BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084G08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,071,175 - 53,204,263
singlet/doubletdoublet
Overlap genePi4k2b, Zcchc4
Upstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e
Downstream geneAnapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084G08.bB6Ng01-084G08.g
ACCDH898370DH898371
length1,2021,053
definitionDH898370|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084G08, 5' end.DH898371|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,203,057 - 53,204,263)(53,071,175 - 53,072,234)
sequence
gaattcagcaaggagattattacactgggaagtcagcccaggttacctct
acgtttcttcccagctttcaaaaatcccgtgaatatatgttacctgttag
aggcaagacacaaaaatggattttactttaaaaaaaaaaatcaacctaaa
atagtagtttaagtagttttcttttgaagagatttcaatttataatgttt
ccctggtgcagccctttgtggagtagaatatatgtggtaccttattaaat
tcaacaaaagatattttgcacataaacttatgagtgtcgtaagaaaagcc
actcttcccacgagactgctgcaacttggaatcgctggagagttaagatg
tgggaggatgtgtactgcgtgggacactcgtgccacagcagcagatggag
gggcagcctctttatggtttcccaaggagctggagaactcgcgtgtcagg
aaggtggctgattgctcgattttgcataacctaattgagattattattat
ttttaaatgcgggtttgttgtgctaattaactataaacatatggtatgta
aaacgcatgctgctagagtaaattaatgtacctctaacatacatccatat
ttcatagcttcatccacacaaataaacctcccgtggaagtgctgtaaagc
aaacacaattttgcaaattgcctatcgctactgctagagctgatccacca
tgttcccgtcattatccctgacatctcactcacaatgatgatgagaggca
ttttcaaacagaaaatttctcccacagaactgattaatgtgatgaagtac
tgtatagaaatgagggaaagcacaaaatctctgcagttcccaacttttaa
ttcgagccatacgcaaatgtctctgcagcttgagcctgaacagttagatg
gagaccgaggcgctagagcatgacctctgcgcctactatgttccaggcca
cactcgcatttgcacagctctctgaggactatgtgctgtgtggtcatact
aagttttaagactgcctgggctttaccaaccagcccccacaaccaacagt
cggcctcacagcttcaaagcagaatttaaaatgtccatgtaagactaact
cccctgttcaacacttaggagtctttattacacaccggagttcagaattg
gtgccatttttcttatatttcacacaattgccccaatctatcaaatatct
tt
gaattcaaggccacattggtcttcatggtaggacagccagagccacacag
agacacttgtctcaaaaacaaaacaaaaccacaaacaaaacagttacttt
ttccttaaaaggatgggtgtgtttcttaggaattcttaatagaaaccaac
aaatacaattgccttccctgagcaggtttttaagcaattttattatctgt
gagggtgagagtgggaggtaatttgtgcagagtacatggtcggaggacaa
ctttgtgcaggcaatccccctcctacctttacgttggctctggggaccaa
accgaggctaccggactatcctcagacagcacctttacccaacaagccat
ctcaccagctctaagccatttttaagttggttcctccaccccacccccca
cctgaatcccagcactctgggaggctgagaatcctacagattcaaggcca
gcttgtgcttcacactctgagaggacatgaggtaaggtaaggaagctgta
ggtcacaacgttacctttattgggcaaagtttgttagaggcatggccaaa
ggcttgcttcctctgcaagattcagaattagacagacttgcctgtgatct
gtgctgccccaggcagtctctccccttcccactggcagagcagagcagct
gccagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagaaaggcgtggggaaaggacaggaatgagt
gaggggctggaacaaggtggggaagctgtgtgtgcttactaggaagtact
ccctgtgcagctcagcagtacccagtgctcagcacacatgaaccctgcag
tttgatctccaacatcaacaccaccgagatcaacaactagtaaagtacag
gattgtaagggcgtgggtagcagcaacgggaaggatgaatgcttggaatc
ggtctcgcggttgcttatgagtttcttagagcgacattgttagaaacact
ctttggaagacaatagtctgatgggacttcagctgaagggaactgcgatt
gtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53203057_53204263
seq2: B6Ng01-084G08.b_47_1248 (reverse)

seq1  AAAGATATTTTGATAGGAATTTGGGGCAATTGT-TG-AATATTAG-AAGA  47
      ||||||| ||||||||    ||||||||||||| || ||||| || || |
seq2  AAAGATA-TTTGATAG---ATTGGGGCAATTGTGTGAAATATAAGAAAAA  46

seq1  TGGCAACCAAATTCTTGAAACTCGGTGTGTAATAAAGACTCCCTAAGTGT  97
      |||||  | ||||| ||||   |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGCA--CCAATTC-TGAACTCCGGTGTGTAATAAAGACT-CCTAAGTGT  92

seq1  TGAACAGGGGGAGTAGTC-TACATGGACATTTTAAATCTGGCTTTGAAGG  146
      ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||   |||||||| |
seq2  TGAACAGGGGAGTTAGTCTTACATGGACATTTTAAATTCTGCTTTGAA-G  141

