BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084J11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 92,411,205 - 92,548,283
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1045, Cdkl2, LOC100040574, G3bp2
Upstream gene1110019K23Rik, Epgn, Ereg, Areg, Btc, 9130213B05Rik, EG665860, LOC665864, LOC100040506, Ppia-ps5_892.1, Rchy1, Thap6
Downstream geneVdp, LOC100040605, U90926, Ppef2, Asahl, Sdad1, Cxcl9, Cxcl10, Cxcl11, LOC100040228, Art3, Nup54, Scarb2, Gm1381, D5Ertd593e, 4932413O14Rik, Shroom3, LOC623798, Ankrd56, Sept11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084J11.bB6Ng01-084J11.g
ACCDH898503DH898504
length1,1721,189
definitionDH898503|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J11, 5' end.DH898504|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,411,205 - 92,412,389)(92,547,085 - 92,548,283)
sequence
gaattcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgag
atcagatgccctcttctggagtgtccgaagacagctacagtgtacttata
tacgataaattaataaatcttggggccagagcaagtggggctggattgag
aaggaaaaaaattaaaaattaaaaaataaataaataaaaattaaaatacc
cccccttggccagacccaacacacagggtacaacagaacactgaagaccc
gtgggtaaagctatcttcttgctctctgtccttccctgtaatggcaaggt
gcataattaccctgagcaggtacagactatacatatgctccatagatgtg
ctagacattatcctagatgtattgtttccgagggtttccagcactgaaac
taaagataacatgcttctatccattagaaaaaggccaaatccatcatcta
ttcaaattcacacatgaagaatgctatacatactttaccacaaagagcaa
aaaaggaaatacaagacacgacctcaaggtgtgaggtcatttggctgtga
tgactatcatactgattgccattatcagttgggttgatgtggtgggaaag
gcaatgtgctctctccctcctgctgtccctcccaaaactctggggaaatg
tggtattccccagtaaaggaccactcttgcatcaagggcatagaacaagc
tctgctgccctgctagaacctccgaactctctcataacacacatttacca
cgtgagagttgcaggtagacaaacaaggcaaacgaaggaagccagtagcc
ttggtgggtcaacgaagtagccccaaatgtgggctcatctgttacctggt
cctttctctctcctatcagagcaaagctgtcctggatccaattaggcaac
aatctgcatcctcactagggcccaaacttcgcttctctggtgctgcagtt
tctacacacgtgcccctaggtactctctggagactttaataactgtccca
agaataatactctcagtgtttactctcttaagtactattatattctacag
aaaggcattttggttttgttactatgttttaagacaagtttacactgcag
ctattcagtcctgagtcacttagtagctagctgactttgaactcaatggc
cattgtctatctcaacctctta
gaattcttttgtaggccttaagattgtgataatcctcatgtgtcagcttc
ctaagtgctggaatgataattatgagccactatgtctggcttcatctttg
acatgttgttttctgggaactgaggatcaaacatgtgcttcccacatccc
aggcaattactataccagtgagctgtgtctgtagccctcagcccttttca
tggagaaggaaatgattgaagaagggcagtaagtaactgtgacaggtgac
agagcacaaggaccaaggtttgatgggggatttctccatctggcctgcac
cctgttccccacccccttgcttttccacttcagcctctagttattggctg
cttccaatgaccatcttcacttcacttactttcccagctaaactatcatc
tttgtgaaatgggagaactaaccagtaggatcagggatccacctagacag
agaatttcctcagttgtctctatagtgtctcagagctaagtgaccatgcc
agaacccttgggaacaaggagagattgagactgacttcctgccctcttgg
tctctcaagttgggttttccagtggcctaaagcttagcccagaccagctc
ttttgagctgtcattcatataagctgtcttaaaagagaagtagcaggctg
tgcatcacacttagcccaaggccagcatatgctgagatgttcaatacagc
tttgcttttactttcccatacagactacctcagctacttttagcttaaaa
ctgaagccagaggtcatcagagctgatttgttttttcctcaagttcgaat
ccagggtgaggtgacagactgcagtacattgtgactaataggttggaagc
ccatgggacagatgacactgacaaagaaagagtgaacagtaaaagggacc
ttcacattttaaataaaaatgaaacgacacgcttcactttgtagaaatga
ttcccacagtctgtgcttgtgtccacccgagcatgcccaatcacatatga
tcttggaagctagcaggcttcggcttagttagtattaggatgggagaaca
tcccatgaaggcataacctgacatattattaatgatattcattctggcga
aagttctgtgtcctcttctgcatgttctactgtgactggctgtctttact
agttggcctctggagagacgagttttctctctaaatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_92411205_92412389
seq2: B6Ng01-084J11.b_45_1216

