BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084H12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 85,165,863 - 85,286,871
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC231368, Epha5, LOC100039489
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084H12.bB6Ng01-084H12.g
ACCDH898417DH898418
length1,170368
definitionDH898417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084H12, 5' end.DH898418|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,285,724 - 85,286,871)(85,165,863 - 85,166,236)
sequence
gaattcacctggaggaactttatgtctggtattagaaacccagacaagta
ccttgagttaatgaagtcatggatcctagcagggaatcaattactgctac
tttgttaggctagcataattccttaattacattctaagacttattgttat
atccacatataagtgtagctatcaccctcagcaaagaaggtacactctac
agtaaatggagaccattaaaggaaaccacaactccacacatcacagagat
caatgggtcatggcaagctcagattcactggatacatttgcatcacagat
ccagtatctatggcttagaggacaatggaaaaggggacagaatgattgtt
agaataagaatactaggaaatctcacgtaagactgacttcttaggaatga
ctacataaacaagatgtgagaaatggcattatcaataaacatattaataa
caatgataataaatactcaggcatagacaaggaactataggcaactaatg
actgtgggaaagggagaaaattgataggtcttgcacattccaaataaaaa
gtaaatagataactttttcatagtgtgcattattgtacatttaaaagtaa
ccagcttgaataaatacaaatgtggaagtattcataattaagttaaggag
agtgatcaaaggatttctgttaatgttttataaaaggaataataaaagga
aagaaaggaacaaagaaagcaggaagaggaagataggaggaggaagaggt
agagaaaatctagacatgggataatatgaagaaattgattgaactgagag
aggctttggccatattaaataaaatgtgagtgatttggtagtgatgcata
ttcacatagaggattactgttggtgtctgaatcattaccacacattaatg
cacaaagaagaatatgggtactttctttgttagagtttcattgctgtgat
gagaaaccatgaccacgcactcttagacaggacagcatttaattggggct
ggctcacaggttcagtccactatcattaatactggagcacagcagcttgc
agtcagcagctgcacgtggacctgagaagttctacatttttcatctgatg
ttgctagtgaaagaacttaattccaggagctagataagtcttaaagtcat
gccccatacgcccccttcct
tactcagctattatgaacaagaaaatcatgacttttacaagcaactggat
gaactagaaaatatcatcctgagtgaggtaactcataatcaaaggacatg
catggtacatacttactaatatgtgaataggggtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttaacttgcatgtggaactca
gagcacaagttgtaaaagcatacttttattctctcttccaccatgtggct
aataaggttcaaactcatgtcctaagtcttggcattaagcaattttatca
gctgaataacctcaccatctcaaccaaacacacatatacatgaataagga
aaacattttttatgtaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_85285724_85286871
seq2: B6Ng01-084H12.b_81_1220 (reverse)

seq1  AGGAAGTGTGGCGTAGTGGGCATGGGCTTTAAGACCTTTATCCTAGCTCC  50
      |||||| | ||||||  |||||| | |||||||||  |||| |||||| |
seq2  AGGAAG-GGGGCGTATGGGGCAT-GACTTTAAGAC--TTAT-CTAGCT-C  44

seq1  CTGGAATTAAG-TCTTCTACTAGCAACATCAGATG-AAGATGTAGAAC-T  97
      ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||||| |
seq2  CTGGAATTAAGTTCTTTCACTAGCAACATCAGATGAAAAATGTAGAACTT  94

seq1  CTCAGGTCCACGTGCAGCCTGCCTGACTGCAAGCTGCTGTGCTCCAGTAT  147
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTCCACGTGCAG-CTG-CTGACTGCAAGCTGCTGTGCTCCAGTAT  142

seq1  TAATGATAGTGGACTGAACCTGTGAGCCAGCCCCAATTAAATGCTGTCCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATAGTGGACTGAACCTGTGAGCCAGCCCCAATTAAATGCTGTCCT  192

seq1  GTCTAAGAGTTGCCGTGGTCATGGTTTCTCATCACAGCAATTGAAACTCT  247
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTCTAAGAGT--GCGTGGTCATGGTTTCTCATCACAGCAA-TGAAACTCT  239

seq1  AACAAAGAAAGTACCCATATTCTTCTTTGTGCATTAATGTGTGGTAATGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGAAAGTACCCATATTCTTCTTTGTGCATTAATGTGTGGTAATGA  289

seq1  TTCAGACACCAACAGTAATCCTCTATGTGAATATGCATCACTACCAAATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACACCAACAGTAATCCTCTATGTGAATATGCATCACTACCAAATC  339

seq1  ACTCACATTTTATTTAATATGGCCAAAGCCTCTCTCAGTTCAATCAATTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACATTTTATTTAATATGGCCAAAGCCTCTCTCAGTTCAATCAATTT  389

