BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085K03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 129,817,736 - 129,973,772
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmem132d, Fzd10, LOC100040398, Piwil1, Rimbp2, Stx2, Ran, LOC100040441, Gpr133, LOC100039355
Downstream geneSfrs8, Mmp17, EG620248, Zfp11, 1700016K13Rik, Mrps17, Gbas, Psph, Cct6a, LOC100038887, Sumf2, Phkg1, Chchd2, 2410018M08Rik, 4930579G22Rik, Vkorc1l1, Gusb, Asl, Crcp, Tpst1, Kctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik, Caln1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085K03.bB6Ng01-085K03.g
ACCDH899257DH899258
length1,0131,047
definitionDH899257|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085K03, 5' end.DH899258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,972,762 - 129,973,772)(129,817,736 - 129,818,786)
sequence
gaattcacccccaaagctgactgctttgctgtcctgtggaggggcacagc
ctagcagtggagagacctccaggctgcatagtgtaggatgtgcctgcggt
ggaatccctcaatctataaccaccggctccattgcccttgaaggtgccag
tctctggagtcagctgaggaaggagacccctggggtggaaggatgcttgc
cagggccctttccttcccaccagagcctgccaggagcggaggctctccat
ggagcagcagacagtgttgtaaaagtgtccccgataataaactgaaccac
gctgctgtaaagtctgcaggaagcgcacacagtaaagcaattaaagtgac
gtcctgcgtttggtcccaaggatgggatggatgaggaccggtgaggacgt
tcatcctttacaataagtgtcaactgactattaaaaattaagtcaccaag
ttacagtcagctcccggggacacatctaaatcatttgagccgtgaggatc
tgctaatctaggactccaccctgatcagcacagggtagatctggccttga
cagttgaggtgctggagttgcctgaggttcatgggggtctacaaagacag
acagacagacagacagacagaccaatatagctcaacgttcttgcttctct
ctctaacacaatcctttctgaaaagggggtgtactttgggtggacataaa
gggagggggacttgggtttagacgcttcaggctctttttttttaaagatt
attaattaattaattaattaattaattgtatgtgagtgcactgtagctgc
acagatggttgtgagccttcatgtggttgttgggaattgaattttaggac
ctctgctctctgtggtcaactctgcttgctcagtccctgcttgctctggc
ccaaagattatttattattatacattaggtatactataagctgtcttcag
atgaccaaaagaggtcgtcaaatcttcattacagggggttgttagccacc
aggtgtttgctgg
gaattcttcccagtgggtcgtttggaatgatcagtgtttcttcaattcaa
gtatttccaatggagcccattgctatggtctatttttataaagccatttt
tatgctttagatttgttctctgtttcaagccttcccttgctccaaagtca
tgaagttgctcaccctgcctccccaatcatccccaaaattctctttcata
tttagaccaaagctttacattaaaatatttggagtggaggggataagaca
tattcaaagatttgctctctctcctatagaaatggaatggagagaagagc
ccagtctccatgcagggccattctccatgaattctgtgtttgattgcatg
ctcttatgtgtgctatgcgtgctgtgtaggagtgtttgtatgtgatacat
atctgtatgtttatgcgtggtgtgtatgcctgtttgcatatgtgatattt
gtgtgcttatatgtatgtgtgctttgtgtgtggtatatgtgcattttgtg
tgtttgtgtgcttccgtgtgatgtgtgtgtgcttgtgtgtatacttgtgg
tctctgtgtgggtttgctttattacacaactgggggctaaaggtgcatgt
tcagaggatcaagacttgatgataggtgtctcgcctgacattaaaagtcc
ttgaaccctgctggtcagctctcctgcttattcttgccccattcacacag
ccgtgtgcatttgaaagccagcatgtcaggtttttgcaaaaacaagctgc
caaggttttgataagctatttgaggaacactttgtccttacaatattggc
ccactcaaactcaggagggtttcagaggagacagaaaaacagtcgcctct
cagtgttccaaggaggattgctgccagagcccctgccacagcagagtatt
gattctcaacttccttgatagctggcactggtgctcacatactgtctgga
tagaccttaatcatctccagacgtctaaatacaatatcccaaaatacgta
tttcttactggtgctggtcctgtctagtattaatgccagagaaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_129972762_129973772
seq2: B6Ng01-085K03.b_51_1063 (reverse)

seq1  CCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCTGTAATG-AGATCTGACGCC  49
      ||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||| |
seq2  CCAGCAAACACCTGGTGGCTAACAACCCCCTGTAATGAAGATTTGACGAC  50

seq1  CTCTTCTGGTGCATCTGAAGACAGC-TATAGTATA-CTTATGTATAATAA  97
      ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||
seq2  CTCTTTTGGT-CATCTGAAGACAGCTTATAGTATACCTAATGTATAATAA  99

