BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085D07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 97,810,725 - 97,960,558
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC80008, Gk2
Upstream geneFras1, Anxa3, EG666266, LOC670358, Bmp2k, Paqr3, LOC100040598, EG433923, EG666293
Downstream geneAntxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5, 1700007G11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085D07.bB6Ng01-085D07.g
ACCDH898942DH898943
length1,2011,137
definitionDH898942|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D07, 5' end.DH898943|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,810,725 - 97,811,952)(97,959,412 - 97,960,558)
sequence
gaattctctgaatgtgtactgtggatatggccatgtcaaggattcatggg
aaaacggcacctccccacttttgggtaaggcgtagagatagatggcaagg
ccttcctttagtctgtatgcagatgttgctagtgtgtacagaaaaagtcc
ccccaccattgctttctccctcatacttatgtcctgaagactgtttttta
cagggatagctccttactgttagttaaatctgcctctttgattgagctgt
gtaccataaagcctgcctctttgtacccaagtctaataaacattctgagt
tcccacagtgctgcattctccatcagagccccgaccacccaaccccacct
tgtctgtgcatctgcatttgtcttttttccattccatcaccacccggtta
ggtcaagtctctggaagccatgcaaggatgtgtggaagcatgcacatcaa
aggattccaatagaagatataaatgttattaactcacttcatgcactata
aataaacatttttattgtatgtattttgatatgtctgaaactttctattg
aaatgacttggtcaccaatctcttgacacagtgtcacaaatagcatttct
gtgagtgaatgagatcctaaattacttagggtctaatttaaagtaatcta
acaagtgtcttagacgggttagaagttgatgttcatgaccattactagtc
agtatcagcattacatagaactaatgagaaaaagtactttatttcttgat
ccttttaaagcttaccagttttggcttaatttccagcactactctgtgtg
tctccctcactcccatattccattatttgatttcatatcatctctttctt
attgctcttatctccaagggaagaacagatttttagctatgtaagccaca
ggcttcattcacgagttgataacccaactacacaagactttatgtcctgg
tgactagagctttgaacaatttgttgacaaaacaggttcactcgagtttc
tgtaaagccacattcagaaaggcgtgagtcacttcttcagccagcactac
actcataccatgactatttattctacatccttgcttggtctctctaggac
aggctcaggaaaagcagcagtctgttcagagaagatctattgctgtgtga
aagacaaggtgtttgacgcacgctcaggccaggaatagaaggggtgcttc
t
gaattctttataaaacagagtgctaagtacggcagtcttcatagtagcat
tagccccagtacccaagaggaggaaatagtgttctgaagagattagtgaa
cagtctagaggtgggaggtacctaaaagagctattacttagccgtaaaaa
gagggggaattccaacctatgttattaccacacagataagccttgaagcc
attctgtcatcaaagtagaccacacagaaagatcacatactatacaatcc
cacttttgtgaggtctctagagaagatgtacagtggtggttgccaatact
tggggaagaagtatggaacagtttcatgaggacagagtttcagagtaggg
agatggcaatactctggagatgggcatctatcatcataggtgaagtgaat
accataatatcattgaaacacacacatatggttaacagaacacttcatac
cacatattctatgagtattttattgcattaagagtatatttgatagccaa
taaggtttatattttaaaactctagttactatcacccatagttaggaaca
tgttacaaatgacctgtctcatggttaagagcactgaagcacactgtgac
tgcctccaagaaacctcagagaagatctcaggaaatattaggatgtgaga
aactagagcaaagggacacatgaccataagtcaaaatgtaagtcttgact
ttccagagttagagttggccgcctgcctttgttttgggacctaatattta
gactagagttccttgtactttcatgggttaatgcagggatagggtcttgt
ccaacatcctcttcctgctttgtccactttcctggaaaccctgccagctg
tcctcccagacctctgtgtggaaacaacctagtgctttctgagtctcaca
ttgaattttcctcatgctcttcaggtaaaattgctccatctacgtagtta
atctgataaagtagattggcttcataactagtgaacagtgatatgataac
tggtgactcttctccatgaattatgttttttttttcttaggactcctcat
attttggaaccaaatatcagtaacatcaggagtctcctcttttgagggag
tttatagaagcttgaccatagggacaattccagcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_97810725_97811952
seq2: B6Ng01-085D07.b_45_1245

seq1  GAATTCTCTGAATGTGTACTGTGGATATGGCCATGTCAAGGATTCATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAATGTGTACTGTGGATATGGCCATGTCAAGGATTCATGGG  50

seq1  AAAACGGCACCTCCCCACTTTTGGGTAAGGCGTAGAGATAGATGGCAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGGCACCTCCCCACTTTTGGGTAAGGCGTAGAGATAGATGGCAAGG  100

seq1  CCTTCCTTTAGTCTGTATGCAGATGTTGCTAGTGTGTACAGAAAAAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTTAGTCTGTATGCAGATGTTGCTAGTGTGTACAGAAAAAGTCC  150

seq1  CCCCACCATTGCTTTCTCCCTCATACTTATGTCCTGAAGACTGTTTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCATTGCTTTCTCCCTCATACTTATGTCCTGAAGACTGTTTTTTA  200

