  950

seq1  GATCATCCTACTCAAAGAATCTAATCACAGTTCTGATCCTGTCCCTGATT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCATCCTACTCAAAGAATCTAATCACAG-TCTGATCCTGTCCCTGATT  999

seq1  TAACCACAGCAGAATGTCCCACCCACAGTGAGCCAGTCAGACTCCTTTCC  1050
      | |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  T-ACCACAGCAGGATGTCCC-CCCACAGTGAG-CAGTCAGACTCTTTTCC  1046

seq1  CTGGGACTTACGACGCCATAGCACTGAGAAAAGCCAGTCACTTGGCACCG  1100
       |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TTGGGAC-TACGACG-CATAGCACTGAG-AAAGCCAGTCACTTGGCA-CG  1092

seq1  TGAGGCTGCTCAC  1113
      ||| |||||||||
seq2  TGAAGCTGCTCAC  1105