seq1  CTTCATATTATCCCATGTCTAGATTTTCTCTACCTCTTCCTCCTCCTATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATATTATCCCATGTCTAGATTTTCTCTACCTCTTCCTCCTCCTATC  439

seq1  TTCCTCTTCCTGCTTTCTTTGTTCCTTTCTTTCCTTTTATTATTCCTTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTCCTGCTTTCTTTGTTCCTTTCTTTCCTTTTATTATTCCTTTT  489

seq1  ATAAAACATTAACAGAAATCCTTTGATCACTCTCCTTAACTTAATTATGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACATTAACAGAAATCCTTTGATCACTCTCCTTAACTTAATTATGA  539

seq1  ATACTTCCACATTTGTATTTATTCAAGCTGGTTACTTTTAAATGTACAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCCACATTTGTATTTATTCAAGCTGGTTACTTTTAAATGTACAAT  589

seq1  AATGCACACTATGAAAAAGTTATCTATTTACTTTTTATTTGGAATGTGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACACTATGAAAAAGTTATCTATTTACTTTTTATTTGGAATGTGCA  639

seq1  AGACCTATCAATTTTCTCCCTTTCCCACAGTCATTAGTTGCCTATAGTTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTATCAATTTTCTCCCTTTCCCACAGTCATTAGTTGCCTATAGTTC  689

seq1  CTTGTCTATGCCTGAGTATTTATTATCATTGTTATTAATATGTTTATTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTATGCCTGAGTATTTATTATCATTGTTATTAATATGTTTATTGA  739

seq1  TAATGCCATTTCTCACATCTTGTTTATGTAGTCATTCCTAAGAAGTCAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCATTTCTCACATCTTGTTTATGTAGTCATTCCTAAGAAGTCAGT  789

seq1  CTTACGTGAGATTTCCTAGTATTCTTATTCTAACAATCATTCTGTCCCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGTGAGATTTCCTAGTATTCTTATTCTAACAATCATTCTGTCCCCT  839

seq1  TTTCCATTGTCCTCTAAGCCATAGATACTGGATCTGTGATGCAAATGTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTGTCCTCTAAGCCATAGATACTGGATCTGTGATGCAAATGTAT  889

seq1  CCAGTGAATCTGAGCTTGCCATGACCCATTGATCTCTGTGATGTGTGGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAATCTGAGCTTGCCATGACCCATTGATCTCTGTGATGTGTGGAG  939

seq1  TTGTGGTTTCCTTTAATGGTCTCCATTTACTGTAGAGTGTACCTTCTTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTTCCTTTAATGGTCTCCATTTACTGTAGAGTGTACCTTCTTTG  989

seq1  CTGAGGGTGATAGCTACACTTATATGTGGATATAACAATAAGTCTTAGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGTGATAGCTACACTTATATGTGGATATAACAATAAGTCTTAGAA  1039

seq1  TGTAATTAAGGAATTATGCTAGCCTAACAAAGTAGCAGTAATTGATTCCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTAAGGAATTATGCTAGCCTAACAAAGTAGCAGTAATTGATTCCC  1089

seq1  TGCTAGGATCCATGACTTCATTAACTCAAGGTACTTGTCTGGGTTTCTAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGATCCATGACTTCATTAACTCAAGGTACTTGTCTGGGTTTCTAA  1139

seq1  T  1148
      |
seq2  T  1140

seq1: chr5_85165863_85166236
seq2: B6Ng01-084H12.g_67_440

seq1  GAATTCTACTCAGCTATTATGAACAAGAAAATCATGACTTTTACAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTCAGCTATTATGAACAAGAAAATCATGACTTTTACAAGCAA  50

seq1  CTGGATGAACTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAACTCATAATCAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGAACTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAACTCATAATCAAAG  100

seq1  GACATGCATGGTACATACTTACTAATATGTGAATAGGGGTGTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCATGGTACATACTTACTAATATGTGAATAGGGGTGTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTAACTTGCATGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTAACTTGCATGTGG  200

seq1  AACTCAGAGCACAAGTTGTAAAAGCATACTTTTATTCTCTCTTCCACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAGCACAAGTTGTAAAAGCATACTTTTATTCTCTCTTCCACCAT  250

seq1  GTGGCTAATAAGGTTCAAACTCAGGTCCTAAGTCTTGGCATTAAGCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTAATAAGGTTCAAACTCATGTCCTAAGTCTTGGCATTAAGCAATT  300

seq1  TTATCAGCTGAATAACCTCACCATCTCAACCAAACACACATATACATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGCTGAATAACCTCACCATCTCAACCAAACACACATATACATGAA  350

seq1  TAAGGAAAACATATTTTATGTAAT  374
      |||||||||||| |||||||||||
seq2  TAAGGAAAACATTTTTTATGTAAT  374