BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084M22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 102,279,862 - 102,399,382
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdfy3
Upstream geneA230097K15Rik, LOC100041888, LOC100040902, Cycs-ps2, LOC100040920, Nkx6-1, Cds1
Downstream geneEG666515, EG666527, LOC625780, Arhgap24, Mapk10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084M22.bB6Ng01-084M22.g
ACCDH898652DH898653
length1,1621,002
definitionDH898652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084M22, 5' end.DH898653|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,398,215 - 102,399,382)(102,279,862 - 102,280,862)
sequence
gaattctgtaaatgcagtttggtgcagttgctgggacaggttactccttg
agcagagtagcctttgcaccgtttctgttatgtttagcctaatttgaagc
agtgtctatgtaaggatgtaggaaacatcttttgttaaaatgatattgtg
aggtcctctgcctctgttactaggctctgtggaataaagtcttttattat
tgtatggaaaagtccagactgagacgtcctcatgcgtacggtatacccgt
atcatgcgtccgccttagggagactgcgtcggaggagtatgattgactag
cttttccttttcactaattgagccagacccgggagcacaatgcgggtccc
tctgggttgctctgcctctttatttgctggtttatttttggtttgctttt
ggttttgagacaatgtcttactatgtgacacagactgctctggcctccgg
gctccccatcccagcttcctgagctgggggtatagttgtgtctctcatag
atagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagtt
gtatagtcccagtcagccccagtgttcctttagcagcctccaggtagtgt
tcgcttataggaacagtcacaaccagccttacttagggggcgctcctgca
aaaccatagtgtggtgttagcttgggaaagtgtgtggactgcgcccgatc
tctttatagtgacattgggatattgataatatgaatactatattataagt
gggagctgttatgacagcctcacagacagtattcccatgcagtgtctctc
tatgatgggctgtctggcttttaattccatccctctttgctgagcccaca
gcagcttactgtaagaattatttattccacagttcatttgtccgaagttt
ccaagaaagcaagctcgtttacgggcttcctaaccattgccttgtcattt
catgacagccttatataagggacgactggtggttagactcagaaacttgt
aaaatattgatgagggagtaaggttcatcagctcctgctttcttccatcg
agaacctcccccgagtgacgtctctcaagggtctcattcaggttctttga
agaatgatgtttctggggatggttaggagacctttccacctggatttatg
ccctgtacattc
gaattcctaggaaacatttgtatttcttagatatgctgaagtacagttcc
aaaggcaacttcctttcgattttaagaggcaatttttgagaaataggcat
agtctgactattgagaataacaagtttgggttgggtgtggtggcacacac
acttgactccagcacccaggctgctggggccatgagtctgaagacggcct
agactacacagctggaagcagtcttaagcaagagccaacatacacctcac
ccctcagagccaaacaaccctcgtccacctcaacatgttctggggtggct
ctggcctgagggggcctcttgtaatctctggaggctggtggctgagcaag
actgcagtctgccctcccgcccgcctgccagcccaggccgccgttacctg
cttgagtgtgaggggcttggccttttctttggaggtgcccatctcccaga
cacacaccactgtgcttgttccgcctgtgatgacaagcttggggttgggg
caaacggcgcagaggatctggccccattcagataagcactcataaacagt
cactgcctgtaaacaaagcagatgtgagccacaggtcaccaagtgctggg
gacttcagcaacaggaggggcagagctgagttcccagggaagaggtctct
ggagggacctcatcctgggctaggtttcagttacagttgacagggtttca
gttacagtgacattccactcagattctaccctaactgcccaagactatct
atactacagtggctgctaagcatcaaatttgagagtctgacttttctcca
gtgaaggaacatgatgttcaacctgtgtgatcagcacggctattgggcat
tgtatgccgcacccatggagagtgagccgagggagcacatgcctctttaa
ggagcactctgcccaagagagcagtgccagttataaccagagggctagca
tctatctggggtggggaggatcacgggattgcttttccagactcagcggc
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_102398215_102399382
seq2: B6Ng01-084M22.b_45_1206 (reverse)

seq1  GAATGTACCAGGCATAAAT-CAGGTGGAAAAGTCTCACTAACAAACCTCA  49
      ||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| | || ||
seq2  GAATGTACAGGGCATAAATCCAGGTGGAAAGGTCTC-CTAACCATCCCCA  49

seq1  GAAAACAACCATTCTCCAAGGAAACCTGAATGAGACCTTTGAGAGACGTC  99
      ||||   | |||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAA--CATCATTCTTCAAAG-AACCTGAATGAGACCCTTGAGAGACGTC  96

seq1  ACTCGGGGGGAGGTTCTTCGATGGGAGAAAGCAGGGGCTGATGGACCCTT  149
      |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| || ||||
seq2  ACTC-GGGGGAGGTTC-TCGATGGAAGAAAGCAGGAGCTGAT-GAACCTT  143