seq1  CTGTGAGGCCGACTG-TGGTTGTGGGGGCTGGTTGGTAAAGCCCAGGCAG  195
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGCCGACTGTTGGTTGTGGGGGCTGGTTGGTAAAGCCCAGGCAG  191

seq1  TCTTAAAACCTTAGTATGACCACACAGCACATAGTCCTCAGAGAGCTGTG  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAA-CTTAGTATGACCACACAGCACATAGTCCTCAGAGAGCTGTG  240

seq1  CAAATGCGAGTGTGGCCTGGAACATAGTAGGCGCAGAGGTCATGCTCTAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCGAGTGTGGCCTGGAACATAGTAGGCGCAGAGGTCATGCTCTAG  290

seq1  CGCCTCGGTCTCCATCTAACTGTTCAGGCTCAAGCTGCAGAGACATTTGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTCGGTCTCCATCTAACTGTTCAGGCTCAAGCTGCAGAGACATTTGC  340

seq1  GTATGGCTCGAATTAAAAGTTGGGAACTGCAGAGATTTTGTGCTTTCCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCTCGAATTAAAAGTTGGGAACTGCAGAGATTTTGTGCTTTCCCT  390

seq1  CATTTCTATACAGTACTTCATCACATTAATCAGTTCTGTGGGAGAAATTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTATACAGTACTTCATCACATTAATCAGTTCTGTGGGAGAAATTT  440

seq1  TCTGTTTGAAAATGCCTCTCATCATCATTGTGAGTGAGATGTCAGGGATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGAAAATGCCTCTCATCATCATTGTGAGTGAGATGTCAGGGATA  490

seq1  ATGACGGGAACATGGTGGATCAGCTCTAGCAGTAGCGATAGGCAATTTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGGGAACATGGTGGATCAGCTCTAGCAGTAGCGATAGGCAATTTGC  540

seq1  AAAATTGTGTTTGCTTTACAGCACTTCCACGGGAGGTTTATTTGTGTGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTGTTTGCTTTACAGCACTTCCACGGGAGGTTTATTTGTGTGGA  590

seq1  TGAAGCTATGAAATATGGATGTATGTTAGAGGTACATTAATTTACTCTAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTATGAAATATGGATGTATGTTAGAGGTACATTAATTTACTCTAG  640

seq1  CAGCATGCGTTTTACATACCATATGTTTATAGTTAATTAGCACAACAAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGCGTTTTACATACCATATGTTTATAGTTAATTAGCACAACAAAC  690

seq1  CCGCATTTAAAAATAATAATAATCTCAATTAGGTTATGCAAAATCGAGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATTTAAAAATAATAATAATCTCAATTAGGTTATGCAAAATCGAGCA  740

seq1  ATCAGCCACCTTCCTGACACGCGAGTTCTCCAGCTCCTTGGGAAACCATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCACCTTCCTGACACGCGAGTTCTCCAGCTCCTTGGGAAACCATA  790

seq1  AAGAGGCTGCCCCTCCATCTGCTGCTGTGGCACGAGTGTCCCACGCAGTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCTGCCCCTCCATCTGCTGCTGTGGCACGAGTGTCCCACGCAGTA  840

seq1  CACATCCTCCCACATCTTAACTCTCCAGCGATTCCAAGTTGCAGCAGTCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCTCCCACATCTTAACTCTCCAGCGATTCCAAGTTGCAGCAGTCT  890

seq1  CGTGGGAAGAGTGGCTTTTCTTACGACACTCATAAGTTTATGTGCAAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGAAGAGTGGCTTTTCTTACGACACTCATAAGTTTATGTGCAAAAT  940

seq1  ATCTTTTGTTGAATTTAATAAGGTACCACATATATTCTACTCCACAAAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGTTGAATTTAATAAGGTACCACATATATTCTACTCCACAAAGG  990

seq1  GCTGCACCAGGGAAACATTATAAATTGAAATCTCTTCAAAAGAAAACTAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACCAGGGAAACATTATAAATTGAAATCTCTTCAAAAGAAAACTAC  1040

seq1  TTAAACTACTATTTTAGGTTGATTTTTTTTTTTAAAGTAAAATCCATTTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTACTATTTTAGGTTGATTTTTTTTTTTAAAGTAAAATCCATTTT  1090

seq1  TGTGTCTTGCCTCTAACAGGTAACATATATTCACGGGATTTTTGAAAGCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTGCCTCTAACAGGTAACATATATTCACGGGATTTTTGAAAGCT  1140

seq1  GGGAAGAAACGTAGAGGTAACCTGGGCTGACTTCCCAGTGTAATAATCTC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAAACGTAGAGGTAACCTGGGCTGACTTCCCAGTGTAATAATCTC  1190