seq1  GAATTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAG  50

seq1  ATCAGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCCGAAGACAGCTACAGTGTACTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCCGAAGACAGCTACAGTGTACTTATA  100

seq1  TACGATAAATTAATAAATCTTGGGGCCAGAGCAAGTGGGGCTGGATTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATAAATTAATAAATCTTGGGGCCAGAGCAAGTGGGGCTGGATTGAG  150

seq1  AAGGAAAAAAATTAAAAATTAAAAAATAAATAAATAAAAATTAAAATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAAAATTAAAAATTAAAAAATAAATAAATAAAAATTAAAATACC  200

seq1  CCCCCTTGGCCAGACCCAACACACAGGGTACAACAGAACACTGAAGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTGGCCAGACCCAACACACAGGGTACAACAGAACACTGAAGACCC  250

seq1  GTGGGTAAAGCTATCTTCTTGCTCTCTGTCCTTCCCTGTAATGGCAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAAGCTATCTTCTTGCTCTCTGTCCTTCCCTGTAATGGCAAGGT  300

seq1  GCATAATTACCCTGAGCAGGTACAGACTATACATATGCTCCATAGATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATTACCCTGAGCAGGTACAGACTATACATATGCTCCATAGATGTG  350

seq1  CTAGACATTATCCTAGATGTATTGTTTCCGAGGGTTTCCAGCACTGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACATTATCCTAGATGTATTGTTTCCGAGGGTTTCCAGCACTGAAAC  400

seq1  TAAAGATAACATGCTTCTATCCATTAGAAAAAGGCCAAATCCATCATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAACATGCTTCTATCCATTAGAAAAAGGCCAAATCCATCATCTA  450

seq1  TTCAAATTCACACATGAAGAATGCTATACATACTTTACCACAAAGAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTCACACATGAAGAATGCTATACATACTTTACCACAAAGAGCAA  500

seq1  AAAAGGAAATACAAGACACGACCTCAAGGTGTGAGGTCATTTGGCTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAATACAAGACACGACCTCAAGGTGTGAGGTCATTTGGCTGTGA  550

seq1  TGACTATCATACTGATTGCCATTATCAGTTGGGTTGATGTGGTGGGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATCATACTGATTGCCATTATCAGTTGGGTTGATGTGGTGGGAAAG  600

seq1  GCAATGTGCTCTCTCCCTCCTGCTGTCCCTCCCAAAACTCTGGGGAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTGCTCTCTCCCTCCTGCTGTCCCTCCCAAAACTCTGGGGAAATG  650

seq1  TGGTATTCCCCAGTAAAGGACCACTCTTGCATCAAGGGCATAGAACAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTCCCCAGTAAAGGACCACTCTTGCATCAAGGGCATAGAACAAGC  700

seq1  TCTGCTGCCCTGCTAGAACCTCCGAACTCTCTCATAACACACATTTACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGCCCTGCTAGAACCTCCGAACTCTCTCATAACACACATTTACCA  750

seq1  CGTGAGAGTTGCAGGTAGACAAACAAGGCAAACGAAGGAAGCCAGTAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGAGTTGCAGGTAGACAAACAAGGCAAACGAAGGAAGCCAGTAGCC  800