seq1  ACT-CCTCATTCAATATTTTACAAGTTTCTGAGTTCTAACCA-CAGTCGT  197
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  ACTCCCTCA-TCAATATTTTACAAGTTTCTGAG-TCTAACCACCAGTCGT  191

seq1  CCCTAATATAAGGCTGTCATGAAAATGACAAGGCAATGGTTAGGAAGCCC  247
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATATAAGGCTGTCATG-AAATGACAAGGCAATGGTTAGGAAGCCC  240

seq1  GTAAACGAGCTTGCTTTCTTGGAAACTTCGGACAAATGAACTGTGGAATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACGAGCTTGCTTTCTTGGAAACTTCGGACAAATGAACTGTGGAATA  290

seq1  AATAATTCTTACAGTAAGCTGCTGTGGGCTCAGCAAAGAGGGATGGAA-T  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATAATTCTTACAGTAAGCTGCTGTGGGCTCAGCAAAGAGGGATGGAATT  340

seq1  GAAAGCCAGACAGCCCATCATAGAGAGACACTGCATGGGAATACTGTCTG  396
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAGACAGCCCATCATAGAGAGACACTGCATGGGAATACTGTCTG  390

seq1  TGAGGCTGTCATAACAGCTCCCACTTATAATATAGTATTCATATTATCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTGTCATAACAGCTCCCACTTATAATATAGTATTCATATTATCAA  440

seq1  TATCCCAATGTCACTATAAAGAGATCGGGCGCAGTCCACACACTTTCCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAATGTCACTATAAAGAGATCGGGCGCAGTCCACACACTTTCCCA  490

seq1  AGCTAACACCACACTATGGTTTTGCAGGAGCGCCCCCTAAGTAAGGCTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACACCACACTATGGTTTTGCAGGAGCGCCCCCTAAGTAAGGCTGG  540

seq1  TTGTGACTGTTCCTATAAGCGAACACTACCTGGAGGCTGCTAAAGGAACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTGTTCCTATAAGCGAACACTACCTGGAGGCTGCTAAAGGAACA  590

seq1  CTGGGGCTGACTGGGACTATACAACTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTGACTGGGACTATACAACTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  640

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAGAGACACAACTATACCCCCAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAGAGACACAACTATACCCCCAGC  690

seq1  TCAGGAAGCTGGGATGGGGAGCCCGGAGGCCAGAGCAGTCTGTGTCACAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGCTGGGATGGGGAGCCCGGAGGCCAGAGCAGTCTGTGTCACAT  740

seq1  AGTAAGACATTGTCTCAAAACCAAAAGCAAACCAAAAATAAACCAGCAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGACATTGTCTCAAAACCAAAAGCAAACCAAAAATAAACCAGCAAA  790

seq1  TAAAGAGGCAGAGCAACCCAGAGGGACCCGCATTGTGCTCCCGGGTCTGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGGCAGAGCAACCCAGAGGGACCCGCATTGTGCTCCCGGGTCTGG  840

seq1  CTCAATTAGTGAAAAGGAAAAGCTAGTCAATCATACTCCTCCGACGCAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTAGTGAAAAGGAAAAGCTAGTCAATCATACTCCTCCGACGCAGT  890

seq1  CTCCCTAAGGCGGACGCATGATACGGGTATACCGTACGCATGAGGACGTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAAGGCGGACGCATGATACGGGTATACCGTACGCATGAGGACGTC  940

seq1  TCAGTCTGGACTTTTCCATACAATAATAAAAGACTTTATTCCACAGAGCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGGACTTTTCCATACAATAATAAAAGACTTTATTCCACAGAGCC  990

seq1  TAGTAACAGAGGCAGAGGACCTCACAATATCATTTTAACAAAAGATGTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACAGAGGCAGAGGACCTCACAATATCATTTTAACAAAAGATGTTT  1040

seq1  CCTACATCCTTACATAGACACTGCTTCAAATTAGGCTAAACATAACAGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATCCTTACATAGACACTGCTTCAAATTAGGCTAAACATAACAGAA  1090

seq1  ACGGTGCAAAGGCTACTCTGCTCAAGGAGTAACCTGTCCCAGCAACTGCA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGCAAAGGCTACTCTGCTCAAGGAGTAACCTGTCCCAGCAACTGCA  1140

seq1  CCAAACTGCATTTACAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGCATTTACAGAATTC  1162

seq1: chr5_102279862_102280862
seq2: B6Ng01-084M22.g_70_1071

seq1  GAATTCCTAGGAAACATTTGTATTTCTTAGATATGCTGAAGTACAGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGAAACATTTGTATTTCTTAGATATGCTGAAGTACAGTTCC  50