seq1  CAGGGATAGCTCCTTACTGTTAGTTAAATCTGCCTCTTTGATTGAGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATAGCTCCTTACTGTTAGTTAAATCTGCCTCTTTGATTGAGCTGT  250

seq1  GTACCATAAAGCCTGCCTCTTTGTACCCAAGTCTAATAAACATTCTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATAAAGCCTGCCTCTTTGTACCCAAGTCTAATAAACATTCTGAGT  300

seq1  TCCCACAGTGCTGCATTCTCCATCAGAGCCCCGACCACCCAACCCCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACAGTGCTGCATTCTCCATCAGAGCCCCGACCACCCAACCCCACCT  350

seq1  TGTCTGTGCATCTGCATTTGTCTTTTTTCCATTCCATCACCACCCGGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGCATCTGCATTTGTCTTTTTTCCATTCCATCACCACCCGGTTA  400

seq1  GGTCAAGTCTCTGGAAGCCATGCAAGGATGTGTGGAAGCATGCACATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTCTCTGGAAGCCATGCAAGGATGTGTGGAAGCATGCACATCAA  450

seq1  AGGATTCCAATAGAAGATATAAATGTTATTAACTCACTTCATGCACTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCAATAGAAGATATAAATGTTATTAACTCACTTCATGCACTATA  500

seq1  AATAAACATTTTTATTGTATGTATTTTGATATGTCTGAAACTTTCTATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACATTTTTATTGTATGTATTTTGATATGTCTGAAACTTTCTATTG  550

seq1  AAATGACTTGGTCACCAATCTCTTGACACAGTGTCACAAATAGCATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACTTGGTCACCAATCTCTTGACACAGTGTCACAAATAGCATTTCT  600

seq1  GTGAGTGAATGAGATCCTAAATTACTTAGGGTCTAATTTAAAGTAATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGAATGAGATCCTAAATTACTTAGGGTCTAATTTAAAGTAATCTA  650

seq1  ACAAGTGTCTTAGACGGGTTAGAAGTTGATGTTCATGACCATTACTAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGTCTTAGACGGGTTAGAAGTTGATGTTCATGACCATTACTAGTC  700

seq1  AGTATCAGCATTACATAGAACTAATGAGAAAAAGTACTTTATTTCTTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCAGCATTACATAGAACTAATGAGAAAAAGTACTTTATTTCTTGAT  750

seq1  CCTTTTAAAGCTTACCAGTTTTGGCTTAATTTCCAGCACTACTCTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAAGCTTACCAGTTTTGGCTTAATTTCCAGCACTACTCTGTGTG  800

seq1  TCTCCCTCACTCCCATATTCCATTATTTGATTTCATATCATCTCTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCACTCCCATATTCCATTATTTGATTTCATATCATCTCTTTCTT  850

seq1  ATTGCTCTTATCTCCAAGGGAAGAACAGATTTTTAGCTATGTAAGCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTTATCTCCAAGGGAAGAACAGATTTTTAGCTATGTAAGCCACA  900

seq1  GGCTTCATTCACGAGTTGATAACCCAACTACACAAGACTTTATGTCCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCATTCACGAGTTGATAACCCAACTACACAAGACTTTATGTCCTGG  950

seq1  TGACTAAGAGCTTTGAACAATTTGTTGACAAAACAGGGTTCACTCGAGTT  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACT-AGAGCTTTGAACAATTTGTTGACAAAACA-GGTTCACTCGAGTT  998

seq1  TCTGTAAAGCCACAATTCAGAAGGGGCGTGAGTCAC-TCTACAGCCAGCA  1049
      ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TCTGTAAAGCCAC-ATTCAGAA-AGGCGTGAGTCACTTCTTCAGCCAGCA  1046

seq1  CTACACTCATACCATGAACTA-TTATTCTACATCCTTGCTTGGGTCTCTC  1098
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTACACTCATACCATG-ACTATTTATTCTACATCCTTGCTT-GGTCTCTC  1094

seq1  TAGGACCAGGCTCAAGGAAAAAAGCAAGCAGTCTGTTCAGAGAAAGAATC  1148
      ||||| |||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||   |||
seq2  TAGGA-CAGGCTCAGG---AAAAGC-AGCAGTCTGTTCAGAGAA--GATC  1137

seq1  ATAATTGGCTGTGTGAAAAGAACAGTGTTGTTATGAACGCAGCGTCCGAG  1198
       ||  | |||||||||||   |  |||||    || |||||   ||  ||
seq2  -TA--TTGCTGTGTGAAAGACAAGGTGTT----TG-ACGCACGCTC--AG  1177

seq1  GCCCCCAGGAATAGGAAGGCGGCTGCTTCT  1228
      |   ||||||||| ||||  || |||||||
seq2  G---CCAGGAATA-GAAG--GGGTGCTTCT  1201

seq1: chr5_97959412_97960558
seq2: B6Ng01-085D07.g_70_1206 (reverse)