seq1  TTGGTGGGTCAACGAAGTAGCCCCAAATGTGGGCTCATCTGTTACCTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGGTCAACGAAGTAGCCCCAAATGTGGGCTCATCTGTTACCTGGT  850

seq1  CCTTTCTCTCTCCTATCAGGAGCAAAGCTGTCCTGGATCCAATTAGGCAA  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTCTCCTATCA-GAGCAAAGCTGTCCTGGATCCAATTAGGCAA  899

seq1  CAATCTGCATCCTCACTAGGGCCCAAACTTCGCTTCTCTGGTGCTGCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGCATCCTCACTAGGGCCCAAACTTCGCTTCTCTGGTGCTGCAGT  949

seq1  TTCTACACACGTGCCCCTAGGTACTCCTCTGGAGACTTTAATAACTGTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACACACGTGCCCCTAGGTACT-CTCTGGAGACTTTAATAACTGTCC  998

seq1  CAAGAATAATACTCTCAGTGTTTACTCTCTTAAGTACTATTATATTCTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATAATACTCTCAGTGTTTACTCTCTTAAGTACTATTATATTCTAC  1048

seq1  AGAAAAGGGCATTTTTGGTTTTGTTACTATTGTTTTAAGACAAGGTTTTA  1100
      |||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  AGAAA--GGCA-TTTTGGTTTTGTTACTA-TGTTTTAAGACAAG--TTTA  1092

seq1  CACTGCAGCTCATTCCAGTCTTGAGTTCACTAAGTAGGCTAAGCTGACTT  1150
      |||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||| ||| |||||||||
seq2  CACTGCAGCT-ATT-CAGTCCTGAG-TCACTTAGTA-GCT-AGCTGACTT  1137

seq1  TGAACTC-ATGGCAATTTGTCTATCTCAACCTCTTA  1185
      ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAATGGCCA-TTGTCTATCTCAACCTCTTA  1172

seq1: chr5_92547085_92548283
seq2: B6Ng01-084J11.g_69_1257 (reverse)

seq1  CACATTTAGAGGGGAAACAGTGCCTC-CCAGAGGCCAAC-ATGAAAGAGC  48
      ||||||||||| | ||||   | ||| |||||||||||| |  ||||| |
seq2  CACATTTAGAGAGAAAAC-TCGTCTCTCCAGAGGCCAACTAGTAAAGA-C  48

seq1  AG-CAGTCAACGTAAGACAAATGGCAGGAGAGGGAACAG-ACATCTGCCA  96
      || ||||||  |||  |||    |||| |||||  |||| || |  ||||
seq2  AGCCAGTCACAGTAGAACA---TGCAGAAGAGGACACAGAACTTTCGCCA  95

seq1  GAATGGA-ATCACTTAATATTATGGTCCAGGTTATGCCCTCCATGGGGAT  145
      ||||| | |||| |||||| ||||   ||||||||| ||| ||| |||||
seq2  GAATGAATATCA-TTAATAATATG--TCAGGTTATG-CCTTCAT-GGGAT  140

seq1  GGTCTCCCATCCTAGTACTAACTAAGCCGGAGCCTGCCTAGCTTCCAAGA  195
      | |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GTTCTCCCATCCTAATACTAACTAAGCCGAAGCCTG-CTAGCTTCCAAGA  189

seq1  TCATATGTGATTGGGCATGCTCGGGTGGACACAAGCACAGACTGTGGGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTGATTGGGCATGCTCGGGTGGACACAAGCACAGACTGTGGGAA  239

seq1  TCATTTCTACAAAGTTGAAGCGTGTCGTTTCATTTTTATTTAAAATGTGA  295
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTACAAAG-TGAAGCGTGTCGTTTCATTTTTATTTAAAATGTGA  288

seq1  AGGTTCCTTTTTACTGTTCACTCTTTCTTTTGTCAGTGTCATCTGTCCCA  345
      ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGG-TCCCTTTTACTGTTCACTCTTTC-TTTGTCAGTGTCATCTGTCCCA  336