seq1  TAAATAAATCTTTGGGCCAGAGCAAGCAGGGACTGAGCAAGCAGAGTTGA  147
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAT-AATCTTTGGGCCAGAGCAAGCAGGGACTGAGCAAGCAGAGTTGA  148

seq1  CCACAGAGAGCAGAGGTCCTAAAATTCAATTCCCAACAACCACATGAAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGAGCAGAGGTCCTAAAATTCAATTCCCAACAACCACATGAAGG  198

seq1  CTCACAACCATCTGTGCAGCTACAGTGCACTCACATACAATTAATTAATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCTGTGCAGCTACAGTGCACTCACATACAATTAATTAATT  248

seq1  AATTAATTAATTAATAATCTTT-AAAAAAAAGAGCCTGGAGCGTCTAAAC  296
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATTAATTAATTAATAATCTTTAAAAAAAAAGAGCCTGAAGCGTCTAAAC  298

seq1  CCAAGTCCCCCTCCCTTTATGTCCACCCAAAGTACACCCCCTTTTCAGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCCCCTCCCTTTATGTCCACCCAAAGTACACCCCCTTTTCAGAA  348

seq1  AGGATTGTGTTAGAGAGAGAAGCAAGAACGTTGAGCTATATTGGTCTGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGTGTTAGAGAGAGAAGCAAGAACGTTGAGCTATATTGGTCTGTC  398

seq1  TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTGTAGACCCCCATGAACCTCAGGCAACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTGTAGACCCCCATGAACCTCAGGCAACT  448

seq1  CCAGCACCTCAACTGTCAAGGCCAGATCTACCCTGTGCTGATCAGGGTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCTCAACTGTCAAGGCCAGATCTACCCTGTGCTGATCAGGGTGG  498

seq1  AGTCCTAGATTAGCAGATCCTCACGGCTCAAATGATTTAGATGTGTCCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGATTAGCAGATCCTCACGGCTCAAATGATTTAGATGTGTCCCC  548

seq1  GGGAGCTGACTGTAACTTGGTGACTTAATTTTTAATAGTCAGTTGACACT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGACTGTAACTTGGTGACTTAATTTTTAATAGTCAGTTGACACT  598

seq1  TATTGTAAAGGATGAACGTCCTCACCGGTCCTCATCCATCCCATCCTTGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAAAGGATGAACGTCCTCACCGGTCCTCATCCATCCCATCCTTGG  648

seq1  GACCAAACGCAGGACGTCACTTTAATTGCTTTACTGTGTGCGCTTCCTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAACGCAGGACGTCACTTTAATTGCTTTACTGTGTGCGCTTCCTGC  698

seq1  AGACTTTACAGCAGCGTGGTTCAGTTTATTATCGGGGACACTTTTACAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTACAGCAGCGTGGTTCAGTTTATTATCGGGGACACTTTTACAAC  748

seq1  ACTGTCTGCTGCTCCATGGAGAGCCTCCGCTCCTGGCAGGCTCTGGTGGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGCTGCTCCATGGAGAGCCTCCGCTCCTGGCAGGCTCTGGTGGG  798

seq1  AAGGAAAGGGCCCTGGCAAGCATCCTTCCACCCCAGGGGTCTCCTTCCTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGGCCCTGGCAAGCATCCTTCCACCCCAGGGGTCTCCTTCCTC  848

seq1  AGCTGACTCCAGAGACTGGCACCTTCAAGGGCAATGGAGCCGGTGGTTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTCCAGAGACTGGCACCTTCAAGGGCAATGGAGCCGGTGGTTAT  898

seq1  AGATTGAGGGATTCCACCGCAGGCACATCCTACACTATGCAGCCTGGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGGGATTCCACCGCAGGCACATCCTACACTATGCAGCCTGGAGG  948

seq1  TCTCTCCACTGCTAGGCTGTGCCCCTCCACAGGACAGCAAAGCAGTCAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCACTGCTAGGCTGTGCCCCTCCACAGGACAGCAAAGCAGTCAGC  998

seq1  TTTGGGGGTGAATTC  1011
      |||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGTGAATTC  1013

seq1: chr5_129817736_129818786
seq2: B6Ng01-085K03.g_68_1114

seq1  GAATTCTTCCCAGTGGGTCGTTTGGAATGATCAGTGTTTCTTCAATTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCAGTGGGTCGTTTGGAATGATCAGTGTTTCTTCAATTCAA  50

seq1  GTATTTCCAATGGAGCCCATTGCTATGGTCTATTTTTATAAAGCCATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCAATGGAGCCCATTGCTATGGTCTATTTTTATAAAGCCATTTT  100