seq1  AAGGCTGGAATTGTCCCTTATGCTCAAGCATCTCTTAATAAAACTCCCTC  50
      ||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |     ||||||||||
seq2  AAGGCTGGAATTGTCCC-TATGGTCAAGCTTCTAT-----AAACTCCCTC  44

seq1  AAGAG-GGAGACTCCTGATGTTAACTGATATTTGGGTCCAAAATATTGAG  99
      || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||   |
seq2  AAAAGAGGAGACTCCTGATGTT-ACTGATATTTGGTTCCAAAATATGAGG  93

seq1  AGTCTTAAAAGAAAAAAAAAACATAATTCATGGAG-AGAGTCACCAGTTA  148
      |||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTCCT--AAGAAAAAAAAAACATAATTCATGGAGAAGAGTCACCAGTTA  141

seq1  TCATATCACTGTTCACTAGTTATTGAAGCCAATCTACTTTATCAGATTAA  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCACTGTTCACTAGTTA-TGAAGCCAATCTACTTTATCAGATTAA  190

seq1  CTTACGTAGATGGAGCAATTTTACCTGAAGAGCATGAGGAAAATTCAATG  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TACGTAGATGGAGCAATTTTACCTGAAGAGCATGAGGAAAATTCAATG  239

seq1  TGAGACTCAGAAAGCACTAGGTTTGTTTTCCACACAGAGGTCTGGGAGGA  298
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCAGAAAGCACTAGGTT--GTTTCCACACAGAGGTCTGGGAGGA  287

seq1  CAGCTGGCAGGGTTTCCCAGGAAGTGGACAAAGCAGGAAGAGGATGTTGG  348
      |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCAGGGTTTCCAGGAAAGTGGACAAAGCAGGAAGAGGATGTTGG  337

seq1  ACAAGACCCTATCCCTGCATTAACCCATG-AAGTACAAGGAACTCTAGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACCCTATCCCTGCATTAACCCATGAAAGTACAAGGAACTCTAGTC  387

seq1  TAAATATTAGGTCCCAAAACAAAGGCAGGCGGCCAACTCTAACTCTGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTAGGTCCCAAAACAAAGGCAGGCGGCCAACTCTAACTCTGGAA  437

seq1  AGTCAAGACTTACATTTTGACTTATGGTCATGTGTCCCTTTGCTCTAGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGACTTACATTTTGACTTATGGTCATGTGTCCCTTTGCTCTAGTT  487

seq1  TCTCACATCCTAATATTTCCTGAGATCTTCTCTGAGGTTTCTTGGAGGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATCCTAATATTTCCTGAGATCTTCTCTGAGGTTTCTTGGAGGCA  537

seq1  GTCACAGTGTGCTTCAGTGCTCTTAACCATGAGACAGGTCATTTGTAACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTGTGCTTCAGTGCTCTTAACCATGAGACAGGTCATTTGTAACA  587

seq1  TGTTCCTAACTATGGGTGATAGTAACTAGAGTTTTAAAATATAAACCTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTAACTATGGGTGATAGTAACTAGAGTTTTAAAATATAAACCTTA  637

seq1  TTGGCTATCAAATATACTCTTAATGCAATAAAATACTCATAGAATATGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTATCAAATATACTCTTAATGCAATAAAATACTCATAGAATATGTG  687

seq1  GTATGAAGTGTTCTGTTAACCATATGTGTGTGTTTCAATGATATTATGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAGTGTTCTGTTAACCATATGTGTGTGTTTCAATGATATTATGGT  737

seq1  ATTCACTTCACCTATGATGATAGATGCCCATCTCCAGAGTATTGCCATCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTTCACCTATGATGATAGATGCCCATCTCCAGAGTATTGCCATCT  787

seq1  CCCTACTCTGAAACTCTGTCCTCATGAAACTGTTCCATACTTCTTCCCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTCTGAAACTCTGTCCTCATGAAACTGTTCCATACTTCTTCCCCA  837

seq1  AGTATTGGCAACCACCACTGTACATCTTCTCTAGAGACCTCACAAAAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGCAACCACCACTGTACATCTTCTCTAGAGACCTCACAAAAGTG  887

seq1  GGATTGTATAGTATGTGATCTTTCTGTGTGGTCTACTTTGATGACAGAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTATAGTATGTGATCTTTCTGTGTGGTCTACTTTGATGACAGAAT  937

seq1  GGCTTCAAGGCTTATCTGTGTGGTAATAACATAGGTTGGAATTCCCCCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAAGGCTTATCTGTGTGGTAATAACATAGGTTGGAATTCCCCCTC  987

seq1  TTTTTACGGCTAAGTAATAGCTCTTTTAGGTACCTCCCACCTCTAGACTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACGGCTAAGTAATAGCTCTTTTAGGTACCTCCCACCTCTAGACTG  1037

seq1  TTCACTAATCTCTTCAGAACACTATTTCCTCCTCTTGGGTACTGGGGCTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAATCTCTTCAGAACACTATTTCCTCCTCTTGGGTACTGGGGCTA  1087

seq1  ATGCTACTATGAAGACTGCCGTACTTAGCACTCTGTTTTATAAAGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACTATGAAGACTGCCGTACTTAGCACTCTGTTTTATAAAGAATTC  1137