seq1  TGGGCTTCCAACCTATTAGTCACAATGTACTGCAGTTCTGTCACCTCACC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCCAACCTATTAGTCACAATGTACTGCAG-TCTGTCACCTCACC  385

seq1  CTGGATTCGAACTTGAGGAAAAAACAAATCAGCTCTGATGACCTCTGGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTCGAACTTGAGGAAAAAACAAATCAGCTCTGATGACCTCTGGCT  435

seq1  TCAGTTTTAAGCTAAAAGTAGCTGAGGTAGTCTGTATGGGAAAGTAAAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTAAGCTAAAAGTAGCTGAGGTAGTCTGTATGGGAAAGTAAAAG  485

seq1  CAAAGCTGTATTGAACATCTCAGCATATGCTGGCCTTGGGCTAAGTGTGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGTATTGAACATCTCAGCATATGCTGGCCTTGGGCTAAGTGTGA  535

seq1  TGCACAGCCTGCTACTTCTCTTTTAAGACAGCTTATATGAATGACAGCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGCCTGCTACTTCTCTTTTAAGACAGCTTATATGAATGACAGCTC  585

seq1  AAAAGAGCTGGTCTGGGCTAAGCTTTAGGCCACTGGAAAACCCAACTTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGCTGGTCTGGGCTAAGCTTTAGGCCACTGGAAAACCCAACTTGA  635

seq1  GAGACCAAGAGGGCAGGAAGTCAGTCTCAATCTCTCCTTGTTCCCAAGGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAAGAGGGCAGGAAGTCAGTCTCAATCTCTCCTTGTTCCCAAGGG  685

seq1  TTCTGGCATGGTCACTTAGCTCTGAGACACTATAGAGACAACTGAGGAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCATGGTCACTTAGCTCTGAGACACTATAGAGACAACTGAGGAAA  735

seq1  TTCTCTGTCTAGGTGGATCCCTGATCCTACTGGTTAGTTCTCCCATTTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTCTAGGTGGATCCCTGATCCTACTGGTTAGTTCTCCCATTTCA  785

seq1  CAAAGATGATAGTTTAGCTGGGAAAGTAAGTGAAGTGAAGATGGTCATTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGATAGTTTAGCTGGGAAAGTAAGTGAAGTGAAGATGGTCATTG  835

seq1  GAAGCAGCCAATAACTAGAGGCTGAAGTGGAAAAGCAAGGGGGTGGGGAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCCAATAACTAGAGGCTGAAGTGGAAAAGCAAGGGGGTGGGGAA  885

seq1  CAGGGTGCAGGCCAGATGGAGAAATCCCCCATCAAACCTTGGTCCTTGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCAGGCCAGATGGAGAAATCCCCCATCAAACCTTGGTCCTTGTG  935

seq1  CTCTGTCACCTGTCACAGTTACTTACTGCCCTTCTTCAATCATTTCCTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCACCTGTCACAGTTACTTACTGCCCTTCTTCAATCATTTCCTTC  985

seq1  TCCATGAAAAGGGCTGAGGGCTACAGACACAGCTCACTGGTATAGTAATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAAAGGGCTGAGGGCTACAGACACAGCTCACTGGTATAGTAATT  1035

seq1  GCCTGGGATGTGGGAAGCACATGTTTGATCCTCAGTTCCCAGAAAACAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGATGTGGGAAGCACATGTTTGATCCTCAGTTCCCAGAAAACAAC  1085

seq1  ATGTCAAAGATGAAGCCAGACATAGTGGCTCATAATTATCATTCCAGCAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAAGATGAAGCCAGACATAGTGGCTCATAATTATCATTCCAGCAC  1135

seq1  TTAGGAAGCTGACACATGAGGATTATCACAATCTTAAGGCCTACAAAAGA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAGCTGACACATGAGGATTATCACAATCTTAAGGCCTACAAAAGA  1185

seq1  ATTC  1199
      ||||
seq2  ATTC  1189