BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084P07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 150,744,092 - 150,902,583
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040089, Rxfp2
Upstream gene8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1, 2310047D07Rik, Alox5ap, 6330406I15Rik, 4930588N13Rik, LOC100040037, LOC100040062, 4930434E21Rik, Hsp110, EG433968, B3galtl
Downstream geneLOC667470, Fry, LOC100042068, Gm5, XM_359419, Brca2, B230342M21Rik, BC037393, Aprin, LOC100040180, Kl, LOC667510, Stard13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084P07.bB6Ng01-084P07.g
ACCDH898762DH898763
length1,1871,072
definitionDH898762|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084P07, 5' end.DH898763|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,901,382 - 150,902,583)(150,744,092 - 150,745,162)
sequence
gaattcactttcttaaaaacattattatgctacaatcaaaccttttgtcc
aacttttttaacttattggctgacaaagagcacatttgtaggagttatag
aaacagctcactgtttgagagagcttcctgctctacccgagggatcacgt
tcagttcccagcacccacactgggcccacagctggatgtcgggatccaac
gccttcttctggctgcatgggcacctgcacccatgtgcaatacactcatg
tagaaactcatacataagcattaaaaaaaaatcttttcaaggagacctag
aacggggaaaacagttgaaatgtaaataaagaaaataccaaataaaaaaa
aggaaaagaatcttttcaaaatttctaagaaacaaagagccactcacttt
aaggaagactacaacctgcagagggatgggaggcaggtggaaagaattcc
tgcctcaaaggcaacagaatataacatttgtctctaaggcttgtaacgaa
gaaaaaaacaaaacaaacaaacaaaaagctgggtcaaccagcaccaatca
atgtctcagtctgtaaatcctccttcaactgctcagtgggatctactaaa
ctcccgatgaacatcatgcttcctgtcattgctctcattcgtgtgtttta
cttataaatttttaatttttaaaattttcagacaggaccttgctatgcaa
cccaggcaacctatttatttatttagttagttagtttttcgagacaggat
ttctctgtatatagccctggccgttcaggaactcactttgtagaccaagc
tgatctcgaactcagaaatctgcctgcctctgcctcctaaatgctgggat
taaaggcgtgcgccaccacgtccggctcagctaaccttgtaactaaccta
cactatgcagttctgactgtcatgaagtcaccctgtacttcagctgacct
caaattcgtgtccctccttctccggcctctccagcgctggatcacagagg
tacaaacacatccagctaaaaaaggagctgggtggatctgtttgcttgtg
tgatgtgacccagagcttcgcacatgcgcagcgggtactttaccgcaagc
cacaactccgtgcatactctacttggctgaattggaacggtctcaccttg
aagcccagctggccaggaaaatagtctgtgtgagccc
gaattctcatgtacaaggagttgtcattaggaatatgaatggttaactca
caacaggagggagagcggatgttgagctgggtgctgatggaagtctccct
ctacctgttgagagttgttctcccagcccaggaagatgatggctgtgctg
cctggctttgtcaacttgtcagaacctagaacaacccaggaaacaagccc
cagtgagggcttgtctggattatgttggcttgtgagcaaatgtatgactg
atcaccttaattagtggaagacccatccactgtgggtggcatcattccct
gtgcagaggatcccagattgtacaatagtgggagcagctgtctgagcagc
atgggtgtgtttgtctatgctctttgcctttgatggtgggtgtgatgagt
tctcccaagctcccactgctatgacacagcctccctagctgtgatgaatt
gcaacctgaaactatgagcccaacagaccttctctcccttctatcgcttt
agcatagcaacagaaaaccaaattaaggtgataatctcctatcctcagtt
ttaagcatttctgcctgtacaaaaacatatgctatcggtcataagaagag
agcattctctgaagcaggttatgctaattctctggtatgtgtaactgtat
gactgggagaaggttcctactgggatgaaattcaggaggaatgggcacac
ttgattactttggggctgtggtgatagacagtactaaccggattctatgc
cttcataggaaagatgggtggaaactaatgtcggtacccacggtggctct
taggagatcaaggctaatgagccagtgatgaatactgctgcttttattct
tcatgcaaaggtaagcccagacttttattatcagaatgctttgcagtaag
atgttctatgatcaggatttataaatgtatactcaactatgtcttcttct
accctattattgactgtcagcatcttcattcacaagcagattaactcggg
ggcaggtcgctacttgcacattacagggtcttgggggcaagccctttagc
atgccaacggcataaaagacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_150901382_150902583
seq2: B6Ng01-084P07.b_45_1231 (reverse)

seq1  GGGCT-ACACAGACTA--TTCCTGCCAGGCTGGGCTTCAGAGTGAGAACC  47
      ||||| ||||||||||  |||||| |  |||||||||||  |||||| | 
seq2  GGGCTCACACAGACTATTTTCCTGGCCAGCTGGGCTTCAAGGTGAGACCG  50