seq1  CTTGCTGAATTC  1207
      ||||||||||||
seq2  CTTGCTGAATTC  1202

seq1: chr5_53071175_53072234
seq2: B6Ng01-084G08.g_69_1121

seq1  GAATTCAAGGCCACATTGGTCTTCATGGTAGGACAGCCAGAGCCACACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCACATTGGTCTTCATGGTAGGACAGCCAGAGCCACACAG  50

seq1  AGACACTTGTCTCAAAAACAAAACAAAACCACAAACAAAACAGTTACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTTGTCTCAAAAACAAAACAAAACCACAAACAAAACAGTTACTTT  100

seq1  TTCCTTAAAAGGATGGGTGTGTTTCTTAGGAATTCTTAATAGAAACCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAAAAGGATGGGTGTGTTTCTTAGGAATTCTTAATAGAAACCAAC  150

seq1  AAATACAATTGCCTTCCCTGAGCAGGTTTTTAAGCAATTTTATTATCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATTGCCTTCCCTGAGCAGGTTTTTAAGCAATTTTATTATCTGT  200

seq1  GAGGGTGAGAGTGGGAGGTAATTTGTGCAGAGTACATGGTCGGAGGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGAGAGTGGGAGGTAATTTGTGCAGAGTACATGGTCGGAGGACAA  250

seq1  CTTTGTGCAGGCAATCCCCCTCCTACCTTTACGTTGGCTCTGGGGACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCAGGCAATCCCCCTCCTACCTTTACGTTGGCTCTGGGGACCAA  300

seq1  ACCGAGGCTACCGGACTATCCTCAGACAGCACCTTTACCCAACAAGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGGCTACCGGACTATCCTCAGACAGCACCTTTACCCAACAAGCCAT  350

seq1  CTCACCAGCTCTAAGCCATTTTTAAGTTGGTTCCTCCACCCCACCCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGCTCTAAGCCATTTTTAAGTTGGTTCCTCCACCCCACCCCCCA  400

seq1  CCTGAATCCCAGCACTCTGGGAGGCTGAGAATCCTACAGATTCAAGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATCCCAGCACTCTGGGAGGCTGAGAATCCTACAGATTCAAGGCCA  450

seq1  GCTTGTGCTTCACACTCTGAGAGGACATGAGGTAAGGTAAGGAAGCTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGCTTCACACTCTGAGAGGACATGAGGTAAGGTAAGGAAGCTGTA  500

seq1  GGTCACAACGTTACCTTTATTGGGCAAAGTTTGTTAGAGGCATGGCCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAACGTTACCTTTATTGGGCAAAGTTTGTTAGAGGCATGGCCAAA  550

seq1  GGCTTGCTTCCTCTGCAAGATTCAGAATTAGACAGACTTGCCTGTGATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCTTCCTCTGCAAGATTCAGAATTAGACAGACTTGCCTGTGATCT  600

seq1  GTGCTGCCCCAGGCAGTCTCTCCCCTTCCCACTGGCAGAGCAGAGCAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCCCAGGCAGTCTCTCCCCTTCCCACTGGCAGAGCAGAGCAGCT  650

seq1  GCC----AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  696
      |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  700

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGCGTGGGG-AAGGACAGGAATGAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGCGTGGGGAAAGGACAGGAATGAGT  750

seq1  GAGGGGCTGGAACAAGGTGGGGAAGCTGTGTGTGCTTACTAGGAAGTACT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCTGGAACAAGGTGGGGAAGCTGTGTGTGCTTACTAGGAAGTACT  800

seq1  CCCTGTGCAGCTCAGCAGTACCCAGTGCTCAGCACACATG-AGCCTGCAG  844
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  CCCTGTGCAGCTCAGCAGTACCCAGTGCTCAGCACACATGAACCCTGCAG  850

seq1  TTTGATCTCCAACATCAGCACCACCGAGATCAACAACTAAGTAAAGTACA  894
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGATCTCCAACATCAACACCACCGAGATCAACAACT-AGTAAAGTACA  899

seq1  GGATTGTAAGGTGCGTGGGTAGCAGCAACGGGAAGGATGAATGCTGGAAA  944
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  GGATTGTAAGG-GCGTGGGTAGCAGCAACGGGAAGGATGAATGCTTGGAA  948

seq1  ATTCGGTCATCGCGGTTGCTTAGAAGTTTCTTTAGAGCGACATTGTTTAG  994
        |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||
seq2  --TCGGTC-TCGCGGTTGCTTATGAGTTTC-TTAGAGCGACATTG-TTAG  993

seq1  AAACACTCTTTTGGAAGACAAGAGTCTTGATGGGAACTTCTGCTGAAGTG  1044
      |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| |
seq2  AAACACTC-TTTGGAAGACAATAGTC-TGATGGG-ACTTCAGCTGAAGGG  1040

seq1  AAAACTGCAGATTGTC  1060
        |||||| |||||||
seq2  --AACTGC-GATTGTC  1053