seq1  TATGCTTTAGATTTGTTCTCTGTTTCAAGCCTTCCCTTGCTCCAAAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTAGATTTGTTCTCTGTTTCAAGCCTTCCCTTGCTCCAAAGTCA  150

seq1  TGAAGTTGCTCACCCTGCCTCCCCAATCATCCCCAAAATTCTCTTTCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTGCTCACCCTGCCTCCCCAATCATCCCCAAAATTCTCTTTCATA  200

seq1  TTTAGACCAAAGCTTTACATTAAAATATTTGGAGTGGAGGGGATAAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACCAAAGCTTTACATTAAAATATTTGGAGTGGAGGGGATAAGACA  250

seq1  TATTCAAAGATTTGCTCTCTCTCCTATAGAAATGGAATGGAGAGAAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAAGATTTGCTCTCTCTCCTATAGAAATGGAATGGAGAGAAGAGC  300

seq1  CCAGTCTCCATGCAGGGCCATTCTCCATGAATTCTGTGTTTGATTGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTCCATGCAGGGCCATTCTCCATGAATTCTGTGTTTGATTGCATG  350

seq1  CTCTTATGTGTGCTATGCGTGCTGTGTAGGAGTGTTTGTATGTGATACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATGTGTGCTATGCGTGCTGTGTAGGAGTGTTTGTATGTGATACAT  400

seq1  ATCTGTATGTTTATGCGTGGTGTGTATGCCTGTTTGCATATGTGATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATGTTTATGCGTGGTGTGTATGCCTGTTTGCATATGTGATATTT  450

seq1  GTGTGCTTATATGTATGTGTGCTTTGTGTGTGGTATATGTGCATTTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTATATGTATGTGTGCTTTGTGTGTGGTATATGTGCATTTTGTG  500

seq1  TGTTTGTGTGCTTCCGTGTGATGTGTGTGTGCTTGTGTGTATACTTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGTGCTTCCGTGTGATGTGTGTGTGCTTGTGTGTATACTTGTGG  550

seq1  TCTCTGTGTGGGTTTGCTTTATTACACAACTGGGGGCTAAAGGTGCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGGGTTTGCTTTATTACACAACTGGGGGCTAAAGGTGCATGT  600

seq1  TCAGAGGATCAAGACTTGATGATAGGTGTCTCGCCTGACATT-AAAGTCC  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGAGGATCAAGACTTGATGATAGGTGTCTCGCCTGACATTAAAAGTCC  650

seq1  TTGAACCCTGCTGGTCAGCTCTCCTGCTTATTCTTGCCCCATTCACACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCCTGCTGGTCAGCTCTCCTGCTTATTCTTGCCCCATTCACACAG  700

seq1  CCGTGTGCATTTGAAAGCCAGCATGTCAGG-TTTTGCAAAAACAAGCTGC  748
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGCATTTGAAAGCCAGCATGTCAGGTTTTTGCAAAAACAAGCTGC  750

seq1  CAAGGTTTTGATAAGCTATTTGAGGAACACTTTGTCCTTACAATATTGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTTTGATAAGCTATTTGAGGAACACTTTGTCCTTACAATATTGGC  800

seq1  CCACTCAAACTCAGGAGGGTTTCAGAGGAGGCAGAAAAGCAGTCGCCTCT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CCACTCAAACTCAGGAGGGTTTCAGAGGAGACAGAAAAACAGTCGCCTCT  850

seq1  CAGTG-TCCAAGGAGGATTGCTGCCAGAGCCCCTGCCACAGCAGAGGTAT  897
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTGTTCCAAGGAGGATTGCTGCCAGAGCCCCTGCCACAGCAGA-GTAT  899

seq1  TGATTCTCAACTTCCTTGCATAGCCTGGCACT-GTGCTCACAATACTGTC  946
      |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TGATTCTCAACTTCCTTG-ATAG-CTGGCACTGGTGCTCAC-ATACTGTC  946

seq1  TGGATAGACCTTAATCATCTCCAGACGTCTAAAATAACAAATACCACAAA  996
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||| | ||||
seq2  TGGATAGACCTTAATCATCTCCAGACGTCT-AAATA--CAATATCCCAAA  993

seq1  ATACGTAATTACTTACT-GTGCT-GTACTGTCTAGGTAATAATGACAAGA  1044
      |||||| ||| |||||| ||||| || ||||||| ||| ||||| | |||
seq2  ATACGT-ATTTCTTACTGGTGCTGGTCCTGTCTA-GTATTAATG-CCAGA  1040

seq1  GAAATGC  1051
      |||||||
seq2  GAAATGC  1047