seq1  TGTCTCAAATACAGCAAAAGTAAGAGGTATGCACGGAAGTTGTGGGCTCT  97
      |   || ||| ||||  |||| ||| |||||||||| |||||| |||| |
seq2  T---TCCAATTCAGC-CAAGT-AGA-GTATGCACGG-AGTTGT-GGCT-T  91

seq1  GCGGTAAAGTACCCGCTGCGCATGTGCGAAGCTCTGGGTTCCACATCCAC  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||
seq2  GCGGTAAAGTACCCGCTGCGCATGTGCGAAGCTCTGGGT--CACAT-CAC  138

seq1  AACAAGCAAACAGATCCACCCAGCTCCTTTTTTTAGCTGGATGTGTTTGT  197
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -ACAAGCAAACAGATCCACCCAGCTCC-TTTTTTAGCTGGATGTGTTTGT  186

seq1  ACCCTCTGTGATTCCAGCGCTGGAGAGGCCGGAGAAGGAGGGACACGAAT  247
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CCTCTGTGA-TCCAGCGCTGGAGAGGCCGGAGAAGGAGGGACACGAAT  234

seq1  TTGAGGTCAGCCTGAAGTACAGGTTGACTTCATGACAGTCAGAACTGCAT  297
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTCAG-CTGAAGTACAGGGTGACTTCATGACAGTCAGAACTGCAT  283

seq1  AGTGTAGGTTAGTTACAAGGTTAGCCTGAGCCGGACGTGGTGGCGCACGC  347
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGGTTAGTTACAAGGTTAG-CTGAGCCGGACGTGGTGGCGCACGC  332

seq1  CTTTAATCCCAGCATTTAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATCCCAGCATTTAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGA  382

seq1  GATCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCTGAACGGCCAGGGCTATATACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCTGAACGGCCAGGGCTATATACA  432

seq1  GAGAAATCCTGTCTCGAAAAACTAACTAACTAAATAAATAAATAGGTTGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATCCTGTCTCGAAAAACTAACTAACTAAATAAATAAATAGGTTGC  482

seq1  CTGGGTTGCATAGCAAGGTCCTGTCTGAAAATTTTAAAAATTAAAAATTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTGCATAGCAAGGTCCTGTCTGAAAATTTTAAAAATTAAAAATTT  532

seq1  ATAAGTAAAACACACGAATGAGAGCAATGACAGGAAGCATGATGTTCATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAAAACACACGAATGAGAGCAATGACAGGAAGCATGATGTTCATC  582

seq1  GGGAGTTTAGTAGATCCCACTGAGCAGTTGAAGGAGGATTTACAGACTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTTAGTAGATCCCACTGAGCAGTTGAAGGAGGATTTACAGACTGA  632

seq1  GACATTGATTGGTGCTGGTTGACCCAGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGATTGGTGCTGGTTGACCCAGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTT  682

seq1  TTTTCTTCGTTACAAGCCTTAGAGACAAATGTTATATTCTGTTGCCTTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCGTTACAAGCCTTAGAGACAAATGTTATATTCTGTTGCCTTTG  732

seq1  AGGCAGGAATTCTTTCCACCTGCCTCCCATCCCTCTGCAGGTTGTAGTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGAATTCTTTCCACCTGCCTCCCATCCCTCTGCAGGTTGTAGTCT  782

seq1  TCCTTAAAGTGAGTGGCTCTTTGTTTCTTAGAAATTTTGAAAAGATTCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAAGTGAGTGGCTCTTTGTTTCTTAGAAATTTTGAAAAGATTCTT  832

seq1  TTCCTTTTTTTTATTTGGTATTTTCTTTATTTACATTTCAACTGTTTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTTTTATTTGGTATTTTCTTTATTTACATTTCAACTGTTTTCC  882

seq1  CCGTTCTAGGTCTCCTTGAAAAGATTTTTTTTTAATGCTTATGTATGAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTCTAGGTCTCCTTGAAAAGATTTTTTTTTAATGCTTATGTATGAGT  932

seq1  TTCTACATGAGTGTATTGCACATGGGTGCAGGTGCCCATGCAGCCAGAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACATGAGTGTATTGCACATGGGTGCAGGTGCCCATGCAGCCAGAAG  982

seq1  AAGGCGTTGGATCCCGACATCCAGCTGTGGGCCCAGTGTGGGTGCTGGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGTTGGATCCCGACATCCAGCTGTGGGCCCAGTGTGGGTGCTGGGA  1032

seq1  ACTGAACGTGATCCCTCGGGTAGAGCAGGAAGCTCTCTCAAACAGTGAGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACGTGATCCCTCGGGTAGAGCAGGAAGCTCTCTCAAACAGTGAGC  1082

seq1  TGTTTCTATAACTCCTACAAATGTGCTCTTTGTCAGCCAATAAGTTAAAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTATAACTCCTACAAATGTGCTCTTTGTCAGCCAATAAGTTAAAA  1132

seq1  AAGTTGGACAAAAGGTTTGATTGTAGCATAATAATGTTTTTAAGAAAGTG  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGACAAAAGGTTTGATTGTAGCATAATAATGTTTTTAAGAAAGTG  1182