seq1  AAAGGCAACTTCCTTTCGATTTTAAGAGGCAATTTTTGAGAAATAGGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAACTTCCTTTCGATTTTAAGAGGCAATTTTTGAGAAATAGGCAT  100

seq1  AGTCTGACTATTGAGAATAACAAGTTTGGGTTGGGTGTGGTGGCACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGACTATTGAGAATAACAAGTTTGGGTTGGGTGTGGTGGCACACAC  150

seq1  ACTTGACTCCAGCACCCAGGCTGCTGGGGCCATGAGTCTGAAGACGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTCCAGCACCCAGGCTGCTGGGGCCATGAGTCTGAAGACGGCCT  200

seq1  AGACTACACAGCTGGAAGCAGTCTTAAGCAAGAGCCAACATACACCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTACACAGCTGGAAGCAGTCTTAAGCAAGAGCCAACATACACCTCAC  250

seq1  CCCTCAGAGCCAAACAACCCTCGTCCACCTCAACATGTTCTGGGGTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGAGCCAAACAACCCTCGTCCACCTCAACATGTTCTGGGGTGGCT  300

seq1  CTGGCCTGAGGGGGCCTCTTGTAATCTCTGGAGGCTGGTGGCTGAGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGAGGGGGCCTCTTGTAATCTCTGGAGGCTGGTGGCTGAGCAAG  350

seq1  ACTGCAGTCTGCCCTCCCGCCCGCCTGCCAGCCCAGGCCGCCGTTACCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGTCTGCCCTCCCGCCCGCCTGCCAGCCCAGGCCGCCGTTACCTG  400

seq1  CTTGAGTGTGAGGGGCTTGGCCTTTTCTTTGGAGGTGCCCATCTCCCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTGTGAGGGGCTTGGCCTTTTCTTTGGAGGTGCCCATCTCCCAGA  450

seq1  CACACACCACTGTGCTTGTTCCGCCTGTGATGACAAGCTTGGGGTTGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCACTGTGCTTGTTCCGCCTGTGATGACAAGCTTGGGGTTGGGG  500

seq1  CAAACGGCGCAGAGGATCTGGCCCCATTCAGATAAGCACTCATAAACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGGCGCAGAGGATCTGGCCCCATTCAGATAAGCACTCATAAACAGT  550

seq1  CACTGCCTGTAAACAAAGCAGATGTGAGCCACAGGTCACCAAGTGCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTGTAAACAAAGCAGATGTGAGCCACAGGTCACCAAGTGCTGGG  600

seq1  GACTTCAGCAACAGGAGGGGCAGAGCTGAGTTCCCAGGGAAGAGGTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGCAACAGGAGGGGCAGAGCTGAGTTCCCAGGGAAGAGGTCTCT  650

seq1  GGAGGGACCTCATCCTGGGCTAGG-TTCAGTTACAGTTGACAGGGTTTCA  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGACCTCATCCTGGGCTAGGTTTCAGTTACAGTTGACAGGGTTTCA  700

seq1  GTTACAGTGACATTCCACTCAGATTCTACCCTAACTGCCCAAGACTATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGTGACATTCCACTCAGATTCTACCCTAACTGCCCAAGACTATCT  750

seq1  AAACTACAGTGGCTGCTAAGCATCAAATTTGAGAGTCTGACTTTTCTCCA  799
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACAGTGGCTGCTAAGCATCAAATTTGAGAGTCTGACTTTTCTCCA  800

seq1  GTGAAGGAACATGATGTTCAACCTGTGTGATCAGCACGGCAATT-GGCA-  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| 
seq2  GTGAAGGAACATGATGTTCAACCTGTGTGATCAGCACGGCTATTGGGCAT  850

seq1  TGTATGCCGCAGCCATGGAGAGTGAGCCGAGGGAGCACATGCCTCTTTAG  897
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTATGCCGCACCCATGGAGAGTGAGCCGAGGGAGCACATGCCTCTTTAA  900

seq1  GGAGCACTCTGCCCAAAGAGAGCAGTGCCCAGTATAACCAGAGGGCTATG  947
      |||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |
seq2  GGAGCACTCTGCCC-AAGAGAGCAGTGCCAGTTATAACCAGAGGGCTA-G  948

seq1  CAGTCTATCTGGG--TGGGAGGATCACGGATTTGCTTTTCCAAGACTCAG  995
      || ||||||||||   |||||||||||||  |||||||||| ||||||||
seq2  CA-TCTATCTGGGGTGGGGAGGATCACGGGATTGCTTTTCC-AGACTCAG  996

seq1  CGGCAG  1001
      ||||||
seq2  CGGCAG  1002