seq1  AATTC  1202
      |||||
seq2  AATTC  1187

seq1: chr5_150744092_150745162
seq2: B6Ng01-084P07.g_72_1143

seq1  GAATTCTCATGTACAAGGAGTTGTCATTAGGAATATGAATGGTTAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGTACAAGGAGTTGTCATTAGGAATATGAATGGTTAACTCA  50

seq1  CAACAGGAGGGAGAGCGGATGTTGAGCTGGGTGCTGATGGAAGTCTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGAGGGAGAGCGGATGTTGAGCTGGGTGCTGATGGAAGTCTCCCT  100

seq1  CTACCTGTTGAGAGTTGTTCTCCCAGCCCAGGAAGATGATGGCTGTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGTTGAGAGTTGTTCTCCCAGCCCAGGAAGATGATGGCTGTGCTG  150

seq1  CCTGGCTTTGTCAACTTGTCAGAACCTAGAACAACCCAGGAAACAAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTTGTCAACTTGTCAGAACCTAGAACAACCCAGGAAACAAGCCC  200

seq1  CAGTGAGGGCTTGTCTGGATTATGTTGGCTTGTGAGCAAATGTATGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGGGCTTGTCTGGATTATGTTGGCTTGTGAGCAAATGTATGACTG  250

seq1  ATCACCTTAATTAGTGGAAGACCCATCCACTGTGGGTGGCATCATTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTAATTAGTGGAAGACCCATCCACTGTGGGTGGCATCATTCCCT  300

seq1  GTGCAGAGGATCCCAGATTGTACAATAGTGGGAGCAGCTGTCTGAGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAGGATCCCAGATTGTACAATAGTGGGAGCAGCTGTCTGAGCAGC  350

seq1  ATGGGTGTGTTTGTCTATGCTCTTTGCCTTTGATGGTGGGTGTGATGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGTGTTTGTCTATGCTCTTTGCCTTTGATGGTGGGTGTGATGAGT  400

seq1  TCTCCCAAGCTCCCACTGCTATGACACAGCCTCCCTAGCTGTGATGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAAGCTCCCACTGCTATGACACAGCCTCCCTAGCTGTGATGAATT  450

seq1  GCAACCTGAAACTATGAGCCCAACAGACCTTCTCTCCCTTCTATCGCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTGAAACTATGAGCCCAACAGACCTTCTCTCCCTTCTATCGCTTT  500

seq1  AGCATAGCAACAGAAAACCAAATTAAGGTGATAATCTCCTATCCTCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGCAACAGAAAACCAAATTAAGGTGATAATCTCCTATCCTCAGTT  550

seq1  TTAAGCATTTCTGCCTGTACAAAAACATATGCTATCGGTCATAAGAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATTTCTGCCTGTACAAAAACATATGCTATCGGTCATAAGAAGAG  600

seq1  AGCATTCTCTGAAGCAGGTTATGCTAATTCTCTGGTATGTGTAACTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCTCTGAAGCAGGTTATGCTAATTCTCTGGTATGTGTAACTGTAT  650

seq1  GACTGGGAGAAGGTTCCTACTGGGATGAAATTCAGGAGGAATGGGCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGAGAAGGTTCCTACTGGGATGAAATTCAGGAGGAATGGGCACAC  700

seq1  TTGATTACTTTGGGGCTGTGGTGATAGACAGTACTAACCGGATTCTATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTACTTTGGGGCTGTGGTGATAGACAGTACTAACCGGATTCTATGC  750

seq1  CTTCATAGGAAAAGATGGGTGGAAACTAATGTCGGTACCCACGGTGGCTC  800
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGG-AAAGATGGGTGGAAACTAATGTCGGTACCCACGGTGGCTC  799

seq1  TTAGGAGATCAAGGCTAATGAGCCAGTGATGAATACTGCTGCTTTTATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGATCAAGGCTAATGAGCCAGTGATGAATACTGCTGCTTTTATTC  849

seq1  TTCATGCAAAGTTAAGCCAAGAC-TTTATTATCAGAATGC-TTGCAGTAA  898
      ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCATGCAAAGGTAAGCCCAGACTTTTATTATCAGAATGCTTTGCAGTAA  899

seq1  GATGTTCTATGATCAGGATTTATAAATGTATACTCAACTATGTC-TCTTC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATGTTCTATGATCAGGATTTATAAATGTATACTCAACTATGTCTTCTTC  949

seq1  TACCCTATTATTGACTGTCAGCATCTTCATTCACCAAGCAGAATTAACTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TACCCTATTATTGACTGTCAGCATCTTCATTCA-CAAGCAG-ATTAACTC  997

seq1  GGGGGCAGGTCGCTACTTGCACA-TACA-GGTCTTGGGGGCAAGCCC-TT  1044
      ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||
seq2  GGGGGCAGGTCGCTACTTGCACATTACAGGGTCTTGGGGGCAAGCCCTTT  1047

seq1  AGCATTGCAACAGGCAATAAAAGACAA  1071
      |||||  |||| ||| |||||||||||
seq2  AGCATGCCAAC-GGC-ATAAAAGACAA  1072